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Fusion gene ID: 31242 |
FusionGeneSummary for RIF1_PDE11A |
 Fusion gene summary |
| Fusion gene information | Fusion gene name: RIF1_PDE11A | Fusion gene ID: 31242 | Hgene | Tgene | Gene symbol | RIF1 | PDE11A | Gene ID | 55791 | 50940 |
| Gene name | ligand dependent nuclear receptor interacting factor 1 | phosphodiesterase 11A | |
| Synonyms | C1orf103|RIF1 | PPNAD2 | |
| Cytomap | 1p13.3 | 2q31.2 | |
| Type of gene | protein-coding | protein-coding | |
| Description | ligand-dependent nuclear receptor-interacting factor 1receptor-interacting factor 1 | dual 3',5'-cyclic-AMP and -GMP phosphodiesterase 11AcAMP and cGMP cyclic nucleotide phosphodiesterase 11A | |
| Modification date | 20180523 | 20180329 | |
| UniProtAcc | Q5UIP0 | Q9HCR9 | |
| Ensembl transtripts involved in fusion gene | ENST00000444746, ENST00000453091, ENST00000428287, ENST00000243326, ENST00000430328, ENST00000433166, ENST00000457745, | ENST00000286063, ENST00000358450, ENST00000450799, ENST00000409504, ENST00000389683, ENST00000449286, ENST00000497003, | |
| Fusion gene scores | * DoF score | 4 X 4 X 3=48 | 8 X 4 X 6=192 |
| # samples | 5 | 8 | |
| ** MAII score | log2(5/48*10)=0.0588936890535686 effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (eGinPCFGs). DoF>8 and MAII>0 | log2(8/192*10)=-1.26303440583379 possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs). DoF>8 and MAII<0 | |
| Context | PubMed: RIF1 [Title/Abstract] AND PDE11A [Title/Abstract] AND fusion [Title/Abstract] | ||
| Functional or gene categories assigned by FusionGDB annotation | |||
| * DoF score (Degree of Frequency) = # partners X # break points X # cancer types ** MAII score (Major Active Isofusion Index) = log2(# samples/DoF score*10) |
| Gene ontology of each fusion partner gene with evidence of Inferred from Direct Assay (IDA) from Entrez |
| Partner | Gene | GO ID | GO term | PubMed ID |
| Fusion gene information from three resources (ChiTars (NAR, 2018), tumorfusions (NAR, 2018), Gao et al. (Cell, 2018)) * All genome coordinats were lifted-over on hg19. * Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser. |
| Data type | Source | Cancer type | Sample | Hgene | Hchr | Hbp | Hstrand | Tgene | Tchr | Tbp | Tstrand |
| TCGA | RV | UCEC | TCGA-AJ-A3NF-01A | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| * LD: Li Ding group's fusion gene list RV: Roel Verhaak group's fusion gene list ChiTaRs fusion database |
| Open reading frame (ORF) analsis of fusion genes based on Ensembl gene isoform structure. * Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser. |
| ORF | Henst | Tenst | Hgene | Hchr | Hbp | Hstrand | Tgene | Tchr | Tbp | Tstrand |
| In-frame | ENST00000444746 | ENST00000286063 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| In-frame | ENST00000444746 | ENST00000358450 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| 5CDS-intron | ENST00000444746 | ENST00000450799 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| 5CDS-intron | ENST00000444746 | ENST00000409504 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| 5CDS-intron | ENST00000444746 | ENST00000389683 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| 5CDS-intron | ENST00000444746 | ENST00000449286 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| 5CDS-5UTR | ENST00000444746 | ENST00000497003 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| In-frame | ENST00000453091 | ENST00000286063 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| In-frame | ENST00000453091 | ENST00000358450 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| 5CDS-intron | ENST00000453091 | ENST00000450799 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| 5CDS-intron | ENST00000453091 | ENST00000409504 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| 5CDS-intron | ENST00000453091 | ENST00000389683 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| 5CDS-intron | ENST00000453091 | ENST00000449286 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| 5CDS-5UTR | ENST00000453091 | ENST00000497003 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| In-frame | ENST00000428287 | ENST00000286063 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| In-frame | ENST00000428287 | ENST00000358450 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| 5CDS-intron | ENST00000428287 | ENST00000450799 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| 5CDS-intron | ENST00000428287 | ENST00000409504 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| 5CDS-intron | ENST00000428287 | ENST00000389683 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| 5CDS-intron | ENST00000428287 | ENST00000449286 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| 5CDS-5UTR | ENST00000428287 | ENST00000497003 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| In-frame | ENST00000243326 | ENST00000286063 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| In-frame | ENST00000243326 | ENST00000358450 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| 5CDS-intron | ENST00000243326 | ENST00000450799 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| 5CDS-intron | ENST00000243326 | ENST00000409504 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| 5CDS-intron | ENST00000243326 | ENST00000389683 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| 5CDS-intron | ENST00000243326 | ENST00000449286 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| 5CDS-5UTR | ENST00000243326 | ENST00000497003 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| In-frame | ENST00000430328 | ENST00000286063 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| In-frame | ENST00000430328 | ENST00000358450 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| 5CDS-intron | ENST00000430328 | ENST00000450799 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| 5CDS-intron | ENST00000430328 | ENST00000409504 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| 5CDS-intron | ENST00000430328 | ENST00000389683 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| 5CDS-intron | ENST00000430328 | ENST00000449286 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| 5CDS-5UTR | ENST00000430328 | ENST00000497003 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| intron-3CDS | ENST00000433166 | ENST00000286063 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| intron-3CDS | ENST00000433166 | ENST00000358450 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| intron-intron | ENST00000433166 | ENST00000450799 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| intron-intron | ENST00000433166 | ENST00000409504 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| intron-intron | ENST00000433166 | ENST00000389683 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| intron-intron | ENST00000433166 | ENST00000449286 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| intron-5UTR | ENST00000433166 | ENST00000497003 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| intron-3CDS | ENST00000457745 | ENST00000286063 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| intron-3CDS | ENST00000457745 | ENST00000358450 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| intron-intron | ENST00000457745 | ENST00000450799 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| intron-intron | ENST00000457745 | ENST00000409504 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| intron-intron | ENST00000457745 | ENST00000389683 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| intron-intron | ENST00000457745 | ENST00000449286 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
| intron-5UTR | ENST00000457745 | ENST00000497003 | RIF1 | chr2 | 152318980 | + | PDE11A | chr2 | 178592900 | - |
Top |
FusionProtFeatures for RIF1_PDE11A |
| Main function of each fusion partner protein. (from UniProt) |
| Hgene | Tgene |
| RIF1 | PDE11A |
| Plays a role in signal transduction by regulating theintracellular concentration of cyclic nucleotides cAMP and cGMP.Catalyzes the hydrolysis of both cAMP and cGMP to 5'-AMP and 5'-GMP, respectively. {ECO:0000269|PubMed:10725373,ECO:0000269|PubMed:10906126, ECO:0000269|PubMed:11050148}. |
| Retention analysis result of each fusion partner protein across 39 protein features of UniProt such as six molecule processing features, 13 region features, four site features, six amino acid modification features, two natural variation features, five experimental info features, and 3 secondary structure features. Here, because of limited space for viewing, we only show the protein feature retention information belong to the 13 regional features. All retention annotation result can be downloaded at . * Minus value of BPloci means that the break pointn is located before the CDS. |
| - In-frame and retained protein feature among the 13 regional features. |
| Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Protein feature | Protein feature note |
| Tgene | >PDE11A | chr2:152318980 | chr2:178592900 | ENST00000358450 | - | 10 | 21 | 402_558 | 346 | 684 | Domain | Note=GAF 2 |
| Tgene | >PDE11A | chr2:152318980 | chr2:178592900 | ENST00000358450 | - | 10 | 21 | 588_912 | 346 | 684 | Domain | PDEase |
| Tgene | >PDE11A | chr2:152318980 | chr2:178592900 | ENST00000389683 | - | 6 | 17 | 217_370 | 152 | 490 | Domain | Note=GAF 1 |
| Tgene | >PDE11A | chr2:152318980 | chr2:178592900 | ENST00000389683 | - | 6 | 17 | 402_558 | 152 | 490 | Domain | Note=GAF 2 |
| Tgene | >PDE11A | chr2:152318980 | chr2:178592900 | ENST00000389683 | - | 6 | 17 | 588_912 | 152 | 490 | Domain | PDEase |
| Tgene | >PDE11A | chr2:152318980 | chr2:178592900 | ENST00000409504 | - | 8 | 20 | 402_558 | 238 | 663 | Domain | Note=GAF 2 |
| Tgene | >PDE11A | chr2:152318980 | chr2:178592900 | ENST00000409504 | - | 8 | 20 | 588_912 | 238 | 663 | Domain | PDEase |
| Tgene | >PDE11A | chr2:152318980 | chr2:178592900 | ENST00000449286 | - | 8 | 19 | 402_558 | 238 | 576 | Domain | Note=GAF 2 |
| Tgene | >PDE11A | chr2:152318980 | chr2:178592900 | ENST00000449286 | - | 8 | 19 | 588_912 | 238 | 576 | Domain | PDEase |
| - In-frame and not-retained protein feature among the 13 regional features. |
| Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Protein feature | Protein feature note |
| Tgene | PDE11A | chr2:152318980 | chr2:178592900 | ENST00000286063 | - | 9 | 20 | 217_370 | 596 | 934 | Domain | Note=GAF 1 |
| Tgene | PDE11A | chr2:152318980 | chr2:178592900 | ENST00000286063 | - | 9 | 20 | 402_558 | 596 | 934 | Domain | Note=GAF 2 |
| Tgene | PDE11A | chr2:152318980 | chr2:178592900 | ENST00000286063 | - | 9 | 20 | 588_912 | 596 | 934 | Domain | PDEase |
| Tgene | PDE11A | chr2:152318980 | chr2:178592900 | ENST00000358450 | - | 10 | 21 | 217_370 | 346 | 684 | Domain | Note=GAF 1 |
| Tgene | PDE11A | chr2:152318980 | chr2:178592900 | ENST00000409504 | - | 8 | 20 | 217_370 | 238 | 663 | Domain | Note=GAF 1 |
| Tgene | PDE11A | chr2:152318980 | chr2:178592900 | ENST00000449286 | - | 8 | 19 | 217_370 | 238 | 576 | Domain | Note=GAF 1 |
Top |
FusionGeneSequence for RIF1_PDE11A |
| For in-frame fusion transcripts, we provide the fusion transcript sequences and fusion amino acid sequences. (nt: nucleotides, aa: amino acids) |
| * Fusion amino acid sequences. |
| >In-frame_RIF1_ENST00000444746_chr2_152318980_+_PDE11A_ENST00000286063_chr2_178592900_-_1459aa MTARGQSPLAPLLETLEDPSASHGGQTDAYLTLTSRMTGEEGKEVITEIEKKLPRLYKVLKTHISSQNSELSSAALQALGFCLYNPKITS ELSEANALELLSKLNDTIKNSDKNVRTRALWVISKQTFPSEVVGKMVSSIIDSLEILFNKGETHSAVVDFEALNVIVRLIEQAPIQMGEE AVRWAKLVIPLVVHSAQKVHLRGATALEMGMPLLLQKQQEIASITEQLMTTKLISELQKLFMSKNETYVLKLWPLFVKLLGRTLHRSGSF INSLLQLEELGFRSGAPMIKKIAFIAWKSLIDNFALNPDILCSAKRLKLLMQPLSSIHVRTETLALTKLEVWWYLLMRLGPHLPANFEQV CVPLIQSTISIDSNASPQGNSCHVATSPGLNPMTPVHKGASSPYGAPGTPRMNLSSNLGGMATIPSIQLLGLEMLLHFLLGPEALSFAKQ NKLVLSLEPLEHPLISSPSFFSKHANTLITAVHDSFVAVGKDAPDVVVSAIWKELISLVKSVTESGNKKEKPGSEVLTLLLKSLESIVKS EVFPVSKTLVLMEITIKGLPQKVLGSPAYQVANMDILNGTPALFLIQLIFNNFLECGVSDERFFLSLESLVGCVLSGPTSPLAFSDSVLN VINQNAKQLENKEHLWKMWSVIVTPLTELINQTNEVNQGDALEHNFSAIYGALTLPVNHIFSEQRFPVATMKTLLRTWSELYRAFARCAA LVATAEENLCCEELSSKIMSSLEDEGFSNLLFVDRIIYIITVMVDCIDFSPYNIKYQPKVKSPQRPSDWSKKKNEPLGKLTSLFKLIVKV 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| * Fusion transcript sequences (only coding sequence (CDS) region). |
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GACTAAGAGGGGAATAAAAGCAAGAAGAAAAAGAAACGTAAGAACACCAGTAAAGGAAAGACAGGGACCGAGACAGGTGGTTAAGGGAAA TGAAAAAAAAAAAAAAAAGGTGAAAGTCAATCCAAACAAAGAAAAATGGCACTTCCAACCAAAAAAAATGAAGGTGTAGAACCCTGTCAT CAATTGCTCAGAAAAGAGAGACACTTGAGCAGGGAGGGGTTTGAGAAAGGGGAGAAGGAAGGAGTGAGAGCCCTAAAAAATAATGTTCCT AGCTACCCTTTACAGCTGTCTCTGCAGGGAAGACTGGAGAAAGTAGAGGGGGAAATGAATGCAGGAAGAAACTGCCTCTGCAGAGCAGGT AAGAGGAGGTTGTTCAGATTTATGGATTTTATTAAGCCAGTTTTCTGTATCACTCTGCTATAAAGGAAAATAGCTTCTGCAGGGCTGTCT CTCCTCCTTCAGGTGGGGAACAAAGGGTGGGTGGAGTCAGGGACAGAGTCTGGTCTGCGAGATCGTGACGTGTCTGCAGCTCCGAAGCAC TGCAGGTGTTTCTGGGTAATGTGCCACATCATGTTTATATCACGAACGGGAATTGAAAATCAGTCTGTGTGAGGCAGAGATGAGCCCACA TCTGTTATCCTCCCCAACAATAAATAAATAAATAGCCCAGACAAATGGATGCCAGTCCATCTACAGCAACATTTTAAAGCATGTGCTTTA TGACAAAACTGGACCCAGGGTCTGACAGAGACTGCAGGCTGCCGTGAGCACTGTAGCTATCCTGAACATTGATGCTACATATTGCTAAGG GGAACATAATTTATAGCATAAACCCTACAAGCTTCCACTAAGGTTGAGTTTTCCTCTCATTTTCTTGCCGTTTTATTGGCTTCACTGCAT GGTTGCCAATAGCAACATCCACTGGTAGCAAGGGGAGTTCAACACCATTGCAATCTGCCATACAGTGGAGCCCTGACAATGTCAACCATC AATCTAGTAGCTGTTTGTAATTGCCTCCATCTATTTCTCCTGTCTTGAGGTATCTTTCCTATTGTGGGTCAAGATTTAGAAACTGCTGAC TAATGCCATGGGTCTGTGTCTCCATGACTATGAAGCAGTGGACAGGAAGGTAGCAGCTTCCTGGTGCCAACAACCCCAGAGGTTAGAGGT TGAACTCTTGCGGGTTTCAGGCGTTTTTAATCCCTTTTCTAAACAATTTATAATTTTGCAAGAATGTGAGGCATATGCAGTTATCCATAT AATCTGCTTTTCCAAAAAAGAGAAAGGAAGTTTCCCAGTCCTTATTATTAATGTTTATTTCCTATTGGAGAAAGACATTTGAAATATGAG CCTTCTTGTAAAAACTCAAACTGACCAGATTATGTTTGCTTCCTCAGGTCTCTTGGCATTAATTGTTGAAATAACTTCATCCTACTTTTT CGATGAGATGTATTTTTTTCAGACATATTTATTCTTACTAGTCACTATGTAGCTATTATGTGCACAATCTACAATGTAGTGGCAATCCTG GTGGGTAGGGACAGCTTCACATACTGCAAAGGGTGCCATTCAGTGCATAGCAGACTGGAACTCCCTCCTAGCTTGGCCACCAGCTGAACC TGTAATCTTAGGACTCTCCAAGTCTTAGAATCTCCATCTATTACATAAAAGCACTGACTTTTATTCAGTCCCCACACCAAAGGACCAAGA CGTGTTTAGCTTTAAAGAAATTTTCCAGATAATTTTCTTTTTTATTCTTCTCAAATAAAATAGCAACAAACCTAAAGCAGTCATCTTCTT AATAAAGACATAATAAAACTTACATATATGGGGTAGATGTAAGCACAATCATACTACAGATGTATCTTGAGCCTGTCTCTAATTATGATG AAAGATGTAGTCATCAATACAATTTAAAAAAAGATATGTCCTTTTTTTGAGACAGGGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGGGCAGTGG CACAATCACAGCCACTGCAGCCTTGACCTCTCCAACTTAAGTGATCTTTCCTGCCTCAGCCTCATGAGTAGCTGGGACCACAGGTGTGCA CCACCACACCCAGCTAAATTTTGTATTGTTTGTAAAGACGAGGCCTCACTATGCTGACCACACTGGTCTCGAACTCCTGGGCTCAAGCAA TCCTCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGTTAGGGTTAGAGATATGAACCACCACACCCACCTTATATGTCCTTTTATTTCATAAAAAACAAT TTTAGATTATCTGATATCACACATATCCCATAAATGGTAGTCATTAATTTAGAAGTGAATTTATAAAGTTAAGAGAAGTTAAAATTGCAC ATGCATTTTGTTTCTAAAATCTGAGATGTCTATGCATTTCCAGGTATTGTATATTTGCAAATACATTGGGTTAGAAATCATCTTTAACAT TTTGTGTTAGTGTAATAACAATATTATCTAATATTAATGCTGCCAGAATCCAGTTGCTTTTTCTGTGTATCAAAATTTATCATAACTTTT TCCACTTAACACTAGGTAATTAAACAGAATCTGCCCAATTTATTCTGCAGTAAAATTATTTTAAAATCTATTTTTCCTGCTGACTCTTAG AAATTGCAGAAAGACAAAAACCAGTTTCATCTCCAGTAATAGTGTGAAACAATTTCCTTCCAGTGGGACAGAAACCTAGACATACTAGGG AAAGATTTAAATATAAAGAAAAATGCCTTGGCTGAAAAAAAAAAAAACCACCAAAACACAAAAAGGATTCATTAAAGCAACAGAACAAAA CCTAATTTGGGACCCTAAAAACTCTGGCAATGCCACTGTAATGAAGTTTCATTATCTGCTTCAGAGTAACAGTCTCTGAAATTGTTATTC TGCTACATGCTGTAAAGAACTCCCAAAACTCAAATGTATCAGGAAATGTAAAGGTTAAGTCTGACTACAAGAAGGCCAAAATTGCACCAG CTTCCTAAGTGAAGAATAATAGAATAAAACATATAGAGGGCAGAAATAAAATGAGGTGTATCTGGAGAATTTCATGATGAGCATTTAGAT TTAGCAATGCCCAATGTCATGCTGACACTGTTTGTCATGACCTTGTCTTCAGCTAGTAATTTGGGGTTGTACTTTTTTAAATTTAATTTT GAATGTTCTTGCATGTTTGGTACCTCTCTCCTCACTGCTAAAGATAAATTGTTTATCTGTATAACATAACTACACCAATGTCATTTTTGT ATACGCTAGTACACAAATGTGTTTTTTTATTAAGTAATGAAGTATTTGCTGTGAAAAATGTATTATTTGTGCCACCGTTTATATCTGTGT TCATTTTCTGTGTGTATATGCGTGTGTATTCGAATCTCAATTTTTCTTTTACTCTAGTTTAGATTAAGACATATTTAGATGAAATTTTAA AAATAACATTGGAAATAGGAGGCTAAGTTTTGTTGAGTCTCATTCCCTTGGGGGGAAATTGCTTTTGCCATTTTATTTTCATGTACAATA ACCTAAAAAGGATCTCCTACTGACTTCCTTCCTAATTATTATTGTTTTACACGAAAGAAAGGAAATACGTTTTCAATTGAGTTGTTTGAA ATCATTCACTTTGTGTAGATTTCCCAGACTGATGTTTCATTGTAAGAATATTACATTATAGACAGGTTGGCCATTTCACAAGCAACTAAT >In-frame_RIF1_ENST00000430328_chr2_152318980_+_PDE11A_ENST00000358450_chr2_178592900_-_6049nt CCCTCCGCCCCCTCGCGGCGAGATGCCTCGTTCCCCGGGCTTCTCCCGCCCTCCGCCGATCTCCTCCCTCTGTTGAAAGCTGCCCGGGAA AGTGGTGGCGGGAGCGGGCCCAGGCCCGAATGTGGCGTGGGCTCAGGTGTCTGGTGTCGGGCGCCGGAGGAGGTTCGCGCTGGGGTTTGG TGATTCGGAGGCCTGGGGTGCAGACGCGGCGTGGCTGTGAGGCCCGGGCGGGCGTGCGGGTGTGAGGGCCGGACTCACACTGGGCCGCCG CGGGGCTGTTTCCATCGGTCACTGGATTTTCTCCTCTTCCGGTTCGGGCCTCAGGGTGGCCGACATGACGGCCAGGGGTCAGAGCCCCCT CGCGCCGCTGTTGGAGACTTTGGAAGACCCTTCTGCCTCCCATGGAGGGCAGACTGACGCTTACCTGACTCTGACCAGTCGTATGACTGG AGAAGAAGGAAAAGAAGTAATTACAGAAATTGAGAAAAAACTTCCTCGGCTGTACAAAGTTTTAAAGACTCACATTTCCAGTCAAAACTC GGAGCTGAGTAGTGCTGCTCTACAAGCCCTGGGGTTTTGCTTATATAATCCCAAAATTACCTCAGAATTATCAGAGGCAAATGCTCTAGA ATTGCTTTCAAAATTGAATGATACCATTAAGAATTCAGACAAAAATGTACGTACTAGAGCACTTTGGGTGATATCTAAGCAGACATTTCC CTCTGAAGTGGTTGGCAAAATGGTATCCAGTATAATTGATTCATTAGAAATACTGTTTAACAAAGGAGAGACGCATTCTGCTGTTGTTGA TTTTGAAGCATTAAATGTTATCGTAAGGCTAATTGAACAAGCCCCAATTCAAATGGGAGAAGAGGCAGTGAGGTGGGCAAAACTGGTCAT ACCTTTAGTGGTTCATTCAGCACAAAAGGTACATTTGCGGGGAGCAACTGCTCTGGAGATGGGAATGCCATTATTGCTTCAGAAACAGCA AGAAATAGCATCTATTACGGAGCAGCTTATGACTACTAAATTAATCTCAGAACTTCAGAAGCTATTTATGAGTAAAAATGAGACTTACGT GTTAAAATTATGGCCTTTGTTTGTCAAACTACTTGGAAGGACCTTGCATCGAAGTGGGAGTTTCATCAATTCTCTCTTGCAACTAGAAGA ACTTGGATTTCGTAGTGGAGCACCCATGATTAAAAAGATAGCTTTTATTGCTTGGAAGAGTTTAATAGATAATTTTGCTTTAAATCCAGA TATACTATGTAGTGCAAAAAGACTCAAGTTGTTAATGCAGCCTTTGAGTTCCATCCATGTGAGAACAGAAACTCTAGCATTAACAAAACT AGAAGTCTGGTGGTATTTACTGATGAGACTTGGACCTCATCTTCCTGCTAATTTTGAACAGGTTTGTGTGCCTCTGATTCAAAGTACAAT AAGCATTGATTCTAATGCCTCACCTCAGGGCAATTCGTGTCATGTAGCTACATCTCCAGGTTTAAATCCTATGACTCCTGTACACAAAGG TGCTTCCTCCCCGTACGGAGCCCCGGGAACTCCCCGAATGAACCTGAGTTCGAATTTAGGTGGAATGGCCACAATCCCATCCATTCAACT TTTGGGACTTGAAATGTTGCTTCATTTCTTGTTGGGTCCAGAAGCCTTGAGTTTTGCTAAGCAAAATAAACTTGTGCTGAGCTTAGAGCC ATTGGAACATCCGTTAATCAGCAGCCCTTCCTTTTTTTCCAAACATGCAAATACACTTATCACTGCTGTTCATGATAGCTTTGTTGCAGT TGGAAAAGATGCCCCCGATGTGGTTGTCAGTGCTATCTGGAAGGAGCTAATTAGCTTGGTGAAGTCAGTTACTGAATCAGGTAACAAAAA AGAGAAACCAGGTTCTGAAGTTTTGACTCTCTTATTAAAGTCTTTGGAAAGCATAGTAAAGTCTGAAGTATTTCCTGTATCAAAAACGCT GGTCCTCATGGAAATTACAATTAAAGGACTTCCTCAGAAAGTATTAGGTTCACCAGCATATCAGGTTGCTAATATGGATATTCTTAATGG AACTCCAGCTTTGTTCTTAATTCAATTAATTTTCAACAATTTCTTGGAATGTGGTGTATCAGATGAAAGGTTCTTTCTCAGTTTGGAATC ACTTGTAGGCTGTGTTCTTTCTGGTCCAACTTCACCACTAGCTTTCAGTGACTCAGTTTTAAATGTTATTAATCAAAATGCAAAGCAGTT GGAAAATAAGGAGCATCTCTGGAAAATGTGGAGTGTTATAGTCACCCCATTAACTGAATTGATTAATCAGACCAATGAAGTAAATCAAGG TGATGCCTTAGAACATAATTTTAGTGCCATCTATGGTGCATTGACTTTACCAGTAAACCACATTTTTTCAGAACAGAGATTTCCAGTGGC CACCATGAAGACTTTGCTTAGAACTTGGTCAGAATTATATAGAGCATTTGCTCGTTGTGCTGCTTTGGTGGCAACAGCAGAAGAGAACTT GTGCTGTGAGGAACTTTCTTCCAAGATAATGTCCAGTTTGGAAGATGAAGGCTTTTCTAATTTGTTGTTCGTGGATAGAATTATTTATAT TATTACTGTAATGGTTGATTGCATTGACTTCTCACCATATAATATTAAATATCAGCCCAAAGTTAAATCACCACAGAGACCTTCAGATTG GTCCAAAAAGAAGAATGAGCCCCTAGGGAAATTGACTTCTTTATTTAAACTTATTGTGAAAGTGATCTATTCTTTCCACACACTGAGCTT CAAGGAAGCACATTCTGATACCCTCTTCACTATTGGCAACTCAATCACCGGCATTATTTCCAGTGTACTTGGGCATATTTCTTTGCCTTC TATGATCCGAAAAATATTTGCAACTTTAACAAGACCTCTGGCATTATTTTATGAAAACTCAAAGCTTGATGAAGTTCCTAAAGTATATAG TTGTCTGAACAACAAGTTAGAAAAGCTACTGGGAGAAATTATTGCTTGTCTGCAATTCAGCTACACCGGAACTTATGATAGTGAACTTCT TGAACAACTCTCCCCACTATTATGCATAATATTTCTGCACAAGAATAAACAGATTCGAAAACAGAGTGCTCAGTTCTGGAATGCCACTTT TGCCAAAGTGATGATGTTGGTTTATCCTGAAGAGTTAAAACCAGTACTAACACAAGCCAAACAAAAATTTCTGCTCCTGTTGCCTGGTTT GGAAACTGTTGAAATGATGGAGGAATCCAGTGGACCATATTCTGATGGAACAGAAAATTCACAACTAAATGTGAAGATAAGTGGCATGGA GAGAAAATCAAATGGAAAAAGAGATTCATTTTTGGCACAAACAAAGAATAAAAAAGAAAATATGAAACCAGCAGCCAAACTGAAACTTGA ATCTTCGTCTTTAAAAGTAAAGGGTGAAATTCTTTTGGAAGAGGAAAAGTCTACTGACTTTGTGTTTATACCTCCAGAAGGAAAAGATGC AAAGGAAAGAATATTAACTGATCATCAAAAAGAAGTTCTCAAAACAAAGCGGTGTGATATTCCTGCCATGTATAATAATCTGGATGTTTC CCAAGATACCTTATTTACTCAGTATAGTCAGGAAGAGCCTATGGAAATTCCTACTTTAACCAGAAAACCAAAGGAGGATTCTAAGATGAT GATTACGGCAGCCAACATCCCTCTGGTGTCAGAACTTGCCATCGATGACATTCATTTTGATGACTTTTCTCTCGACGTTGATGCCATGAT CACAGCTGCTCTCCGGATGTTCATGGAGCTGGGGATGGTACAGAAATTTAAAATTGACTATGAGACACTGTGTAGGTGGCTTTTGACAGT GAGGAAAAACTATCGGATGGTTCTATACCACAACTGGAGACATGCCTTCAACGTGTGTCAGCTGATGTTCGCGATGTTAACCACTGCTGG GTTTCAAGACATTCTGACCGAGGTGGAAATTTTAGCGGTGATTGTGGGATGCCTGTGTCATGACCTCGACCACAGGGGAACCAACAATGC CTTCCAAGCTAAGAGTGGCTCTGCCCTGGCCCAACTCTATGGAACCTCTGCTACCTTGGAGCATCACCATTTCAACCACGCCGTGATGAT CCTTCAAAGTGAGGGTCACAATATCTTTGCTAACCTGTCCTCCAAGGAATATAGTGACCTTATGCAGCTTTTGAAGCAGTCAATATTGGC AACAGACCTCACGCTGTACTTTGAGAGGAGAACTGAATTCTTTGAACTTGTCAGTAAAGGAGAATACGATTGGAACATCAAAAACCATCG TGATATATTTCGATCAATGTTAATGACAGCCTGTGACCTTGGAGCCGTGACCAAACCGTGGGAGATCTCCAGACAGGTGGCAGAACTTGT AACCAGTGAGTTCTTCGAACAAGGAGATCGGGAGAGATTAGAGCTCAAACTCACTCCTTCAGCAATTTTTGATCGGAACCGGAAGGATGA ACTGCCTCGGTTGCAACTGGAGTGGATTGATAGCATCTGCATGCCTTTGTATCAGGCACTGGTGAAGGTCAACGTGAAACTGAAGCCGAT GCTAGATTCAGTAGCTACAAACAGAAGTAAGTGGGAAGAGCTACACCAAAAACGACTGCTGGCCTCAACTGCCTCATCCTCCCCTGCCAG TGTTATGGTAGCCAAGGAAGACAGGAACTAAACCTCCAGGTCAGCTGCAGCTGCAAAATGACTACAGCCTGAAGGGCCATTTTCAGTCCA GCAATGTCATCCTTTTGTTCTTTTAGCTCAGAAAGACCTAACATCTCAAGGATGCACTGGGAAGCATGCCTGGGCTTTCACCTTGAAGCA TGGTCAGCAGCAGAGAGAGCAACGGGAAGGACAAAGAAAGAGGTGGGGCAGGGAGCACACCCCAGGACCCTCACTTTTCCCTAATGAACA CGCATGGGCTGAAATGAAGGCTCTGGGTAGGGGACTGTTTTGGATCCAAGGACCTGTGGACAGTCGGCCTACTTACTCTGAGCTGAGGGA ACACTGAACAGTAAAAGCGTCATTAGCGCTGCTTCGTTTTGTATAGGGCTTTTCTGTTTGTTACAAGCCAAACACTGCCTGTCTTTGCTT CCTGTCCCTGAATGCCTTTTTGTGCCAGACTGTCCCAAGAATCCTAATTTGTATTCCATAGAGGTATTTTATTTTTAATCCTAGAGCTTC TTATTGATGGATCCTTTAGAATTGCCTACCTAAAAGGTAAACTATACTATCCTTATAAATACTGATCAATCCCAGTTCTCCCCCTAAAAA TGAATACATAGTAGGACTATAGCAAATGTGTTTGATGGGTAATTCTAGACTGGGACTATGGTACCCTTTTCCAGAGTTTTAAAATTCAAC CTTCATTACAGACAAAGTTTTCTCCCAGAAGGAATGGATTGATAGATTTTGATTAAAGTAAGGGTGGAAGGAAATCTGTAGCTGGATTTA CCACAAGTGACATCTAGAAACTATAGTTCACAGGACAGAGCAGAGCCATGGAGACTAAGCATTGACTACCTTGAGTTCTCCTAGTGAGGA GTTCTGGTATAAAATTTAAGATTACTACCAGTAACCAACTTAAAGCAAACTATAGGGGTCCCTAATTTTGGATTTTTCCTTAAGTGTAAG AAACAATGCTTCAAATGTTAAGAAATAACAGTCTGGGCAAAGAACGCATATTCTATAGGAAGCCAGGTTTACAATAGGTAAGAATAAACT GTATTAAGTAGATGTAATGACTAGAAAGCTGCTTTGCTCCCTATATTGAGAAATTGTGGACATGGTATGTGTTATCCAAAGAACATTGGG CTAGAAGATAGATTTCTATCCTTAGCTTTGGCATTATTGACTGGATTGACTTGAACAAGTCACTTAACTTCTACAAGCTTGTTTCCTTAT TTGTCAAATTAGATTACACTAGGAAACGATTCTCGAACATGTTTTAACCTTACAACTCTTTGTTCAAATAAATCTTTCAATGAATCCCCA 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FusionGenePPI for RIF1_PDE11A |
| Go to ChiPPI (Chimeric Protein-Protein interactions) to see the chimeric PPI interaction in . |
| Protein-protein interactors with each fusion partner protein in wild-type (BIOGRID-3.4.160) |
| Hgene | Hgene's interactors | Tgene | Tgene's interactors |
| RIF1 | CLN3, GRB2, SIRT3, PPP1CA, SIRT7, TOR1AIP1, PITRM1, SUCLG1, TMED9, HPDL, PPT1, PRDX2, MRPL50, NOTCH1, PPP1CC, VCP, TERF2IP, MYC, LMNA, HDAC11, SMARCD1, POT1, CUL7, OBSL1, EED, AMOT, PPP1R3A, MRGBP, NUDT21, PPP2R1A, THOC6, PPP1CB, PHF8, ASF1A, FOXB1, FOXC2, FOXE1, FOXG1, FOXL1, ALKBH3, USP37, SNW1, CDC5L, ASF1B, TMEM9B, SLC15A1, BSG, SLC39A9, LAMP3, SCN2B, CHRM4, PPP1R7 | PDE11A |
| - Retained PPIs in in-frame fusion. |
| Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Still interaction with |
| - Lost PPIs in in-frame fusion. |
| Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Interaction lost with |
| Hgene | RIF1 | chr2:152318980 | chr2:178592900 | ENST00000243326 | + | 28 | 35 | 1924_2472 | 1121 | 2473 | condensed chromosomes in telophase |
| Hgene | RIF1 | chr2:152318980 | chr2:178592900 | ENST00000428287 | + | 29 | 35 | 1924_2472 | 1121 | 2447 | condensed chromosomes in telophase |
| Hgene | RIF1 | chr2:152318980 | chr2:178592900 | ENST00000430328 | + | 28 | 34 | 1924_2472 | 1121 | 2447 | condensed chromosomes in telophase |
| Hgene | RIF1 | chr2:152318980 | chr2:178592900 | ENST00000444746 | + | 29 | 36 | 1924_2472 | 1121 | 2473 | condensed chromosomes in telophase |
| Hgene | RIF1 | chr2:152318980 | chr2:178592900 | ENST00000453091 | + | 29 | 35 | 1924_2472 | 1121 | 2447 | condensed chromosomes in telophase |
| - Retained PPIs, but lost function due to frame-shift fusion. |
| Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Interaction lost with |
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RelatedDrugs for RIF1_PDE11A |
| Drugs targeting genes involved in this fusion gene. (DrugBank Version 5.1.0 2018-04-02) |
| Partner | Gene | UniProtAcc | DrugBank ID | Drug name | Drug activity | Drug type | Drug status |
| Tgene | PDE11A | Q9HCR9 | DB00820 | Tadalafil | Dual 3',5'-cyclic-AMP and -GMP phosphodiesterase 11A | small molecule | approved|investigational |
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RelatedDiseases for RIF1_PDE11A |
| Diseases associated with fusion partners. (DisGeNet 4.0) |
| Partner | Gene | Disease ID | Disease name | # pubmeds | Source |
| Tgene | PDE11A | C0041696 | Unipolar Depression | 1 | PSYGENET |
| Tgene | PDE11A | C1269683 | Major Depressive Disorder | 1 | PSYGENET |
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