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Fusion gene ID: 27810 |
FusionGeneSummary for PMS1_HIBCH |
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Fusion gene information | Fusion gene name: PMS1_HIBCH | Fusion gene ID: 27810 | Hgene | Tgene | Gene symbol | PMS1 | HIBCH | Gene ID | 5378 | 26275 |
Gene name | PMS1 homolog 1, mismatch repair system component | 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase | |
Synonyms | HNPCC3|MLH2|PMSL1|hPMS1 | HIBYLCOAH | |
Cytomap | 2q32.2 | 2q32.2 | |
Type of gene | protein-coding | protein-coding | |
Description | PMS1 protein homolog 1DNA mismatch repair protein PMS1PMS1 postmeiotic segregation increased 1human homolog of yeast mutLmismatch repair gene PMSL1rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.10Brhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.10E | 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase, mitochondrial3-hydroxyisobutyryl-Coenzyme A hydrolaseHIB-CoA hydrolaseHIBYL-CoA-Htesticular tissue protein Li 86 | |
Modification date | 20180523 | 20180523 | |
UniProtAcc | P54277 | Q6NVY1 | |
Ensembl transtripts involved in fusion gene | ENST00000441310, ENST00000418224, ENST00000409823, ENST00000421722, ENST00000447232, ENST00000432292, ENST00000409985, ENST00000374826, | ENST00000392332, ENST00000359678, ENST00000410045, ENST00000486981, | |
Fusion gene scores | * DoF score | 3 X 3 X 3=27 | 3 X 2 X 3=18 |
# samples | 4 | 3 | |
** MAII score | log2(4/27*10)=0.567040592723894 effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (eGinPCFGs). DoF>8 and MAII>0 | log2(3/18*10)=0.736965594166206 effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (eGinPCFGs). DoF>8 and MAII>0 | |
Context | PubMed: PMS1 [Title/Abstract] AND HIBCH [Title/Abstract] AND fusion [Title/Abstract] | ||
Functional or gene categories assigned by FusionGDB annotation | Transcription factor involved fusion gene, inframe and retained DNA-binding domain. |
* DoF score (Degree of Frequency) = # partners X # break points X # cancer types ** MAII score (Major Active Isofusion Index) = log2(# samples/DoF score*10) |
![]() |
Partner | Gene | GO ID | GO term | PubMed ID |
![]() (ChiTars (NAR, 2018), tumorfusions (NAR, 2018), Gao et al. (Cell, 2018)) * All genome coordinats were lifted-over on hg19. * Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser. |
Data type | Source | Cancer type | Sample | Hgene | Hchr | Hbp | Hstrand | Tgene | Tchr | Tbp | Tstrand |
TCGA | LD | HNSC | TCGA-CV-7418-01A | PMS1 | chr2 | 190738382 | + | HIBCH | chr2 | 191110938 | - |
* LD: Li Ding group's fusion gene list RV: Roel Verhaak group's fusion gene list ChiTaRs fusion database |
![]() * Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser. |
ORF | Henst | Tenst | Hgene | Hchr | Hbp | Hstrand | Tgene | Tchr | Tbp | Tstrand |
In-frame | ENST00000441310 | ENST00000392332 | PMS1 | chr2 | 190738382 | + | HIBCH | chr2 | 191110938 | - |
In-frame | ENST00000441310 | ENST00000359678 | PMS1 | chr2 | 190738382 | + | HIBCH | chr2 | 191110938 | - |
In-frame | ENST00000441310 | ENST00000410045 | PMS1 | chr2 | 190738382 | + | HIBCH | chr2 | 191110938 | - |
5CDS-intron | ENST00000441310 | ENST00000486981 | PMS1 | chr2 | 190738382 | + | HIBCH | chr2 | 191110938 | - |
In-frame | ENST00000418224 | ENST00000392332 | PMS1 | chr2 | 190738382 | + | HIBCH | chr2 | 191110938 | - |
In-frame | ENST00000418224 | ENST00000359678 | PMS1 | chr2 | 190738382 | + | HIBCH | chr2 | 191110938 | - |
In-frame | ENST00000418224 | ENST00000410045 | PMS1 | chr2 | 190738382 | + | HIBCH | chr2 | 191110938 | - |
5CDS-intron | ENST00000418224 | ENST00000486981 | PMS1 | chr2 | 190738382 | + | HIBCH | chr2 | 191110938 | - |
In-frame | ENST00000409823 | ENST00000392332 | PMS1 | chr2 | 190738382 | + | HIBCH | chr2 | 191110938 | - |
In-frame | ENST00000409823 | ENST00000359678 | PMS1 | chr2 | 190738382 | + | HIBCH | chr2 | 191110938 | - |
In-frame | ENST00000409823 | ENST00000410045 | PMS1 | chr2 | 190738382 | + | HIBCH | chr2 | 191110938 | - |
5CDS-intron | ENST00000409823 | ENST00000486981 | PMS1 | chr2 | 190738382 | + | HIBCH | chr2 | 191110938 | - |
intron-3CDS | ENST00000421722 | ENST00000392332 | PMS1 | chr2 | 190738382 | + | HIBCH | chr2 | 191110938 | - |
intron-3CDS | ENST00000421722 | ENST00000359678 | PMS1 | chr2 | 190738382 | + | HIBCH | chr2 | 191110938 | - |
intron-3CDS | ENST00000421722 | ENST00000410045 | PMS1 | chr2 | 190738382 | + | HIBCH | chr2 | 191110938 | - |
intron-intron | ENST00000421722 | ENST00000486981 | PMS1 | chr2 | 190738382 | + | HIBCH | chr2 | 191110938 | - |
In-frame | ENST00000447232 | ENST00000392332 | PMS1 | chr2 | 190738382 | + | HIBCH | chr2 | 191110938 | - |
In-frame | ENST00000447232 | ENST00000359678 | PMS1 | chr2 | 190738382 | + | HIBCH | chr2 | 191110938 | - |
In-frame | ENST00000447232 | ENST00000410045 | PMS1 | chr2 | 190738382 | + | HIBCH | chr2 | 191110938 | - |
5CDS-intron | ENST00000447232 | ENST00000486981 | PMS1 | chr2 | 190738382 | + | HIBCH | chr2 | 191110938 | - |
In-frame | ENST00000432292 | ENST00000392332 | PMS1 | chr2 | 190738382 | + | HIBCH | chr2 | 191110938 | - |
In-frame | ENST00000432292 | ENST00000359678 | PMS1 | chr2 | 190738382 | + | HIBCH | chr2 | 191110938 | - |
In-frame | ENST00000432292 | ENST00000410045 | PMS1 | chr2 | 190738382 | + | HIBCH | chr2 | 191110938 | - |
5CDS-intron | ENST00000432292 | ENST00000486981 | PMS1 | chr2 | 190738382 | + | HIBCH | chr2 | 191110938 | - |
intron-3CDS | ENST00000409985 | ENST00000392332 | PMS1 | chr2 | 190738382 | + | HIBCH | chr2 | 191110938 | - |
intron-3CDS | ENST00000409985 | ENST00000359678 | PMS1 | chr2 | 190738382 | + | HIBCH | chr2 | 191110938 | - |
intron-3CDS | ENST00000409985 | ENST00000410045 | PMS1 | chr2 | 190738382 | + | HIBCH | chr2 | 191110938 | - |
intron-intron | ENST00000409985 | ENST00000486981 | PMS1 | chr2 | 190738382 | + | HIBCH | chr2 | 191110938 | - |
intron-3CDS | ENST00000374826 | ENST00000392332 | PMS1 | chr2 | 190738382 | + | HIBCH | chr2 | 191110938 | - |
intron-3CDS | ENST00000374826 | ENST00000359678 | PMS1 | chr2 | 190738382 | + | HIBCH | chr2 | 191110938 | - |
intron-3CDS | ENST00000374826 | ENST00000410045 | PMS1 | chr2 | 190738382 | + | HIBCH | chr2 | 191110938 | - |
intron-intron | ENST00000374826 | ENST00000486981 | PMS1 | chr2 | 190738382 | + | HIBCH | chr2 | 191110938 | - |
Top |
FusionProtFeatures for PMS1_HIBCH |
![]() |
Hgene | Tgene |
PMS1 | HIBCH |
Probably involved in the repair of mismatches in DNA.{ECO:0000269|PubMed:10748105}. | Hydrolyzes 3-hydroxyisobutyryl-CoA (HIBYL-CoA), a salinecatabolite. Has high activity toward isobutyryl-CoA. Could be anisobutyryl-CoA dehydrogenase that functions in valine catabolism.Also hydrolyzes 3-hydroxypropanoyl-CoA.{ECO:0000269|PubMed:8824301}. |
![]() * Minus value of BPloci means that the break pointn is located before the CDS. |
- In-frame and retained protein feature among the 13 regional features. |
Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Protein feature | Protein feature note |
Hgene | PMS1 | chr2:190738382 | chr2:191110938 | ENST00000409823 | + | 11 | 12 | 571_639 | 839 | 894 | DNA binding | HMG box |
Hgene | PMS1 | chr2:190738382 | chr2:191110938 | ENST00000441310 | + | 12 | 13 | 571_639 | 878 | 933 | DNA binding | HMG box |
Hgene | PMS1 | chr2:190738382 | chr2:191110938 | ENST00000447232 | + | 11 | 12 | 571_639 | 716 | 771 | DNA binding | HMG box |
- In-frame and not-retained protein feature among the 13 regional features. |
Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Protein feature | Protein feature note |
Top |
FusionGeneSequence for PMS1_HIBCH |
![]() (nt: nucleotides, aa: amino acids) |
* Fusion amino acid sequences. |
>In-frame_PMS1_ENST00000441310_chr2_190738382_+_HIBCH_ENST00000392332_chr2_191110938_-_967aa MKQLPAATVRLLSSSQIITSVVSVVKELIENSLDAGATSVDVKLENYGFDKIEVRDNGEGIKAVDAPVMAMKYYTSKINSHEDLENLTTY GFRGEALGSICCIAEVLITTRTAADNFSTQYVLDGSGHILSQKPSHLGQGTTVTALRLFKNLPVRKQFYSTAKKCKDEIKKIQDLLMSFG ILKPDLRIVFVHNKAVIWQKSRVSDHKMALMSVLGTAVMNNMESFQYHSEESQIYLSGFLPKCDADHSFTSLSTPERSFIFINSRPVHQK DILKLIRHHYNLKCLKESTRLYPVFFLKIDVPTADVDVNLTPDKSQVLLQNKESVLIALENLMTTCYGPLPSTNSYENNKTDVSAADIVL SKTAETDVLFNKVESSGKNYSNVDTSVIPFQNDMHNDESGKNTDDCLNHQISIGDFGYGHCSSEISNIDKNTKNAFQDISMSNVSWENSQ TEYSKTCFISSVKHTQSENGNKDHIDESGENEEEAGLENSSEISADEWSRGNILKNSVGENIEPVKILVPEKSLPCKVSNNNYPIPEQMN LNEDSCNKKSNVIDNKSGKVTAYDLLSNRVIKKPMSASALFVQDHRPQFLIENPKTSLEDATLQIEELWKTLSEEEKLKYEEKATKDLER YNSQMKRAIEQESQMSLKDGRKKIKPTSAWNLAQKHKLKTSLSNQPKLDELLQSQIEKRRSQNIKMVQIPFSMKNLKINFKKQNKVDLEE KDEPCLIHNLRFPDAWLMTSKTEVMLLNPYRVEEALLFKRLLENHKLPAEPLEKPIMLTESLFNGSHYLDVLYKMTADDQRYSGSTYLSD PRLTANGFKIKLIPGVSITENYLEIEGMANCLPFYGVADLKEILNAILNRNAKEVYECRPRKVISYLESKIDRDKSFILEEHMDKINSCF >In-frame_PMS1_ENST00000441310_chr2_190738382_+_HIBCH_ENST00000359678_chr2_191110938_-_1015aa MKQLPAATVRLLSSSQIITSVVSVVKELIENSLDAGATSVDVKLENYGFDKIEVRDNGEGIKAVDAPVMAMKYYTSKINSHEDLENLTTY GFRGEALGSICCIAEVLITTRTAADNFSTQYVLDGSGHILSQKPSHLGQGTTVTALRLFKNLPVRKQFYSTAKKCKDEIKKIQDLLMSFG ILKPDLRIVFVHNKAVIWQKSRVSDHKMALMSVLGTAVMNNMESFQYHSEESQIYLSGFLPKCDADHSFTSLSTPERSFIFINSRPVHQK DILKLIRHHYNLKCLKESTRLYPVFFLKIDVPTADVDVNLTPDKSQVLLQNKESVLIALENLMTTCYGPLPSTNSYENNKTDVSAADIVL SKTAETDVLFNKVESSGKNYSNVDTSVIPFQNDMHNDESGKNTDDCLNHQISIGDFGYGHCSSEISNIDKNTKNAFQDISMSNVSWENSQ TEYSKTCFISSVKHTQSENGNKDHIDESGENEEEAGLENSSEISADEWSRGNILKNSVGENIEPVKILVPEKSLPCKVSNNNYPIPEQMN LNEDSCNKKSNVIDNKSGKVTAYDLLSNRVIKKPMSASALFVQDHRPQFLIENPKTSLEDATLQIEELWKTLSEEEKLKYEEKATKDLER YNSQMKRAIEQESQMSLKDGRKKIKPTSAWNLAQKHKLKTSLSNQPKLDELLQSQIEKRRSQNIKMVQIPFSMKNLKINFKKQNKVDLEE 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LNEDSCNKKSNVIDNKSGKVTAYDLLSNRVIKKPMSASALFVQDHRPQFLIENPKTSLEDATLQIEELWKTLSEEEKLKYEEKATKDLER YNSQMKRAIEQESQMSLKDGRKKIKPTSAWNLAQKHKLKTSLSNQPKLDELLQSQIEKRRSQNIKMVQIPFSMKNLKINFKKQNKVDLEE KDEPCLIHNLRFPDAWLMTSKTEVMLLNPYRVEEALLFKRLLENHKLPAEPLEKPIMLTESLFNGSHYLDVLYKMTADDQRYSGSTYLSD PRLTANGFKIKLIPGVSITENYLEIEGMANCLPFYGVADLKEILNAILNRNAKEVYECRPRKVISYLESKIDRDKSFILEEHMDKINSCF SANTVEEIIENLQQDGSSFALEQLKVINKMSPTSLKITLRQLMEGSSKTLQEVLTMEYRLSQACMRGHDFHEGVRAVLIDKDQSPKWKPA >In-frame_PMS1_ENST00000418224_chr2_190738382_+_HIBCH_ENST00000392332_chr2_191110938_-_791aa MSFGILKPDLRIVFVHNKAVIWQKSRVSDHKMALMSVLGTAVMNNMESFQYHSEESQIYLSGFLPKCDADHSFTSLSTPERSFIFINSRP VHQKDILKLIRHHYNLKCLKESTRLYPVFFLKIDVPTADVDVNLTPDKSQVLLQNKESVLIALENLMTTCYGPLPSTNSYENNKTDVSAA DIVLSKTAETDVLFNKVESSGKNYSNVDTSVIPFQNDMHNDESGKNTDDCLNHQISIGDFGYGHCSSEISNIDKNTKNAFQDISMSNVSW ENSQTEYSKTCFISSVKHTQSENGNKDHIDESGENEEEAGLENSSEISADEWSRGNILKNSVGENIEPVKILVPEKSLPCKVSNNNYPIP 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* Fusion transcript sequences (only coding sequence (CDS) region). |
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CAGATAAGTATTGGTGACTTTGGTTATGGTCATTGTAGTAGTGAAATTTCTAACATTGATAAAAACACTAAGAATGCATTTCAGGACATT TCAATGAGTAATGTATCATGGGAGAACTCTCAGACGGAATATAGTAAAACTTGTTTTATAAGTTCCGTTAAGCACACCCAGTCAGAAAAT GGCAATAAAGACCATATAGATGAGAGTGGGGAAAATGAGGAAGAAGCAGGTCTTGAAAACTCTTCGGAAATTTCTGCAGATGAGTGGAGC AGGGGAAATATACTTAAAAATTCAGTGGGAGAGAATATTGAACCTGTGAAAATTTTAGTGCCTGAAAAAAGTTTACCATGTAAAGTAAGT AATAATAATTATCCAATCCCTGAACAAATGAATCTTAATGAAGATTCATGTAACAAAAAATCAAATGTAATAGATAATAAATCTGGAAAA GTTACAGCTTATGATTTACTTAGCAATCGAGTAATCAAGAAACCCATGTCAGCAAGTGCTCTTTTTGTTCAAGATCATCGTCCTCAGTTT CTCATAGAAAATCCTAAGACTAGTTTAGAGGATGCAACACTACAAATTGAAGAACTGTGGAAGACATTGAGTGAAGAGGAAAAACTGAAA TATGAAGAGAAGGCTACTAAAGACTTGGAACGATACAATAGTCAAATGAAGAGAGCCATTGAACAGGAGTCACAAATGTCACTAAAAGAT GGCAGAAAAAAGATAAAACCCACCAGCGCATGGAATTTGGCCCAGAAGCACAAGTTAAAAACCTCATTATCTAATCAACCAAAACTTGAT GAACTCCTTCAGTCCCAAATTGAAAAAAGAAGGAGTCAAAATATTAAAATGGTACAGATCCCCTTTTCTATGAAAAACTTAAAAATAAAT TTTAAGAAACAAAACAAAGTTGACTTAGAAGAGAAGGATGAACCTTGCTTGATCCACAATCTCAGGTTTCCTGATGCATGGCTAATGACA TCCAAAACAGAGGTAATGTTATTAAATCCATATAGAGTAGAAGAAGCCCTGCTATTTAAAAGACTTCTTGAGAATCATAAACTTCCTGCA GAGCCACTGGAAAAGCCAATTATGTTAACAGAGAGTCTTTTTAATGGATCTCATTATTTAGACGTTTTATATAAAATGACAGCAGATGAC CAAAGATACAGTGGATCAACTTACCTGTCTGATCCTCGTCTTACAGCGAATGGTTTCAAGATAAAATTGATACCAGGAGTTTCAATTACT GAAAATTACTTGGAAATAGAAGGAATGGCTAATTGTCTCCCATTCTATGGAGTAGCAGATTTAAAAGAAATTCTTAATGCTATATTAAAC AGAAATGCAAAGGAAGTTTATGAATGTAGACCTCGCAAAGTGATAAGTTATTTAGAGTCTAAGATTGATCGAGACAAGTCTTTTATACTT GAGGAACACATGGACAAAATAAACAGTTGTTTTTCAGCCAATACTGTGGAAGAAATTATTGAAAACTTACAGCAAGATGGTTCATCTTTT GCCCTAGAGCAATTGAAGGTAATTAATAAAATGTCTCCAACATCTCTAAAGATCACACTAAGGCAACTCATGGAGGGGTCTTCAAAGACC TTGCAAGAAGTACTAACTATGGAGTATCGGCTAAGTCAAGCTTGTATGAGAGGTCATGACTTTCATGAAGGCGTTAGAGCTGTTTTAATT GATAAAGACCAGAGTCCAAAATGGAAACCAGCTGATCTAAAAGAAGTTACTGAGGAAGATTTGAATAATCACTTTAAGTCTTTGGGAAGC AGTGATTTGAAATTTTGAGGTGACAGGCTTTTAAGGTATATTTTGTAGCATGGGTTGGCAATCTACAGCATGTGGGCCAAATCCAGCCTG |
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FusionGenePPI for PMS1_HIBCH |
![]() |
![]() |
Hgene | Hgene's interactors | Tgene | Tgene's interactors |
PMS1 | MLH1, BRCA2, PSD2, UBC, EXO1, RFC2, PMS1, RFC4, RFC1, POLR1C, ATR, NONO, PGK1, TOP1, MCM6, SMC3, REV3L, IPO5, IPO9, RANBP9, RANGAP1, MMS19, USP5, USP13, UBAP2L, HERC2, CUL3, CUL1, USP9Y, RNF20, HELB, MOV10, BRIP1, KPNA2, SBF2, SBF1, CCNT1, CDK9, PIK3C2A, CDC5L, AKAP9, PPP2R1A, UBR5, CYLD, PSMC1, RNF123, FAN1, MSH6, MSH2, PSMC3, NTRK1, DYNLT1, PTTG1, CEP170P1, HIST1H1D, SNX21, BBS7, PAG1, AHNAK, VAMP3, HRAS, GNG5, PYGB, MCM9 | HIBCH | H2AFX, ACOT1, IRF2BPL, ACADVL, KIAA0391, MKRN2, OXLD1, ACOT9, ALDH6A1, CAB39, CLIC1, CLIC4, CLIC5, ACADM, ALDH7A1, C12orf10, DSTN, ECI1, FH, NEDD8, PPA2, PSME3, SOD1, HNRNPH1, HNRNPH2, LSM12, NME2, NME1-NME2, PRCP, UFM1, UMPS, TMEM184A, GATC, GTF2E2, SOX2 |
![]() |
Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Still interaction with |
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Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Interaction lost with |
![]() |
Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Interaction lost with |
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RelatedDrugs for PMS1_HIBCH |
![]() (DrugBank Version 5.1.0 2018-04-02) |
Partner | Gene | UniProtAcc | DrugBank ID | Drug name | Drug activity | Drug type | Drug status |
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RelatedDiseases for PMS1_HIBCH |
![]() (DisGeNet 4.0) |
Partner | Gene | Disease ID | Disease name | # pubmeds | Source |
Tgene | HIBCH | C0029408 | Degenerative polyarthritis | 1 | CTD_human |
Tgene | HIBCH | C0342738 | Beta-Hydroxyisobutyryl CoA Deacylase Deficiency | 1 | CTD_human;ORPHANET;UNIPROT |