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Fusion gene ID: 7340 |
FusionGeneSummary for CLDN12_SPCS3 |
 Fusion gene summary |
| Fusion gene information | Fusion gene name: CLDN12_SPCS3 | Fusion gene ID: 7340 | Hgene | Tgene | Gene symbol | CLDN12 | SPCS3 | Gene ID | 9069 | 60559 |
| Gene name | claudin 12 | signal peptidase complex subunit 3 | |
| Synonyms | - | PRO3567|SPC22/23|SPC3|YLR066W | |
| Cytomap | 7q21.13 | 4q34.2 | |
| Type of gene | protein-coding | protein-coding | |
| Description | claudin-12 | signal peptidase complex subunit 3SPase 22 kDa subunitSPase 22/23 kDa subunitmicrosomal signal peptidase 22/23 kDa subunitmicrosomal signal peptidase 23 kDa subunitsignal peptidase complex subunit 3 homolog | |
| Modification date | 20180519 | 20180523 | |
| UniProtAcc | P56749 | P61009 | |
| Ensembl transtripts involved in fusion gene | ENST00000287916, ENST00000535571, ENST00000394605, ENST00000478752, | ENST00000503362, ENST00000507001, | |
| Fusion gene scores | * DoF score | 3 X 2 X 3=18 | 3 X 1 X 1=3 |
| # samples | 3 | 3 | |
| ** MAII score | log2(3/18*10)=0.736965594166206 effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (eGinPCFGs). DoF>8 and MAII>0 | log2(3/3*10)=3.32192809488736 | |
| Context | PubMed: CLDN12 [Title/Abstract] AND SPCS3 [Title/Abstract] AND fusion [Title/Abstract] | ||
| Functional or gene categories assigned by FusionGDB annotation | |||
| * DoF score (Degree of Frequency) = # partners X # break points X # cancer types ** MAII score (Major Active Isofusion Index) = log2(# samples/DoF score*10) |
| Gene ontology of each fusion partner gene with evidence of Inferred from Direct Assay (IDA) from Entrez |
| Partner | Gene | GO ID | GO term | PubMed ID |
| Tgene | SPCS3 | GO:0006508 | proteolysis | 27499293 |
| Fusion gene information from three resources (ChiTars (NAR, 2018), tumorfusions (NAR, 2018), Gao et al. (Cell, 2018)) * All genome coordinats were lifted-over on hg19. * Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser. |
| Data type | Source | Cancer type | Sample | Hgene | Hchr | Hbp | Hstrand | Tgene | Tchr | Tbp | Tstrand |
| TCGA | RV | PRAD | TCGA-EJ-7783-01A | CLDN12 | chr7 | 90045268 | + | SPCS3 | chr4 | 177243321 | + |
| * LD: Li Ding group's fusion gene list RV: Roel Verhaak group's fusion gene list ChiTaRs fusion database |
| Open reading frame (ORF) analsis of fusion genes based on Ensembl gene isoform structure. * Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser. |
| ORF | Henst | Tenst | Hgene | Hchr | Hbp | Hstrand | Tgene | Tchr | Tbp | Tstrand |
| In-frame | ENST00000287916 | ENST00000503362 | CLDN12 | chr7 | 90045268 | + | SPCS3 | chr4 | 177243321 | + |
| 5CDS-intron | ENST00000287916 | ENST00000507001 | CLDN12 | chr7 | 90045268 | + | SPCS3 | chr4 | 177243321 | + |
| In-frame | ENST00000535571 | ENST00000503362 | CLDN12 | chr7 | 90045268 | + | SPCS3 | chr4 | 177243321 | + |
| 5CDS-intron | ENST00000535571 | ENST00000507001 | CLDN12 | chr7 | 90045268 | + | SPCS3 | chr4 | 177243321 | + |
| In-frame | ENST00000394605 | ENST00000503362 | CLDN12 | chr7 | 90045268 | + | SPCS3 | chr4 | 177243321 | + |
| 5CDS-intron | ENST00000394605 | ENST00000507001 | CLDN12 | chr7 | 90045268 | + | SPCS3 | chr4 | 177243321 | + |
| intron-3CDS | ENST00000478752 | ENST00000503362 | CLDN12 | chr7 | 90045268 | + | SPCS3 | chr4 | 177243321 | + |
| intron-intron | ENST00000478752 | ENST00000507001 | CLDN12 | chr7 | 90045268 | + | SPCS3 | chr4 | 177243321 | + |
Top |
FusionProtFeatures for CLDN12_SPCS3 |
| Main function of each fusion partner protein. (from UniProt) |
| Hgene | Tgene |
| CLDN12 | SPCS3 |
| Plays a major role in tight junction-specificobliteration of the intercellular space, through calcium-independent cell-adhesion activity. {ECO:0000250}. | Component of the microsomal signal peptidase complexwhich removes signal peptides and other N-terminal peptides fromnascent proteins as they are translocated into the lumen of theendoplasmic reticulum. {ECO:0000269|PubMed:27499293}. |
| Retention analysis result of each fusion partner protein across 39 protein features of UniProt such as six molecule processing features, 13 region features, four site features, six amino acid modification features, two natural variation features, five experimental info features, and 3 secondary structure features. Here, because of limited space for viewing, we only show the protein feature retention information belong to the 13 regional features. All retention annotation result can be downloaded at . * Minus value of BPloci means that the break pointn is located before the CDS. |
| - In-frame and retained protein feature among the 13 regional features. |
| Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Protein feature | Protein feature note |
| Hgene | CLDN12 | chr7:90045268 | chr4:177243321 | ENST00000287916 | + | 3 | 3 | 109_135 | 1092 | 245 | Topological domain | Cytoplasmic |
| Hgene | CLDN12 | chr7:90045268 | chr4:177243321 | ENST00000287916 | + | 3 | 3 | 157_174 | 1092 | 245 | Topological domain | Extracellular |
| Hgene | CLDN12 | chr7:90045268 | chr4:177243321 | ENST00000287916 | + | 3 | 3 | 196_244 | 1092 | 245 | Topological domain | Cytoplasmic |
| Hgene | CLDN12 | chr7:90045268 | chr4:177243321 | ENST00000287916 | + | 3 | 3 | 1_10 | 1092 | 245 | Topological domain | Cytoplasmic |
| Hgene | CLDN12 | chr7:90045268 | chr4:177243321 | ENST00000287916 | + | 3 | 3 | 32_87 | 1092 | 245 | Topological domain | Extracellular |
| Hgene | CLDN12 | chr7:90045268 | chr4:177243321 | ENST00000394605 | + | 3 | 3 | 109_135 | 1092 | 245 | Topological domain | Cytoplasmic |
| Hgene | CLDN12 | chr7:90045268 | chr4:177243321 | ENST00000394605 | + | 3 | 3 | 157_174 | 1092 | 245 | Topological domain | Extracellular |
| Hgene | CLDN12 | chr7:90045268 | chr4:177243321 | ENST00000394605 | + | 3 | 3 | 196_244 | 1092 | 245 | Topological domain | Cytoplasmic |
| Hgene | CLDN12 | chr7:90045268 | chr4:177243321 | ENST00000394605 | + | 3 | 3 | 1_10 | 1092 | 245 | Topological domain | Cytoplasmic |
| Hgene | CLDN12 | chr7:90045268 | chr4:177243321 | ENST00000394605 | + | 3 | 3 | 32_87 | 1092 | 245 | Topological domain | Extracellular |
| Hgene | CLDN12 | chr7:90045268 | chr4:177243321 | ENST00000535571 | + | 2 | 2 | 109_135 | 1092 | 245 | Topological domain | Cytoplasmic |
| Hgene | CLDN12 | chr7:90045268 | chr4:177243321 | ENST00000535571 | + | 2 | 2 | 157_174 | 1092 | 245 | Topological domain | Extracellular |
| Hgene | CLDN12 | chr7:90045268 | chr4:177243321 | ENST00000535571 | + | 2 | 2 | 196_244 | 1092 | 245 | Topological domain | Cytoplasmic |
| Hgene | CLDN12 | chr7:90045268 | chr4:177243321 | ENST00000535571 | + | 2 | 2 | 1_10 | 1092 | 245 | Topological domain | Cytoplasmic |
| Hgene | CLDN12 | chr7:90045268 | chr4:177243321 | ENST00000535571 | + | 2 | 2 | 32_87 | 1092 | 245 | Topological domain | Extracellular |
| Hgene | CLDN12 | chr7:90045268 | chr4:177243321 | ENST00000287916 | + | 3 | 3 | 11_31 | 1092 | 245 | Transmembrane | Helical |
| Hgene | CLDN12 | chr7:90045268 | chr4:177243321 | ENST00000287916 | + | 3 | 3 | 136_156 | 1092 | 245 | Transmembrane | Helical |
| Hgene | CLDN12 | chr7:90045268 | chr4:177243321 | ENST00000287916 | + | 3 | 3 | 175_195 | 1092 | 245 | Transmembrane | Helical |
| Hgene | CLDN12 | chr7:90045268 | chr4:177243321 | ENST00000287916 | + | 3 | 3 | 88_108 | 1092 | 245 | Transmembrane | Helical |
| Hgene | CLDN12 | chr7:90045268 | chr4:177243321 | ENST00000394605 | + | 3 | 3 | 11_31 | 1092 | 245 | Transmembrane | Helical |
| Hgene | CLDN12 | chr7:90045268 | chr4:177243321 | ENST00000394605 | + | 3 | 3 | 136_156 | 1092 | 245 | Transmembrane | Helical |
| Hgene | CLDN12 | chr7:90045268 | chr4:177243321 | ENST00000394605 | + | 3 | 3 | 175_195 | 1092 | 245 | Transmembrane | Helical |
| Hgene | CLDN12 | chr7:90045268 | chr4:177243321 | ENST00000394605 | + | 3 | 3 | 88_108 | 1092 | 245 | Transmembrane | Helical |
| Hgene | CLDN12 | chr7:90045268 | chr4:177243321 | ENST00000535571 | + | 2 | 2 | 11_31 | 1092 | 245 | Transmembrane | Helical |
| Hgene | CLDN12 | chr7:90045268 | chr4:177243321 | ENST00000535571 | + | 2 | 2 | 136_156 | 1092 | 245 | Transmembrane | Helical |
| Hgene | CLDN12 | chr7:90045268 | chr4:177243321 | ENST00000535571 | + | 2 | 2 | 175_195 | 1092 | 245 | Transmembrane | Helical |
| Hgene | CLDN12 | chr7:90045268 | chr4:177243321 | ENST00000535571 | + | 2 | 2 | 88_108 | 1092 | 245 | Transmembrane | Helical |
| - In-frame and not-retained protein feature among the 13 regional features. |
| Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Protein feature | Protein feature note |
| Tgene | SPCS3 | chr7:90045268 | chr4:177243321 | ENST00000503362 | + | 0 | 5 | 1_11 | 47 | 181 | Topological domain | Cytoplasmic |
| Tgene | SPCS3 | chr7:90045268 | chr4:177243321 | ENST00000503362 | + | 0 | 5 | 33_180 | 47 | 181 | Topological domain | Lumenal |
| Tgene | SPCS3 | chr7:90045268 | chr4:177243321 | ENST00000503362 | + | 0 | 5 | 12_32 | 47 | 181 | Transmembrane | Helical%3B Signal-anchor for type II membrane protein |
Top |
FusionGeneSequence for CLDN12_SPCS3 |
| For in-frame fusion transcripts, we provide the fusion transcript sequences and fusion amino acid sequences. (nt: nucleotides, aa: amino acids) |
| * Fusion amino acid sequences. |
| >In-frame_CLDN12_ENST00000287916_chr7_90045268_+_SPCS3_ENST00000503362_chr4_177243321_+_1226aa MGCRDVHAATVLSFLCGIASVAGLFAGTLLPNWRKLRLITFNRNEKNLTVYTGLWVKCARYDGSSDCLMYDTTWYSSVDQLDLRVLQFAL PLSMLIAMGALLLCLIGMCNTAFRSSVPNIKLAKCLVNSAGCHLVAGLLFFLAGTVSLSPSIWVIFYNIHLNKKFEPVFSFDYAVYVTIA SAGGLFMTSLILFIWYCTCKSLPSPFWQPLYSHPPSMHTYSQPYSARSRLSAIEIDIPVVSHTTXWGNSXLLKKTSCSLTFPLCKELFWT YIHFPLFLTNQXSQIYMSXXNEVLLVFMRSILYXMXIFXILLLILEGILAFILISNXLFKWKRPASQLRXCRATCXRMMVSRSCCIQSSX KFQCVFFFFYNTFNCKEKAVSNIRNLFQVRVIFXXXSIIXLKAVTLLSGLIVXIGVSMLKITFFCDFLLPHATVXKXNVFXRCXNKTTIL NITYLXITCNNFXHXXFHKLYYWDXNVLYDRLVFPLRQKTLFWRYLPSSSTRAHIQSLSGXEKXIKGPXWFVLFQTXFSRGQEVCSSVST LEIYSGDCLLSYGXSKVWLYHNLDSFTLDSFLAPVTDYFLEHISLPNTLVGAIEDTXKVXDLVPSSKTFXXRRSKCYLAVGEXSDFVGSW PXLLNHXSRNISTRDTTFWQTDKLYNTNNILDLEILFTSVHCILXGTCASLDFVITLIYENGQKWXGNCSLSTSESMMMYXGWRSYXKCL FXXGNNXMKPCXSXDEHLEIQGYWVFSLMNLSCLFNWCNLLHISTIFVRIFYXPLQILQTASYMVNRLLCLFAILNMILVFVXMYLVLFP LIPTLVYIYSEXIXLYKFLNAVSRKHTRLXFFXLLASDFFHFXSFSFFSDVAESXSFXDNDGXNFEINVNFPFLLISVPSHYAFVQKDQE FYHPLGLCVXTMLNKGRLSLXDIRQFFXSMGLXIXTLTFLXEYFGFVIYSLKLVFIMDSLDKQLFPYCLFSLVFLICYQXLFLKPSKENN YLQFLKSLLSPHQALIVMGGIPFCCXKPIIVKGLLWKPTWKTTLNVDVSDLVYPAMGEKTNLSLLYLYIYTTMDSIFAVNYNVKPQXKCA VLLNVYXKMYFYKKNVEDFTGPRERSDLGFITFDITADLENIFDWNVKQLFLYLSAEYSTKNNALNQVVLWDKIVLRGDNPKLLLKDMKT >In-frame_CLDN12_ENST00000535571_chr7_90045268_+_SPCS3_ENST00000503362_chr4_177243321_+_1226aa MGCRDVHAATVLSFLCGIASVAGLFAGTLLPNWRKLRLITFNRNEKNLTVYTGLWVKCARYDGSSDCLMYDTTWYSSVDQLDLRVLQFAL PLSMLIAMGALLLCLIGMCNTAFRSSVPNIKLAKCLVNSAGCHLVAGLLFFLAGTVSLSPSIWVIFYNIHLNKKFEPVFSFDYAVYVTIA SAGGLFMTSLILFIWYCTCKSLPSPFWQPLYSHPPSMHTYSQPYSARSRLSAIEIDIPVVSHTTXWGNSXLLKKTSCSLTFPLCKELFWT YIHFPLFLTNQXSQIYMSXXNEVLLVFMRSILYXMXIFXILLLILEGILAFILISNXLFKWKRPASQLRXCRATCXRMMVSRSCCIQSSX KFQCVFFFFYNTFNCKEKAVSNIRNLFQVRVIFXXXSIIXLKAVTLLSGLIVXIGVSMLKITFFCDFLLPHATVXKXNVFXRCXNKTTIL NITYLXITCNNFXHXXFHKLYYWDXNVLYDRLVFPLRQKTLFWRYLPSSSTRAHIQSLSGXEKXIKGPXWFVLFQTXFSRGQEVCSSVST LEIYSGDCLLSYGXSKVWLYHNLDSFTLDSFLAPVTDYFLEHISLPNTLVGAIEDTXKVXDLVPSSKTFXXRRSKCYLAVGEXSDFVGSW PXLLNHXSRNISTRDTTFWQTDKLYNTNNILDLEILFTSVHCILXGTCASLDFVITLIYENGQKWXGNCSLSTSESMMMYXGWRSYXKCL FXXGNNXMKPCXSXDEHLEIQGYWVFSLMNLSCLFNWCNLLHISTIFVRIFYXPLQILQTASYMVNRLLCLFAILNMILVFVXMYLVLFP LIPTLVYIYSEXIXLYKFLNAVSRKHTRLXFFXLLASDFFHFXSFSFFSDVAESXSFXDNDGXNFEINVNFPFLLISVPSHYAFVQKDQE FYHPLGLCVXTMLNKGRLSLXDIRQFFXSMGLXIXTLTFLXEYFGFVIYSLKLVFIMDSLDKQLFPYCLFSLVFLICYQXLFLKPSKENN YLQFLKSLLSPHQALIVMGGIPFCCXKPIIVKGLLWKPTWKTTLNVDVSDLVYPAMGEKTNLSLLYLYIYTTMDSIFAVNYNVKPQXKCA VLLNVYXKMYFYKKNVEDFTGPRERSDLGFITFDITADLENIFDWNVKQLFLYLSAEYSTKNNALNQVVLWDKIVLRGDNPKLLLKDMKT >In-frame_CLDN12_ENST00000394605_chr7_90045268_+_SPCS3_ENST00000503362_chr4_177243321_+_1226aa MGCRDVHAATVLSFLCGIASVAGLFAGTLLPNWRKLRLITFNRNEKNLTVYTGLWVKCARYDGSSDCLMYDTTWYSSVDQLDLRVLQFAL PLSMLIAMGALLLCLIGMCNTAFRSSVPNIKLAKCLVNSAGCHLVAGLLFFLAGTVSLSPSIWVIFYNIHLNKKFEPVFSFDYAVYVTIA SAGGLFMTSLILFIWYCTCKSLPSPFWQPLYSHPPSMHTYSQPYSARSRLSAIEIDIPVVSHTTXWGNSXLLKKTSCSLTFPLCKELFWT YIHFPLFLTNQXSQIYMSXXNEVLLVFMRSILYXMXIFXILLLILEGILAFILISNXLFKWKRPASQLRXCRATCXRMMVSRSCCIQSSX KFQCVFFFFYNTFNCKEKAVSNIRNLFQVRVIFXXXSIIXLKAVTLLSGLIVXIGVSMLKITFFCDFLLPHATVXKXNVFXRCXNKTTIL NITYLXITCNNFXHXXFHKLYYWDXNVLYDRLVFPLRQKTLFWRYLPSSSTRAHIQSLSGXEKXIKGPXWFVLFQTXFSRGQEVCSSVST LEIYSGDCLLSYGXSKVWLYHNLDSFTLDSFLAPVTDYFLEHISLPNTLVGAIEDTXKVXDLVPSSKTFXXRRSKCYLAVGEXSDFVGSW PXLLNHXSRNISTRDTTFWQTDKLYNTNNILDLEILFTSVHCILXGTCASLDFVITLIYENGQKWXGNCSLSTSESMMMYXGWRSYXKCL FXXGNNXMKPCXSXDEHLEIQGYWVFSLMNLSCLFNWCNLLHISTIFVRIFYXPLQILQTASYMVNRLLCLFAILNMILVFVXMYLVLFP LIPTLVYIYSEXIXLYKFLNAVSRKHTRLXFFXLLASDFFHFXSFSFFSDVAESXSFXDNDGXNFEINVNFPFLLISVPSHYAFVQKDQE FYHPLGLCVXTMLNKGRLSLXDIRQFFXSMGLXIXTLTFLXEYFGFVIYSLKLVFIMDSLDKQLFPYCLFSLVFLICYQXLFLKPSKENN YLQFLKSLLSPHQALIVMGGIPFCCXKPIIVKGLLWKPTWKTTLNVDVSDLVYPAMGEKTNLSLLYLYIYTTMDSIFAVNYNVKPQXKCA VLLNVYXKMYFYKKNVEDFTGPRERSDLGFITFDITADLENIFDWNVKQLFLYLSAEYSTKNNALNQVVLWDKIVLRGDNPKLLLKDMKT |
| * Fusion transcript sequences (only coding sequence (CDS) region). |
| >In-frame_CLDN12_ENST00000287916_chr7_90045268_+_SPCS3_ENST00000503362_chr4_177243321_+_3678nt ATGGGCTGTCGGGATGTCCACGCAGCCACAGTCCTTTCCTTCCTGTGTGGAATCGCCTCAGTAGCAGGCCTCTTTGCAGGGACTCTGCTT CCCAACTGGAGAAAATTACGATTGATCACATTCAACAGAAACGAGAAGAACCTGACTGTTTACACAGGCCTGTGGGTGAAATGTGCCCGG TATGACGGGAGCAGTGACTGCCTGATGTACGACACTACTTGGTACTCATCAGTTGACCAGCTGGACCTGCGTGTCCTCCAGTTTGCCCTA CCCCTCAGCATGCTGATCGCCATGGGTGCCCTGCTGCTCTGCCTGATTGGAATGTGCAACACTGCCTTCAGGTCCTCGGTGCCCAACATC AAACTGGCCAAGTGTCTGGTCAATAGTGCAGGTTGCCACCTGGTGGCTGGGCTGCTATTTTTCCTGGCAGGTACTGTGAGCCTCTCCCCA TCTATCTGGGTCATCTTTTATAACATCCATCTGAACAAGAAGTTTGAGCCAGTCTTTTCATTTGACTATGCAGTGTATGTCACTATTGCT AGTGCTGGGGGCCTGTTTATGACTTCCCTTATACTATTTATTTGGTATTGTACATGCAAATCTTTGCCTTCTCCTTTCTGGCAACCATTG TACTCCCATCCACCCAGTATGCATACTTACTCACAGCCCTATTCAGCACGCTCTCGCCTCTCTGCCATTGAAATTGACATTCCAGTAGTT TCACACACCACTTAATGGGGAAATAGTTAATTGTTAAAGAAAACTTCTTGTAGCCTCACATTCCCCTTGTGCAAAGAGCTCTTTTGGACC 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TCATTAAACTTTTCAGGGTCTTGGTTTCTTTATCTGTAAAATGACAGAGTTGGACCAGTTAACTTTAATGGCCATCCTTTTACACCACAC AAGTTGATAAAATTTATCTGTTCAGCAAAGAGATTGAACAAAAAAGCACGTTAGTAATATGAAGACAGGAAAACGAATGAAAGTCTAACA CATAACTCATATTGATTTACTTTATTTCTGTTAGATTTTACACTCTGAAAATTTCACCTCATTTAGTTTGTACAAATACTAGACATGGAA ACTTAAAATGTGCAGGTGTCAAAGCTTAAAAATCAGGTGTGTCCTCTTTAAAGGCATGTGCGATAAGCCTGCAGTCTTAACCAGACCTGG TACCAGTTTAACAGTTCATGATACTTCTGTGATGAGTGGATCTGTTAGTCTGGTAGAGATTAATGTTGAAATTTACTTGAATTACAGTTA TTTGACAAGCCCACTTTTTTTGGAGTTTGGTGAGGAAGATAAGTAAAAATGCCCAACTAGTACAATGTGGAGAAAGTTTTCTGTTTGCTT GACTAAGGGAAATTGCTCAGAAAAAGAATGCTCCAACATGGGAATAAGGACCTTCAGTCTCAGGAACTCATTTTTGGGTGCAGTTTCTAC ATTTAAAAAATTGACTTGTGTTCAGTTTGATAACCAGTTCATTTGCTTTAGTCTCAGTGTTTTAAAGAAGTCTCATAATGTTCTACAAAG ACACAAAGCTTCAGGCTTATACAAAACTGAGTATGATTAGAAATACCTGAGCCCAGAAATGATTCTGAGAAAAGAGAATAATTTGAAGAC ACTTATTTAAAAGTAATTATGGTTAGAAATGAATTAATTTAAAAATGTGTTCACATATCCCTTTCTCTAACAGTTTAACCTAGACAAACA TCTGTATCAGTATTTTTTTATTCCCCTGATTGATTACATTTGGTTTCTTTATTCTGAAAGGAAAATAACAAAAACTTCAGAAATTCCTAA 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TTTTACGTGAAGCTGCTAAACTAAAAGTAAATGGAAGAAACCAAGTCTAGTAGGTTTTTTCTTTTTTTTTGTGGGGGTGGGATGGGGGAG GTTAGTTACACTTAAAATATCTTCTCCAGAGACTGTATGCTCCTATACTAGACTGTAAGCTCTTTGAGGGCAGTCTGTCAGATTTATCTT >In-frame_CLDN12_ENST00000394605_chr7_90045268_+_SPCS3_ENST00000503362_chr4_177243321_+_7803nt GCACTTCCTGGGACGCTGAGAGGGAGACGCTCCAAGAGGCTCCTCAGTGTGGGCGAGTAAAATGCCCTGCGTGTGAGAAGCAGGCTCAGA TTATTGCTACTCTGTATTCAGATCTTCATGTGTCTCTTCTAAGCTGAATAAAGCTGTTTTGGAACTGTCAGGTACCTCAAAGCGTAATCT GACTGACAGTACTCCACAAGCTTGCCTGCCATGGGCTGTCGGGATGTCCACGCAGCCACAGTCCTTTCCTTCCTGTGTGGAATCGCCTCA GTAGCAGGCCTCTTTGCAGGGACTCTGCTTCCCAACTGGAGAAAATTACGATTGATCACATTCAACAGAAACGAGAAGAACCTGACTGTT TACACAGGCCTGTGGGTGAAATGTGCCCGGTATGACGGGAGCAGTGACTGCCTGATGTACGACACTACTTGGTACTCATCAGTTGACCAG CTGGACCTGCGTGTCCTCCAGTTTGCCCTACCCCTCAGCATGCTGATCGCCATGGGTGCCCTGCTGCTCTGCCTGATTGGAATGTGCAAC ACTGCCTTCAGGTCCTCGGTGCCCAACATCAAACTGGCCAAGTGTCTGGTCAATAGTGCAGGTTGCCACCTGGTGGCTGGGCTGCTATTT TTCCTGGCAGGTACTGTGAGCCTCTCCCCATCTATCTGGGTCATCTTTTATAACATCCATCTGAACAAGAAGTTTGAGCCAGTCTTTTCA TTTGACTATGCAGTGTATGTCACTATTGCTAGTGCTGGGGGCCTGTTTATGACTTCCCTTATACTATTTATTTGGTATTGTACATGCAAA TCTTTGCCTTCTCCTTTCTGGCAACCATTGTACTCCCATCCACCCAGTATGCATACTTACTCACAGCCCTATTCAGCACGCTCTCGCCTC TCTGCCATTGAAATTGACATTCCAGTAGTTTCACACACCACTTAATGGGGAAATAGTTAATTGTTAAAGAAAACTTCTTGTAGCCTCACA TTCCCCTTGTGCAAAGAGCTCTTTTGGACCTACATACATTTTCCTTTGTTTTTGACCAATCAATGAAGCCAAATTTATATGTCCTAGTAG AATGAAGTGCTGCTAGTTTTTATGAGAAGTATATTATATTAAATGTGAATTTTTTAAATTTTGCTTCTTATACTGGAAGGAATTTTAGCC TTCATATTGATATCTAATTAATTATTTAAGTGGAAGAGGCCTGCATCACAATTGAGGTAATGTAGAGCAACATGTTAAAGAATGATGGTT AGCAGAAGCTGTTGTATACAATCTTCATGAAAATTTCAGTGTGTATTTTTCTTTTTCTATAATACCTTTAACTGCAAAGAAAAGGCAGTT TCAAATATAAGAAATTTATTTCAGGTAAGGGTAATATTTTAATAGTAGTCAATAATCTAGCTTAAGGCTGTAACTCTTCTATCGGGGCTA ATTGTATGAATAGGTGTCAGTATGTTGAAGATTACTTTCTTTTGTGACTTTCTTCTACCTCATGCCACTGTTTAAAAGTAAAACGTATTT TAACGATGTTAGAATAAGACTACCATTCTAAATATCACCTACTTATGAATAACATGTAATAATTTTTAACATTAATGATTCCATAAATTG TATTATTGGGATTAGAATGTGCTTTATGACAGGTTAGTGTTTCCTCTGAGGCAGAAAACTCTTTTTTGGAGATATCTTCCATCAAGCAGT ACTCGTGCCCATATACAATCTCTTAGTGGCTAGGAGAAATAAATAAAAGGGCCATAATGGTTTGTTCTCTTTCAGACATAATTTAGTAGG GGACAAGAAGTCTGTTCTTCAGTGAGTACACTAGAGATTTACTCTGGTGACTGCCTTTTGAGTTATGGGTGAAGTAAGGTATGGCTTTAC CATAACCTTGATTCATTCACCCTTGATTCATTTCTCGCCCCCGTCACTGATTATTTCCTTGAGCATATATCTCTGCCTAACACTTTAGTA GGTGCTATAGAGGATACATGAAAAGTATGAGATCTGGTTCCATCCAGTAAGACATTTTAATAGAGAAGATCAAAATGTTACCTGGCAGTT GGGGAATAATCTGACTTCGTTGGCAGTTGGCCTTAACTTCTTAATCATTGATCCAGGAATATTTCAACCAGAGACACAACTTTCTGGCAG ACAGACAAATTGTACAACACCAACAATATCCTGGACCTTGAAATTCTGTTTACTTCAGTCCATTGTATCCTTTAAGGCACCTGTGCTAGC CTAGATTTTGTAATAACACTGATTTATGAGAATGGACAAAAGTGGTAGGGAAATTGTTCCCTCTCCACTTCTGAAAGTATGATGATGTAT TAAGGATGGAGGAGTTATTAAAAATGTCTCTTCTGATGAGGTAACAATTAGATGAAACCATGTTAAAGCTGAGATGAACACTTAGAAATT CAGGGATATTGGGTCTTTAGCCTTATGAATTTGAGCTGCTTATTTAATTGGTGTAATTTACTACATATTAGTACTATATTCGTAAGGATT TTTTATTAACCATTACAGATTTTACAAACAGCTAGTTATATGGTAAACAGATTATTATGCCTTTTTGCAATTCTGAATATGATTCTAGTA 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TCCTTTATAGCTTTGTACTTTTTTTTTTAGCGTTGCCATTGAAAGTTAAAATGTTTGCATGGTTTACCCTCTGAGTTATGTTTCTTCTAG TGAGCATGCCTGCTGTCACTAAGTGAATTATTTACTACTTTTTGTAGGTCTATATTTTAATAATTATTGGGATAATAATAATTGTGGTAT GCTTTCCATTTACAAACCACTCATATACTTTAGTGTATGTCATCCTCAATAATCTAATGAGGTAAGTAGTATAAGTGTTAGCTCTTTGCA GATAAGAAACTGAAACCCAGAAGTTTATTGAATTGCTTCATTGTTACCTAGCCAGCAAGGAGTGGAATTAAAACTTGAACTCAGATCTTC TAATTTTCTGAGCTCATCCTTTCTCTTATACCTCAGATTGCAGACTAATCAAATTTTACTTAAAACCTTCCTGATATTTTTGTTACCCTG GACACCCTTTCTATTCTAGAAAAGGTTTCCCATTTTATATGGAAGTGACTAATTTTCAAGCTGCCAACAACTTATATCGAGGTAATATTT TATTCTCTGAATAAATTCATTTCACTTATATTAAAAGCATAAGGAAATCTACATGTATGTAAAAATAACTTAGAAATTCAGTACATAATA CATGATTGAATACATGATCGTATTTAACATGTTTTTTTTTTCTGCAGTGGACAAATAAACATCCTCAAAGTAGCAACTGCAAATCAGTTA CCCTTAGAAAAGCAAGACCAAACACTGTAGTTACACTATTAGCAGTGACCAAAAAGGGCTAATATTTTCTAAGAATAGTTTAAATTACAG ACATTTGTTATATTTACCTTATGTGAAATACATCACTATTTAATTACATTAATTTTAACATCTGTTGTGTGGAGTTGTATAGTTCATGCA AAAGCCTGTGGGTATGGGTTTTTCAAACCAGCAGAAAGGTCAAAGGTACCTGAATGCTAAACTGCCTGGCTCCCAGCTTTTTCATTAAAC TTTTCAGGGTCTTGGTTTCTTTATCTGTAAAATGACAGAGTTGGACCAGTTAACTTTAATGGCCATCCTTTTACACCACACAAGTTGATA AAATTTATCTGTTCAGCAAAGAGATTGAACAAAAAAGCACGTTAGTAATATGAAGACAGGAAAACGAATGAAAGTCTAACACATAACTCA TATTGATTTACTTTATTTCTGTTAGATTTTACACTCTGAAAATTTCACCTCATTTAGTTTGTACAAATACTAGACATGGAAACTTAAAAT GTGCAGGTGTCAAAGCTTAAAAATCAGGTGTGTCCTCTTTAAAGGCATGTGCGATAAGCCTGCAGTCTTAACCAGACCTGGTACCAGTTT AACAGTTCATGATACTTCTGTGATGAGTGGATCTGTTAGTCTGGTAGAGATTAATGTTGAAATTTACTTGAATTACAGTTATTTGACAAG CCCACTTTTTTTGGAGTTTGGTGAGGAAGATAAGTAAAAATGCCCAACTAGTACAATGTGGAGAAAGTTTTCTGTTTGCTTGACTAAGGG AAATTGCTCAGAAAAAGAATGCTCCAACATGGGAATAAGGACCTTCAGTCTCAGGAACTCATTTTTGGGTGCAGTTTCTACATTTAAAAA ATTGACTTGTGTTCAGTTTGATAACCAGTTCATTTGCTTTAGTCTCAGTGTTTTAAAGAAGTCTCATAATGTTCTACAAAGACACAAAGC TTCAGGCTTATACAAAACTGAGTATGATTAGAAATACCTGAGCCCAGAAATGATTCTGAGAAAAGAGAATAATTTGAAGACACTTATTTA AAAGTAATTATGGTTAGAAATGAATTAATTTAAAAATGTGTTCACATATCCCTTTCTCTAACAGTTTAACCTAGACAAACATCTGTATCA GTATTTTTTTATTCCCCTGATTGATTACATTTGGTTTCTTTATTCTGAAAGGAAAATAACAAAAACTTCAGAAATTCCTAAGGGTGTAAT AAGAAAGTGGGTTTTGAGTTTCCTTTCCTGGAATTATTTTACAGTTCTTTGGTGGGTCTCGTCAGCCAATTCATAGCTGGGCTTTAAGAT TATCATCTTAGAGATGATAGATGGGCTTTTTAAAGATTTCATCTTAGAGATGAAAAGCTGGGCTTTTTCTCTAAGATGATAATCTTAAAG CCCAGCTATTAATTGATAATGAACATTTTTCACTATTTTTTTTTCTATCTGAAGCTTAGAGATCTAGAGCTTTGGATCTTTCGGGTATAT GTCAATGGAGGTATTATTTTATAATACTTTGCATTGACATGAAGTGGGTTCATGGGGGAAAACCATGAGCTGTGAACATTGGTAGCAAAC AAGCATATATTCATTTCAAAACTTTCCTTGCTTTTAGCAGAGAGAAGCCTGTATATGTTACATGTGTGACTTTCAGTAGTTTAAAGAGAT GTTTCAAAAAATTGTTGCATGTTTTTGATGCAATTTGGGAAATTGTTTACTTCACAATGTAGTCATTCATAAAAAAATTCATGAAAATAC TGAACATATGTTTGAGGATTTTTCTTTTCCTTTTTAAATTTTTTTATTTTTTCTGAGACGGAGATCTGCTCTTACGCCCAGGCTAGAGTG AAGTGGCGCGATCTTGGCTTACTGCAACCTCCACCCCCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCGGAGTAGCTGGGATTACAGG CGCCCGCCACCACGTCCGGCTAATTTTTGTATTTTCAGTAGAGACGGGGTTTTGCTATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTC AAGTGATCCACCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGTTAGGATAACAGGTGTGAGCCACCGTGCCCGGCTGAAGATTTTTCTTAATTGCAATAA ATATTCAGCATTTTTTCTAATGAAAATGAATTTTGTTTACCAGTAAAAGTATGCATTTTAAAAGACTTTCAGATTTATGCTTTTTACGTG AAGCTGCTAAACTAAAAGTAAATGGAAGAAACCAAGTCTAGTAGGTTTTTTCTTTTTTTTTGTGGGGGTGGGATGGGGGAGGTTAGTTAC ACTTAAAATATCTTCTCCAGAGACTGTATGCTCCTATACTAGACTGTAAGCTCTTTGAGGGCAGTCTGTCAGATTTATCTTTGTATCTTC |
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FusionGenePPI for CLDN12_SPCS3 |
| Go to ChiPPI (Chimeric Protein-Protein interactions) to see the chimeric PPI interaction in . |
| Protein-protein interactors with each fusion partner protein in wild-type (BIOGRID-3.4.160) |
| Hgene | Hgene's interactors | Tgene | Tgene's interactors |
| CLDN12 | STRN4, ELAVL1, ECHS1, SEC13, FUCA2, TRIM25 | SPCS3 | FBXO6, TCTN2, TCTN3, EVC2, TCTN1, TMEM17, TMEM216, TMEM67, MCM2, SEC11C, PTPRO, TRIM25 |
| - Retained PPIs in in-frame fusion. |
| Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Still interaction with |
| - Lost PPIs in in-frame fusion. |
| Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Interaction lost with |
| - Retained PPIs, but lost function due to frame-shift fusion. |
| Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Interaction lost with |
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RelatedDrugs for CLDN12_SPCS3 |
| Drugs targeting genes involved in this fusion gene. (DrugBank Version 5.1.0 2018-04-02) |
| Partner | Gene | UniProtAcc | DrugBank ID | Drug name | Drug activity | Drug type | Drug status |
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RelatedDiseases for CLDN12_SPCS3 |
| Diseases associated with fusion partners. (DisGeNet 4.0) |
| Partner | Gene | Disease ID | Disease name | # pubmeds | Source |
Copyright 2018-Present -The University of Texas Health Science Center at Houston (UTHealth)
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