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Fusion gene ID: 29535 |
FusionGeneSummary for PTPRK_EYA4 |
 Fusion gene summary |
| Fusion gene information | Fusion gene name: PTPRK_EYA4 | Fusion gene ID: 29535 | Hgene | Tgene | Gene symbol | PTPRK | EYA4 | Gene ID | 5796 | 2070 |
| Gene name | protein tyrosine phosphatase, receptor type K | EYA transcriptional coactivator and phosphatase 4 | |
| Synonyms | R-PTP-kappa | CMD1J|DFNA10 | |
| Cytomap | 6q22.33 | 6q23.2 | |
| Type of gene | protein-coding | protein-coding | |
| Description | receptor-type tyrosine-protein phosphatase kappadJ480J14.2.1 (protein tyrosine phosphatase, receptor type, K (R-PTP-KAPPA, protein tyrosine phosphatase kappa , protein tyrosine phosphatase kappaprotein-tyrosine phosphatase kappaprotein-tyrosine phospha | eyes absent homolog 4dJ78N10.1 (eyes absent)eyes absent-like protein 4 | |
| Modification date | 20180519 | 20180523 | |
| UniProtAcc | Q15262 | O95677 | |
| Ensembl transtripts involved in fusion gene | ENST00000368226, ENST00000368227, ENST00000532331, ENST00000368213, ENST00000368210, ENST00000368215, ENST00000368207, ENST00000524481, ENST00000525459, | ENST00000452339, ENST00000430974, ENST00000367895, ENST00000355167, ENST00000355286, ENST00000531901, ENST00000525849, ENST00000431403, ENST00000441015, | |
| Fusion gene scores | * DoF score | 26 X 12 X 13=4056 | 3 X 3 X 3=27 |
| # samples | 34 | 3 | |
| ** MAII score | log2(34/4056*10)=-3.57645100086564 possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs). DoF>8 and MAII<0 | log2(3/27*10)=0.15200309344505 effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (eGinPCFGs). DoF>8 and MAII>0 | |
| Context | PubMed: PTPRK [Title/Abstract] AND EYA4 [Title/Abstract] AND fusion [Title/Abstract] | ||
| Functional or gene categories assigned by FusionGDB annotation | Tumor suppressor gene involved fusion gene, in-frame but not retained their domain. Tumor suppressor gene involved fusion gene, retained protein feature but frameshift. DDR (DNA damage repair) gene involved fusion gene, in-frame but not retained their domain. | ||
| * DoF score (Degree of Frequency) = # partners X # break points X # cancer types ** MAII score (Major Active Isofusion Index) = log2(# samples/DoF score*10) |
| Gene ontology of each fusion partner gene with evidence of Inferred from Direct Assay (IDA) from Entrez |
| Partner | Gene | GO ID | GO term | PubMed ID |
| Hgene | PTPRK | GO:0006470 | protein dephosphorylation | 16263724 |
| Hgene | PTPRK | GO:0007165 | signal transduction | 16849327 |
| Hgene | PTPRK | GO:0007179 | transforming growth factor beta receptor signaling pathway | 15899872 |
| Hgene | PTPRK | GO:0008285 | negative regulation of cell proliferation | 15899872|18276111 |
| Hgene | PTPRK | GO:0010839 | negative regulation of keratinocyte proliferation | 16263724 |
| Hgene | PTPRK | GO:0030336 | negative regulation of cell migration | 18276111 |
| Hgene | PTPRK | GO:0034394 | protein localization to cell surface | 18276111 |
| Hgene | PTPRK | GO:0034614 | cellular response to reactive oxygen species | 16849327 |
| Hgene | PTPRK | GO:0034644 | cellular response to UV | 16849327 |
| Hgene | PTPRK | GO:0045786 | negative regulation of cell cycle | 15899872 |
| Hgene | PTPRK | GO:0045892 | negative regulation of transcription, DNA-templated | 18276111 |
| Fusion gene information from three resources (ChiTars (NAR, 2018), tumorfusions (NAR, 2018), Gao et al. (Cell, 2018)) * All genome coordinats were lifted-over on hg19. * Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser. |
| Data type | Source | Cancer type | Sample | Hgene | Hchr | Hbp | Hstrand | Tgene | Tchr | Tbp | Tstrand |
| TCGA | RV | SKCM | TCGA-EB-A5KH-06A | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| * LD: Li Ding group's fusion gene list RV: Roel Verhaak group's fusion gene list ChiTaRs fusion database |
| Open reading frame (ORF) analsis of fusion genes based on Ensembl gene isoform structure. * Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser. |
| ORF | Henst | Tenst | Hgene | Hchr | Hbp | Hstrand | Tgene | Tchr | Tbp | Tstrand |
| In-frame | ENST00000368226 | ENST00000452339 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368226 | ENST00000430974 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368226 | ENST00000367895 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368226 | ENST00000355167 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368226 | ENST00000355286 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368226 | ENST00000531901 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368226 | ENST00000525849 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368226 | ENST00000431403 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| 5CDS-intron | ENST00000368226 | ENST00000441015 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368227 | ENST00000452339 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368227 | ENST00000430974 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368227 | ENST00000367895 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368227 | ENST00000355167 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368227 | ENST00000355286 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368227 | ENST00000531901 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368227 | ENST00000525849 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368227 | ENST00000431403 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| 5CDS-intron | ENST00000368227 | ENST00000441015 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000532331 | ENST00000452339 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000532331 | ENST00000430974 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000532331 | ENST00000367895 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000532331 | ENST00000355167 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000532331 | ENST00000355286 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000532331 | ENST00000531901 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000532331 | ENST00000525849 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000532331 | ENST00000431403 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| 5CDS-intron | ENST00000532331 | ENST00000441015 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368213 | ENST00000452339 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368213 | ENST00000430974 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368213 | ENST00000367895 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368213 | ENST00000355167 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368213 | ENST00000355286 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368213 | ENST00000531901 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368213 | ENST00000525849 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368213 | ENST00000431403 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| 5CDS-intron | ENST00000368213 | ENST00000441015 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368210 | ENST00000452339 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368210 | ENST00000430974 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368210 | ENST00000367895 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368210 | ENST00000355167 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368210 | ENST00000355286 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368210 | ENST00000531901 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368210 | ENST00000525849 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368210 | ENST00000431403 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| 5CDS-intron | ENST00000368210 | ENST00000441015 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368215 | ENST00000452339 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368215 | ENST00000430974 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368215 | ENST00000367895 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368215 | ENST00000355167 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368215 | ENST00000355286 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368215 | ENST00000531901 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368215 | ENST00000525849 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368215 | ENST00000431403 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| 5CDS-intron | ENST00000368215 | ENST00000441015 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368207 | ENST00000452339 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368207 | ENST00000430974 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368207 | ENST00000367895 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368207 | ENST00000355167 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368207 | ENST00000355286 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368207 | ENST00000531901 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368207 | ENST00000525849 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| In-frame | ENST00000368207 | ENST00000431403 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| 5CDS-intron | ENST00000368207 | ENST00000441015 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| 5UTR-3CDS | ENST00000524481 | ENST00000452339 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| 5UTR-3CDS | ENST00000524481 | ENST00000430974 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| 5UTR-3CDS | ENST00000524481 | ENST00000367895 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| 5UTR-3CDS | ENST00000524481 | ENST00000355167 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| 5UTR-3CDS | ENST00000524481 | ENST00000355286 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| 5UTR-3CDS | ENST00000524481 | ENST00000531901 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| 5UTR-3CDS | ENST00000524481 | ENST00000525849 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| 5UTR-3CDS | ENST00000524481 | ENST00000431403 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| 5UTR-intron | ENST00000524481 | ENST00000441015 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| intron-3CDS | ENST00000525459 | ENST00000452339 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| intron-3CDS | ENST00000525459 | ENST00000430974 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| intron-3CDS | ENST00000525459 | ENST00000367895 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| intron-3CDS | ENST00000525459 | ENST00000355167 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| intron-3CDS | ENST00000525459 | ENST00000355286 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| intron-3CDS | ENST00000525459 | ENST00000531901 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| intron-3CDS | ENST00000525459 | ENST00000525849 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| intron-3CDS | ENST00000525459 | ENST00000431403 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
| intron-intron | ENST00000525459 | ENST00000441015 | PTPRK | chr6 | 128505577 | - | EYA4 | chr6 | 133782252 | + |
Top |
FusionProtFeatures for PTPRK_EYA4 |
| Main function of each fusion partner protein. (from UniProt) |
| Hgene | Tgene |
| PTPRK | EYA4 |
| Regulation of processes involving cell contact andadhesion such as growth control, tumor invasion, and metastasis.Negative regulator of EGFR signaling pathway. Forms complexes withbeta-catenin and gamma-catenin/plakoglobin. Beta-catenin may be asubstrate for the catalytic activity of PTPRK/PTP-kappa.{ECO:0000269|PubMed:19836242}. | Tyrosine phosphatase that specifically dephosphorylates'Tyr-142' of histone H2AX (H2AXY142ph). 'Tyr-142' phosphorylationof histone H2AX plays a central role in DNA repair and acts as amark that distinguishes between apoptotic and repair responses togenotoxic stress. Promotes efficient DNA repair bydephosphorylating H2AX, promoting the recruitment of DNA repaircomplexes containing MDC1. Its function as histone phosphataseprobably explains its role in transcription regulation duringorganogenesis. May be involved in development of the eye (Bysimilarity). {ECO:0000250|UniProtKB:Q99502}. |
| Retention analysis result of each fusion partner protein across 39 protein features of UniProt such as six molecule processing features, 13 region features, four site features, six amino acid modification features, two natural variation features, five experimental info features, and 3 secondary structure features. Here, because of limited space for viewing, we only show the protein feature retention information belong to the 13 regional features. All retention annotation result can be downloaded at . * Minus value of BPloci means that the break pointn is located before the CDS. |
| - In-frame and retained protein feature among the 13 regional features. |
| Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Protein feature | Protein feature note |
| Hgene | PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368213 | - | 7 | 31 | 196_281 | 387 | 1447 | Domain | Note=Ig-like C2-type |
| Hgene | PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368213 | - | 7 | 31 | 294_389 | 387 | 1447 | Domain | Fibronectin type-III 1 |
| Hgene | PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368213 | - | 7 | 31 | 31_194 | 387 | 1447 | Domain | MAM |
| Hgene | PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368215 | - | 7 | 30 | 196_281 | 387 | 1440 | Domain | Note=Ig-like C2-type |
| Hgene | PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368215 | - | 7 | 30 | 294_389 | 387 | 1440 | Domain | Fibronectin type-III 1 |
| Hgene | PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368215 | - | 7 | 30 | 31_194 | 387 | 1440 | Domain | MAM |
| Hgene | PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368226 | - | 7 | 30 | 196_281 | 387 | 1441 | Domain | Note=Ig-like C2-type |
| Hgene | PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368226 | - | 7 | 30 | 294_389 | 387 | 1441 | Domain | Fibronectin type-III 1 |
| Hgene | PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368226 | - | 7 | 30 | 31_194 | 387 | 1441 | Domain | MAM |
| - In-frame and not-retained protein feature among the 13 regional features. |
| Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Protein feature | Protein feature note |
| Hgene | >PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368213 | - | 7 | 31 | 1173_1435 | 387 | 1447 | Domain | Tyrosine-protein phosphatase 2 |
| Hgene | >PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368213 | - | 7 | 31 | 392_488 | 387 | 1447 | Domain | Fibronectin type-III 2 |
| Hgene | >PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368213 | - | 7 | 31 | 491_595 | 387 | 1447 | Domain | Fibronectin type-III 3 |
| Hgene | >PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368213 | - | 7 | 31 | 597_680 | 387 | 1447 | Domain | Fibronectin type-III 4 |
| Hgene | >PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368213 | - | 7 | 31 | 887_1141 | 387 | 1447 | Domain | Tyrosine-protein phosphatase 1 |
| Hgene | >PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368215 | - | 7 | 30 | 1173_1435 | 387 | 1440 | Domain | Tyrosine-protein phosphatase 2 |
| Hgene | >PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368215 | - | 7 | 30 | 392_488 | 387 | 1440 | Domain | Fibronectin type-III 2 |
| Hgene | >PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368215 | - | 7 | 30 | 491_595 | 387 | 1440 | Domain | Fibronectin type-III 3 |
| Hgene | >PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368215 | - | 7 | 30 | 597_680 | 387 | 1440 | Domain | Fibronectin type-III 4 |
| Hgene | >PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368215 | - | 7 | 30 | 887_1141 | 387 | 1440 | Domain | Tyrosine-protein phosphatase 1 |
| Hgene | >PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368226 | - | 7 | 30 | 1173_1435 | 387 | 1441 | Domain | Tyrosine-protein phosphatase 2 |
| Hgene | >PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368226 | - | 7 | 30 | 392_488 | 387 | 1441 | Domain | Fibronectin type-III 2 |
| Hgene | >PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368226 | - | 7 | 30 | 491_595 | 387 | 1441 | Domain | Fibronectin type-III 3 |
| Hgene | >PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368226 | - | 7 | 30 | 597_680 | 387 | 1441 | Domain | Fibronectin type-III 4 |
| Hgene | >PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368226 | - | 7 | 30 | 887_1141 | 387 | 1441 | Domain | Tyrosine-protein phosphatase 1 |
| Hgene | >PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368213 | - | 7 | 31 | 1082_1088 | 387 | 1447 | Region | Substrate binding |
| Hgene | >PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368215 | - | 7 | 30 | 1082_1088 | 387 | 1440 | Region | Substrate binding |
| Hgene | >PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368226 | - | 7 | 30 | 1082_1088 | 387 | 1441 | Region | Substrate binding |
| Hgene | >PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368213 | - | 7 | 31 | 27_752 | 387 | 1447 | Topological domain | Extracellular |
| Hgene | >PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368213 | - | 7 | 31 | 775_1439 | 387 | 1447 | Topological domain | Cytoplasmic |
| Hgene | >PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368215 | - | 7 | 30 | 27_752 | 387 | 1440 | Topological domain | Extracellular |
| Hgene | >PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368215 | - | 7 | 30 | 775_1439 | 387 | 1440 | Topological domain | Cytoplasmic |
| Hgene | >PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368226 | - | 7 | 30 | 27_752 | 387 | 1441 | Topological domain | Extracellular |
| Hgene | >PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368226 | - | 7 | 30 | 775_1439 | 387 | 1441 | Topological domain | Cytoplasmic |
| Hgene | >PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368213 | - | 7 | 31 | 753_774 | 387 | 1447 | Transmembrane | Helical |
| Hgene | >PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368215 | - | 7 | 30 | 753_774 | 387 | 1440 | Transmembrane | Helical |
| Hgene | >PTPRK | chr6:128505577 | chr6:133782252 | ENST00000368226 | - | 7 | 30 | 753_774 | 387 | 1441 | Transmembrane | Helical |
Top |
FusionGeneSequence for PTPRK_EYA4 |
| For in-frame fusion transcripts, we provide the fusion transcript sequences and fusion amino acid sequences. (nt: nucleotides, aa: amino acids) |
| * Fusion amino acid sequences. |
| >In-frame_PTPRK_ENST00000368226_chr6_128505577_-_EYA4_ENST00000452339_chr6_133782252_+_904aa MDTTAAAALPAFVALLLLSPWPLLGSAQGQFSAGGCTFDDGPGACDYHQDLYDDFEWVHVSAQEPHYLPPEMPQGSYMIVDSSDHDPGEK ARLQLPTMKENDTHCIDFSYLLYSQKGLNPGTLNILVRVNKGPLANPIWNVTGFTGRDWLRAELAVSTFWPNEYQVIFEAEVSGGRSGYI AIDDIQVLSYPCDKSPHFLRLGDVEVNAGQNATFQCIATGRDAVHNKLWLQRRNGEDIPVAQTKNINHRRFAASFRLQEVTKTDQDLYRC VTQSERGSGVSNFAQLIVREPPRPIAPPQLLGVGPTYLLIQLNANSIIGDGPIILKEVEYRMTSGSWTETHAVNAPTYKLWHLDPDTEYE IRVLLTRPGEGGTGLPGPPLITRTKCAVITSSGYSPRSAHQYSPQLYPSKPYPHILSTPAAQTMSAYAGQTQYSGMQQPAVYTAYSQTGQ PYSLPTYDLGVMLPAIKTESGLSQTQSPLQSGCLSYSPGFSTPQPGQTPYSYQMPGSSFAPSSTIYANNSVSNSTNFSGSQQDYPSYTAF GQNQYAQYYSASTYGAYMTSNNTADGTPSSTSTYQLQESLPGLTNQPGEFDTMQSPSTPIKDLDERTCRSSGSKSRGRGRKNNPSPPPDS DLERVFVWDLDETIIVFHSLLTGSYAQKYGKDPPMAVTLGLRMEEMIFNLADTHLFFNDLEECDQVHIDDVSSDDNGQDLSTYSFATDGF HAAASSANLCLPTGVRGGVDWMRKLAFRYRRVKELYNTYKNNVGGLLGPAKRDAWLQLRAEIEGLTDSWLTNALKSLSIISTRSNCINVL VTTTQLIPALAKVLLYSLGGAFPIENIYSATKIGKESCFERIVSRFGTNITYVVIGDGRDEEHAANQHNMPFWRISSHSDLLALHQALEL >In-frame_PTPRK_ENST00000368226_chr6_128505577_-_EYA4_ENST00000430974_chr6_133782252_+_889aa MDTTAAAALPAFVALLLLSPWPLLGSAQGQFSAGGCTFDDGPGACDYHQDLYDDFEWVHVSAQEPHYLPPEMPQGSYMIVDSSDHDPGEK ARLQLPTMKENDTHCIDFSYLLYSQKGLNPGTLNILVRVNKGPLANPIWNVTGFTGRDWLRAELAVSTFWPNEYQVIFEAEVSGGRSGYI AIDDIQVLSYPCDKSPHFLRLGDVEVNAGQNATFQCIATGRDAVHNKLWLQRRNGEDIPVAQTKNINHRRFAASFRLQEVTKTDQDLYRC VTQSERGSGVSNFAQLIVREPPRPIAPPQLLGVGPTYLLIQLNANSIIGDGPIILKEVEYRMTSGSWTETHAVNAPTYKLWHLDPDTEYE IRVLLTRPGEGGTGLPGPPLITRTKCAVITSSGYSPRSAHQYSPQLYPSKPYPHILSTPAAQTMSAYAGQTQYSGMQQPAVYTAYSQTGQ PYSLPTYDLGVMLPAIKTESGLSQTQSPLQSGCLSYSPGFSTPQPGQTPYSYQMPGSSFAPSSTIYANNSVSNSTNFSGSQQDYPSYTAF GQNQYAQYYSASTYGAYMTSNNTADGTPSSTSTYQLQESLPGLTNQPGTDLHPGEFDTMQSPSTPIKDLDERTCRSSGSKSRGRGRKNNP SPPPDSDLERVFVWDLDETIIVFHSLLTGSYAQKYGKDPPMAVTLGLRMEEMIFNLADTHLFFNDLEECDQVHIDDVSSDDNGQDLSTYS 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| * Fusion transcript sequences (only coding sequence (CDS) region). |
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CTGTATCCTTCCAAGCCCTATCCACACATTCTTTCTACACCAGCAGCTCAAACAATGTCTGCCTATGCAGGCCAGACTCAGTATTCGGGG ATGCAGCAGCCAGCCGTCTACACAGCCTACTCACAGACAGGACAGCCCTACAGCTTGCCCACTTACGATTTGGGTGTGATGTTGCCAGCC ATCAAGACAGAGAGTGGACTTTCCCAAACTCAGTCCCCATTACAGAGTGGCTGCCTCAGTTACAGCCCAGGGTTCTCTACCCCACAGCCA GGCCAGACACCTTATTCTTACCAAATGCCAGGTTCTAGTTTTGCACCATCATCTACTATTTATGCAAATAATTCAGTTTCCAATTCAACG AATTTCAGTGGTTCACAACAGGATTATCCATCCTATACAGCCTTTGGCCAAAACCAGTATGCACAGTATTATTCAGCATCAACGTATGGA GCGTATATGACATCGAATAACACAGCCGATGGCACACCCTCTTCAACCTCTACTTATCAGTTGCAGGAATCTCTCCCAGGACTGACTAAC CAACCAGGAGAGTTCGATACCATGCAGAGTCCCTCCACACCCATCAAAGATCTTGATGAGAGAACCTGTAGGAGTTCTGGGTCAAAGTCC AGAGGAAGAGGCCGGAAAAATAATCCCTCCCCGCCTCCTGATAGTGACCTGGAGCGTGTGTTTGTCTGGGATTTGGATGAAACCATCATT GTTTTTCACTCACTGCTCACCGGGTCTTATGCACAGAAGTATGGCAAGGATCCCCCCATGGCTGTAACCCTTGGACTCCGCATGGAAGAA ATGATTTTTAATCTTGCTGATACTCATTTGTTTTTTAATGATTTAGAGGAGTGTGATCAAGTTCATATAGATGATGTTTCCTCTGATGAT AATGGGCAGGACTTAAGTACCTACAGTTTTGCAACTGATGGCTTCCATGCAGCTGCAAGTAGTGCAAACCTTTGTTTGCCAACAGGTGTA AGAGGAGGGGTTGACTGGATGAGGAAGTTGGCTTTTCGTTACAGAAGAGTAAAAGAATTATATAACACCTACAAGAACAACGTTGGAGGA CTCCTTGGCCCTGCCAAGAGGGATGCCTGGCTACAGTTAAGGGCAGAGATTGAAGGTCTGACAGATTCCTGGCTAACAAATGCACTTAAG TCTTTATCAATTATTAGCACTAGGAGTAACTGCATAAATGTCTTGGTAACGACAACTCAACTGATCCCAGCACTTGCGAAGGTTCTACTC TATAGTTTAGGAGGTGCTTTCCCCATTGAGAATATTTACAGTGCAACTAAAATAGGCAAGGAAAGCTGTTTTGAGCGTATAGTGTCCAGA TTTGGCACTAACATAACTTATGTTGTGATTGGAGATGGCCGAGATGAGGAGCATGCCGCTAACCAGCACAACATGCCCTTCTGGAGGATA TCCAGTCACTCAGACCTCCTGGCTCTCCACCAAGCACTGGAATTAGAGTATTTGTAACTGTGTTCTTTAGCCGGAGATCCATTTTTTATA TTTCAAGTACACTGAATTTTTATGTGTGATTCAATGCCTCTGGCTCTACACATATAAATTGTCTTAATGGATGAAATCATATTTGGAATA AAAATTCCAGAATGAAGAATTCAGATTGCTGAATGGAGTTAAACTTTAGTGCTACAGAAAAGAAACTCTATGGTCTTATATTTACAACAC |
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FusionGenePPI for PTPRK_EYA4 |
| Go to ChiPPI (Chimeric Protein-Protein interactions) to see the chimeric PPI interaction in . |
| Protein-protein interactors with each fusion partner protein in wild-type (BIOGRID-3.4.160) |
| Hgene | Hgene's interactors | Tgene | Tgene's interactors |
| PTPRK | PSMD11, TK1, CTNNB1, JUP, CSNK2B, FKBP8, GADD45G, GADD45A, LGALS3, LGALS8, LGALS9, LAMB2, ATRN, CACNA2D2, ECE1, CES3, TCTN2, LRP1B, INSR, PXDN, FRAS1, CACNA2D1, LAMA5, CD109, POGLUT1, ARSK, MEGF8, UBR3, ARSA, GALNS, ARSG, LAMB1, LRIG3, LRIG1, B3GALTL, SCARB1, ADAM9, NPC1, SUSD1, COL6A2, EOGT, PLXNA2, PLXNA3, PLXNA1, EGFR, MOXD1, CCDC102A, CHST10, COL6A1, DNAJB9, MAN2A1, CNTNAP3, PLXNB2, MANBA, ITGA8, MGRN1, ARSB, COL4A2, TMEM67, FBLN1, CLN5, SCARB2, FUT11, GLG1, CERCAM, ERO1LB, DCBLD2, CHST12, AMIGO1, PCSK5, LAMA3, SIAE, GNPTG, CTSF, PLAT, BCHE, ITGA4, GALNT18, MICA, LEPREL2, WNT5A, DGCR2, MAN2A2, BTD, SP3, AMIGO3, ANKRD46, HYAL2, TMEM132A, RIPK3, ATP2A2, SIPA1L3, ARHGAP32, TANC1, MINK1, PKP4, NCKAP5L, PEAK1, PIK3R1, SEC24B, RPL28, PTPRU, DEFA5, PCDHGB1, TUFM, MMP26, NID2, PCDHGB4, LYPD1, ZNF3, TMPRSS11B, BMP7 | EYA4 | SIX1, FOXJ2, DCTPP1, ERC1, RPA2, RPA3, SIX2, SIX4, SUPT5H, EYA4, SCO1, EOGT, SLC25A15, SCO2, BAG3, GLO1, PKP2, MAPK1IP1L, COQ5, DDI2, HELZ, SOAT1, PFDN2, AATK, ERBB3, PLEC, AAK1, SEC24B, CCDC88A, UBE2D2, DVL3, PPIP5K2, LUZP1, QSER1, URGCP |
| - Retained PPIs in in-frame fusion. |
| Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Still interaction with |
| - Lost PPIs in in-frame fusion. |
| Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Interaction lost with |
| - Retained PPIs, but lost function due to frame-shift fusion. |
| Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Interaction lost with |
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RelatedDrugs for PTPRK_EYA4 |
| Drugs targeting genes involved in this fusion gene. (DrugBank Version 5.1.0 2018-04-02) |
| Partner | Gene | UniProtAcc | DrugBank ID | Drug name | Drug activity | Drug type | Drug status |
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RelatedDiseases for PTPRK_EYA4 |
| Diseases associated with fusion partners. (DisGeNet 4.0) |
| Partner | Gene | Disease ID | Disease name | # pubmeds | Source |
| Hgene | PTPRK | C0025202 | melanoma | 2 | CTD_human |
| Hgene | PTPRK | C0033578 | Prostatic Neoplasms | 1 | CTD_human |
| Tgene | EYA4 | C1832476 | Deafness, Autosomal Dominant 10 | 2 | CTD_human;UNIPROT |
| Tgene | EYA4 | C0009404 | Colorectal Neoplasms | 1 | CTD_human |
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