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FusionGeneSummary

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FusionProtFeature

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FusionGeneSequence

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FusionGenePPI

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RelatedDiseases

Fusion gene ID: 32815

FusionGeneSummary for SCEL_LMO7

check button Fusion gene summary
Fusion gene informationFusion gene name: SCEL_LMO7
Fusion gene ID: 32815
HgeneTgene
Gene symbol

SCEL

LMO7

Gene ID

8796

4008

Gene namesciellinLIM domain 7
Synonyms-FBX20|FBXO20|LMO7b|LOMP
Cytomap

13q22.3

13q22.2

Type of geneprotein-codingprotein-coding
DescriptionsciellinLIM domain only protein 7F-box only protein 20F-box protein Fbx20LIM domain only 7 proteinLMO-7zinc-finger domain-containing protein
Modification date2018051920180522
UniProtAcc

O95171

Q8WWI1

Ensembl transtripts involved in fusion geneENST00000535157, ENST00000377246, 
ENST00000349847, ENST00000469982, 
ENST00000341547, ENST00000357063, 
ENST00000377534, ENST00000321797, 
ENST00000526202, ENST00000465261, 
ENST00000605961, 
Fusion gene scores* DoF score1 X 1 X 1=14 X 4 X 3=48
# samples 14
** MAII scorelog2(1/1*10)=3.32192809488736log2(4/48*10)=-0.263034405833794
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0
Context

PubMed: SCEL [Title/Abstract] AND LMO7 [Title/Abstract] AND fusion [Title/Abstract]

Functional or gene categories assigned by FusionGDB annotation
* DoF score (Degree of Frequency) = # partners X # break points X # cancer types
** MAII score (Major Active Isofusion Index) = log2(# samples/DoF score*10)

check button Gene ontology of each fusion partner gene with evidence of Inferred from Direct Assay (IDA) from Entrez
PartnerGeneGO IDGO termPubMed ID
HgeneSCEL

GO:0030216

keratinocyte differentiation

14632196

TgeneLMO7

GO:0045944

positive regulation of transcription by RNA polymerase II

17067998


check button Fusion gene information from three resources
(ChiTars (NAR, 2018), tumorfusions (NAR, 2018), Gao et al. (Cell, 2018))
* All genome coordinats were lifted-over on hg19.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
Data typeSourceCancer typeSampleHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
TCGALDOVTCGA-04-1356-01ASCELchr13

78130848

+LMO7chr13

76427228

+
* LD: Li Ding group's fusion gene list
  RV: Roel Verhaak group's fusion gene list
  ChiTaRs fusion database

check button Open reading frame (ORF) analsis of fusion genes based on Ensembl gene isoform structure.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
ORFHenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
In-frameENST00000535157ENST00000341547SCELchr13

78130848

+LMO7chr13

76427228

+
In-frameENST00000535157ENST00000357063SCELchr13

78130848

+LMO7chr13

76427228

+
In-frameENST00000535157ENST00000377534SCELchr13

78130848

+LMO7chr13

76427228

+
In-frameENST00000535157ENST00000321797SCELchr13

78130848

+LMO7chr13

76427228

+
In-frameENST00000535157ENST00000526202SCELchr13

78130848

+LMO7chr13

76427228

+
In-frameENST00000535157ENST00000465261SCELchr13

78130848

+LMO7chr13

76427228

+
5CDS-intronENST00000535157ENST00000605961SCELchr13

78130848

+LMO7chr13

76427228

+
In-frameENST00000377246ENST00000341547SCELchr13

78130848

+LMO7chr13

76427228

+
In-frameENST00000377246ENST00000357063SCELchr13

78130848

+LMO7chr13

76427228

+
In-frameENST00000377246ENST00000377534SCELchr13

78130848

+LMO7chr13

76427228

+
In-frameENST00000377246ENST00000321797SCELchr13

78130848

+LMO7chr13

76427228

+
In-frameENST00000377246ENST00000526202SCELchr13

78130848

+LMO7chr13

76427228

+
In-frameENST00000377246ENST00000465261SCELchr13

78130848

+LMO7chr13

76427228

+
5CDS-intronENST00000377246ENST00000605961SCELchr13

78130848

+LMO7chr13

76427228

+
In-frameENST00000349847ENST00000341547SCELchr13

78130848

+LMO7chr13

76427228

+
In-frameENST00000349847ENST00000357063SCELchr13

78130848

+LMO7chr13

76427228

+
In-frameENST00000349847ENST00000377534SCELchr13

78130848

+LMO7chr13

76427228

+
In-frameENST00000349847ENST00000321797SCELchr13

78130848

+LMO7chr13

76427228

+
In-frameENST00000349847ENST00000526202SCELchr13

78130848

+LMO7chr13

76427228

+
In-frameENST00000349847ENST00000465261SCELchr13

78130848

+LMO7chr13

76427228

+
5CDS-intronENST00000349847ENST00000605961SCELchr13

78130848

+LMO7chr13

76427228

+
intron-3CDSENST00000469982ENST00000341547SCELchr13

78130848

+LMO7chr13

76427228

+
intron-3CDSENST00000469982ENST00000357063SCELchr13

78130848

+LMO7chr13

76427228

+
intron-3CDSENST00000469982ENST00000377534SCELchr13

78130848

+LMO7chr13

76427228

+
intron-3CDSENST00000469982ENST00000321797SCELchr13

78130848

+LMO7chr13

76427228

+
intron-3CDSENST00000469982ENST00000526202SCELchr13

78130848

+LMO7chr13

76427228

+
intron-3CDSENST00000469982ENST00000465261SCELchr13

78130848

+LMO7chr13

76427228

+
intron-intronENST00000469982ENST00000605961SCELchr13

78130848

+LMO7chr13

76427228

+

Top

FusionProtFeatures for SCEL_LMO7


check buttonMain function of each fusion partner protein. (from UniProt)
HgeneTgene
SCEL

O95171

LMO7

Q8WWI1

May function in the assembly or regulation of proteinsin the cornified envelope. The LIM domain may be involved inhomotypic or heterotypic associations and may function to localizesciellin to the cornified envelope.

check buttonRetention analysis result of each fusion partner protein across 39 protein features of UniProt such as six molecule processing features, 13 region features, four site features, six amino acid modification features, two natural variation features, five experimental info features, and 3 secondary structure features. Here, because of limited space for viewing, we only show the protein feature retention information belong to the 13 regional features. All retention annotation result can be downloaded at

download page

.

* Minus value of BPloci means that the break pointn is located before the CDS.
- In-frame and retained protein feature among the 13 regional features.
>
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note
TgeneLMO7chr13:78130848chr13:76427228ENST00000341547+25301612_167811721350DomainLIM zinc-binding

- In-frame and not-retained protein feature among the 13 regional features.
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000349847+333619_68553689DomainLIM zinc-binding
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000377246+332619_68553669DomainLIM zinc-binding
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000535157+331619_68553647DomainLIM zinc-binding
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000349847+333251_56353689RegionNote=16 X approximate tandem repeats
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000377246+332251_56353669RegionNote=16 X approximate tandem repeats
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000535157+331251_56353647RegionNote=16 X approximate tandem repeats
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000349847+333251_26653689RepeatNote=1
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000349847+333267_28653689RepeatNote=2
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000349847+333287_30653689RepeatNote=3
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000349847+333307_32653689RepeatNote=4
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000349847+333327_34653689RepeatNote=5
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000349847+333347_36653689RepeatNote=6
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000349847+333387_40653689RepeatNote=8
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000349847+333407_42653689RepeatNote=9
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000349847+333427_44653689RepeatNote=10
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000349847+333447_46553689RepeatNote=11
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000349847+333466_48453689RepeatNote=12
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000349847+333485_50453689RepeatNote=13
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000349847+333505_52353689RepeatNote=14
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000349847+333524_54353689RepeatNote=15
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000349847+333544_56353689RepeatNote=16
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000377246+332251_26653669RepeatNote=1
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000377246+332267_28653669RepeatNote=2
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000377246+332287_30653669RepeatNote=3
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000377246+332307_32653669RepeatNote=4
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000377246+332327_34653669RepeatNote=5
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000377246+332347_36653669RepeatNote=6
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000377246+332387_40653669RepeatNote=8
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000377246+332407_42653669RepeatNote=9
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000377246+332427_44653669RepeatNote=10
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000377246+332447_46553669RepeatNote=11
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000377246+332466_48453669RepeatNote=12
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000377246+332485_50453669RepeatNote=13
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000377246+332505_52353669RepeatNote=14
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000377246+332524_54353669RepeatNote=15
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000377246+332544_56353669RepeatNote=16
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000535157+331251_26653647RepeatNote=1
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000535157+331267_28653647RepeatNote=2
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000535157+331287_30653647RepeatNote=3
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000535157+331307_32653647RepeatNote=4
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000535157+331327_34653647RepeatNote=5
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000535157+331347_36653647RepeatNote=6
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000535157+331387_40653647RepeatNote=8
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000535157+331407_42653647RepeatNote=9
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000535157+331427_44653647RepeatNote=10
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000535157+331447_46553647RepeatNote=11
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000535157+331466_48453647RepeatNote=12
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000535157+331485_50453647RepeatNote=13
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000535157+331505_52353647RepeatNote=14
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000535157+331524_54353647RepeatNote=15
HgeneSCELchr13:78130848chr13:76427228ENST00000535157+331544_56353647RepeatNote=16
TgeneLMO7chr13:78130848chr13:76427228ENST00000341547+25301042_112811721350DomainPDZ
TgeneLMO7chr13:78130848chr13:76427228ENST00000341547+253064_18111721350DomainCalponin-homology (CH)


Top

FusionGeneSequence for SCEL_LMO7


check button For in-frame fusion transcripts, we provide the fusion transcript sequences and fusion amino acid sequences.
(nt: nucleotides, aa: amino acids)

* Fusion amino acid sequences.
>In-frame_SCEL_ENST00000535157_chr13_78130848_+_LMO7_ENST00000341547_chr13_76427228_+_231aa
MSNVTLRKMSPTGNEMKSTTQGTTRKQQDFHEVNKRRTFLQDNSWIKKRPEEEKGESLDNLDSPRSNSWRQPPWLNQPTGFYASSSVQDF
SRPPPQLVSTSNRAYMRNPSSSVPPPSAGSVKTSTTGVATTQSPTPRSHSPSASQSGSQLRNRSVSGKRICSYCNNILGKGAAMIIESLG

>In-frame_SCEL_ENST00000535157_chr13_78130848_+_LMO7_ENST00000357063_chr13_76427228_+_218aa
MSNVTLRKMSPTGNEMKSTTQGTTRKQQDFHEVNKRRTFLQDNSWIKKRPEEEKGESLDNLDSPRSNSWRQPPWLNQPTGFYASSSVQDF
SRPPPQLVSTSNRAYMRNPSSSVPPPSAGSVKTSTTGVATTQSPTPRSHSPSASQSGSQLRNSVLPVSVTSEALPQELKSGSETTNCTAT

>In-frame_SCEL_ENST00000535157_chr13_78130848_+_LMO7_ENST00000377534_chr13_76427228_+_162aa
MSNVTLRKMSPTGNEMKSTTQGTTRKQQDFHEVNKRRTFLQDNSWIKKRPEEEKGESLDNLDSPRSNSWRQPPWLNQPTGFYASSSVQDF

>In-frame_SCEL_ENST00000535157_chr13_78130848_+_LMO7_ENST00000321797_chr13_76427228_+_231aa
MSNVTLRKMSPTGNEMKSTTQGTTRKQQDFHEVNKRRTFLQDNSWIKKRPEEEKGESLDNLDSPRSNSWRQPPWLNQPTGFYASSSVQDF
SRPPPQLVSTSNRAYMRNPSSSVPPPSAGSVKTSTTGVATTQSPTPRSHSPSASQSGSQLRNRSVSGKRICSYCNNILGKGAAMIIESLG

>In-frame_SCEL_ENST00000535157_chr13_78130848_+_LMO7_ENST00000526202_chr13_76427228_+_231aa
MSNVTLRKMSPTGNEMKSTTQGTTRKQQDFHEVNKRRTFLQDNSWIKKRPEEEKGESLDNLDSPRSNSWRQPPWLNQPTGFYASSSVQDF
SRPPPQLVSTSNRAYMRNPSSSVPPPSAGSVKTSTTGVATTQSPTPRSHSPSASQSGSQLRNRSVSGKRICSYCNNILGKGAAMIIESLG

>In-frame_SCEL_ENST00000535157_chr13_78130848_+_LMO7_ENST00000465261_chr13_76427228_+_218aa
MSNVTLRKMSPTGNEMKSTTQGTTRKQQDFHEVNKRRTFLQDNSWIKKRPEEEKGESLDNLDSPRSNSWRQPPWLNQPTGFYASSSVQDF
SRPPPQLVSTSNRAYMRNPSSSVPPPSAGSVKTSTTGVATTQSPTPRSHSPSASQSGSQLRNSVLPVSVTSEALPQELKSGSETTNCTAT

>In-frame_SCEL_ENST00000377246_chr13_78130848_+_LMO7_ENST00000341547_chr13_76427228_+_231aa
MSNVTLRKMSPTGNEMKSTTQGTTRKQQDFHEVNKRRTFLQDNSWIKKRPEEEKGESLDNLDSPRSNSWRQPPWLNQPTGFYASSSVQDF
SRPPPQLVSTSNRAYMRNPSSSVPPPSAGSVKTSTTGVATTQSPTPRSHSPSASQSGSQLRNRSVSGKRICSYCNNILGKGAAMIIESLG

>In-frame_SCEL_ENST00000377246_chr13_78130848_+_LMO7_ENST00000357063_chr13_76427228_+_218aa
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CAGATCCTCCCAGGGAATCACTACAGGCTGGTTAGCCAAAAAGTCCTGATTTTCTGCTCAATAGAGGTCCTTACTGGAAGGCAGCATGTC
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TGTTGCTAAGTAATTCCCAATAGAAAGCTGCTTATTTTCATTAATGAAAAATAACCATGGTTTGTATACTAGAAGTCTTCTTCAGAAACT
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CCTCAGGCCTTTTAGCCATATTTCAGTATGTGGCCTTTTTTGATGTTATGTTTTATCCAGTAGCTTTACTAAGGTATAATTGATGTAATA
AACTGCATATATTTAAAGTGTATACTTTGACAAATTTTGACATGGTGTATACCTTCGAAACTATGCCACAGTCTGGATGTGTTTACTGAA
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CAGATCCTCCCAGGGAATCACTACAGGCTGGTTAGCCAAAAAGTCCTGATTTTCTGCTCAATAGAGGTCCTTACTGGAAGGCAGCATGTC
CAATGTTACCTTGAGAAAAATGTCTCCCACAGGAAATGAGATGAAGAGCACCACTCAGGGAACCACACGGAAGCAGCAGGATTTTCACGA
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GTGCAGTATTTACCTGTTGAATTCAGCATCTTGAGAGCACAAGGGAAAAAATAAGAACCTACGAATATTTTTGAGGCAGATAATGATCTA
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TATTTTCTTTACCAGAAATGTTGCTAAGTAATTCCCAATAGAAAGCTGCTTATTTTCATTAATGAAAAATAACCATGGTTTGTATACTAG

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AGATCCTCCCAGGGAATCACTACAGGCTGGTTAGCCAAAAAGTCCTGATTTTCTGCTCAATAGAGGTCCTTACTGGAAGGCAGCATGTCC
AATGTTACCTTGAGAAAAATGTCTCCCACAGGAAATGAGATGAAGAGCACCACTCAGGGAACCACACGGAAGCAGCAGGATTTTCACGAG
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TATCATTTGCATTGTTTTAAGTGTGTTGCCTGTGAGTGTGACCTCGGAGGCTCTTCCTCAGGAGCTGAAGTCAGGATCAGAAACCACCAA
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AGATCCTCCCAGGGAATCACTACAGGCTGGTTAGCCAAAAAGTCCTGATTTTCTGCTCAATAGAGGTCCTTACTGGAAGGCAGCATGTCC
AATGTTACCTTGAGAAAAATGTCTCCCACAGGAAATGAGATGAAGAGCACCACTCAGGGAACCACACGGAAGCAGCAGGATTTTCACGAG
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GTTGCTAAGTAATTCCCAATAGAAAGCTGCTTATTTTCATTAATGAAAAATAACCATGGTTTGTATACTAGAAGTCTTCTTCAGAAACTG


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FusionGenePPI for SCEL_LMO7


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check button Protein-protein interactors with each fusion partner protein in wild-type (BIOGRID-3.4.160)
HgeneHgene's interactorsTgeneTgene's interactors
SCELTXNIP, APP, GOLGA2, KIFC3, NMI, FXR2, MTUS2, TSGA10, TSC22D2, CDH1, FRMD1, RAB11BLMO7SFN, EMD, CALM1, SP1, HNRNPR, ILF3, FMNL1, YWHAE, CFTR, MDM2, PKM, YWHAQ, YWHAB, RPA1, RPA2, RPA3, CCDC8, RNF2, SFPQ, SRPK2, CEP128, CEP135, CNTRL, NINL, ODF2, CAPZA2, CDK2, DBN1, MYH9, PPP1CB, RNH1, IQGAP1, SYNPO, ANLN, MYO19, MYO18A, RHOU, CDC5L, CDH1, KCTD3, CBY1, RAB3IP, TES


check button - Retained PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenStill interaction with


check button - Lost PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


check button - Retained PPIs, but lost function due to frame-shift fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


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RelatedDrugs for SCEL_LMO7


check button Drugs targeting genes involved in this fusion gene.
(DrugBank Version 5.1.0 2018-04-02)
PartnerGeneUniProtAccDrugBank IDDrug nameDrug activityDrug typeDrug status

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RelatedDiseases for SCEL_LMO7


check button Diseases associated with fusion partners.
(DisGeNet 4.0)
PartnerGeneDisease IDDisease name# pubmedsSource