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Fusion gene ID: 30453

FusionGeneSummary for RAPGEF6_USP33

check button Fusion gene summary
Fusion gene informationFusion gene name: RAPGEF6_USP33
Fusion gene ID: 30453
HgeneTgene
Gene symbol

RAPGEF6

USP33

Gene ID

51735

23032

Gene nameRap guanine nucleotide exchange factor 6ubiquitin specific peptidase 33
SynonymsKIA001LB|PDZ-GEF2|PDZGEF2|RA-GEF-2|RAGEF2VDU1
Cytomap

5q31.1

1p31.1

Type of geneprotein-codingprotein-coding
Descriptionrap guanine nucleotide exchange factor 6PDZ domain containing guanine nucleotide exchange factor (GEF) 2PDZ domain-containing guanine nucleotide exchange factor 2PDZ domain-containing guanine nucleotide exchange factor IRap guanine nucleotide exchangeubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 33VHL-interacting deubiquitinating enzyme 1deubiquitinating enzyme 33pVHL-interacting deubiquitinating enzyme 1ubiquitin thioesterase 33ubiquitin thiolesterase 33ubiquitin-specific-processing protease 33
Modification date2018051920180523
UniProtAcc

Q8TEU7

Q8TEY7

Ensembl transtripts involved in fusion geneENST00000509018, ENST00000307984, 
ENST00000507093, ENST00000296859, 
ENST00000512052, ENST00000308008, 
ENST00000510071, ENST00000503398, 
ENST00000370794, ENST00000357428, 
ENST00000370793, ENST00000370792, 
ENST00000528150, 
Fusion gene scores* DoF score5 X 5 X 3=754 X 3 X 3=36
# samples 54
** MAII scorelog2(5/75*10)=-0.584962500721156
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0
log2(4/36*10)=0.15200309344505
effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (eGinPCFGs).
DoF>8 and MAII>0
Context

PubMed: RAPGEF6 [Title/Abstract] AND USP33 [Title/Abstract] AND fusion [Title/Abstract]

Functional or gene categories assigned by FusionGDB annotationTumor suppressor gene involved fusion gene, in-frame but not retained their domain.
Tumor suppressor gene involved fusion gene, retained protein feature but frameshift.
DDR (DNA damage repair) gene involved fusion gene, in-frame but not retained their domain.
* DoF score (Degree of Frequency) = # partners X # break points X # cancer types
** MAII score (Major Active Isofusion Index) = log2(# samples/DoF score*10)

check button Gene ontology of each fusion partner gene with evidence of Inferred from Direct Assay (IDA) from Entrez
PartnerGeneGO IDGO termPubMed ID
TgeneUSP33

GO:0009267

cellular response to starvation

24056301

TgeneUSP33

GO:0016579

protein deubiquitination

11739384|19363159|19424180|23486064

TgeneUSP33

GO:0070536

protein K63-linked deubiquitination

19363159

TgeneUSP33

GO:0071108

protein K48-linked deubiquitination

19363159


check button Fusion gene information from three resources
(ChiTars (NAR, 2018), tumorfusions (NAR, 2018), Gao et al. (Cell, 2018))
* All genome coordinats were lifted-over on hg19.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
Data typeSourceCancer typeSampleHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
ChiTaRS3.1DC370352RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
* LD: Li Ding group's fusion gene list
  RV: Roel Verhaak group's fusion gene list
  ChiTaRs fusion database

check button Open reading frame (ORF) analsis of fusion genes based on Ensembl gene isoform structure.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
ORFHenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
In-frameENST00000509018ENST00000370794RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
In-frameENST00000509018ENST00000357428RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
In-frameENST00000509018ENST00000370793RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
In-frameENST00000509018ENST00000370792RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
5CDS-5UTRENST00000509018ENST00000528150RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
In-frameENST00000307984ENST00000370794RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
In-frameENST00000307984ENST00000357428RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
In-frameENST00000307984ENST00000370793RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
In-frameENST00000307984ENST00000370792RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
5CDS-5UTRENST00000307984ENST00000528150RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
In-frameENST00000507093ENST00000370794RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
In-frameENST00000507093ENST00000357428RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
In-frameENST00000507093ENST00000370793RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

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-
In-frameENST00000507093ENST00000370792RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
5CDS-5UTRENST00000507093ENST00000528150RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
In-frameENST00000296859ENST00000370794RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
In-frameENST00000296859ENST00000357428RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
In-frameENST00000296859ENST00000370793RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
In-frameENST00000296859ENST00000370792RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
5CDS-5UTRENST00000296859ENST00000528150RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
intron-3CDSENST00000512052ENST00000370794RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
intron-3CDSENST00000512052ENST00000357428RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
intron-3CDSENST00000512052ENST00000370793RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
intron-3CDSENST00000512052ENST00000370792RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
intron-5UTRENST00000512052ENST00000528150RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
In-frameENST00000308008ENST00000370794RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
In-frameENST00000308008ENST00000357428RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
In-frameENST00000308008ENST00000370793RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
In-frameENST00000308008ENST00000370792RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
5CDS-5UTRENST00000308008ENST00000528150RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
In-frameENST00000510071ENST00000370794RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
In-frameENST00000510071ENST00000357428RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
In-frameENST00000510071ENST00000370793RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
In-frameENST00000510071ENST00000370792RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
5CDS-5UTRENST00000510071ENST00000528150RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
intron-3CDSENST00000503398ENST00000370794RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
intron-3CDSENST00000503398ENST00000357428RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
intron-3CDSENST00000503398ENST00000370793RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
intron-3CDSENST00000503398ENST00000370792RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-
intron-5UTRENST00000503398ENST00000528150RAPGEF6chr5

130897670

-USP33chr1

78205103

-

Top

FusionProtFeatures for RAPGEF6_USP33


check buttonMain function of each fusion partner protein. (from UniProt)
HgeneTgene
RAPGEF6

Q8TEU7

USP33

Q8TEY7

Guanine nucleotide exchange factor (GEF) for Rap1A,Rap2A and M-Ras GTPases. Does not interact with cAMP.{ECO:0000269|PubMed:11524421, ECO:0000269|PubMed:12581858}. Deubiquitinating enzyme involved in various processessuch as centrosome duplication, cellular migration and beta-2adrenergic receptor/ADRB2 recycling. Involved in regulation ofcentrosome duplication by mediating deubiquitination of CCP110 inS and G2/M phase, leading to stabilize CCP110 during the periodwhich centrioles duplicate and elongate. Involved in cellmigration via its interaction with intracellular domain of ROBO1,leading to regulate the Slit signaling. Plays a role incommissural axon guidance cross the ventral midline of the neuraltube in a Slit-dependent manner, possibly by mediating thedeubiquitination of ROBO1. Acts as a regulator of G-proteincoupled receptor (GPCR) signaling by mediating thedeubiquitination of beta-arrestins (ARRB1 and ARRB2) and beta-2adrenergic receptor (ADRB2). Plays a central role in ADRB2recycling and resensitization after prolonged agonist stimulationby constitutively binding ADRB2, mediating deubiquitination ofADRB2 and inhibiting lysosomal trafficking of ADRB2. Upondissociation, it is probably transferred to the translocated beta-arrestins, leading to beta-arrestins deubiquitination anddisengagement from ADRB2. This suggests the existence of a dynamicexchange between the ADRB2 and beta-arrestins. DeubiquitinatesDIO2, thereby regulating thyroid hormone regulation. Mediatesdeubiquitination of both 'Lys-48'- and 'Lys-63'-linkedpolyubiquitin chains. {ECO:0000269|PubMed:12865408,ECO:0000269|PubMed:19363159, ECO:0000269|PubMed:19424180,ECO:0000269|PubMed:23486064}.

check buttonRetention analysis result of each fusion partner protein across 39 protein features of UniProt such as six molecule processing features, 13 region features, four site features, six amino acid modification features, two natural variation features, five experimental info features, and 3 secondary structure features. Here, because of limited space for viewing, we only show the protein feature retention information belong to the 13 regional features. All retention annotation result can be downloaded at

download page

.

* Minus value of BPloci means that the break pointn is located before the CDS.
- In-frame and retained protein feature among the 13 regional features.
>>>>>>>>>>>>
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note
TgeneUSP33chr5:130897670chr1:78205103ENST00000357428-324185_71597943DomainNote=USP
TgeneUSP33chr5:130897670chr1:78205103ENST00000357428-324717_81097943DomainDUSP 1
TgeneUSP33chr5:130897670chr1:78205103ENST00000357428-324818_92197943DomainDUSP 2
TgeneUSP33chr5:130897670chr1:78205103ENST00000370792-422185_71597829DomainNote=USP
TgeneUSP33chr5:130897670chr1:78205103ENST00000370792-422717_81097829DomainDUSP 1
TgeneUSP33chr5:130897670chr1:78205103ENST00000370792-422818_92197829DomainDUSP 2
TgeneUSP33chr5:130897670chr1:78205103ENST00000370793-425185_71597943DomainNote=USP
TgeneUSP33chr5:130897670chr1:78205103ENST00000370793-425717_81097943DomainDUSP 1
TgeneUSP33chr5:130897670chr1:78205103ENST00000370793-425818_92197943DomainDUSP 2
TgeneUSP33chr5:130897670chr1:78205103ENST00000370794-324185_71566912DomainNote=USP
TgeneUSP33chr5:130897670chr1:78205103ENST00000370794-324717_81066912DomainDUSP 1
TgeneUSP33chr5:130897670chr1:78205103ENST00000370794-324818_92166912DomainDUSP 2

- In-frame and not-retained protein feature among the 13 regional features.
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note
HgeneRAPGEF6chr5:130897670chr1:78205103ENST00000296859-5291229_14401171610Compositional biasNote=Ser-rich
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HgeneRAPGEF6chr5:130897670chr1:78205103ENST00000308008-525280_3991171392Nucleotide bindingNote=cNMP
HgeneRAPGEF6chr5:130897670chr1:78205103ENST00000507093-528280_3991171505Nucleotide bindingNote=cNMP
HgeneRAPGEF6chr5:130897670chr1:78205103ENST00000509018-528280_3991171602Nucleotide bindingNote=cNMP
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FusionGeneSequence for RAPGEF6_USP33


check button For in-frame fusion transcripts, we provide the fusion transcript sequences and fusion amino acid sequences.
(nt: nucleotides, aa: amino acids)

* Fusion amino acid sequences.
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* Fusion transcript sequences (only coding sequence (CDS) region).
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AAAAATATTGGAAATACTTGTTACATGAATGCAGCTTTGCAGGCTCTTTCTAATTGCCCACCTTTGACACAGTTTTTTCTTGATTGTGGA
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GTTGTGCCTACTACTCTGTTTCAAGGAATTAAAACTGTAAATCCAACATTTCGGGGGTATTCTCAGCAGGATGCTCAAGAATTCCTTCGA
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TCAAATGAAGGTGTTAATCCACGTTTATCGGCAAGCCCTCCTAAATCAGGCAATTTGTGGCCAGGATTGGCACCACCACACAAAAAAGCT
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CTGCATTCATCAAGTCATCCAACTTCTATAGTCAAAGCAGGATCATGTGGCGAAGCATATGCTCCACAAGGGTGGATAGCTTTTTTCATG
GAATATGTGAAGAGGTTTGTTGTCTCATGTGTCCCTAGCTGGTTTTGGGGTCCAGTAGTAACCTTGCAAGATTGTCTTGCTGCCTTCTTT
GCCAGAGATGAACTAAAAGGTGACAATATGTACAGTTGTGAAAAATGCAAAAAGTTGAGAAATGGAGTGAAGTTTTGTAAAGTACAAAAC
TTTCCTGAGATTTTGTGCATCCACCTTAAAAGATTCAGACATGAACTAATGTTTTCCACCAAAATCAGTACCCATGTTTCATTTCCGCTA
GAAGGCTTGGATCTTCAGCCATTTCTTGCTAAGGATAGTCCAGCTCAAATTGTGACATATGATCTTCTGTCAGTCATTTGCCATCATGGA
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AATTTATTGAACATAATGGAACCAAGCCTCCTTCAGTTTTATATTTCTCGACAGTGGCTTAATAAATTTAAGACCTTTGCCGAACCTGGC
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CAGAACATTTGGGATAACCTATATAGCAGGTATGGTGGAGGACCAGCTGTCAACCATCTGTACATTTGTCATACTTGCCAAATTGAGGCG
GAGAAAATTGAAAAAAGAAGAAAAACTGAATTGGAAATTTTTATTCGGCTTAACAGAGCGTTCCAAAAAGAGGACTCTCCAGCTACTTTT
TATTGCATCAGTATGCAGTGGTTTAGAGAATGGGAAAGTTTTGTGAAGGGTAAAGATGGAGATCCTCCAGGTCCTATTGACAATACTAAG
ATTGCAGTCACTAAATGTGGTAATGTGATGCTTAGGCAAGGAGCAGATTCTGGCCAGATTTCTGAAGAAACATGGAATTTTCTGCAGTCT
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GTTGTGCCTACTACTCTGTTTCAAGGAATTAAAACTGTAAATCCAACATTTCGGGGGTATTCTCAGCAGGATGCTCAAGAATTCCTTCGA
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GAAACTGTCAAAGTGCAAATACACAGCAGAGCTTCAGAATATATCACTGATGTCCATTCGAATGACCTGTCTACACCACAGATCCTTCCA
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CAGTCTGCATCTCCAAAGAGAAAAAAACAGCACAAGAAATACAGAAGTGTTATTTCAGACATATTTGATGGAACAATCATTAGTTCAGTG
CAGTGTCTGACTTGTGACAGGGTGTCTGTAACCCTCGAGACCTTTCAAGATCTGTCCTTGCCAATTCCTGGCAAGGAAGACCTTGCTAAG
CTGCATTCATCAAGTCATCCAACTTCTATAGTCAAAGCAGGATCATGTGGCGAAGCATATGCTCCACAAGGGTGGATAGCTTTTTTCATG
GAATATGTGAAGAGGTTTGTTGTCTCATGTGTCCCTAGCTGGTTTTGGGGTCCAGTAGTAACCTTGCAAGATTGTCTTGCTGCCTTCTTT
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TCAGAATCTACTGTACAAAATGCAGAAGCTTACGTTCTTTTCTATAGGAAGAGCAGCGAAGAGGCACAAAAAGAGAGGAGAAGGATATCA
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CAGAACATTTGGGATAACCTATATAGCAGGTATGGTGGAGGACCAGCTGTCAACCATCTGTACATTTGTCATACTTGCCAAATTGAGGCG
GAGAAAATTGAAAAAAGAAGAAAAACTGAATTGGAAATTTTTATTCGGCTTAACAGAGCGTTCCAAAAAGAGGACTCTCCAGCTACTTTT
TATTGCATCAGTATGCAGTGGTTTAGAGAATGGGAAAGTTTTGTGAAGGGTAAAGATGGAGATCCTCCAGGTCCTATTGACAATACTAAG
ATTGCAGTCACTAAATGTGGTAATGTGATGCTTAGGCAAGGAGCAGATTCTGGCCAGATTTCTGAAGAAACATGGAATTTTCTGCAGTCT
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GTTGTGCCTACTACTCTGTTTCAAGGAATTAAAACTGTAAATCCAACATTTCGGGGGTATTCTCAGCAGGATGCTCAAGAATTCCTTCGA
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GAAGAAGACAAGAGCCAGTCGGATGTAGATTTTCAGTCTTGTGAATCTTGTAGCAACAGTGATAGAGCAGAAAATGAAAATGGCTCTAGA
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CTGCATTCATCAAGTCATCCAACTTCTATAGTCAAAGCAGGATCATGTGGCGAAGCATATGCTCCACAAGGGTGGATAGCTTTTTTCATG
GAATATGTGAAGAGCTGGTTTTGGGGTCCAGTAGTAACCTTGCAAGATTGTCTTGCTGCCTTCTTTGCCAGAGATGAACTAAAAGGTGAC
AATATGTACAGTTGTGAAAAATGCAAAAAGTTGAGAAATGGAGTGAAGTTTTGTAAAGTACAAAACTTTCCTGAGATTTTGTGCATCCAC
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CTTGCTAAGGATAGTCCAGCTCAAATTGTGACATATGATCTTCTGTCAGTCATTTGCCATCATGGAACTGCAAGTAGTGGACACTATATA
GCCTACTGCCGAAACAATCTAAATAATCTCTGGTATGAATTTGATGATCAGAGTGTCACTGAAGTTTCAGAATCTACTGTACAAAATGCA
GAAGCTTACGTTCTTTTCTATAGGAAGAGCAGCGAAGAGGCACAAAAAGAGAGGAGAAGGATATCAAATTTATTGAACATAATGGAACCA
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TGTATTCATGGAGGTGTTCCTCCAAGAAAAGCTGGTTATATTGAAGACCTGGTTTTGATGCTGCCTCAGAACATTTGGGATAACCTATAT
AGCAGGTATGGTGGAGGACCAGCTGTCAACCATCTGTACATTTGTCATACTTGCCAAATTGAGGCGGAGAAAATTGAAAAAAGAAGAAAA


* Fusion transcript sequences (Full-length transcript).
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CCCGCGCAGACTTGTCTCCGGCCAGTCGCGCGTGGGTAGAGGCCTTAGGCGGGCGTTGCGAAGGGTTGTTTGCTAGAGTTCGGACCTTGT
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GGCTGCGGAGTACCCGGGCCGTGGCCATGAACTCACCCGTGGACCCTGGCGCTAGGCAGGCGTTGAGGAAGAAGCCACCCGAGCGGACTC
CCGAGGACTTAAATACTATTTATTCTTATCTTCATGGAATGGAAATATTATCAAATCTCAGGGAACATCAGCTTAGATTAATGTCTGCAA
GAGCACGCTATGAGAGATACAGTGGCAATCAGGTTCTCTTTTGTTCAGAAACGATTGCCAGATGTTGGTATATCCTACTTTCTGGATCTG
TGCTTGTGAAAGGCTCCATGGTCTTGCCTCCTTGCAGTTTTGGTAAGCAGTTTGGAGGAAAAAGAGGATGTGATTGTCTTGTATTAGAGC
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TTTTGGATAGGAAATTAGGAACTCAGCCTTCATTGCCTCATGTAAGACAACCTCACCAAATACAAGAAAACAGTGTCCAGGATTTTAAAA
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ATGAAAATGGCTCTAGATGCTTTTCTGAAGATAATAATGAAACAACAATGTTAATTCAGGATGATGAAAACAATTCAGAAATGTCAAAGG
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GGCTGCGGAGTACCCGGGCCGTGGCCATGAACTCACCCGTGGACCCTGGCGCTAGGCAGGCGTTGAGGAAGAAGCCACCCGAGCGGACTC
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>In-frame_RAPGEF6_ENST00000307984_chr5_130897670_-_USP33_ENST00000370794_chr1_78205103_-_4425nt
CCCGCGCAGACTTGTCTCCGGCCAGTCGCGCGTGGGTAGAGGCCTTAGGCGGGCGTTGCGAAGGGTTGTTTGCTAGAGTTCGGACCTTGT
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GTCGCGCGTGGGTAGAGGCCTTAGGCGGGCGTTGCGAAGGGTTGTTTGCTAGAGTTCGGACCTTGTTACGGCGCGAAGTTCCCTCCTTGG
GGCGGGGGAAAGGTACCGCACCCGCTACCTAGTGTGAATGAACTGTGGCGTGGGCTGCTAAGGGCAGGCTGCGGAGTACCCGGGCCGTGG
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CCCGTGGACCCTGGCGCTAGGCAGGCGTTGAGGAAGAAGCCACCCGAGCGGACTCCCGAGGACTTAAATACTATTTATTCTTATCTTCAT
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TGTTACATGAATGCAGCTTTGCAGGCTCTTTCTAATTGCCCACCTTTGACACAGTTTTTTCTTGATTGTGGAGGACTAGCTCGAACAGAT
AAGAAACCTGCCATTTGTAAAAGTTATCTCAAACTAATGACAGAGCTGTGGCATAAAAGCAGGCCAGGATCTGTTGTGCCTACTACTCTG
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TCTCCAAAGAGAAAAAAACAGCACAAGAAATACAGAAGTGTTATTTCAGACATATTTGATGGAACAATCATTAGTTCAGTGCAGTGTCTG
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TCAAGTCATCCAACTTCTATAGTCAAAGCAGGATCATGTGGCGAAGCATATGCTCCACAAGGGTGGATAGCTTTTTTCATGGAATATGTG
AAGAGGTTTGTTGTCTCATGTGTCCCTAGCTGGTTTTGGGGTCCAGTAGTAACCTTGCAAGATTGTCTTGCTGCCTTCTTTGCCAGAGAT
GAACTAAAAGGTGACAATATGTACAGTTGTGAAAAATGCAAAAAGTTGAGAAATGGAGTGAAGTTTTGTAAAGTACAAAACTTTCCTGAG
ATTTTGTGCATCCACCTTAAAAGATTCAGACATGAACTAATGTTTTCCACCAAAATCAGTACCCATGTTTCATTTCCGCTAGAAGGCTTG
GATCTTCAGCCATTTCTTGCTAAGGATAGTCCAGCTCAAATTGTGACATATGATCTTCTGTCAGTCATTTGCCATCATGGAACTGCAAGT
AGTGGACACTATATAGCCTACTGCCGAAACAATCTAAATAATCTCTGGTATGAATTTGATGATCAGAGTGTCACTGAAGTTTCAGAATCT
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AACATAATGGAACCAAGCCTCCTTCAGTTTTATATTTCTCGACAGTGGCTTAATAAATTTAAGACCTTTGCCGAACCTGGCCCTATTTCA
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TGGGATAACCTATATAGCAGGTATGGTGGAGGACCAGCTGTCAACCATCTGTACATTTGTCATACTTGCCAAATTGAGGCGGAGAAAATT
GAAAAAAGAAGAAAAACTGAATTGGAAATTTTTATTCGGCTTAACAGAGCGTTCCAAAAAGAGGACTCTCCAGCTACTTTTTATTGCATC
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GGAGGGCCTGAAGTTATCCTGCGACCTCCGGTTGTTCATGTTGATCCAGATATACTTCAAGCAGAAGAAAAAATTGAAGTAGAAACTCGG
TCTTTGTAATTTTTAGGATGTAGAGAGTTCTAATGAGGAATCATTTTCATGTGCCCTGACATGTACACATGCGAAAACATTCCTAAAAGC
GTGTTTATTTGCTTTATTTTTTTTCATCATTTATCCCATTTATTTCTTCTTAGTGGGCATTATGGAAGAATATATTAAAATGTGTAATAT
ACCACAGGTTGGTATATTTAGTTTTAAATACTTACCATAAAGTCTTTCAGTGTAATTTTTTTTTGAGACAGAGTCTTGCTTTGTCACCCA
GGCTGGAGTGCTGTGGTGTTACCTCAGCTCACTGCAGCCTCCACCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCTCGAGTAGCTG
GGATTACAGGCACCTGCCACCATGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTAGTCTCAAACT
CCTGACCTCAGGTGATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACAGCGCCTGGCCCAGTGTAATATTTTT
GAAAGAGGAGGGACAATTGTGAAATCAGTAGGTTATCTTTAATCTTTACACTACATGCAGATCCATAGTATCCTTTGTAGTGTTGTAAAT
ACTTTTGCTTTGAAAACTTTTTCATTGTCCTAAATCACCCTGACTCTGACCAGTCTTTCAGTTCTCCAAAAGCCCAATTTAATTGTATAG
TTTTGTCATGGCTTCATATAATAAAGAGCCTATTTTAAGTTGAAAGTAGTAGTCAGAAAATTGTTAATTTCCTAAAGCTCAGGAAACTAG
GGTGTCACTTTTTTTGCACTGCAGCATATACACTAACTAGCTTATTAAAATTTACAAAATGTCTTTTTGAATGTATCAAGGATATATTTA
GTTTGAGTGGAATTTGTCAGCAGATATCAGTAACTTATTGCCGCTTATATTGTACAATGTTAAACTTCAATTCCTGTAACCTGGTTAGTA
TTAATGTCAGTGACTAAAAAACTTAGAGTTAGTTTTAGGGCACTTTTTATTTTGAGAGCATGAAGTGTGGAATGTGTCACTACGATTGTT
GATAAAGCTGAGGCCACTTGCAACTTGATTTTTTAAATGAAATAGATAAAGTCTTTTTGAATAATATAGTATGCACTGCTATTTGCTTGA
TTATGTAATGTCAAAAGTTTAACTATATTCCAAGTACAAAAACATACTGGATTACATTGAGGATGTTGAATAGCATTCATGATGGCTTTG

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ATGAACTCACCCGTGGACCCTGGCGCTAGGCAGGCGTTGAGGAAGAAGCCACCCGAGCGGACTCCCGAGGACTTAAATACTATTTATTCT
TATCTTCATGGAATGGAAATATTATCAAATCTCAGGGAACATCAGCTTAGATTAATGTCTGCAAGAGCACGCTATGAGAGATACAGTGGC
AATCAGGTTCTCTTTTGTTCAGAAACGATTGCCAGATGTTGGTATATCCTACTTTCTGGATCTGTGCTTGTGAAAGGCTCCATGGTCTTG
CCTCCTTGCAGTTTTGGTAAGCAGTTTGGAGGAAAAAGAGGATGTGATTGTCTTGTATTAGAGCCTTCAGAAATGATTGTGGAGACAAAG
CATTATCTAACTGTGAACCTTACCACTCTTCGAGTATGGTGTTATGCTTGCAGCAAAGAAGTATTTTTGGATAGGAAATTAGGAACTCAG
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CCTCTGGTTGCCGTATTTGATGATCTGGATATAGAAGCGGATGAAGAAGATGAACTTAGGGCCAGAGGTCTTACAGGTTTGAAAAATATT
GGAAATACTTGTTACATGAATGCAGCTTTGCAGGCTCTTTCTAATTGCCCACCTTTGACACAGTTTTTTCTTGATTGTGGAGGACTAGCT
CGAACAGATAAGAAACCTGCCATTTGTAAAAGTTATCTCAAACTAATGACAGAGCTGTGGCATAAAAGCAGGCCAGGATCTGTTGTGCCT
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CCTCAGCCTCTCGAGTAGCTGGGATTACAGGCACCTGCCACCATGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGT
TGGCCAGGCTAGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACAGCGC
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GAATGTGTCACTACGATTGTTGATAAAGCTGAGGCCACTTGCAACTTGATTTTTTAAATGAAATAGATAAAGTCTTTTTGAATAATATAG
TATGCACTGCTATTTGCTTGATTATGTAATGTCAAAAGTTTAACTATATTCCAAGTACAAAAACATACTGGATTACATTGAGGATGTTGA
ATAGCATTCATGATGGCTTTGTTTTGGTTTGGGGCAGCTGTCACCAGCTAAAGCAATGTTGTTAAAATTAGCTCAATAAAAATGTCTTTA

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GCAGACTTGTCTCCGGCCAGTCGCGCGTGGGTAGAGGCCTTAGGCGGGCGTTGCGAAGGGTTGTTTGCTAGAGTTCGGACCTTGTTACGG
CGCGAAGTTCCCTCCTTGGGGCGGGGGAAAGGTACCGCACCCGCTACCTAGTGTGAATGAACTGTGGCGTGGGCTGCTAAGGGCAGGCTG
CGGAGTACCCGGGCCGTGGCCATGAACTCACCCGTGGACCCTGGCGCTAGGCAGGCGTTGAGGAAGAAGCCACCCGAGCGGACTCCCGAG
GACTTAAATACTATTTATTCTTATCTTCATGGAATGGAAATATTATCAAATCTCAGGGAACATCAGCTTAGATTAATGTCTGCAAGAGCA
CGCTATGAGAGATACAGTGGCAATCAGGTTCTCTTTTGTTCAGAAACGATTGCCAGATGTTGGTATATCCTACTTTCTGGATCTGTGCTT
GTGAAAGGCTCCATGGTCTTGCCTCCTTGCAGTTTTGGTAAGCAGTTTGGAGGAAAAAGAGGATGTGATTGTCTTGTATTAGAGCCTTCA
GAAATGATTGTGGAGACAAAGCATTATCTAACTGTGAACCTTACCACTCTTCGAGTATGGTGTTATGCTTGCAGCAAAGAAGTATTTTTG
GATAGGAAATTAGGAACTCAGCCTTCATTGCCTCATGTAAGACAACCTCACCAAATACAAGAAAACAGTGTCCAGGATTTTAAAATACCC
AGTAATACAACATTAAAAACTCCTCTGGTTGCCGTATTTGATGATCTGGATATAGAAGCGGATGAAGAAGATGAACTTAGGGCCAGAGGT
CTTACAGGTTTGAAAAATATTGGAAATACTTGTTACATGAATGCAGCTTTGCAGGCTCTTTCTAATTGCCCACCTTTGACACAGTTTTTT
CTTGATTGTGGAGGACTAGCTCGAACAGATAAGAAACCTGCCATTTGTAAAAGTTATCTCAAACTAATGACAGAGCTGTGGCATAAAAGC
AGGCCAGGATCTGTTGTGCCTACTACTCTGTTTCAAGGAATTAAAACTGTAAATCCAACATTTCGGGGGTATTCTCAGCAGGATGCTCAA
GAATTCCTTCGATGTTTAATGGATTTGCTTCATGAAGAATTGAAAGAGCAAGTCATGGAAGTAGAAGAAGATCCGCAAACCATAACCACT
GAGGAGACAATGGAAGAAGACAAGAGCCAGTCGGATGTAGATTTTCAGTCTTGTGAATCTTGTAGCAACAGTGATAGAGCAGAAAATGAA
AATGGCTCTAGATGCTTTTCTGAAGATAATAATGAAACAACAATGTTAATTCAGGATGATGAAAACAATTCAGAAATGTCAAAGGATTGG
CAAAAAGAGAAGATGTGCAATAAGATTAATAAAGTAAATTCTGAAGGCGAATTTGATAAAGATAGAGACTCTATATCTGAAACAGTCGAC
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CAGATCCTTCCATCAAATGAAGGTGTTAATCCACGTTTATCGGCAAGCCCTCCTAAATCAGGCAATTTGTGGCCAGGATTGGCACCACCA
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GCTTTTTTCATGGAATATGTGAAGAGGTTTGTTGTCTCATGTGTCCCTAGCTGGTTTTGGGGTCCAGTAGTAACCTTGCAAGATTGTCTT
GCTGCCTTCTTTGCCAGAGATGAACTAAAAGGTGACAATATGTACAGTTGTGAAAAATGCAAAAAGTTGAGAAATGGAGTGAAGTTTTGT
AAAGTACAAAACTTTCCTGAGATTTTGTGCATCCACCTTAAAAGATTCAGACATGAACTAATGTTTTCCACCAAAATCAGTACCCATGTT
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TGCCATCATGGAACTGCAAGTAGTGGACACTATATAGCCTACTGCCGAAACAATCTAAATAATCTCTGGTATGAATTTGATGATCAGAGT
GTCACTGAAGTTTCAGAATCTACTGTACAAAATGCAGAAGCTTACGTTCTTTTCTATAGGAAGAGCAGCGAAGAGGCACAAAAAGAGAGG
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CAAATTGAGGCGGAGAAAATTGAAAAAAGAAGAAAAACTGAATTGGAAATTTTTATTCGGCTTAACAGAGCGTTCCAAAAAGAGGACTCT
CCAGCTACTTTTTATTGCATCAGTATGCAGTGGTTTAGAGAATGGGAAAGTTTTGTGAAGGGTAAAGATGGAGATCCTCCAGGTCCTATT
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TGCGAAAACATTCCTAAAAGCGTGTTTATTTGCTTTATTTTTTTTCATCATTTATCCCATTTATTTCTTCTTAGTGGGCATTATGGAAGA
ATATATTAAAATGTGTAATATACCACAGGTTGGTATATTTAGTTTTAAATACTTACCATAAAGTCTTTCAGTGTAATTTTTTTTTGAGAC
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ATAGCATTCATGATGGCTTTGTTTTGGTTTGGGGCAGCTGTCACCAGCTAAAGCAATGTTGTTAAAATTAGCTCAATAAAAATGTCTTTA

>In-frame_RAPGEF6_ENST00000510071_chr5_130897670_-_USP33_ENST00000370792_chr1_78205103_-_2831nt
GCAGACTTGTCTCCGGCCAGTCGCGCGTGGGTAGAGGCCTTAGGCGGGCGTTGCGAAGGGTTGTTTGCTAGAGTTCGGACCTTGTTACGG
CGCGAAGTTCCCTCCTTGGGGCGGGGGAAAGGTACCGCACCCGCTACCTAGTGTGAATGAACTGTGGCGTGGGCTGCTAAGGGCAGGCTG
CGGAGTACCCGGGCCGTGGCCATGAACTCACCCGTGGACCCTGGCGCTAGGCAGGCGTTGAGGAAGAAGCCACCCGAGCGGACTCCCGAG
GACTTAAATACTATTTATTCTTATCTTCATGGAATGGAAATATTATCAAATCTCAGGGAACATCAGCTTAGATTAATGTCTGCAAGAGCA
CGCTATGAGAGATACAGTGGCAATCAGGTTCTCTTTTGTTCAGAAACGATTGCCAGATGTTGGTATATCCTACTTTCTGGATCTGTGCTT
GTGAAAGGCTCCATGGTCTTGCCTCCTTGCAGTTTTGGTAAGCAGTTTGGAGGAAAAAGAGGATGTGATTGTCTTGTATTAGAGCCTTCA
GAAATGATTGTGGAGACAAAGCATTATCTAACTGTGAACCTTACCACTCTTCGAGTATGGTGTTATGCTTGCAGCAAAGAAGTATTTTTG
GATAGGAAATTAGGAACTCAGCCTTCATTGCCTCATGTAAGACAACCTCACCAAATACAAGAAAACAGTGTCCAGGATTTTAAAATACCC
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CTTACAGGTTTGAAAAATATTGGAAATACTTGTTACATGAATGCAGCTTTGCAGGCTCTTTCTAATTGCCCACCTTTGACACAGTTTTTT
CTTGATTGTGGAGGACTAGCTCGAACAGATAAGAAACCTGCCATTTGTAAAAGTTATCTCAAACTAATGACAGAGCTGTGGCATAAAAGC
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TTGTGCATCCACCTTAAAAGATTCAGACATGAACTAATGTTTTCCACCAAAATCAGTACCCATGTTTCATTTCCGCTAGAAGGCTTGGAT
CTTCAGCCATTTCTTGCTAAGGATAGTCCAGCTCAAATTGTGACATATGATCTTCTGTCAGTCATTTGCCATCATGGAACTGCAAGTAGT
GGACACTATATAGCCTACTGCCGAAACAATCTAAATAATCTCTGGTATGAATTTGATGATCAGAGTGTCACTGAAGTTTCAGAATCTACT
GTACAAAATGCAGAAGCTTACGTTCTTTTCTATAGGAAGAGCAGCGAAGAGGCACAAAAAGAGAGGAGAAGGATATCAAATTTATTGAAC
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AATGACTTTCTTTGTATTCATGGAGGTGTTCCTCCAAGAAAAGCTGGTTATATTGAAGACCTGGTTTTGATGCTGCCTCAGAACATTTGG
GATAACCTATATAGCAGGTATGGTGGAGGACCAGCTGTCAACCATCTGTACATTTGTCATACTTGCCAAATTGAGGCGGAGAAAATTGAA
AAAAGAAGAAAAACTGAATTGGAAATTTTTATTCGGGTAAAAAAGTGATGCTTTTCAAATTGATCTAGGATAAAGATGAAGACCTGACAA


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FusionGenePPI for RAPGEF6_USP33


check button Go to ChiPPI (Chimeric Protein-Protein interactions) to see the chimeric PPI interaction in

ChiPPI page

.

check button Protein-protein interactors with each fusion partner protein in wild-type (BIOGRID-3.4.160)
HgeneHgene's interactorsTgeneTgene's interactors
RAPGEF6RAP1A, RAP2A, MRAS, YWHAB, NEDD4, ENO1, SHMT2, MOV10, NXF1, YAP1, CEP120, DYNLT1, XPO1, SSSCA1, SERPINB2, APBA3, AURKA, GRN, TRIM25, WWC1USP33DIO2, DDX56, EIF6, VHL, TCEB1, SELENBP1, KRR1, IFIT5, ZFR, PRPF38B, ROBO1, ARRB2, ARRB1, ELAVL1, TRIM63, TRIM54, USP21, USP15, USP28, TCEB2, ADRB2, USP20, CCP110, NEURL4, RALA, RALB, BECN1, EXOC2, UBC, SPINT2, SPA17, MPPED1, CGRRF1, OBFC1, GNAI3, VSX2, VAPB, LDLRAD4, MYC, TRAF6, PCGF6, VAPA, ZNRF4, APBA2, TKTL2, TLR2, LPCAT4


check button - Retained PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenStill interaction with


check button - Lost PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


check button - Retained PPIs, but lost function due to frame-shift fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


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RelatedDrugs for RAPGEF6_USP33


check button Drugs targeting genes involved in this fusion gene.
(DrugBank Version 5.1.0 2018-04-02)
PartnerGeneUniProtAccDrugBank IDDrug nameDrug activityDrug typeDrug status

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RelatedDiseases for RAPGEF6_USP33


check button Diseases associated with fusion partners.
(DisGeNet 4.0)
PartnerGeneDisease IDDisease name# pubmedsSource
HgeneRAPGEF6C0036341Schizophrenia2PSYGENET