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FusionGeneSummary

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FusionProtFeature

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FusionGeneSequence

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FusionGenePPI

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Fusion gene ID: 41523

FusionGeneSummary for VPS13B_EFR3A

check button Fusion gene summary
Fusion gene informationFusion gene name: VPS13B_EFR3A
Fusion gene ID: 41523
HgeneTgene
Gene symbol

VPS13B

EFR3A

Gene ID

157680

23167

Gene namevacuolar protein sorting 13 homolog BEFR3 homolog A
SynonymsCHS1|COH1-
Cytomap

8q22.2

8q24.22

Type of geneprotein-codingprotein-coding
Descriptionvacuolar protein sorting-associated protein 13Bprotein EFR3 homolog A
Modification date2018051920180519
UniProtAcc

Q7Z7G8

Q14156

Ensembl transtripts involved in fusion geneENST00000395996, ENST00000358544, 
ENST00000357162, ENST00000355155, 
ENST00000441350, ENST00000521932, 
ENST00000254624, ENST00000334503, 
ENST00000519656, ENST00000521940, 
Fusion gene scores* DoF score27 X 20 X 12=64806 X 5 X 4=120
# samples 306
** MAII scorelog2(30/6480*10)=-4.43295940727611
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0
log2(6/120*10)=-1
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0
Context

PubMed: VPS13B [Title/Abstract] AND EFR3A [Title/Abstract] AND fusion [Title/Abstract]

Functional or gene categories assigned by FusionGDB annotation
* DoF score (Degree of Frequency) = # partners X # break points X # cancer types
** MAII score (Major Active Isofusion Index) = log2(# samples/DoF score*10)

check button Gene ontology of each fusion partner gene with evidence of Inferred from Direct Assay (IDA) from Entrez
PartnerGeneGO IDGO termPubMed ID

check button Fusion gene information from three resources
(ChiTars (NAR, 2018), tumorfusions (NAR, 2018), Gao et al. (Cell, 2018))
* All genome coordinats were lifted-over on hg19.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
Data typeSourceCancer typeSampleHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
TCGALDBRCATCGA-BH-A1FD-01AVPS13Bchr8

100205285

+EFR3Achr8

132952746

+
* LD: Li Ding group's fusion gene list
  RV: Roel Verhaak group's fusion gene list
  ChiTaRs fusion database

check button Open reading frame (ORF) analsis of fusion genes based on Ensembl gene isoform structure.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
ORFHenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
In-frameENST00000395996ENST00000254624VPS13Bchr8

100205285

+EFR3Achr8

132952746

+
In-frameENST00000395996ENST00000334503VPS13Bchr8

100205285

+EFR3Achr8

132952746

+
5CDS-5UTRENST00000395996ENST00000519656VPS13Bchr8

100205285

+EFR3Achr8

132952746

+
5CDS-intronENST00000395996ENST00000521940VPS13Bchr8

100205285

+EFR3Achr8

132952746

+
In-frameENST00000358544ENST00000254624VPS13Bchr8

100205285

+EFR3Achr8

132952746

+
In-frameENST00000358544ENST00000334503VPS13Bchr8

100205285

+EFR3Achr8

132952746

+
5CDS-5UTRENST00000358544ENST00000519656VPS13Bchr8

100205285

+EFR3Achr8

132952746

+
5CDS-intronENST00000358544ENST00000521940VPS13Bchr8

100205285

+EFR3Achr8

132952746

+
In-frameENST00000357162ENST00000254624VPS13Bchr8

100205285

+EFR3Achr8

132952746

+
In-frameENST00000357162ENST00000334503VPS13Bchr8

100205285

+EFR3Achr8

132952746

+
5CDS-5UTRENST00000357162ENST00000519656VPS13Bchr8

100205285

+EFR3Achr8

132952746

+
5CDS-intronENST00000357162ENST00000521940VPS13Bchr8

100205285

+EFR3Achr8

132952746

+
In-frameENST00000355155ENST00000254624VPS13Bchr8

100205285

+EFR3Achr8

132952746

+
In-frameENST00000355155ENST00000334503VPS13Bchr8

100205285

+EFR3Achr8

132952746

+
5CDS-5UTRENST00000355155ENST00000519656VPS13Bchr8

100205285

+EFR3Achr8

132952746

+
5CDS-intronENST00000355155ENST00000521940VPS13Bchr8

100205285

+EFR3Achr8

132952746

+
intron-3CDSENST00000441350ENST00000254624VPS13Bchr8

100205285

+EFR3Achr8

132952746

+
intron-3CDSENST00000441350ENST00000334503VPS13Bchr8

100205285

+EFR3Achr8

132952746

+
intron-5UTRENST00000441350ENST00000519656VPS13Bchr8

100205285

+EFR3Achr8

132952746

+
intron-intronENST00000441350ENST00000521940VPS13Bchr8

100205285

+EFR3Achr8

132952746

+
3UTR-3CDSENST00000521932ENST00000254624VPS13Bchr8

100205285

+EFR3Achr8

132952746

+
3UTR-3CDSENST00000521932ENST00000334503VPS13Bchr8

100205285

+EFR3Achr8

132952746

+
3UTR-5UTRENST00000521932ENST00000519656VPS13Bchr8

100205285

+EFR3Achr8

132952746

+
3UTR-intronENST00000521932ENST00000521940VPS13Bchr8

100205285

+EFR3Achr8

132952746

+

Top

FusionProtFeatures for VPS13B_EFR3A


check buttonMain function of each fusion partner protein. (from UniProt)
HgeneTgene
VPS13B

Q7Z7G8

EFR3A

Q14156

Component of a complex required to localizephosphatidylinositol 4-kinase (PI4K) to the plasma membrane(PubMed:23229899, PubMed:25608530, PubMed:26571211). The complexacts as a regulator of phosphatidylinositol 4-phosphate(PtdIns(4)P) synthesis (Probable). In the complex, EFR3A probablyacts as the membrane-anchoring component (PubMed:23229899). Alsoinvolved in responsiveness to G-protein-coupled receptors; it ishowever unclear whether this role is direct or indirect(PubMed:25380825). {ECO:0000269|PubMed:23229899,ECO:0000269|PubMed:25380825, ECO:0000269|PubMed:25608530,ECO:0000305}.

check buttonRetention analysis result of each fusion partner protein across 39 protein features of UniProt such as six molecule processing features, 13 region features, four site features, six amino acid modification features, two natural variation features, five experimental info features, and 3 secondary structure features. Here, because of limited space for viewing, we only show the protein feature retention information belong to the 13 regional features. All retention annotation result can be downloaded at

download page

.

* Minus value of BPloci means that the break pointn is located before the CDS.
- In-frame and retained protein feature among the 13 regional features.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note

- In-frame and not-retained protein feature among the 13 regional features.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note


Top

FusionGeneSequence for VPS13B_EFR3A


check button For in-frame fusion transcripts, we provide the fusion transcript sequences and fusion amino acid sequences.
(nt: nucleotides, aa: amino acids)

* Fusion amino acid sequences.
>In-frame_VPS13B_ENST00000395996_chr8_100205285_+_EFR3A_ENST00000254624_chr8_132952746_+_1657aa
MLESYVTPILMSYVNRYIKNLKPSDLQLSLWGGDVVLSKLELKLDVLEQELKLPFTFLSGHIHELRIHVPWTKLGSEPVVITINTMECIL
KLKDGIQDDHESCGSNSTNRSTAESTKSSIKPRRMQQAAPTDPDLPPGYVQSLIRRVVNNVNIVINNLILKYVEDDIVLSVNITSAECYT
VGELWDRAFMDISATDLVLRKVINFSDCTVCLDKRNASGKIEFYQDPLLYKCSFRTRLHFTYENLNSKMPSVIKIHTLVESLKLSITDQQ
LPMFIRIMQLGIALYYGEIGNFKEGEIEDLTCHNKDMLGNITGSEDETRIDMQYPAQHKGQELYSQQDEEQPQGWVSWAWSFVPAIVSYD
DGEEDFVGNDPASTMHQQKAQTLKDPIVSIGFYCTKATVTFKLTEMQVESSYYSPQKVKSKEVLCWEQEGTTVEALMMGEPFFDCQIGFV
GCRAMCLKGIMGVKDFEENMNRSETEACFFICGDNLSTKGFTYLTNSLFDYRSPENNGTRAEFILDSTHHKETYTEIAGMQRFGAFYMDY
LYTMENTSGKGSTNQQDFSSGKSEDLGTVQEKSTKSLVIGPLDFRLDSSAVHRILKMIVCALEHEYEPYSRLKSDIKDENETILNPEEVA
LLEEYIPTRHTSVTLLKCTCTISMAEFNLLDHLLPVIMGEKNSSNFMNTTNFQSLRPLPSIRILVDKINLEHSVPMYAEQLVHVVSSLTQ
PSDNLLHYCYVHCYLKIFGFQAGLTSLDCSGSYCLPVPVIPSFSTALYGKLLKLPTCWTKRSQIAITEGIFELPNLTIQATRAQTLLLQA
IYQSWSHLGNVSSSAVIEALINEIFLSIGVCCCCSALRPRYKRLVDNIFPEDPKDGLVKTDMEKLTFYAVSAPEKLDRIGSYLAERLSRD
VVRHRSGYVLIAMEALDQLLMACHSQSIKPFVESFLHMVAKLLESGEPKLQVLGTNSFVKFANIEEDTPSYHRRYDFFVSRFSAMCHSCH
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EVFNTLLKHLRLSVEFEANDLQGGSVGSVNLNTSSKDNDEKIVQNAIIQTIGFFGSNLPDYQRSEIMMFIMGKVPVFGTSTHTLDISQLG
DLGTRRIQIMLLRSLLMVTSGYKAKTIVTALPGSFLDPLLSPSLMEDYELRQLVLEVMHNLMDRHDNRAKLRGIRIIPDVADLKIKREKI
CRQDTSFMKKNGQQLYRHIYLGCKEEDNVQKNYELLYTSLALITIELANEEVVIDLIRLAIALQDSAIINEDNLPMFHRCGIMALVAAYL
NFVSQMIAVPAFCQHVSKVIEIRTMEAPYFLPEHIFRDKCMLPKSLEKHEKDLYFLTNKIAESLGGSGYSVERLSVPYVPQVTDEDRLSR
RKSIVDTVSIQVDILSNNVPSDDVVSNTEEITFEALKKAIDTSGMEEQEKEKRRLVIEKFQKAPFEEIAAQCESKANLLHDRLAQILELT

>In-frame_VPS13B_ENST00000395996_chr8_100205285_+_EFR3A_ENST00000334503_chr8_132952746_+_1657aa
MLESYVTPILMSYVNRYIKNLKPSDLQLSLWGGDVVLSKLELKLDVLEQELKLPFTFLSGHIHELRIHVPWTKLGSEPVVITINTMECIL
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RKSIVDTVSIQVDILSNNVPSDDVVSNTEEITFEALKKAIDTSGMEEQEKEKRRLVIEKFQKAPFEEIAAQCESKANLLHDRLAQILELT

>In-frame_VPS13B_ENST00000358544_chr8_100205285_+_EFR3A_ENST00000254624_chr8_132952746_+_1657aa
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>In-frame_VPS13B_ENST00000358544_chr8_100205285_+_EFR3A_ENST00000334503_chr8_132952746_+_1657aa
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>In-frame_VPS13B_ENST00000357162_chr8_100205285_+_EFR3A_ENST00000254624_chr8_132952746_+_1657aa
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CRQDTSFMKKNGQQLYRHIYLGCKEEDNVQKNYELLYTSLALITIELANEEVVIDLIRLAIALQDSAIINEDNLPMFHRCGIMALVAAYL
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* Fusion transcript sequences (only coding sequence (CDS) region).
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ACATATGAAAACCTAAATTCCAAGATGCCATCTGTTATTAAAATTCATACTTTAGTGGAAAGTTTGAAACTTTCTATCACAGATCAACAA
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GAGAAGTCCACCAAAAGCCTTGTTATAGGTCCTCTTGATTTTCGTTTGGATAGCAGTGCGGTGCATAGGATTTTGAAAATGATTGTGTGT
GCCTTGGAACATGAATATGAACCATATAGCAGGCTAAAATCAGATATTAAGGATGAAAATGAAACAATACTGAATCCTGAAGAGGTGGCT
CTTCTGGAGGAATATATTCCTACTCGACATACAAGTGTTACTCTCCTCAAATGTACCTGCACAATTTCCATGGCTGAATTCAACTTGCTG
GACCATTTACTACCTGTCATTATGGGAGAAAAGAACTCAAGTAACTTCATGAATACTACAAACTTCCAGTCTCTTCGGCCTTTGCCATCC
ATTCGAATATTGGTGGATAAAATTAATCTGGAACATTCAGTGCCAATGTATGCTGAACAGTTGGTGCATGTGGTCAGCAGCCTTACTCAA
CCTTCTGATAACCTGCTTCATTATTGTTATGTACACTGCTATCTTAAGATATTTGGTTTCCAGGCAGGACTGACGTCTTTGGATTGCAGT
GGATCTTACTGCTTACCTGTACCAGTTATTCCCTCTTTCAGCACTGCTCTTTATGGGAAACTTCTGAAACTCCCCACATGCTGGACCAAA
AGATCTCAGATTGCTATAACTGAAGGTATATTTGAACTTCCAAATCTCACAATTCAAGCTACAAGAGCACAGACACTTCTCTTGCAAGCA
ATATATCAAAGTTGGTCTCATCTTGGAAATGTCAGCTCTTCCGCAGTGATTGAAGCTTTGATAAATGAAATCTTCCTAAGTATAGGAGTA
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AGTGATCCAGAAATACGAACAGAGATACGAATTGCTGGAATTAGAGGTATTCAAGGTGTGGTTCGCAAAACAGTCAACGATGAACTTCGG
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CTCATGGATCGTCATGACAATAGGGCAAAGCTTCGAGGGATCAGAATAATACCGGATGTAGCTGACCTAAAGATAAAAAGAGAAAAAATT
TGCAGACAAGACACAAGTTTCATGAAAAAGAATGGGCAACAGCTGTATCGGCACATATATTTGGGTTGTAAAGAGGAAGACAACGTTCAG
AAAAACTATGAACTACTTTATACTTCTCTTGCTCTTATAACTATTGAACTGGCTAATGAAGAAGTAGTTATTGATCTCATTCGACTGGCC
ATTGCTTTACAGGACAGTGCAATTATCAATGAGGATAATTTGCCAATGTTCCATCGTTGTGGAATCATGGCACTGGTTGCAGCATACCTC
AACTTTGTAAGTCAGATGATAGCTGTCCCTGCATTTTGCCAGCATGTTAGCAAGGTTATTGAAATTCGAACTATGGAAGCCCCTTATTTT
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GCAGAGTCGCTAGGTGGAAGTGGATATAGTGTTGAGAGATTGTCAGTTCCGTATGTACCACAAGTAACAGATGAAGATCGACTTTCTAGA
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ATCACTTTTGAAGCATTGAAGAAAGCAATTGATACCAGTGGAATGGAAGAACAGGAAAAGGAAAAGAGGCGTCTTGTGATAGAGAAATTT
CAGAAAGCACCTTTTGAAGAAATAGCAGCACAGTGTGAATCCAAAGCAAATTTGCTTCATGATAGACTTGCCCAAATATTGGAACTCACC
ATACGTCCTCCTCCCAGTCCATCAGGAACACTGACCATTACTTCTGGGCATGCCCAATACCAATCTGTCCCAGTCTATGAGATGAAGTTT

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CATATTCATGAATTGAGGATTCATGTACCATGGACAAAACTGGGTTCAGAACCAGTGGTAATTACCATCAATACTATGGAATGCATTTTG
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AAACCGCGGAGAATGCAGCAGGCTGCTCCTACAGATCCTGACTTACCACCAGGTTATGTGCAGAGTCTGATTAGACGAGTTGTAAATAAT
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TGTCTTGATAAACGGAATGCCAGTGGTAAAATAGAATTTTACCAGGATCCTTTATTATACAAATGTTCCTTCAGAACTCGTCTTCATTTT
ACATATGAAAACCTAAATTCCAAGATGCCATCTGTTATTAAAATTCATACTTTAGTGGAAAGTTTGAAACTTTCTATCACAGATCAACAA
CTGCCTATGTTTATTCGTATAATGCAACTTGGAATTGCTCTTTACTATGGAGAAATAGGCAATTTTAAAGAAGGCGAAATAGAGGACCTT
ACTTGTCATAATAAAGATATGCTAGGAAACATTACAGGTTCTGAAGATGAAACAAGAATAGATATGCAATATCCTGCTCAGCATAAAGGT
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GATGGCGAGGAAGACTTTGTTGGGAACGATCCTGCATCAACCATGCATCAACAAAAAGCACAGACTTTGAAGGATCCTATTGTTTCTATA
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AAAGAAGTATTGTGTTGGGAACAAGAAGGAACTACAGTTGAGGCCCTTATGATGGGAGAACCTTTCTTTGATTGCCAGATTGGGTTTGTT
GGTTGCAGAGCCATGTGCCTTAAAGGAATTATGGGTGTTAAAGATTTTGAAGAGAATATGAATAGAAGTGAAACTGAAGCCTGTTTCTTC
ATTTGTGGTGACAATTTGAGTACGAAAGGTTTCACATACCTTACAAATTCATTGTTTGATTACCGAAGCCCAGAAAATAATGGTACTCGC
GCAGAATTTATCTTGGATTCAACTCATCATAAGGAGACATACACTGAGATAGCTGGAATGCAACGGTTTGGGGCTTTTTATATGGATTAC
CTGTATACAATGGAGAACACTAGTGGCAAAGGTTCCACAAATCAACAAGACTTTTCTTCAGGGAAAAGTGAAGATTTGGGAACAGTTCAG
GAGAAGTCCACCAAAAGCCTTGTTATAGGTCCTCTTGATTTTCGTTTGGATAGCAGTGCGGTGCATAGGATTTTGAAAATGATTGTGTGT
GCCTTGGAACATGAATATGAACCATATAGCAGGCTAAAATCAGATATTAAGGATGAAAATGAAACAATACTGAATCCTGAAGAGGTGGCT
CTTCTGGAGGAATATATTCCTACTCGACATACAAGTGTTACTCTCCTCAAATGTACCTGCACAATTTCCATGGCTGAATTCAACTTGCTG
GACCATTTACTACCTGTCATTATGGGAGAAAAGAACTCAAGTAACTTCATGAATACTACAAACTTCCAGTCTCTTCGGCCTTTGCCATCC
ATTCGAATATTGGTGGATAAAATTAATCTGGAACATTCAGTGCCAATGTATGCTGAACAGTTGGTGCATGTGGTCAGCAGCCTTACTCAA
CCTTCTGATAACCTGCTTCATTATTGTTATGTACACTGCTATCTTAAGATATTTGGTTTCCAGGCAGGACTGACGTCTTTGGATTGCAGT
GGATCTTACTGCTTACCTGTACCAGTTATTCCCTCTTTCAGCACTGCTCTTTATGGGAAACTTCTGAAACTCCCCACATGCTGGACCAAA
AGATCTCAGATTGCTATAACTGAAGGTATATTTGAACTTCCAAATCTCACAATTCAAGCTACAAGAGCACAGACACTTCTCTTGCAAGCA
ATATATCAAAGTTGGTCTCATCTTGGAAATGTCAGCTCTTCCGCAGTGATTGAAGCTTTGATAAATGAAATCTTCCTAAGTATAGGAGTA
TGCTGCTGCTGTTCCGCTTTGCGTCCTCGCTACAAACGCCTGGTGGACAACATATTCCCTGAAGATCCAAAAGATGGCCTTGTGAAAACT
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TTTGCAAATATTGAAGAAGACACACCATCCTATCACAGACGTTATGACTTTTTTGTGTCTCGATTCAGTGCCATGTGCCATTCCTGTCAT
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GCAGAGTCGCTAGGTGGAAGTGGATATAGTGTTGAGAGATTGTCAGTTCCGTATGTACCACAAGTAACAGATGAAGATCGACTTTCTAGA
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GATGGCGAGGAAGACTTTGTTGGGAACGATCCTGCATCAACCATGCATCAACAAAAAGCACAGACTTTGAAGGATCCTATTGTTTCTATA
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GAGAAGTCCACCAAAAGCCTTGTTATAGGTCCTCTTGATTTTCGTTTGGATAGCAGTGCGGTGCATAGGATTTTGAAAATGATTGTGTGT
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GACCATTTACTACCTGTCATTATGGGAGAAAAGAACTCAAGTAACTTCATGAATACTACAAACTTCCAGTCTCTTCGGCCTTTGCCATCC
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CCTTCTGATAACCTGCTTCATTATTGTTATGTACACTGCTATCTTAAGATATTTGGTTTCCAGGCAGGACTGACGTCTTTGGATTGCAGT
GGATCTTACTGCTTACCTGTACCAGTTATTCCCTCTTTCAGCACTGCTCTTTATGGGAAACTTCTGAAACTCCCCACATGCTGGACCAAA
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ATATATCAAAGTTGGTCTCATCTTGGAAATGTCAGCTCTTCCGCAGTGATTGAAGCTTTGATAAATGAAATCTTCCTAAGTATAGGAGTA
TGCTGCTGCTGTTCCGCTTTGCGTCCTCGCTACAAACGCCTGGTGGACAACATATTCCCTGAAGATCCAAAAGATGGCCTTGTGAAAACT
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GCCACCATTTGGGAACCTCAGCATATGGATAAGATTGTTCCATCCCTCCTGTTTAACATGCAAAAGATAGAAGAAGTTGACAGTCGCATA
GGCCCTCCTTCTTCTCCTTCTGCAACTGACAAAGAAGAGAATCCTGCTGTGCTGGCTGAAAACTGTTTCAGAGAACTGCTGGGTCGAGCA
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CTGCCAGGGTCTTTCCTGGATCCTTTGTTATCACCATCTCTCATGGAGGACTACGAACTGAGACAGTTGGTCTTGGAAGTAATGCATAAT
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AAAAACTATGAACTACTTTATACTTCTCTTGCTCTTATAACTATTGAACTGGCTAATGAAGAAGTAGTTATTGATCTCATTCGACTGGCC
ATTGCTTTACAGGACAGTGCAATTATCAATGAGGATAATTTGCCAATGTTCCATCGTTGTGGAATCATGGCACTGGTTGCAGCATACCTC
AACTTTGTAAGTCAGATGATAGCTGTCCCTGCATTTTGCCAGCATGTTAGCAAGGTTATTGAAATTCGAACTATGGAAGCCCCTTATTTT
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ATGGCTGAATTCAACTTGCTGGACCATTTACTACCTGTCATTATGGGAGAAAAGAACTCAAGTAACTTCATGAATACTACAAACTTCCAG
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CTCCCCACATGCTGGACCAAAAGATCTCAGATTGCTATAACTGAAGGTATATTTGAACTTCCAAATCTCACAATTCAAGCTACAAGAGCA
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GTGGTTAGTAACACTGAAGAAATCACTTTTGAAGCATTGAAGAAAGCAATTGATACCAGTGGAATGGAAGAACAGGAAAAGGAAAAGAGG
CGTCTTGTGATAGAGAAATTTCAGAAAGCACCTTTTGAAGAAATAGCAGCACAGTGTGAATCCAAAGCAAATTTGCTTCATGATAGACTT
GCCCAAATATTGGAACTCACCATACGTCCTCCTCCCAGTCCATCAGGAACACTGACCATTACTTCTGGGCATGCCCAATACCAATCTGTC
CCAGTCTATGAGATGAAGTTTCCAGATCTGTGTGTGTACTGATCGGCGCATGAAGACCTCAGGATATGATTTGTAAAGCCTAAAAATTAA
GGCCAAGCTGAGCTTTCAGGGTTTACTTAATGTGTATTAACATACTTCTTGAAAATAATGATGGAACATATCTTTAACCAAATGTTTGGC
ATACCATATTAGAAGTTTTGGAGCTATATATAATTTCGAGTACTTTCAAAGATAGATTTATGCCATGTTAATTTGCTTTGAGGTTCCTGT
TGCCTTTTTAAGTTGAACATGTTTTGGTTTCACTTTATTCCACTGTTAAGTAGTATGTTTTAAACTTTTCACAAATGTAATGTTTTTTAA
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TTTCTGCAAAGGCAGATACATTTAAATATATTCCTAGTCCTGGGACTGCAAAACTGTTCGGTGGCTTTTTGTCCCCATGCTTTAGATAAG
CTGGGATAGGCACCTTGCTATTCAGTTACTATAATAATATGTGATAGGCATTCCTCATCTTCTTCACAATAATAGGACATCTGTTGAATA
GCATTCCTCGAATATAACCCTAAAAACGCCATACTTTAAATTGTCTGGTTCTTGTAATATTGTGTTTCCTGCCAAGAGTTTGACCATTCT
GCTTGAGAAGTGTAGAGCTTACTCTTGGAGTACCAAACTGTGCAATATTTTTACATCATAAGATGTATTAGTTTACAGGCTGTGCTTTGA
AATTATAGTAGTATTTTGCTGTGGCTCCATTAATTAAATGAGATATATATTTAGTGCAGAAAAAAGACATTTAAAACAGCTATTAGTTCA
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TCCAGATGGACTTTTAATTTGTAAGATTTGAACTGTGACTTGTATACATCTGTTTAGAATCAATTATATTTGAAAAGCTGCCTGTGTTTT
AACAGTCAAGTGTGCTAAAGTTTGTCAATTTAAGCTGCTTTTGATTTCAGCTACCAAGATCACAGGTGCACTCTACACATAACACTGACA
GACCCATAACATTACATACATCTTAGTGAATTCTATCACATGGTAAAATGAACAGCTTTCTTTGTAACTCATAAAATTCTCTTAGGACAT
TTTTATAAAGTCACCTGTTTATAGTTCTATCTTTTCAGATTCCATTTCTTTTTACATAAAACAGCATACATATCAAAAACTGTAGCCTAG
AATACAGTTTAATTTTTGGCTTTTGTTTTTGTTTAAAAAATTGCAGTGAAGAATGGGATGTTTGTGTTTATGGCTATTTGGGCACCTTTA
GTAGAAACAGACAAAAGTAAGGAAACGATAATAGGACAAGCATACTTGAAAATTTCTGAATACTTAAACAAAAGCGCAACATCTTGAAAA
CCAGTCTAGTCATTGAAACCTATGAAATGACACTGAAAGATCCTGGGCTGCTTCTTAAATAAGTAGATCAGCAAGACTTGTTTCAGAGTG
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GCATTCCTCGAATATAACCCTAAAAACGCCATACTTTAAATTGTCTGGTTCTTGTAATATTGTGTTTCCTGCCAAGAGTTTGACCATTCT
GCTTGAGAAGTGTAGAGCTTACTCTTGGAGTACCAAACTGTGCAATATTTTTACATCATAAGATGTATTAGTTTACAGGCTGTGCTTTGA
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AACAGTCAAGTGTGCTAAAGTTTGTCAATTTAAGCTGCTTTTGATTTCAGCTACCAAGATCACAGGTGCACTCTACACATAACACTGACA
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TTTTATAAAGTCACCTGTTTATAGTTCTATCTTTTCAGATTCCATTTCTTTTTACATAAAACAGCATACATATCAAAAACTGTAGCCTAG
AATACAGTTTAATTTTTGGCTTTTGTTTTTGTTTAAAAAATTGCAGTGAAGAATGGGATGTTTGTGTTTATGGCTATTTGGGCACCTTTA
GTAGAAACAGACAAAAGTAAGGAAACGATAATAGGACAAGCATACTTGAAAATTTCTGAATACTTAAACAAAAGCGCAACATCTTGAAAA
CCAGTCTAGTCATTGAAACCTATGAAATGACACTGAAAGATCCTGGGCTGCTTCTTAAATAAGTAGATCAGCAAGACTTGTTTCAGAGTG
ACAGTGGAGTCGTTACCGCTGGAGGACTAAAGGGCCCTGTGGCAGCTGTCACTGGAACTTTGCCTCTTGATCAGGAAAAATGCTTCACCA
GTCCGTAAAGCCAAGTTGTATTTTTTTAATTGCCCTTTTTTCCTTCTGTATTTTTAAAGAAGGATGTTAATTTTTGACTATATATTTTAA
AAAAATCTAAGCAGGGGGACATGCAAAAACAATCATCATCCACTTGGATGTCATTTTATAGATTAACACTGTGTGCTTTTGTATGGAAAA
AATATATATAATTTAATAGTATAAAAAATAAAATATATATTCATTTGCACTTACGTGAAACACAAACTTTGCTCTACAAAATTTCGTGTT
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TGGGTTTTGTTGGGGTTTTTGTTACTGTTTTTAAATTACAGTAGGCTTCTATATATCCTGGATTTCTGAACTGGTCTTGTTGACAAGGAT
TCCCAAGAAATGGATCTTTTCACTGGCTGACTCTCCCATATCTGCAAGAGATTCTGCAGGAACTGGGTGTGCACACGGTGTTGTAGCCAG
TTCAGGTACTGAATATTTAGGATTTGGTGAAGTTCACTGTATTGCTATATTTTTGTAGATAAATAAAACTCAATAAATTGTTAATCATTC


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FusionGenePPI for VPS13B_EFR3A


check button Go to ChiPPI (Chimeric Protein-Protein interactions) to see the chimeric PPI interaction in

ChiPPI page

.

check button Protein-protein interactors with each fusion partner protein in wild-type (BIOGRID-3.4.160)
HgeneHgene's interactorsTgeneTgene's interactors
VPS13BCSNK1E, SPACA1, FAM177A1, DNAJC7, CSNK1D, SNX20, SNX21, LGALS7, DOCK5, LYPD4, FUZEFR3AELAVL1, RNF2, HOXB5, TMEM185A, KIFAP3, ELL2, KIAA1107, FBXO31, CDH1, PTPRE, RGS20, GJB7, TIGD5, SDC1, LPAR4, VPS4B, MMP26, HTR2C, ZNF517, CHRM4, ISG20, NTRK3, SLC2A12, ATG3


check button - Retained PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenStill interaction with


check button - Lost PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


check button - Retained PPIs, but lost function due to frame-shift fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


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RelatedDrugs for VPS13B_EFR3A


check button Drugs targeting genes involved in this fusion gene.
(DrugBank Version 5.1.0 2018-04-02)
PartnerGeneUniProtAccDrugBank IDDrug nameDrug activityDrug typeDrug status

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RelatedDiseases for VPS13B_EFR3A


check button Diseases associated with fusion partners.
(DisGeNet 4.0)
PartnerGeneDisease IDDisease name# pubmedsSource
HgeneVPS13BC0265223Cohen syndrome6CTD_human;ORPHANET;UNIPROT