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RelatedDiseases

Fusion gene ID: 41837

FusionGeneSummary for WDR35_PUM2

check button Fusion gene summary
Fusion gene informationFusion gene name: WDR35_PUM2
Fusion gene ID: 41837
HgeneTgene
Gene symbol

WDR35

PUM2

Gene ID

57539

23369

Gene nameWD repeat domain 35pumilio RNA binding family member 2
SynonymsCED2|IFT121|IFTA1|SRTD7PUMH2|PUML2
Cytomap

2p24.1

2p24.1

Type of geneprotein-codingprotein-coding
DescriptionWD repeat-containing protein 35intraflagellar transport protein 121 homolognaofenpumilio homolog 2pumilio-2
Modification date2018052320180522
UniProtAcc

Q9P2L0

Q8TB72

Ensembl transtripts involved in fusion geneENST00000281405, ENST00000345530, 
ENST00000416055, 
ENST00000338086, 
ENST00000319801, ENST00000361078, 
ENST00000536417, ENST00000403432, 
ENST00000420234, 
Fusion gene scores* DoF score2 X 3 X 3=188 X 7 X 5=280
# samples 310
** MAII scorelog2(3/18*10)=0.736965594166206
effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (eGinPCFGs).
DoF>8 and MAII>0
log2(10/280*10)=-1.48542682717024
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0
Context

PubMed: WDR35 [Title/Abstract] AND PUM2 [Title/Abstract] AND fusion [Title/Abstract]

Functional or gene categories assigned by FusionGDB annotation
* DoF score (Degree of Frequency) = # partners X # break points X # cancer types
** MAII score (Major Active Isofusion Index) = log2(# samples/DoF score*10)

check button Gene ontology of each fusion partner gene with evidence of Inferred from Direct Assay (IDA) from Entrez
PartnerGeneGO IDGO termPubMed ID
TgenePUM2

GO:0010608

posttranscriptional regulation of gene expression

25100735

TgenePUM2

GO:0043488

regulation of mRNA stability

26724866

TgenePUM2

GO:0051983

regulation of chromosome segregation

26724866

TgenePUM2

GO:1900246

positive regulation of RIG-I signaling pathway

25340845


check button Fusion gene information from three resources
(ChiTars (NAR, 2018), tumorfusions (NAR, 2018), Gao et al. (Cell, 2018))
* All genome coordinats were lifted-over on hg19.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
Data typeSourceCancer typeSampleHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
TCGARVBRCATCGA-A7-A13D-01AWDR35chr2

20130157

-PUM2chr2

20483247

-
TCGARVLUSCTCGA-39-5035-01AWDR35chr2

20151176

-PUM2chr2

20463221

-
* LD: Li Ding group's fusion gene list
  RV: Roel Verhaak group's fusion gene list
  ChiTaRs fusion database

check button Open reading frame (ORF) analsis of fusion genes based on Ensembl gene isoform structure.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
ORFHenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
In-frameENST00000281405ENST00000338086WDR35chr2

20130157

-PUM2chr2

20483247

-
In-frameENST00000281405ENST00000319801WDR35chr2

20130157

-PUM2chr2

20483247

-
In-frameENST00000281405ENST00000361078WDR35chr2

20130157

-PUM2chr2

20483247

-
In-frameENST00000281405ENST00000536417WDR35chr2

20130157

-PUM2chr2

20483247

-
In-frameENST00000281405ENST00000403432WDR35chr2

20130157

-PUM2chr2

20483247

-
5CDS-intronENST00000281405ENST00000420234WDR35chr2

20130157

-PUM2chr2

20483247

-
In-frameENST00000345530ENST00000338086WDR35chr2

20130157

-PUM2chr2

20483247

-
In-frameENST00000345530ENST00000319801WDR35chr2

20130157

-PUM2chr2

20483247

-
In-frameENST00000345530ENST00000361078WDR35chr2

20130157

-PUM2chr2

20483247

-
In-frameENST00000345530ENST00000536417WDR35chr2

20130157

-PUM2chr2

20483247

-
In-frameENST00000345530ENST00000403432WDR35chr2

20130157

-PUM2chr2

20483247

-
5CDS-intronENST00000345530ENST00000420234WDR35chr2

20130157

-PUM2chr2

20483247

-
Frame-shiftENST00000416055ENST00000338086WDR35chr2

20130157

-PUM2chr2

20483247

-
Frame-shiftENST00000416055ENST00000319801WDR35chr2

20130157

-PUM2chr2

20483247

-
Frame-shiftENST00000416055ENST00000361078WDR35chr2

20130157

-PUM2chr2

20483247

-
Frame-shiftENST00000416055ENST00000536417WDR35chr2

20130157

-PUM2chr2

20483247

-
Frame-shiftENST00000416055ENST00000403432WDR35chr2

20130157

-PUM2chr2

20483247

-
5CDS-intronENST00000416055ENST00000420234WDR35chr2

20130157

-PUM2chr2

20483247

-
Frame-shiftENST00000281405ENST00000338086WDR35chr2

20151176

-PUM2chr2

20463221

-
Frame-shiftENST00000281405ENST00000319801WDR35chr2

20151176

-PUM2chr2

20463221

-
Frame-shiftENST00000281405ENST00000361078WDR35chr2

20151176

-PUM2chr2

20463221

-
Frame-shiftENST00000281405ENST00000536417WDR35chr2

20151176

-PUM2chr2

20463221

-
Frame-shiftENST00000281405ENST00000403432WDR35chr2

20151176

-PUM2chr2

20463221

-
5CDS-intronENST00000281405ENST00000420234WDR35chr2

20151176

-PUM2chr2

20463221

-
Frame-shiftENST00000345530ENST00000338086WDR35chr2

20151176

-PUM2chr2

20463221

-
Frame-shiftENST00000345530ENST00000319801WDR35chr2

20151176

-PUM2chr2

20463221

-
Frame-shiftENST00000345530ENST00000361078WDR35chr2

20151176

-PUM2chr2

20463221

-
Frame-shiftENST00000345530ENST00000536417WDR35chr2

20151176

-PUM2chr2

20463221

-
Frame-shiftENST00000345530ENST00000403432WDR35chr2

20151176

-PUM2chr2

20463221

-
5CDS-intronENST00000345530ENST00000420234WDR35chr2

20151176

-PUM2chr2

20463221

-
In-frameENST00000416055ENST00000338086WDR35chr2

20151176

-PUM2chr2

20463221

-
In-frameENST00000416055ENST00000319801WDR35chr2

20151176

-PUM2chr2

20463221

-
In-frameENST00000416055ENST00000361078WDR35chr2

20151176

-PUM2chr2

20463221

-
In-frameENST00000416055ENST00000536417WDR35chr2

20151176

-PUM2chr2

20463221

-
In-frameENST00000416055ENST00000403432WDR35chr2

20151176

-PUM2chr2

20463221

-
5CDS-intronENST00000416055ENST00000420234WDR35chr2

20151176

-PUM2chr2

20463221

-

Top

FusionProtFeatures for WDR35_PUM2


check buttonMain function of each fusion partner protein. (from UniProt)
HgeneTgene
WDR35

Q9P2L0

PUM2

Q8TB72

Component of the IFT complex A (IFT-A), a complexrequired for retrograde ciliary transport. Required forciliogenesis. May promote CASP3 activation and TNF-stimulatedapoptosis. {ECO:0000269|PubMed:20193664,ECO:0000269|PubMed:21473986}. Sequence-specific RNA-binding protein that acts as apost-transcriptional repressor by binding the 3'-UTR of mRNAtargets. Binds to an RNA consensus sequence, the Pumilio ResponseElement (PRE), 5'-UGUANAUA-3', that is related to the NanosResponse Element (NRE) (, PubMed:21397187). Mediates post-transcriptional repression of transcripts via differentmechanisms: acts via direct recruitment of the CCR4-POP2-NOTdeadenylase leading to translational inhibition and mRNAdegradation (PubMed:22955276). Also mediates deadenylation-independent repression by promoting accessibility of miRNAs(PubMed:18776931, PubMed:22345517). Acts as a post-transcriptionalrepressor of E2F3 mRNAs by binding to its 3'-UTR and facilitatingmiRNA regulation (PubMed:22345517). Plays a role in cytoplasmicsensing of viral infection (PubMed:25340845). Represses a programof genes necessary to maintain genomic stability such as keymitotic, DNA repair and DNA replication factors. Its ability torepress those target mRNAs is regulated by the lncRNA NORAD (non-coding RNA activated by DNA damage) which, due to its highabundance and multitude of PUMILIO binding sites, is able tosequester a significant fraction of PUM1 and PUM2 in the cytoplasm(PubMed:26724866). May regulate DCUN1D3 mRNA levels(PubMed:25349211). May support proliferation and self-renewal ofstem cells. Binds specifically to miRNA MIR199A precursor, withPUM1, regulates miRNA MIR199A expression at a postranscriptionallevel (PubMed:28431233). {ECO:0000269|PubMed:18776931,ECO:0000269|PubMed:21397187, ECO:0000269|PubMed:22345517,ECO:0000269|PubMed:22955276, ECO:0000269|PubMed:25340845,ECO:0000269|PubMed:25349211, ECO:0000269|PubMed:26724866,ECO:0000269|PubMed:28431233}.

check buttonRetention analysis result of each fusion partner protein across 39 protein features of UniProt such as six molecule processing features, 13 region features, four site features, six amino acid modification features, two natural variation features, five experimental info features, and 3 secondary structure features. Here, because of limited space for viewing, we only show the protein feature retention information belong to the 13 regional features. All retention annotation result can be downloaded at

download page

.

* Minus value of BPloci means that the break pointn is located before the CDS.
- In-frame and retained protein feature among the 13 regional features.
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note
HgeneWDR35chr2:20130157chr2:20483247ENST00000281405-2527105_14310401171RepeatNote=WD 3
HgeneWDR35chr2:20130157chr2:20483247ENST00000281405-2527147_18510401171RepeatNote=WD 4
HgeneWDR35chr2:20130157chr2:20483247ENST00000281405-2527193_24110401171RepeatNote=WD 5
HgeneWDR35chr2:20130157chr2:20483247ENST00000281405-2527246_28810401171RepeatNote=WD 6
HgeneWDR35chr2:20130157chr2:20483247ENST00000281405-25274_4310401171RepeatNote=WD 1
HgeneWDR35chr2:20130157chr2:20483247ENST00000281405-252761_10010401171RepeatNote=WD 2
HgeneWDR35chr2:20130157chr2:20483247ENST00000345530-2628105_14310511182RepeatNote=WD 3
HgeneWDR35chr2:20130157chr2:20483247ENST00000345530-2628147_18510511182RepeatNote=WD 4
HgeneWDR35chr2:20130157chr2:20483247ENST00000345530-2628193_24110511182RepeatNote=WD 5
HgeneWDR35chr2:20130157chr2:20483247ENST00000345530-2628246_28810511182RepeatNote=WD 6
HgeneWDR35chr2:20130157chr2:20483247ENST00000345530-26284_4310511182RepeatNote=WD 1
HgeneWDR35chr2:20130157chr2:20483247ENST00000345530-262861_10010511182RepeatNote=WD 2
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000319801-819520_687430988Compositional biasNote=Ser-rich
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000338086-820520_6874301065Compositional biasNote=Ser-rich
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000361078-820520_6874301067Compositional biasNote=Ser-rich
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000403432-921520_6874301065Compositional biasNote=Ser-rich
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000319801-819706_1048430988DomainPUM-HD
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000338086-820706_10484301065DomainPUM-HD
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000361078-820706_10484301067DomainPUM-HD
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000403432-921706_10484301065DomainPUM-HD
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000319801-8191002_1006430988RegionUracil-nucleotide binding in RNA target
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000319801-819741_745430988RegionAdenine-nucleotide binding in RNA target
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000319801-819777_781430988RegionUracil-nucleotide binding in RNA target
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000319801-819813_817430988RegionAdenine-nucleotide binding in RNA target
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000319801-819851_855430988RegionNon-specific-nucleotide binding in RNA target
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000319801-819887_891430988RegionAdenine-nucleotide binding in RNA target
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000319801-819923_927430988RegionUracil-nucleotide binding in RNA target
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000319801-819959_963430988RegionGuanine-nucleotide binding in RNA target
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000338086-8201002_10064301065RegionUracil-nucleotide binding in RNA target
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000338086-820741_7454301065RegionAdenine-nucleotide binding in RNA target
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000338086-820777_7814301065RegionUracil-nucleotide binding in RNA target
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000338086-820813_8174301065RegionAdenine-nucleotide binding in RNA target
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000338086-820851_8554301065RegionNon-specific-nucleotide binding in RNA target
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000338086-820887_8914301065RegionAdenine-nucleotide binding in RNA target
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000338086-820923_9274301065RegionUracil-nucleotide binding in RNA target
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000338086-820959_9634301065RegionGuanine-nucleotide binding in RNA target
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000361078-8201002_10064301067RegionUracil-nucleotide binding in RNA target
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000361078-820741_7454301067RegionAdenine-nucleotide binding in RNA target
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000361078-820777_7814301067RegionUracil-nucleotide binding in RNA target
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000361078-820813_8174301067RegionAdenine-nucleotide binding in RNA target
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000361078-820851_8554301067RegionNon-specific-nucleotide binding in RNA target
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000361078-820887_8914301067RegionAdenine-nucleotide binding in RNA target
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000361078-820923_9274301067RegionUracil-nucleotide binding in RNA target
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000361078-820959_9634301067RegionGuanine-nucleotide binding in RNA target
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000403432-9211002_10064301065RegionUracil-nucleotide binding in RNA target
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000403432-921741_7454301065RegionAdenine-nucleotide binding in RNA target
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000403432-921777_7814301065RegionUracil-nucleotide binding in RNA target
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000403432-921813_8174301065RegionAdenine-nucleotide binding in RNA target
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000403432-921851_8554301065RegionNon-specific-nucleotide binding in RNA target
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000403432-921887_8914301065RegionAdenine-nucleotide binding in RNA target
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000403432-921923_9274301065RegionUracil-nucleotide binding in RNA target
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000403432-921959_9634301065RegionGuanine-nucleotide binding in RNA target
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- In-frame and not-retained protein feature among the 13 regional features.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note
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TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000403432-921278_4884301065Compositional biasNote=Ala-rich
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Top

FusionGeneSequence for WDR35_PUM2


check button For in-frame fusion transcripts, we provide the fusion transcript sequences and fusion amino acid sequences.
(nt: nucleotides, aa: amino acids)

* Fusion amino acid sequences.
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* Fusion transcript sequences (only coding sequence (CDS) region).
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CTTTCTATGAATCAGACTCTTGAAGGTCATAGTGGTTCTGTTCAAGTTGTAACATGGAATGAGCAGTATCAGAAGTTGACTACCAGTGAT
GAAAACGGGCTTATCATTGTGTGGATGTTATATAAAGGCTCTTGGATTGAGGAGATGATCAACAATCGAAATAAATCAGTTGTTCGCAGT
ATGAGCTGGAATGCTGACGGACAGAAGATCTGCATTGTATATGAAGATGGGGCTGTGATAGTTGGTTCAGTGGATGGCAATCGTATTTGG
GGAAAAGACCTGAAGGGTATACAGCTATCCCATGTAACATGGTCTGCGGACAGTAAAGTCTTACTTTTTGGAATGGCAAATGGGGAAATA
CACATTTACGATAATCAAGGAAATTTTATGATAAAAATGAAACTGAGTTGTTTGGTGAATGTCACTGGAGCTATCAGCATTGCTGGAATT
CATTGGTACCATGGCACAGAAGGCTACGTGGAGCCTGATTGCCCTTGCCTTGCTGTTTGCTTTGATAATGGAAGATGCCAAATAATGAGA
CATGAGAATGACCAAAATCCCGTTTTGATTGACACTGGCATGTACGTAGTAGGCATCCAGTGGAACCACATGGGCAGCGTGTTAGCTGTG
GCAGGCTTCCAGAAGGCAGCCATGCAGGACAAAGATGTGAACATTGTGCAGTTTTACACTCCGTTTGGTGAGCATCTGGGTACTTTGAAA
GTTCCTGGAAAGGAAATATCTGCACTATCTTGGGAAGGAGGTGGACTGAAAATTGCACTAGCTGTTGATTCCTTTATATATTTTGCAAAC
ATTCGACCTAATTATAAGTGGGGTTATTGCTCAAACACTGTAGTTTATGCATATACCAGACCTGATCGTCCAGAATATTGTGTTGTCTTC
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AAAGCTGATGAAAATCATCCTCAGTTTGTACTAGTTCTTTGTAATTCTATTGGTACACCCTTGGATCCCAAATACATTGATATTGTACCA
TTGTTTGTTGCAATGACCAAAACCCATGTGATAGCAGCCTCGAAAGAAGCATTTTATACCTGGCAATATCGTGTGGCAAAGAAGCTCACA
GCATTGGAAATTAATCAGATCACACGGTCTCGAAAAGAAGGGAGAGAAAGAATTTATCATGTTGATGATACCCCTTCTGGATCAATGGAT
GGTGTGCTTGATTATAGTAAAACCATTCAAGGCACAAGGGATCCAATTTGTGCCATAACTGCATCAGATAAGATATTGATTGTGGGTCGT
GAATCTGGCACCATTCAGAGATACAGTCTACCTAATGTTGGTTTGATTCAAAAATATTCCCTTAATTGTCGAGCCTACCAGTTATCCTTG
AATTGCAACTCTAGCCGTCTTGCTATCATAGACATCTCAGGAGTTCTGACTTTCTTTGACTTGGATGCTCGAGTAACGGACAGTACGGGA
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ATGGAGAAGACAAGAATGTATGTTTTCAGAAACTTGGATCCTGAGGAACCCATTCAGACCTCTGGATATATTTGTAATTTTGAGGATTTA
GAAATTAAATCTGTTCTTTTGGATGAGATATTAAAGGATCCAGAACATCCAAACAAGGATTACCTAATTAACTTTGAGATTCGGTCTCTG
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CTGGCTGAAGCAGCTCTTCAGAAACTGGATCTATACACTGCAGAGCAAGCATTTGTGCGCTGCAAAGATTACCAAGGCATTAAGTTTGTG
AAGCGCTTGGGCAAACTACTGAGTGAGTCAATGAAACAGGCTGAAGTTGTTGGCTACTTCGGCAGGTTTGAAGAGGCTGAAAGAACGTAT
CTCGAGATGGACAGAAGGGATCTTGCTATTGGCCTCCGGCTGAAATTGGGGGATTGGTTTAGAGTACTCCAGCTCCTGAAAACTGGATCT
GGTGATGCAGATGACAGTCTCCTGGAACAAGCCAACAATGCCATTGGAGACTACTTTGCTGATCGACAAAAGTGGTTGAATGCTGTACAA
TATTATGTACAAGGACGGAACCAGGAACGCTTAGCTGAATGTTACTATATGTTAGAGGATTATGAAGGGTTAGAGAACCTTGCCATTTCA
CTTCCAGAAAACCACAAGTTACTTCCAGAAATAGCACAAATGTTTGTCAGAGTTGGAATGTGTGAACAAGCAGTGACTGCATTTTTGAAA
TGTAGTCAACCAAAGGCAGCAGTAGATACCTGCGTACATCTCAACCAATGGAACAAAGCTGTTGAATTGGCTAAAAATCATAGTATGAAA
GAAATTGGATCTCTGTTAGCTAGGTATGCATCTCATTTACTGGAAAAGAATAAAACTCTTGATGCCATAGAACTCTATCGGAAAGCCAAT
TACTTTTTTGATGCAGCTAAACTGATGTTTAAGATTGCAGATGAAGAGGCAAAGAAAGGAAGTAAACCTTTACGTGTCAAGAAGCTCTAT
GTACTGTCAGCCTTACTTATAGAGCAATACCATGAACAGATGAAGAATGCCCAGCGAGGAAAAGTTAAAGGAAAAAGTTCAGAGGCCACT
TCTGCCTTGGCTGGTTTGCTGGAAGAAGAAGTTCTGTCTACAACAGATCGTTTCACAGATAATGCATGGAGAGGGGCAGAGGCTTACCAC
TTCTTTATACTTGCACAGAGGCAGCTCTATGAGGGATGTGTGGACACTGCACTGAAGACAGGCTATCAAGTACTAGCTCCAACTGCCTAT
TATGATCAGACTGGTGCCTTAGTGGTTGGCCCTGGAGCAAGGACTGGCCTTGGAGCTCCAGTTCGGTTAATGGCTCCAACACCTGTTTTA
ATTAGTTCAGCAGCAGCACAAGCTGCAGCAGCAGCAGCAGCTGGAGGAACTGCAAGTAGCCTTACAGGCAGCACAAATGGTCTGTTTCGG
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AATAGCTCCCAGAGTAGTTCTTTATTTTCTCATGGACCTGGTCAACCTGGAAGTACATCTCTTGGCTTTGGAAGTGGTAACTCTTTGGGT
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AGCTCTGACTTGTACAAAAGATCTAGTAGCAGCCTAGCACCCATAGGGCAACCATTTTACAATAGTCTGGGATTTTCCTCCTCTCCAAGT
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CATTTAGGAGGACTGACAAATGGTAGTGGTCGATATATCTCTGCAGCACCTGGAGCAGAAGCAAAATATCGAAGTGCTTCAAGCACTTCC
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GGTCATGTTCTACCCTTAGCCTTGCAGATGTATGGCTGCCGCGTTATTCAGAAAGCATTAGAATCTATTTCTTCTGACCAGCAGAGTGAA
ATGGTAAAGGAGCTGGATGGTCATGTGCTCAAATGTGTGAAAGATCAGAATGGAAACCATGTTGTACAAAAATGTATCGAATGTGTTCAG
CCACAGTCACTACAGTTCATCATTGATGCTTTCAAGGGACAAGTATTTGTGCTTTCAACTCATCCTTATGGCTGCAGAGTAATTCAGCGC
ATCCTAGAGCATTGCACTGCAGAACAGACCTTACCTATCTTAGAAGAACTCCACCAACATACAGAGCAGTTGGTACAGGATCAGTATGGC
AATTATGTTATTCAGCATGTACTGGAACACGGTCGACCTGAAGACAAGAGCAAAATTGTTTCCGAAATCAGGGGAAAGGTTTTAGCCCTG
AGTCAACACAAATTTGCCAGCAATGTAGTAGAAAAGTGTGTTACTCATGCCTCCCGTGCTGAGAGAGCTTTACTGATTGACGAGGTTTGC
TGCCAGAATGATGGTCCTCACAGTGCCTTATACACCATGATGAAGGACCAGTATGCCAATTACGTGGTTCAAAAGATGATTGATATGGCT
GAACCTGCTCAGAGAAAGATAATCATGCACAAGATTCGACCTCACATTACTACTTTGCGCAAATACACATACGGGAAGCATATACTGGCC

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GAAAACGGGCTTATCATTGTGTGGATGTTATATAAAGGCTCTTGGATTGAGGAGATGATCAACAATCGAAATAAATCAGTTGTTCGCAGT
ATGAGCTGGAATGCTGACGGACAGAAGATCTGCATTGTATATGAAGATGGGGCTGTGATAGTTGGTTCAGTGGATGGCAATCGTATTTGG
GGAAAAGACCTGAAGGGTATACAGCTATCCCATGTAACATGGTCTGCGGACAGTAAAGTCTTACTTTTTGGAATGGCAAATGGGGAAATA
CACATTTACGATAATCAAGGAAATTTTATGATAAAAATGAAACTGAGTTGTTTGGTGAATGTCACTGGAGCTATCAGCATTGCTGGAATT
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ATGAGCTGGAATGCTGACGGACAGAAGATCTGCATTGTATATGAAGATGGGGCTGTGATAGTTGGTTCAGTGGATGGCAATCGTATTTGG
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GTTCCTGGAAAGGAAATATCTGCACTATCTTGGGAAGGAGGTGGACTGAAAATTGCACTAGCTGTTGATTCCTTTATATATTTTGCAAAC
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ACCTGGCAATATCGTGTGGCAAAGAAGCTCACAGCATTGGAAATTAATCAGATCACACGGTCTCGAAAAGAAGGGAGAGAAAGAATTTAT
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TCCCTTAATTGTCGAGCCTACCAGTTATCCTTGAATTGCAACTCTAGCCGTCTTGCTATCATAGACATCTCAGGAGTTCTGACTTTCTTT
GACTTGGATGCTCGAGTAACGGACAGTACGGGACAGCAAGTAGTTGGAGAGTTGTTAAAATTGGAACGAAGAGATGTCTGGGATATGAAG
TGGGCCAAAGATAATCCTGATTTGTTTGCAATGATGGAGAAGACAAGAATGTATGTTTTCAGAAACTTGGATCCTGAGGAACCCATTCAG
ACCTCTGGATATATTTGTAATTTTGAGGATTTAGAAATTAAATCTGTTCTTTTGGATGAGATATTAAAGGATCCAGAACATCCAAACAAG
GATTACCTAATTAACTTTGAGATTCGGTCTCTGCGAGATAGCCGAGCACTGATTGAGAAGGTTGGAATTAAAGATGCATCTCAGTTCATA
GAGGACAATCCACACCCCCGACTTTGGCGCCTACTGGCTGAAGCAGCTCTTCAGAAACTGGATCTATACACTGCAGAGCAAGCATTTGTG
CGCTGCAAAGATTACCAAGGCATTAAGTTTGTGAAGCGCTTGGGCAAACTACTGAGTGAGTCAATGAAACAGGCTGAAGTTGTTGGCTAC
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TTTAGAGTACTCCAGCTCCTGAAAACTGGATCTGGTGATGCAGATGACAGTCTCCTGGAACAAGCCAACAATGCCATTGGAGACTACTTT
GCTGATCGACAAAAGTGGTTGAATGCTGTACAATATTATGTACAAGGACGGAACCAGGAACGCTTAGCTGAATGTTACTATATGTTAGAG
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CCAGTTCGGTTAATGGCTCCAACACCTGTTTTAATTAGTTCAGCAGCAGCACAAGCTGCAGCAGCAGCAGCAGCTGGAGGAACTGCAAGT
AGCCTTACAGGCAGCACAAATGGTCTGTTTCGGCCAATTGGCACTCAGCCACCACAGCAGCAGCAACAGCAGCCAAGCACTAATCTGCAA
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TCTCTTGGCTTTGGAAGTGGTAACTCTTTGGGTGCTGCTATAGGCTCAGCCCTCAGTGGATTTGGTTCATCAGTTGGCAGTTCTGCAAGT
AGTAGTGCCACAAGGAGAGAGTCTCTATCTACTAGCTCTGACTTGTACAAAAGATCTAGTAGCAGCCTAGCACCCATAGGGCAACCATTT
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TTAGAATCTATTTCTTCTGACCAGCAGAGTGAAATGGTAAAGGAGCTGGATGGTCATGTGCTCAAATGTGTGAAAGATCAGAATGGAAAC
CATGTTGTACAAAAATGTATCGAATGTGTTCAGCCACAGTCACTACAGTTCATCATTGATGCTTTCAAGGGACAAGTATTTGTGCTTTCA
ACTCATCCTTATGGCTGCAGAGTAATTCAGCGCATCCTAGAGCATTGCACTGCAGAACAGACCTTACCTATCTTAGAAGAACTCCACCAA
CATACAGAGCAGTTGGTACAGGATCAGTATGGCAATTATGTTATTCAGCATGTACTGGAACACGGTCGACCTGAAGACAAGAGCAAAATT
GTTTCCGAAATCAGGGGAAAGGTTTTAGCCCTGAGTCAACACAAATTTGCCAGCAATGTAGTAGAAAAGTGTGTTACTCATGCCTCCCGT
GCTGAGAGAGCTTTACTGATTGACGAGGTTTGCTGCCAGAATGATGGTCCTCACAGTGCCTTATACACCATGATGAAGGACCAGTATGCC
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CGCAAATACACATACGGGAAGCATATACTGGCCAAGTTGGAAAAGTATTATTTGAAGAATAGCCCGGACCTAGGACCTATTGGAGGACCA

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ATGACCAAAACCCATGTGATAGCAGCCTCGAAAGAAGCATTTTATACCTGGCAATATCGTGTGGCAAAGAAGCTCACAGCATTGGAAATT
AATCAGATCACACGGTCTCGAAAAGAAGGGAGAGAAAGAATTTATCATGTTGATGATACCCCTTCTGGATCAATGGATGGTGTGCTTGAT
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CTCGTATTCGTGGTCATGTTCTACCCTTAGCCTTGCAGATGTATGGCTGCCGCGTTATTCAGAAAGCATTAGAATCTATTTCTTCTGACC
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TTGATATGGCTGAACCTGCTCAGAGAAAGATAATCATGCACAAGATTCGACCTCACATTACTACTTTGCGCAAATACACATACGGGAAGC

>In-frame_WDR35_ENST00000416055_chr2_20151176_-_PUM2_ENST00000319801_chr2_20463221_-_1442nt
ATGACCAAAACCCATGTGATAGCAGCCTCGAAAGAAGCATTTTATACCTGGCAATATCGTGTGGCAAAGAAGCTCACAGCATTGGAAATT
AATCAGATCACACGGTCTCGAAAAGAAGGGAGAGAAAGAATTTATCATGTTGATGATACCCCTTCTGGATCAATGGATGGTGTGCTTGAT
TATAGTAAAACCATTCAAGAGGACTGACAAATGGTAGTGGTCGATATATCTCTGCAGCACCTGGAGCAGAAGCAAAATATCGAAGTGCTT
CAAGCACTTCCAGTCTATTTAGCTCCAGCAGCCAGCTCTTTCCTCCTTCCCGGCTTCGGTATAATAGGTCTGATATTATGCCTTCTGGCC
GCAGTAGATTATTGGAAGATTTCAGAAACAACCGCTTCCCAAACCTTCAGCTTAGAGACTTGATTGGACATATAGTTGAGTTTTCTCAAG
ACCAGCATGGTTCTAGATTCATACAGCAAAAACTAGAGAGAGCTACTCCAGCTGAGCGACAGATGGTATTTAATGAAATTCTGCAAGCAG
CCTATCAATTAATGACTGATGTTTTTGGCAACTATGTTATACAGAAGTTTTTTGAGTTTGGGAGTCTGGATCAAAAATTAGCCCTGGCTA
CTCGTATTCGTGGTCATGTTCTACCCTTAGCCTTGCAGATGTATGGCTGCCGCGTTATTCAGAAAGCATTAGAATCTATTTCTTCTGACC
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GTATCGAATGTGTTCAGCCACAGTCACTACAGTTCATCATTGATGCTTTCAAGGGACAAGTATTTGTGCTTTCAACTCATCCTTATGGCT
GCAGAGTAATTCAGCGCATCCTAGAGCATTGCACTGCAGAACAGACCTTACCTATCTTAGAAGAACTCCACCAACATACAGAGCAGTTGG
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>In-frame_WDR35_ENST00000416055_chr2_20151176_-_PUM2_ENST00000361078_chr2_20463221_-_1442nt
ATGACCAAAACCCATGTGATAGCAGCCTCGAAAGAAGCATTTTATACCTGGCAATATCGTGTGGCAAAGAAGCTCACAGCATTGGAAATT
AATCAGATCACACGGTCTCGAAAAGAAGGGAGAGAAAGAATTTATCATGTTGATGATACCCCTTCTGGATCAATGGATGGTGTGCTTGAT
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CAAGCACTTCCAGTCTATTTAGCTCCAGCAGCCAGCTCTTTCCTCCTTCCCGGCTTCGGTATAATAGGTCTGATATTATGCCTTCTGGCC
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AGATGATTGATATGGCTGAACCTGCTCAGAGAAAGATAATCATGCACAAGATTCGACCTCACATTACTACTTTGCGCAAATACACATACG
GGAAGCATATACTGGCCAAGTTGGAAAAGTATTATTTGAAGAATAGCCCGGACCTAGGACCTATTGGAGGACCACCAAATGGAATGCTGT

>In-frame_WDR35_ENST00000416055_chr2_20151176_-_PUM2_ENST00000536417_chr2_20463221_-_1436nt
ATGACCAAAACCCATGTGATAGCAGCCTCGAAAGAAGCATTTTATACCTGGCAATATCGTGTGGCAAAGAAGCTCACAGCATTGGAAATT
AATCAGATCACACGGTCTCGAAAAGAAGGGAGAGAAAGAATTTATCATGTTGATGATACCCCTTCTGGATCAATGGATGGTGTGCTTGAT
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CAAGCACTTCCAGTCTATTTAGCTCCAGCAGCCAGCTCTTTCCTCCTTCCCGGCTTCGGTATAATAGGTCTGATATTATGCCTTCTGGCC
GCAGTAGATTATTGGAAGATTTCAGAAACAACCGCTTCCCAAACCTTCAGCTTAGAGACTTGATTGGACATATAGTTGAGTTTTCTCAAG
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CTCGTATTCGTGGTCATGTTCTACCCTTAGCCTTGCAGATGTATGGCTGCCGCGTTATTCAGAAAGCATTAGAATCTATTTCTTCTGACC
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AATGTGTTCAGCCACAGTCACTACAGTTCATCATTGATGCTTTCAAGGGACAAGTATTTGTGCTTTCAACTCATCCTTATGGCTGCAGAG
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ATGACCAAAACCCATGTGATAGCAGCCTCGAAAGAAGCATTTTATACCTGGCAATATCGTGTGGCAAAGAAGCTCACAGCATTGGAAATT
AATCAGATCACACGGTCTCGAAAAGAAGGGAGAGAAAGAATTTATCATGTTGATGATACCCCTTCTGGATCAATGGATGGTGTGCTTGAT
TATAGTAAAACCATTCAAGAGGACTGACAAATGGTAGTGGTCGATATATCTCTGCAGCACCTGGAGCAGAAGCAAAATATCGAAGTGCTT
CAAGCACTTCCAGTCTATTTAGCTCCAGCAGCCAGCTCTTTCCTCCTTCCCGGCTTCGGTATAATAGGTCTGATATTATGCCTTCTGGCC
GCAGTAGATTATTGGAAGATTTCAGAAACAACCGCTTCCCAAACCTTCAGCTTAGAGACTTGATTGGACATATAGTTGAGTTTTCTCAAG
ACCAGCATGGTTCTAGATTCATACAGCAAAAACTAGAGAGAGCTACTCCAGCTGAGCGACAGATGGTATTTAATGAAATTCTGCAAGCAG
CCTATCAATTAATGACTGATGTTTTTGGCAACTATGTTATACAGAAGTTTTTTGAGTTTGGGAGTCTGGATCAAAAATTAGCCCTGGCTA
CTCGTATTCGTGGTCATGTTCTACCCTTAGCCTTGCAGATGTATGGCTGCCGCGTTATTCAGAAAGCATTAGAATCTATTTCTTCTGACC
AGCAGAGTGAAATGGTAAAGGAGCTGGATGGTCATGTGCTCAAATGTGTGAAAGATCAGAATGGAAACCATGTTGTACAAAAATGTATCG
AATGTGTTCAGCCACAGTCACTACAGTTCATCATTGATGCTTTCAAGGGACAAGTATTTGTGCTTTCAACTCATCCTTATGGCTGCAGAG
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* Fusion transcript sequences (Full-length transcript).
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AGGGCGACGGGAGCTTTCCGGAGCTGCTGGTACTCCCGATTGGAGACGTAGAACCGTTACTTGTCGAGGGCCTTAGCGGCCGCCGTGACC
CTCTCGGGGATCCCACGATGTTCTTCTACCTGAGCAAGAAAATTTCCATTCCCAATAACGTGAAGCTGCAGTGTGTATCCTGGAACAAGG
AACAAGGGTTCATAGCATGCGGTGGTGAAGATGGATTACTGAAAGTTTTGAAATTAGAGACGCAGACAGATGATGCAAAATTGAGGGGCC
TTGCAGCCCCCAGTAACCTTTCTATGAATCAGACTCTTGAAGGTCATAGTGGTTCTGTTCAAGTTGTAACATGGAATGAGCAGTATCAGA
AGTTGACTACCAGTGATGAAAACGGGCTTATCATTGTGTGGATGTTATATAAAGGCTCTTGGATTGAGGAGATGATCAACAATCGAAATA
AATCAGTTGTTCGCAGTATGAGCTGGAATGCTGACGGACAGAAGATCTGCATTGTATATGAAGATGGGGCTGTGATAGTTGGTTCAGTGG
ATGGCAATCGTATTTGGGGAAAAGACCTGAAGGGTATACAGCTATCCCATGTAACATGGTCTGCGGACAGTAAAGTCTTACTTTTTGGAA
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GATGCCAAATAATGAGACATGAGAATGACCAAAATCCCGTTTTGATTGACACTGGCATGTACGTAGTAGGCATCCAGTGGAACCACATGG
GCAGCGTGTTAGCTGTGGCAGGCTTCCAGAAGGCAGCCATGCAGGACAAAGATGTGAACATTGTGCAGTTTTACACTCCGTTTGGTGAGC
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TTATATATTTTGCAAACATTCGACCTAATTATAAGTGGGGTTATTGCTCAAACACTGTAGTTTATGCATATACCAGACCTGATCGTCCAG
AATATTGTGTTGTCTTCTGGGATACGAAAAACAATGAAAAATATGTTAAATATGTGAAGGGTCTCATTTCTATTACTACCTGTGGAGATT
TCTGCATTTTGGCTACAAAAGCTGATGAAAATCATCCTCAGTTTGTACTAGTTCTTTGTAATTCTATTGGTACACCCTTGGATCCCAAAT
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TATTGATTGTGGGTCGTGAATCTGGCACCATTCAGAGATACAGTCTACCTAATGTTGGTTTGATTCAAAAATATTCCCTTAATTGTCGAG
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GTGGAGATTTCTGCATTTTGGCTACAAAAGCTGATGAAAATCATCCTCAGGAGGAGAACGAGATGGAGACATTTGGTGCAACGTTTGTAC
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GAAAAGAAGGGAGAGAAAGAATTTATCATGTTGATGATACCCCTTCTGGATCAATGGATGGTGTGCTTGATTATAGTAAAACCATTCAAG
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AGTCTGGATCAAAAATTAGCCCTGGCTACTCGTATTCGTGGTCATGTTCTACCCTTAGCCTTGCAGATGTATGGCTGCCGCGTTATTCAG
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TCTTGTGTATATTTGGGGGGTGGGGGATGAATTATAAATTATATTCAGCCCTGAGTGGAGACCTATCAGATTGGATTGCTGGCAAAGCAC
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TTTAAAGGAAAAAGTACAGTATTCTTTTAATAAACTGGCTCACAGTCTGGTAGGTCTACAACCCCATAGCACAACAGGTTTATAGAGATG
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AATAGGTCTGATATTATGCCTTCTGGCCGCAGTAGATTATTGGAAGATTTCAGAAACAACCGCTTCCCAAACCTTCAGCTTAGAGACTTG
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CATGTTTGGTGTTGAGTTATTTTACTTTTCTAACCCAACATTCCTTGGTGAGACCATTAAATCCAAACACTTGTCACCGTTCCTTCTCAT
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CACTTTTTCCTACTTTACCAACCTCAGAGTATTTCGGCCCGTATCGAACTTTTGTTCTCAGTATCAGCCCATGGTTTCAGGATCAAAGCT
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TATCTCTGCAATTTTAGAAAATGACAAGTAGAGAATACTACATTGAGAAACTAAACCCTCTTCTTGGGGTCCTGATACTCATTCCCATTT
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TTGGGTGCCCACCCCAATTTTTACCTTTTAGTAAGTTGGCATGAAATTTTGGTAAAATCTGAAAATCACATTTCAGAATAAAACAATTGG
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>In-frame_WDR35_ENST00000416055_chr2_20151176_-_PUM2_ENST00000403432_chr2_20463221_-_2459nt
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TCTTGTGTATATTTGGGGGGTGGGGGATGAATTATAAATTATATTCAGCCCTGAGTGGAGACCTATCAGATTGGATTGCTGGCAAAGCAC


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FusionGenePPI for WDR35_PUM2


check button Go to ChiPPI (Chimeric Protein-Protein interactions) to see the chimeric PPI interaction in

ChiPPI page

.

check button Protein-protein interactors with each fusion partner protein in wild-type (BIOGRID-3.4.160)
HgeneHgene's interactorsTgeneTgene's interactors
WDR35BCL6, ALYREF, CUL3, C11orf74, IFT122, NTRK1, KIF2A, MAD2L1, PCNT, AURKA, RNPS1, SGTB, ZSCAN26, IFT43, TULP3, TULP2, DNAJC7, WDR19, IFT140, TTC21B, NTPCR, NUDC, NEK7PUM2PUM2, NANOS1, AURKA, MED4, ELAVL1, DAZ1, DAZL, NANOS3, BMI1, RBFOX2, ILF2, NTRK1, SAMD1, RBM45, CLASRP, ELAVL2, CELF5, STRBP, CDX1, LITAF, TRIM25, G3BP1


check button - Retained PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenStill interaction with


check button - Lost PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000319801-8191_260430988SNAPIN
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000338086-8201_2604301065SNAPIN
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000361078-8201_2604301067SNAPIN
TgenePUM2chr2:20130157chr2:20483247ENST00000403432-9211_2604301065SNAPIN


check button - Retained PPIs, but lost function due to frame-shift fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


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RelatedDrugs for WDR35_PUM2


check button Drugs targeting genes involved in this fusion gene.
(DrugBank Version 5.1.0 2018-04-02)
PartnerGeneUniProtAccDrugBank IDDrug nameDrug activityDrug typeDrug status

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RelatedDiseases for WDR35_PUM2


check button Diseases associated with fusion partners.
(DisGeNet 4.0)
PartnerGeneDisease IDDisease name# pubmedsSource
HgeneWDR35C0010278Craniosynostosis1CTD_human
HgeneWDR35C3150874CRANIOECTODERMAL DYSPLASIA 21CTD_human;UNIPROT
HgeneWDR35C3279792SHORT-RIB THORACIC DYSPLASIA 7 WITH OR WITHOUT POLYDACTYLY1UNIPROT