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Fusion gene ID: 30710 |
FusionGeneSummary for RBM17_PRKACB |
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Fusion gene information | Fusion gene name: RBM17_PRKACB | Fusion gene ID: 30710 | Hgene | Tgene | Gene symbol | RBM17 | PRKACB | Gene ID | 84991 | 5567 |
Gene name | RNA binding motif protein 17 | protein kinase cAMP-activated catalytic subunit beta | |
Synonyms | SPF45 | PKA C-beta|PKACB | |
Cytomap | 10p15.1 | 1p31.1 | |
Type of gene | protein-coding | protein-coding | |
Description | splicing factor 4545 kDa-splicing factorsplicing factor 45kDa | cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit betacAMP-dependent protein kinase catalytic beta subunit isoform 4abprotein kinase A catalytic subunit betaprotein kinase, cAMP-dependent, beta catalytic subunitprotein kinase, cAMP-dependent, catalytic, | |
Modification date | 20180523 | 20180519 | |
UniProtAcc | Q96I25 | P22694 | |
Ensembl transtripts involved in fusion gene | ENST00000379888, ENST00000446108, ENST00000476706, | ENST00000370689, ENST00000370685, ENST00000394838, ENST00000370682, ENST00000394839, ENST00000370688, ENST00000470673, ENST00000370680, | |
Fusion gene scores | * DoF score | 4 X 3 X 4=48 | 6 X 5 X 5=150 |
# samples | 4 | 6 | |
** MAII score | log2(4/48*10)=-0.263034405833794 possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs). DoF>8 and MAII<0 | log2(6/150*10)=-1.32192809488736 possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs). DoF>8 and MAII<0 | |
Context | PubMed: RBM17 [Title/Abstract] AND PRKACB [Title/Abstract] AND fusion [Title/Abstract] | ||
Functional or gene categories assigned by FusionGDB annotation | Kinase involved fusion gene, inframe and retained kinase domain. |
* DoF score (Degree of Frequency) = # partners X # break points X # cancer types ** MAII score (Major Active Isofusion Index) = log2(# samples/DoF score*10) |
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Partner | Gene | GO ID | GO term | PubMed ID |
Tgene | PRKACB | GO:0006468 | protein phosphorylation | 12420224|21880142 |
![]() (ChiTars (NAR, 2018), tumorfusions (NAR, 2018), Gao et al. (Cell, 2018)) * All genome coordinats were lifted-over on hg19. * Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser. |
Data type | Source | Cancer type | Sample | Hgene | Hchr | Hbp | Hstrand | Tgene | Tchr | Tbp | Tstrand |
TCGA | RV | HNSC | TCGA-MT-A67F-01A | RBM17 | chr10 | 6148201 | + | PRKACB | chr1 | 84644860 | + |
* LD: Li Ding group's fusion gene list RV: Roel Verhaak group's fusion gene list ChiTaRs fusion database |
![]() * Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser. |
ORF | Henst | Tenst | Hgene | Hchr | Hbp | Hstrand | Tgene | Tchr | Tbp | Tstrand |
In-frame | ENST00000379888 | ENST00000370689 | RBM17 | chr10 | 6148201 | + | PRKACB | chr1 | 84644860 | + |
In-frame | ENST00000379888 | ENST00000370685 | RBM17 | chr10 | 6148201 | + | PRKACB | chr1 | 84644860 | + |
In-frame | ENST00000379888 | ENST00000394838 | RBM17 | chr10 | 6148201 | + | PRKACB | chr1 | 84644860 | + |
In-frame | ENST00000379888 | ENST00000370682 | RBM17 | chr10 | 6148201 | + | PRKACB | chr1 | 84644860 | + |
In-frame | ENST00000379888 | ENST00000394839 | RBM17 | chr10 | 6148201 | + | PRKACB | chr1 | 84644860 | + |
In-frame | ENST00000379888 | ENST00000370688 | RBM17 | chr10 | 6148201 | + | PRKACB | chr1 | 84644860 | + |
5CDS-3UTR | ENST00000379888 | ENST00000470673 | RBM17 | chr10 | 6148201 | + | PRKACB | chr1 | 84644860 | + |
5CDS-3UTR | ENST00000379888 | ENST00000370680 | RBM17 | chr10 | 6148201 | + | PRKACB | chr1 | 84644860 | + |
In-frame | ENST00000446108 | ENST00000370689 | RBM17 | chr10 | 6148201 | + | PRKACB | chr1 | 84644860 | + |
In-frame | ENST00000446108 | ENST00000370685 | RBM17 | chr10 | 6148201 | + | PRKACB | chr1 | 84644860 | + |
In-frame | ENST00000446108 | ENST00000394838 | RBM17 | chr10 | 6148201 | + | PRKACB | chr1 | 84644860 | + |
In-frame | ENST00000446108 | ENST00000370682 | RBM17 | chr10 | 6148201 | + | PRKACB | chr1 | 84644860 | + |
In-frame | ENST00000446108 | ENST00000394839 | RBM17 | chr10 | 6148201 | + | PRKACB | chr1 | 84644860 | + |
In-frame | ENST00000446108 | ENST00000370688 | RBM17 | chr10 | 6148201 | + | PRKACB | chr1 | 84644860 | + |
5CDS-3UTR | ENST00000446108 | ENST00000470673 | RBM17 | chr10 | 6148201 | + | PRKACB | chr1 | 84644860 | + |
5CDS-3UTR | ENST00000446108 | ENST00000370680 | RBM17 | chr10 | 6148201 | + | PRKACB | chr1 | 84644860 | + |
intron-3CDS | ENST00000476706 | ENST00000370689 | RBM17 | chr10 | 6148201 | + | PRKACB | chr1 | 84644860 | + |
intron-3CDS | ENST00000476706 | ENST00000370685 | RBM17 | chr10 | 6148201 | + | PRKACB | chr1 | 84644860 | + |
intron-3CDS | ENST00000476706 | ENST00000394838 | RBM17 | chr10 | 6148201 | + | PRKACB | chr1 | 84644860 | + |
intron-3CDS | ENST00000476706 | ENST00000370682 | RBM17 | chr10 | 6148201 | + | PRKACB | chr1 | 84644860 | + |
intron-3CDS | ENST00000476706 | ENST00000394839 | RBM17 | chr10 | 6148201 | + | PRKACB | chr1 | 84644860 | + |
intron-3CDS | ENST00000476706 | ENST00000370688 | RBM17 | chr10 | 6148201 | + | PRKACB | chr1 | 84644860 | + |
intron-3UTR | ENST00000476706 | ENST00000470673 | RBM17 | chr10 | 6148201 | + | PRKACB | chr1 | 84644860 | + |
intron-3UTR | ENST00000476706 | ENST00000370680 | RBM17 | chr10 | 6148201 | + | PRKACB | chr1 | 84644860 | + |
Top |
FusionProtFeatures for RBM17_PRKACB |
![]() |
Hgene | Tgene |
RBM17 | PRKACB |
Splice factor that binds to the single-stranded 3'AG atthe exon/intron border and promotes its utilization in the secondcatalytic step. Involved in the regulation of alternative splicingand the utilization of cryptic splice sites. Promotes theutilization of a cryptic splice site created by the beta-110mutation in the HBB gene. The resulting frameshift leads to sicklecell anemia. {ECO:0000269|PubMed:12015979,ECO:0000269|PubMed:17589525}. |
![]() * Minus value of BPloci means that the break pointn is located before the CDS. |
- In-frame and retained protein feature among the 13 regional features. |
Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Protein feature | Protein feature note |
Tgene | >PRKACB | chr10:6148201 | chr1:84644860 | ENST00000370682 | + | 2 | 12 | 299_351 | 19 | 356 | Domain | Note=AGC-kinase C-terminal |
Tgene | >PRKACB | chr10:6148201 | chr1:84644860 | ENST00000370682 | + | 2 | 12 | 44_298 | 19 | 356 | Domain | Protein kinase |
Tgene | >PRKACB | chr10:6148201 | chr1:84644860 | ENST00000370685 | + | 0 | 10 | 299_351 | 62 | 399 | Domain | Note=AGC-kinase C-terminal |
Tgene | >PRKACB | chr10:6148201 | chr1:84644860 | ENST00000370688 | + | 0 | 9 | 299_351 | 15 | 258 | Domain | Note=AGC-kinase C-terminal |
Tgene | >PRKACB | chr10:6148201 | chr1:84644860 | ENST00000370688 | + | 0 | 9 | 44_298 | 15 | 258 | Domain | Protein kinase |
Tgene | >PRKACB | chr10:6148201 | chr1:84644860 | ENST00000370689 | + | 0 | 10 | 299_351 | 15 | 352 | Domain | Note=AGC-kinase C-terminal |
Tgene | >PRKACB | chr10:6148201 | chr1:84644860 | ENST00000370689 | + | 0 | 10 | 44_298 | 15 | 352 | Domain | Protein kinase |
Tgene | >PRKACB | chr10:6148201 | chr1:84644860 | ENST00000394838 | + | 3 | 13 | 299_351 | 22 | 359 | Domain | Note=AGC-kinase C-terminal |
Tgene | >PRKACB | chr10:6148201 | chr1:84644860 | ENST00000394838 | + | 3 | 13 | 44_298 | 22 | 359 | Domain | Protein kinase |
Tgene | >PRKACB | chr10:6148201 | chr1:84644860 | ENST00000394839 | + | 2 | 11 | 299_351 | 18 | 322 | Domain | Note=AGC-kinase C-terminal |
Tgene | >PRKACB | chr10:6148201 | chr1:84644860 | ENST00000394839 | + | 2 | 11 | 44_298 | 18 | 322 | Domain | Protein kinase |
Tgene | >PRKACB | chr10:6148201 | chr1:84644860 | ENST00000370682 | + | 2 | 12 | 50_58 | 19 | 356 | Nucleotide binding | ATP |
Tgene | >PRKACB | chr10:6148201 | chr1:84644860 | ENST00000370688 | + | 0 | 9 | 50_58 | 15 | 258 | Nucleotide binding | ATP |
Tgene | >PRKACB | chr10:6148201 | chr1:84644860 | ENST00000370689 | + | 0 | 10 | 50_58 | 15 | 352 | Nucleotide binding | ATP |
Tgene | >PRKACB | chr10:6148201 | chr1:84644860 | ENST00000394838 | + | 3 | 13 | 50_58 | 22 | 359 | Nucleotide binding | ATP |
Tgene | >PRKACB | chr10:6148201 | chr1:84644860 | ENST00000394839 | + | 2 | 11 | 50_58 | 18 | 322 | Nucleotide binding | ATP |
- In-frame and not-retained protein feature among the 13 regional features. |
Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Protein feature | Protein feature note |
Hgene | >RBM17 | chr10:6148201 | chr1:84644860 | ENST00000379888 | + | 5 | 12 | 235_283 | 168 | 402 | Domain | G-patch |
Hgene | >RBM17 | chr10:6148201 | chr1:84644860 | ENST00000379888 | + | 5 | 12 | 306_385 | 168 | 402 | Domain | Note=RRM |
Hgene | >RBM17 | chr10:6148201 | chr1:84644860 | ENST00000446108 | + | 5 | 12 | 235_283 | 168 | 402 | Domain | G-patch |
Hgene | >RBM17 | chr10:6148201 | chr1:84644860 | ENST00000446108 | + | 5 | 12 | 306_385 | 168 | 402 | Domain | Note=RRM |
Tgene | PRKACB | chr10:6148201 | chr1:84644860 | ENST00000370685 | + | 0 | 10 | 44_298 | 62 | 399 | Domain | Protein kinase |
Tgene | PRKACB | chr10:6148201 | chr1:84644860 | ENST00000370685 | + | 0 | 10 | 50_58 | 62 | 399 | Nucleotide binding | ATP |
Top |
FusionGeneSequence for RBM17_PRKACB |
![]() (nt: nucleotides, aa: amino acids) |
* Fusion amino acid sequences. |
>In-frame_RBM17_ENST00000379888_chr10_6148201_+_PRKACB_ENST00000370689_chr1_84644860_+_505aa MSLYDDLGVETSDSKTEGWSKNFKLLQSQLQVKKAALTQAKSQRTKQSTVLAPVIDLKRGGSSDDRQIVDTPPHVAAGLKDPVPSGFSAG EVLIPLADEYDPMFPNDYEKVVKRQREERQRQRELERQKEIEEREKRRKDRHEASGFARRPDPDSDEDEDYERERRKRMKEFLAKAKEDF LKKWENPTQNNAGLEDFERKKTLGTGSFGRVMLVKHKATEQYYAMKILDKQKVVKLKQIEHTLNEKRILQAVNFPFLVRLEYAFKDNSNL YMVMEYVPGGEMFSHLRRIGRFSEPHARFYAAQIVLTFEYLHSLDLIYRDLKPENLLIDHQGYIQVTDFGFAKRVKGRTWTLCGTPEYLA PEIILSKGYNKAVDWWALGVLIYEMAAGYPPFFADQPIQIYEKIVSGKVRFPSHFSSDLKDLLRNLLQVDLTKRFGNLKNGVSDIKTHKW >In-frame_RBM17_ENST00000379888_chr10_6148201_+_PRKACB_ENST00000370685_chr1_84644860_+_505aa MSLYDDLGVETSDSKTEGWSKNFKLLQSQLQVKKAALTQAKSQRTKQSTVLAPVIDLKRGGSSDDRQIVDTPPHVAAGLKDPVPSGFSAG EVLIPLADEYDPMFPNDYEKVVKRQREERQRQRELERQKEIEEREKRRKDRHEASGFARRPDPDSDEDEDYERERRKRMKEFLAKAKEDF LKKWENPTQNNAGLEDFERKKTLGTGSFGRVMLVKHKATEQYYAMKILDKQKVVKLKQIEHTLNEKRILQAVNFPFLVRLEYAFKDNSNL YMVMEYVPGGEMFSHLRRIGRFSEPHARFYAAQIVLTFEYLHSLDLIYRDLKPENLLIDHQGYIQVTDFGFAKRVKGRTWTLCGTPEYLA PEIILSKGYNKAVDWWALGVLIYEMAAGYPPFFADQPIQIYEKIVSGKVRFPSHFSSDLKDLLRNLLQVDLTKRFGNLKNGVSDIKTHKW >In-frame_RBM17_ENST00000379888_chr10_6148201_+_PRKACB_ENST00000394838_chr1_84644860_+_505aa MSLYDDLGVETSDSKTEGWSKNFKLLQSQLQVKKAALTQAKSQRTKQSTVLAPVIDLKRGGSSDDRQIVDTPPHVAAGLKDPVPSGFSAG EVLIPLADEYDPMFPNDYEKVVKRQREERQRQRELERQKEIEEREKRRKDRHEASGFARRPDPDSDEDEDYERERRKRMKEFLAKAKEDF LKKWENPTQNNAGLEDFERKKTLGTGSFGRVMLVKHKATEQYYAMKILDKQKVVKLKQIEHTLNEKRILQAVNFPFLVRLEYAFKDNSNL YMVMEYVPGGEMFSHLRRIGRFSEPHARFYAAQIVLTFEYLHSLDLIYRDLKPENLLIDHQGYIQVTDFGFAKRVKGRTWTLCGTPEYLA PEIILSKGYNKAVDWWALGVLIYEMAAGYPPFFADQPIQIYEKIVSGKVRFPSHFSSDLKDLLRNLLQVDLTKRFGNLKNGVSDIKTHKW >In-frame_RBM17_ENST00000379888_chr10_6148201_+_PRKACB_ENST00000370682_chr1_84644860_+_505aa MSLYDDLGVETSDSKTEGWSKNFKLLQSQLQVKKAALTQAKSQRTKQSTVLAPVIDLKRGGSSDDRQIVDTPPHVAAGLKDPVPSGFSAG 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ATTTTCTAACAAGGATACTGTCATAACTAAATTTACATTTATTAAGAAAAACTGCTTTAGTTAAAATTAATGTGTCTTCATTTTTATGCA TTGGCCTCGATTTGCCAATCATTCTCTATTGGTTAAATTTTATATTCAGCTGTTTATGAATATATATTCATTTTATATCAAACTTTAAAA TTTTGTATCTAATAATCAGCATATATTCTAAAATCATAACAGTCTAAATCCTGGGCACCTTAGAAGAATGACACCAGAAAACCTTATTAT ATCACAATATTCTGTTTTCCCCTTCATTTATTTAGAAATATGACAGGATATTTGGTGTACTTTTGTTTTTTAACTAAAAGTACCAGATTA TCTCTCCCCATGTGGGATATAAAATTATCCCCATCTCTTACTCCCTTTACTCATCTAAAGTAGAAGTCATGAAAGTGGAATTTTTGCCAT TAAAAGGCTCTGTATTATGTGAAGTTAGATTGTATTAACCATTTCCCAATAAATCATCTGTTTCAAAACTCAAATTCAAACTAGAATGTG TCTCTATTCACATTGCAAAAATATTATTGTCTCTCTGGTTAGTGGCTAAAAGCCAAATTGGAAACTAACTAGTTTTTTAAATTTTTTAAA |
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FusionGenePPI for RBM17_PRKACB |
![]() |
![]() |
Hgene | Hgene's interactors | Tgene | Tgene's interactors |
RBM17 | SAT1, SF3A2, ELAVL1, CUL3, CDK2, HINFP, BARD1, MDC1, SMURF1, SF3B1, DHX15, U2SURP, SF1, SUGP1, CWC15, SAP30BP, CSNK2A1, APBB1, GOLGA2, CCHCR1, PPP1R12C, QRICH1, CEP55, KIAA1683, FAM9B, OBSL1, WDFY2, ZRSR2, SON, LNX2, XPO1, HIST1H3E, MYO1C, PPP3CB, XRCC3, EMC2, MMGT1, SNW1, CDC5L, DPPA4, NANOG, POU5F1, CHERP, ZRSR1, SFSWAP, RBM5, GPATCH11, SF3A3, SF3A1, SF3B2, ACTA2, ACTBL2, RBM10, CYLD, FOXA1 | PRKACB | NGFR, RYR2, TNP1, TNP2, SPP1, PRKAR2A, PRKACA, HSP90AA1, CSNK2A1, ARFGAP1, RPS6, RPL27A, ACVR1B, KIAA1279, ACTR2, ACTR3, ARPC1B, ARPC2, ARPC4, PFDN1, SUMO1, TP53RK, TPRKB, VAPB, HSP90AB1, PRKAR1A, AKAP5, PRKAR1B, PRKAR2B, DCAF7, DYNLL1, TRAP1, DYRK1A, MAPRE1, PDE4DIP, AKAP1, CDK5RAP2, AKAP9, VAPA, AKAP7, AKAP11, APPBP2, MLF1, NAPG, PER1, TALDO1, RABGGTB, C11orf49, AP2M1, DCLRE1C, CCNL2, AKAP14, ARF1, RPE, NTRK1, XPO1, FGFR1OP, CEP170P1, GPR161, PRKACG, HSP90AB4P, FKBP5, PKIG, BMP1, MRPS15, ETFB, NPAS1, DFFB, RAPGEF5, KLHL28, DNA2, TRIM25 |
![]() |
Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Still interaction with |
![]() |
Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Interaction lost with |
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Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Interaction lost with |
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RelatedDrugs for RBM17_PRKACB |
![]() (DrugBank Version 5.1.0 2018-04-02) |
Partner | Gene | UniProtAcc | DrugBank ID | Drug name | Drug activity | Drug type | Drug status |
Top |
RelatedDiseases for RBM17_PRKACB |
![]() (DisGeNet 4.0) |
Partner | Gene | Disease ID | Disease name | # pubmeds | Source |
Hgene | RBM17 | C0087012 | Ataxia, Spinocerebellar | 1 | CTD_human |
Tgene | PRKACB | C0005426 | Biliary Tract Neoplasm | 1 | CTD_human |
Tgene | PRKACB | C0033578 | Prostatic Neoplasms | 1 | CTD_human |
Tgene | PRKACB | C0206698 | Cholangiocarcinoma | 1 | CTD_human |