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FusionGeneSummary

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FusionProtFeature

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FusionGeneSequence

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FusionGenePPI

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RelatedDiseases

Fusion gene ID: 27810

FusionGeneSummary for PMS1_HIBCH

check button Fusion gene summary
Fusion gene informationFusion gene name: PMS1_HIBCH
Fusion gene ID: 27810
HgeneTgene
Gene symbol

PMS1

HIBCH

Gene ID

5378

26275

Gene namePMS1 homolog 1, mismatch repair system component3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase
SynonymsHNPCC3|MLH2|PMSL1|hPMS1HIBYLCOAH
Cytomap

2q32.2

2q32.2

Type of geneprotein-codingprotein-coding
DescriptionPMS1 protein homolog 1DNA mismatch repair protein PMS1PMS1 postmeiotic segregation increased 1human homolog of yeast mutLmismatch repair gene PMSL1rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.10Brhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.10E3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase, mitochondrial3-hydroxyisobutyryl-Coenzyme A hydrolaseHIB-CoA hydrolaseHIBYL-CoA-Htesticular tissue protein Li 86
Modification date2018052320180523
UniProtAcc

P54277

Q6NVY1

Ensembl transtripts involved in fusion geneENST00000441310, ENST00000418224, 
ENST00000409823, ENST00000421722, 
ENST00000447232, ENST00000432292, 
ENST00000409985, ENST00000374826, 
ENST00000392332, ENST00000359678, 
ENST00000410045, ENST00000486981, 
Fusion gene scores* DoF score3 X 3 X 3=273 X 2 X 3=18
# samples 43
** MAII scorelog2(4/27*10)=0.567040592723894
effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (eGinPCFGs).
DoF>8 and MAII>0
log2(3/18*10)=0.736965594166206
effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (eGinPCFGs).
DoF>8 and MAII>0
Context

PubMed: PMS1 [Title/Abstract] AND HIBCH [Title/Abstract] AND fusion [Title/Abstract]

Functional or gene categories assigned by FusionGDB annotationTranscription factor involved fusion gene, inframe and retained DNA-binding domain.
* DoF score (Degree of Frequency) = # partners X # break points X # cancer types
** MAII score (Major Active Isofusion Index) = log2(# samples/DoF score*10)

check button Gene ontology of each fusion partner gene with evidence of Inferred from Direct Assay (IDA) from Entrez
PartnerGeneGO IDGO termPubMed ID

check button Fusion gene information from three resources
(ChiTars (NAR, 2018), tumorfusions (NAR, 2018), Gao et al. (Cell, 2018))
* All genome coordinats were lifted-over on hg19.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
Data typeSourceCancer typeSampleHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
TCGALDHNSCTCGA-CV-7418-01APMS1chr2

190738382

+HIBCHchr2

191110938

-
* LD: Li Ding group's fusion gene list
  RV: Roel Verhaak group's fusion gene list
  ChiTaRs fusion database

check button Open reading frame (ORF) analsis of fusion genes based on Ensembl gene isoform structure.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
ORFHenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
In-frameENST00000441310ENST00000392332PMS1chr2

190738382

+HIBCHchr2

191110938

-
In-frameENST00000441310ENST00000359678PMS1chr2

190738382

+HIBCHchr2

191110938

-
In-frameENST00000441310ENST00000410045PMS1chr2

190738382

+HIBCHchr2

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-
5CDS-intronENST00000441310ENST00000486981PMS1chr2

190738382

+HIBCHchr2

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-
In-frameENST00000418224ENST00000392332PMS1chr2

190738382

+HIBCHchr2

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-
In-frameENST00000418224ENST00000359678PMS1chr2

190738382

+HIBCHchr2

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-
In-frameENST00000418224ENST00000410045PMS1chr2

190738382

+HIBCHchr2

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-
5CDS-intronENST00000418224ENST00000486981PMS1chr2

190738382

+HIBCHchr2

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-
In-frameENST00000409823ENST00000392332PMS1chr2

190738382

+HIBCHchr2

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-
In-frameENST00000409823ENST00000359678PMS1chr2

190738382

+HIBCHchr2

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-
In-frameENST00000409823ENST00000410045PMS1chr2

190738382

+HIBCHchr2

191110938

-
5CDS-intronENST00000409823ENST00000486981PMS1chr2

190738382

+HIBCHchr2

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-
intron-3CDSENST00000421722ENST00000392332PMS1chr2

190738382

+HIBCHchr2

191110938

-
intron-3CDSENST00000421722ENST00000359678PMS1chr2

190738382

+HIBCHchr2

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-
intron-3CDSENST00000421722ENST00000410045PMS1chr2

190738382

+HIBCHchr2

191110938

-
intron-intronENST00000421722ENST00000486981PMS1chr2

190738382

+HIBCHchr2

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-
In-frameENST00000447232ENST00000392332PMS1chr2

190738382

+HIBCHchr2

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-
In-frameENST00000447232ENST00000359678PMS1chr2

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+HIBCHchr2

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-
In-frameENST00000447232ENST00000410045PMS1chr2

190738382

+HIBCHchr2

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-
5CDS-intronENST00000447232ENST00000486981PMS1chr2

190738382

+HIBCHchr2

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-
In-frameENST00000432292ENST00000392332PMS1chr2

190738382

+HIBCHchr2

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-
In-frameENST00000432292ENST00000359678PMS1chr2

190738382

+HIBCHchr2

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-
In-frameENST00000432292ENST00000410045PMS1chr2

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+HIBCHchr2

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-
5CDS-intronENST00000432292ENST00000486981PMS1chr2

190738382

+HIBCHchr2

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-
intron-3CDSENST00000409985ENST00000392332PMS1chr2

190738382

+HIBCHchr2

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-
intron-3CDSENST00000409985ENST00000359678PMS1chr2

190738382

+HIBCHchr2

191110938

-
intron-3CDSENST00000409985ENST00000410045PMS1chr2

190738382

+HIBCHchr2

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-
intron-intronENST00000409985ENST00000486981PMS1chr2

190738382

+HIBCHchr2

191110938

-
intron-3CDSENST00000374826ENST00000392332PMS1chr2

190738382

+HIBCHchr2

191110938

-
intron-3CDSENST00000374826ENST00000359678PMS1chr2

190738382

+HIBCHchr2

191110938

-
intron-3CDSENST00000374826ENST00000410045PMS1chr2

190738382

+HIBCHchr2

191110938

-
intron-intronENST00000374826ENST00000486981PMS1chr2

190738382

+HIBCHchr2

191110938

-

Top

FusionProtFeatures for PMS1_HIBCH


check buttonMain function of each fusion partner protein. (from UniProt)
HgeneTgene
PMS1

P54277

HIBCH

Q6NVY1

Probably involved in the repair of mismatches in DNA.{ECO:0000269|PubMed:10748105}. Hydrolyzes 3-hydroxyisobutyryl-CoA (HIBYL-CoA), a salinecatabolite. Has high activity toward isobutyryl-CoA. Could be anisobutyryl-CoA dehydrogenase that functions in valine catabolism.Also hydrolyzes 3-hydroxypropanoyl-CoA.{ECO:0000269|PubMed:8824301}.

check buttonRetention analysis result of each fusion partner protein across 39 protein features of UniProt such as six molecule processing features, 13 region features, four site features, six amino acid modification features, two natural variation features, five experimental info features, and 3 secondary structure features. Here, because of limited space for viewing, we only show the protein feature retention information belong to the 13 regional features. All retention annotation result can be downloaded at

download page

.

* Minus value of BPloci means that the break pointn is located before the CDS.
- In-frame and retained protein feature among the 13 regional features.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note
HgenePMS1chr2:190738382chr2:191110938ENST00000409823+1112571_639839894DNA bindingHMG box
HgenePMS1chr2:190738382chr2:191110938ENST00000441310+1213571_639878933DNA bindingHMG box
HgenePMS1chr2:190738382chr2:191110938ENST00000447232+1112571_639716771DNA bindingHMG box

- In-frame and not-retained protein feature among the 13 regional features.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note


Top

FusionGeneSequence for PMS1_HIBCH


check button For in-frame fusion transcripts, we provide the fusion transcript sequences and fusion amino acid sequences.
(nt: nucleotides, aa: amino acids)

* Fusion amino acid sequences.
>In-frame_PMS1_ENST00000441310_chr2_190738382_+_HIBCH_ENST00000392332_chr2_191110938_-_967aa
MKQLPAATVRLLSSSQIITSVVSVVKELIENSLDAGATSVDVKLENYGFDKIEVRDNGEGIKAVDAPVMAMKYYTSKINSHEDLENLTTY
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DILKLIRHHYNLKCLKESTRLYPVFFLKIDVPTADVDVNLTPDKSQVLLQNKESVLIALENLMTTCYGPLPSTNSYENNKTDVSAADIVL
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PRLTANGFKIKLIPGVSITENYLEIEGMANCLPFYGVADLKEILNAILNRNAKEVYECRPRKVISYLESKIDRDKSFILEEHMDKINSCF

>In-frame_PMS1_ENST00000441310_chr2_190738382_+_HIBCH_ENST00000359678_chr2_191110938_-_1015aa
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>In-frame_PMS1_ENST00000418224_chr2_190738382_+_HIBCH_ENST00000392332_chr2_191110938_-_791aa
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LFVQDHRPQFLIENPKTSLEDATLQIEELWKTLSEEEKLKYEEKATKDLERYNSQMKRAIEQESQMSLKDGRKKIKPTSAWNLAQKHKLK
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>In-frame_PMS1_ENST00000409823_chr2_190738382_+_HIBCH_ENST00000359678_chr2_191110938_-_976aa
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* Fusion transcript sequences (only coding sequence (CDS) region).
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AGAGTAGAAGAAGCCCTGCTATTTAAAAGACTTCTTGAGAATCATAAACTTCCTGCAGAGCCACTGGAAAAGCCAATTATGTTAACAGAG
AGTCTTTTTAATGGATCTCATTATTTAGACGTTTTATATAAAATGACAGCAGATGACCAAAGATACAGTGGATCAACTTACCTGTCTGAT
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TCAGCCAATACTGTGGAAGAAATTATTGAAAACTTACAGCAAGATGGTTCATCTTTTGCCCTAGAGCAATTGAAGGTAATTAATAAAATG
TCTCCAACATCTCTAAAGATCACACTAAGGCAACTCATGGAGGGGTCTTCAAAGACCTTGCAAGAAGTACTAACTATGGAGTATCGGCTA

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ATGAAACAATTGCCTGCGGCAACAGTTCGACTCCTTTCAAGTTCTCAGATCATCACTTCGGTGGTCAGTGTTGTAAAAGAGCTTATTGAA
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ATGTCAGTTCTGGGGACTGCTGTTATGAACAATATGGAATCCTTTCAGTACCACTCTGAAGAATCTCAGATTTATCTCAGTGGATTTCTT
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ATCAAGAAACCCATGTCAGCAAGTGCTCTTTTTGTTCAAGATCATCGTCCTCAGTTTCTCATAGAAAATCCTAAGACTAGTTTAGAGGAT
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AATTTGGCCCAGAAGCACAAGTTAAAAACCTCATTATCTAATCAACCAAAACTTGATGAACTCCTTCAGTCCCAAATTGAAAAAAGAAGG
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AGTCTTTTTAATGGATCTCATTATTTAGACGTTTTATATAAAATGACAGCAGATGACCAAAGATACAGTGGATCAACTTACCTGTCTGAT
CCTCGTCTTACAGCGAATGGTTTCAAGATAAAATTGATACCAGGAGTTTCAATTACTGAAAATTACTTGGAAATAGAAGGAATGGCTAAT
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ATGAAACAATTGCCTGCGGCAACAGTTCGACTCCTTTCAAGTTCTCAGATCATCACTTCGGTGGTCAGTGTTGTAAAAGAGCTTATTGAA
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ATGAAACAATTGCCTGCGGCAACAGTTCGACTCCTTTCAAGTTCTCAGATCATCACTTCGGTGGTCAGTGTTGTAAAAGAGCTTATTGAA
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ATGAAACAATTGCCTGCGGCAACAGTTCGACTCCTTTCAAGTTCTCAGATCATCACTTCGGTGGTCAGTGTTGTAAAAGAGCTTATTGAA
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GAACAGGAGTCACAAATGTCACTAAAAGATGGCAGAAAAAAGATAAAACCCACCAGCGCATGGAATTTGGCCCAGAAGCACAAGTTAAAA
ACCTCATTATCTAATCAACCAAAACTTGATGAACTCCTTCAGTCCCAAATTGAAAAAAGAAGGAGTCAAAATATTAAAATGGTACAGATC
CCCTTTTCTATGAAAAACTTAAAAATAAATTTTAAGAAACAAAACAAAGTTGACTTAGAAGAGAAGGATGAACCTTGCTTGATCCACAAT
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GACGTTTTATATAAAATGACAGCAGATGACCAAAGATACAGTGGATCAACTTACCTGTCTGATCCTCGTCTTACAGCGAATGGTTTCAAG
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TTAAAAGAAATTCTTAATGCTATATTAAACAGAAATGCAAAGGAAGTTTATGAATGTAGACCTCGCAAAGTGATAAGTTATTTAGAGTCT
AAGATTGATCGAGACAAGTCTTTTATACTTGAGGAACACATGGACAAAATAAACAGTTGTTTTTCAGCCAATACTGTGGAAGAAATTATT
GAAAACTTACAGCAAGATGGTTCATCTTTTGCCCTAGAGCAATTGAAGGTAATTAATAAAATGTCTCCAACATCTCTAAAGATCACACTA
AGGCAACTCATGGAGGGGTCTTCAAAGACCTTGCAAGAAGTACTAACTATGGAGTATCGGCTAAGTCAAGCTTGTATGAGAGGTCATGAC
TTTCATGAAGGCGTTAGAGCTGTTTTAATTGATAAAGACCAGAGTCCAAAATGGAAACCAGCTGATCTAAAAGAAGTTACTGAGGAAGAT

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ATGAAACAATTGCCTGCGGCAACAGTTCGACTCCTTTCAAGTTCTCAGATCATCACTTCGGTGGTCAGTGTTGTAAAAGAGCTTATTGAA
AACTCCTTGGATGCTGGTGCCACAAGCGTAGATGTTAAACTGGAGAACTATGGATTTGATAAAATTGAGGTGCGAGATAACGGGGAGGGT
ATCAAGGCTGTTGATGCACCTGTAATGGCAATGAAGTACTACACCTCAAAAATAAATAGTCATGAAGATCTTGAAAATTTGACAACTTAC
GGTTTTCGTGGAGAAGCCTTGGGGTCAATTTGTTGTATAGCTGAGGTTTTAATTACAACAAGAACGGCTGCTGATAATTTTAGCACCCAG
TATGTTTTAGATGGCAGTGGCCACATACTTTCTCAGAAACCTTCACATCTTGGTCAAGGTACAACTGTAACTGCTTTAAGATTATTTAAG
AATCTACCTGTAAGAAAGCAGTTTTACTCAACTGCAAAAAAATGTAAAGATGAAATAAAAAAGATCCAAGATCTCCTCATGAGCTTTGGT
ATCCTTAAACCTGACTTAAGGATTGTCTTTGTACATAACAAGGCAGTTATTTGGCAGAAAAGCAGAGTATCAGATCACAAGATGGCTCTC
ATGTCAGTTCTGGGGACTGCTGTTATGAACAATATGGAATCCTTTCAGTACCACTCTGAAGAATCTCAGATTTATCTCAGTGGATTTCTT
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GATATCTTAAAGTTAATCCGACATCATTACAATCTGAAATGCCTAAAGGAATCTACTCGTTTGTATCCTGTTTTCTTTCTGAAAATCGAT
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AATCTGATGACGACTTGTTATGGACCATTACCTAGTACAAATTCTTATGAAAATAATAAAACAGATGTTTCCGCAGCTGACATCGTTCTT
AGTAAAACAGCAGAAACAGATGTGCTTTTTAATAAAGTGGAATCATCTGGAAAGAATTATTCAAATGTTGATACTTCAGTCATTCCATTC
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CTTAATGAAGATTCATGTAACAAAAAATCAAATGTAATAGATAATAAATCTGGAAAAGTTACAGCTTATGATTTACTTAGCAATCGAGTA
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CAGCAAGATGGTTCATCTTTTGCCCTAGAGCAATTGAAGGTAATTAATAAAATGTCTCCAACATCTCTAAAGATCACACTAAGGCAACTC

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ATGAAACAATTGCCTGCGGCAACAGTTCGACTCCTTTCAAGTTCTCAGATCATCACTTCGGTGGTCAGTGTTGTAAAAGAGCTTATTGAA
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ATGTCAGTTCTGGGGACTGCTGTTATGAACAATATGGAATCCTTTCAGTACCACTCTGAAGAATCTCAGATTTATCTCAGTGGATTTCTT
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GTTCCTACAGCTGATGTTGATGTAAATTTAACACCAGATAAAAGCCAAGTATTATTACAAAATAAGGAATCTGTTTTAATTGCTCTTGAA
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AATATTGAACCTGTGAAAATTTTAGTGCCTGAAAAAAGTTTACCATGTAAAGTAAGTAATAATAATTATCCAATCCCTGAACAAATGAAT
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GCAACACTACAAATTGAAGAACTGTGGAAGACATTGAGTGAAGAGGAAAAACTGAATCTTTTTAATGGATCTCATTATTTAGACGTTTTA
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ATACCAGGAGTTTCAATTACTGAAAATTACTTGGAAATAGAAGGAATGGCTAATTGTCTCCCATTCTATGGAGTAGCAGATTTAAAAGAA
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GGCGTTAGAGCTGTTTTAATTGATAAAGACCAGAGTCCAAAATGGAAACCAGCTGATCTAAAAGAAGTTACTGAGGAAGATTTGAATAAT

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ATGAGCTTTGGTATCCTTAAACCTGACTTAAGGATTGTCTTTGTACATAACAAGGCAGTTATTTGGCAGAAAAGCAGAGTATCAGATCAC
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GACATCGTTCTTAGTAAAACAGCAGAAACAGATGTGCTTTTTAATAAAGTGGAATCATCTGGAAAGAATTATTCAAATGTTGATACTTCA
GTCATTCCATTCCAAAATGATATGCATAATGATGAATCTGGAAAAAACACTGATGATTGTTTAAATCACCAGATAAGTATTGGTGACTTT
GGTTATGGTCATTGTAGTAGTGAAATTTCTAACATTGATAAAAACACTAAGAATGCATTTCAGGACATTTCAATGAGTAATGTATCATGG
GAGAACTCTCAGACGGAATATAGTAAAACTTGTTTTATAAGTTCCGTTAAGCACACCCAGTCAGAAAATGGCAATAAAGACCATATAGAT
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GAAAAAAGAAGGAGTCAAAATATTAAAATGGTACAGATCCCCTTTTCTATGAAAAACTTAAAAATAAATTTTAAGAAACAAAACAAAGTT
GACTTAGAAGAGAAGGATGAACCTTGCTTGATCCACAATCTCAGGTTTCCTGATGCATGGCTAATGACATCCAAAACAGAGGTAATGTTA
TTAAATCCATATAGAGTAGAAGAAGCCCTGCTATTTAAAAGACTTCTTGAGAATCATAAACTTCCTGCAGAGCCACTGGAAAAGCCAATT
ATGTTAACAGAGAGTCTTTTTAATGGATCTCATTATTTAGACGTTTTATATAAAATGACAGCAGATGACCAAAGATACAGTGGATCAACT
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GGAATGGCTAATTGTCTCCCATTCTATGGAGTAGCAGATTTAAAAGAAATTCTTAATGCTATATTAAACAGAAATGCAAAGGAAGTTTAT
GAATGTAGACCTCGCAAAGTGATAAGTTATTTAGAGTCTAAGATTGATCGAGACAAGTCTTTTATACTTGAGGAACACATGGACAAAATA
AACAGTTGTTTTTCAGCCAATACTGTGGAAGAAATTATTGAAAACTTACAGCAAGATGGTTCATCTTTTGCCCTAGAGCAATTGAAGGTA
ATTAATAAAATGTCTCCAACATCTCTAAAGATCACACTAAGGCAACTCATGGAGGGGTCTTCAAAGACCTTGCAAGAAGTACTAACTATG

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ATGAGCTTTGGTATCCTTAAACCTGACTTAAGGATTGTCTTTGTACATAACAAGGCAGTTATTTGGCAGAAAAGCAGAGTATCAGATCAC
AAGATGGCTCTCATGTCAGTTCTGGGGACTGCTGTTATGAACAATATGGAATCCTTTCAGTACCACTCTGAAGAATCTCAGATTTATCTC
AGTGGATTTCTTCCAAAGTGTGATGCAGACCACTCTTTCACTAGTCTTTCAACACCAGAAAGAAGTTTCATCTTCATAAACAGTCGACCA
GTACATCAAAAAGATATCTTAAAGTTAATCCGACATCATTACAATCTGAAATGCCTAAAGGAATCTACTCGTTTGTATCCTGTTTTCTTT
CTGAAAATCGATGTTCCTACAGCTGATGTTGATGTAAATTTAACACCAGATAAAAGCCAAGTATTATTACAAAATAAGGAATCTGTTTTA
ATTGCTCTTGAAAATCTGATGACGACTTGTTATGGACCATTACCTAGTACAAATTCTTATGAAAATAATAAAACAGATGTTTCCGCAGCT
GACATCGTTCTTAGTAAAACAGCAGAAACAGATGTGCTTTTTAATAAAGTGGAATCATCTGGAAAGAATTATTCAAATGTTGATACTTCA
GTCATTCCATTCCAAAATGATATGCATAATGATGAATCTGGAAAAAACACTGATGATTGTTTAAATCACCAGATAAGTATTGGTGACTTT
GGTTATGGTCATTGTAGTAGTGAAATTTCTAACATTGATAAAAACACTAAGAATGCATTTCAGGACATTTCAATGAGTAATGTATCATGG
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GACTTGGAACGATACAATAGTCAAATGAAGAGAGCCATTGAACAGGAGTCACAAATGTCACTAAAAGATGGCAGAAAAAAGATAAAACCC
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GAAAAAAGAAGGAGTCAAAATATTAAAATGGTACAGATCCCCTTTTCTATGAAAAACTTAAAAATAAATTTTAAGAAACAAAACAAAGTT
GACTTAGAAGAGAAGGATGAACCTTGCTTGATCCACAATCTCAGGTTTCCTGATGCATGGCTAATGACATCCAAAACAGAGGTAATGTTA
TTAAATCCATATAGAGTAGAAGAAGCCCTGCTATTTAAAAGACTTCTTGAGAATCATAAACTTCCTGCAGAGCCACTGGAAAAGCCAATT
ATGTTAACAGAGAGTCTTTTTAATGGATCTCATTATTTAGACGTTTTATATAAAATGACAGCAGATGACCAAAGATACAGTGGATCAACT
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GGAATGGCTAATTGTCTCCCATTCTATGGAGTAGCAGATTTAAAAGAAATTCTTAATGCTATATTAAACAGAAATGCAAAGGAAGTTTAT
GAATGTAGACCTCGCAAAGTGATAAGTTATTTAGAGTCTAAGATTGATCGAGACAAGTCTTTTATACTTGAGGAACACATGGACAAAATA
AACAGTTGTTTTTCAGCCAATACTGTGGAAGAAATTATTGAAAACTTACAGCAAGATGGTTCATCTTTTGCCCTAGAGCAATTGAAGGTA
ATTAATAAAATGTCTCCAACATCTCTAAAGATCACACTAAGGCAACTCATGGAGGGGTCTTCAAAGACCTTGCAAGAAGTACTAACTATG
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ATGAGCTTTGGTATCCTTAAACCTGACTTAAGGATTGTCTTTGTACATAACAAGGCAGTTATTTGGCAGAAAAGCAGAGTATCAGATCAC
AAGATGGCTCTCATGTCAGTTCTGGGGACTGCTGTTATGAACAATATGGAATCCTTTCAGTACCACTCTGAAGAATCTCAGATTTATCTC
AGTGGATTTCTTCCAAAGTGTGATGCAGACCACTCTTTCACTAGTCTTTCAACACCAGAAAGAAGTTTCATCTTCATAAACAGTCGACCA
GTACATCAAAAAGATATCTTAAAGTTAATCCGACATCATTACAATCTGAAATGCCTAAAGGAATCTACTCGTTTGTATCCTGTTTTCTTT
CTGAAAATCGATGTTCCTACAGCTGATGTTGATGTAAATTTAACACCAGATAAAAGCCAAGTATTATTACAAAATAAGGAATCTGTTTTA
ATTGCTCTTGAAAATCTGATGACGACTTGTTATGGACCATTACCTAGTACAAATTCTTATGAAAATAATAAAACAGATGTTTCCGCAGCT
GACATCGTTCTTAGTAAAACAGCAGAAACAGATGTGCTTTTTAATAAAGTGGAATCATCTGGAAAGAATTATTCAAATGTTGATACTTCA
GTCATTCCATTCCAAAATGATATGCATAATGATGAATCTGGAAAAAACACTGATGATTGTTTAAATCACCAGATAAGTATTGGTGACTTT
GGTTATGGTCATTGTAGTAGTGAAATTTCTAACATTGATAAAAACACTAAGAATGCATTTCAGGACATTTCAATGAGTAATGTATCATGG
GAGAACTCTCAGACGGAATATAGTAAAACTTGTTTTATAAGTTCCGTTAAGCACACCCAGTCAGAAAATGGCAATAAAGACCATATAGAT
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AGCAATCGAGTAATCAAGAAACCCATGTCAGCAAGTGCTCTTTTTGTTCAAGATCATCGTCCTCAGTTTCTCATAGAAAATCCTAAGACT
AGTTTAGAGGATGCAACACTACAAATTGAAGAACTGTGGAAGACATTGAGTGAAGAGGAAAAACTGAAATATGAAGAGAAGGCTACTAAA
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GAAAAAAGAAGGAGTCAAAATATTAAAATGGTACAGATCCCCTTTTCTATGAAAAACTTAAAAATAAATTTTAAGAAACAAAACAAAGTT
GACTTAGAAGAGAAGGATGAACCTTGCTTGATCCACAATCTCAGGTTTCCTGATGCATGGCTAATGACATCCAAAACAGAGGTAATGTTA
TTAAATCCATATAGAGTAGAAGAAGCCCTGCTATTTAAAAGACTTCTTGAGAATCATAAACTTCCTGCAGAGCCACTGGAAAAGCCAATT
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GGAATGGCTAATTGTCTCCCATTCTATGGAGTAGCAGATTTAAAAGAAATTCTTAATGCTATATTAAACAGAAATGCAAAGGAAGTTTAT
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* Fusion transcript sequences (Full-length transcript).
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GATGGTAATTGCCTGCCTCGCGCTAGCAGGAAGCTGCTCTGTTAAAAGCGAAAATGAAACAATTGCCTGCGGCAACAGTTCGACTCCTTT
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AACCTTCACATCTTGGTCAAGGTACAACTGTAACTGCTTTAAGATTATTTAAGAATCTACCTGTAAGAAAGCAGTTTTACTCAACTGCAA
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TTTCTGCAGATGAGTGGAGCAGGGGAAATATACTTAAAAATTCAGTGGGAGAGAATATTGAACCTGTGAAAATTTTAGTGCCTGAAAAAA
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TAGATAATAAATCTGGAAAAGTTACAGCTTATGATTTACTTAGCAATCGAGTAATCAAGAAACCCATGTCAGCAAGTGCTCTTTTTGTTC
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CTAATCAACCAAAACTTGATGAACTCCTTCAGTCCCAAATTGAAAAAAGAAGGAGTCAAAATATTAAAATGGTACAGATCCCCTTTTCTA
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TTCTTAATGCTATATTAAACAGAAATGCAAAGGAAGTTTATGAATGTAGACCTCGCAAAGTGATAAGTTATTTAGAGTCTAAGATTGATC
GAGACAAGTCTTTTATACTTGAGGAACACATGGACAAAATAAACAGTTGTTTTTCAGCCAATACTGTGGAAGAAATTATTGAAAACTTAC
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TGGAGGGGTCTTCAAAGACCTTGCAAGAAGTACTAACTATGGAGTATCGGCTAAGTCAAGCTTGTATGTTTTAATTGATAAAGACCAGAG
TCCAAAATGGAAACCAGCTGATCTAAAAGAAGTTACTGAGGAAGATTTGAATAATCACTTTAAGTCTTTGGGAAGCAGTGATTTGAAATT
TTGAGGTGACAGGCTTTTAAGGTATATTTTGTAGCATGGGTTGGCAATCTACAGCATGTGGGCCAAATCCAGCCTGCTGCCTGTTTTTAT
ATACCCTGTAAGCTAAGAATGGTTTCCGCATTTTTAAATGGTTGGGAAAAGAAATCAAAGACTAATAATTCATGACGTGAAAATTATCAG
AATTCACAAATAAAGCTTTATTGGAACTAGCTATACTCATCTGTTTATATATTATCTGTGGCTGCTTTGAAATGAGTAGTTGCAATAGAG
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ATAGAATTTTCTCCATATATGAGTGTGTTTTAAAGTAACTGAGTTACTGTAGCAGAAGAGCTCCTTTTATAAACATTAGAAACCTTGGGC
AGAGAGAAAAGATTTTTATTAACGTCCCTCTTCAGTATTAACTCAGACTTGGTCTTCCCTAAAATAATCAGAATACCATCCCATGGTGAA
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TCTGTTTTTTTATAATTTACGTAAGACTTTTGTGTGATAATTATCCTTACAAACAAGGTTCAAGTCAGGAGAAAAAAATTAATTGAAAGC
AAGAAGACTTTTGTTCAAAAGATATATTCAATAATTGATATTGTTAATGAAGTAAGTACTTTTTAAGGTATGAAAGAACTAAAAGGTATT
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TTGTTTTTTGTTTGTAATTTTTGTTTAATTTTAAAGGTAAGTTTATAAATTAACAAACAAAATTTATAATTTTTTGTTTGTAATTTTTGT

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AGACTCGCTGCCAGCGGATTGGCTGCGAGCAGCGCCAATCTCACGTTGCCCCCGGGCGAGGCGGGACTCAGTGCCGCGCTCTCTGCACCC
GCTCTGCCGCGCGCGTGCGTGCTGGGTGCGGGTGCGGGTGCGGGGTTGGGCCTGCGCATCGGGTGAGACGCTGGCTGCTTGCGGCTAGTG
GATGGTAATTGCCTGCCTCGCGCTAGCAGGAAGCTGCTCTGTTAAAAGCGAAAATGAAACAATTGCCTGCGGCAACAGTTCGACTCCTTT
CAAGTTCTCAGATCATCACTTCGGTGGTCAGTGTTGTAAAAGAGCTTATTGAAAACTCCTTGGATGCTGGTGCCACAAGCGTAGATGTTA
AACTGGAGAACTATGGATTTGATAAAATTGAGGTGCGAGATAACGGGGAGGGTATCAAGGCTGTTGATGCACCTGTAATGGCAATGAAGT
ACTACACCTCAAAAATAAATAGTCATGAAGATCTTGAAAATTTGACAACTTACGGTTTTCGTGGAGAAGCCTTGGGGTCAATTTGTTGTA
TAGCTGAGGTTTTAATTACAACAAGAACGGCTGCTGATAATTTTAGCACCCAGTATGTTTTAGATGGCAGTGGCCACATACTTTCTCAGA
AACCTTCACATCTTGGTCAAGGTACAACTGTAACTGCTTTAAGATTATTTAAGAATCTACCTGTAAGAAAGCAGTTTTACTCAACTGCAA
AAAAATGTAAAGATGAAATAAAAAAGATCCAAGATCTCCTCATGAGCTTTGGTATCCTTAAACCTGACTTAAGGATTGTCTTTGTACATA
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GTGCTGGGTGCGGGTGCGGGTGCGGGGTTGGGCCTGCGCATCGGGTGAGACGCTGGCTGCTTGCGGCTAGTGGATGGTAATTGCCTGCCT
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GGTGCGGGTGCGGGGTTGGGCCTGCGCATCGGGTGAGACGCTGGCTGCTTGCGGCTAGTGGATGGTAATTGCCTGCCTCGCGCTAGCAGG
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GGGGTCAATTTGTTGTATAGCTGAGGTTTTAATTACAACAAGAACGGCTGCTGATAATTTTAGCACCCAGTATGTTTTAGATGGCAGTGG
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CAAAAAATCAAATGTAATAGATAATAAATCTGGAAAAGTTACAGCTTATGATTTACTTAGCAATCGAGTAATCAAGAAACCCATGTCAGC
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AAGATGGAAAAATGTGAAGATCTTTGGAGATTCTCTTGAGTGGTATATCTAATTGAAATGGGATCTTCGTTTGGCTTGTATGTTGATGAA

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GCTGCTTGCGGCTAGTGGATGGTAATTGCCTGCCTCGCGCTAGCAGGAAGCTGCTCTGTTAAAAGCGAAAATGAAACAATTGCCTGCGGC
AACAGTTCGACTCCTTTCAAGTTCTCAGATCATCACTTCGGTGGTCAGTGTTGTAAAAGAGCTTATTGAAAACTCCTTGGATGCTGGTGC
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>In-frame_PMS1_ENST00000432292_chr2_190738382_+_HIBCH_ENST00000392332_chr2_191110938_-_3970nt
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GTAATTGCCTGCCTCGCGCTAGCAGGAAGCTGCTCTGTTAAAAGCGAAAATGAAACAATTGCCTGCGGCAACAGTTCGACTCCTTTCAAG
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GCCCTAGAGCAATTGAAGGTAATTAATAAAATGTCTCCAACATCTCTAAAGATCACACTAAGGCAACTCATGGAGGGGTCTTCAAAGACC
TTGCAAGAAGTACTAACTATGGAGTATCGGCTAAGTCAAGCTTGTATGAGAGGTCATGACTTTCATGAAGGCGTTAGAGCTGTTTTAATT
GATAAAGACCAGAGTCCAAAATGGAAACCAGCTGATCTAAAAGAAGTTACTGAGGAAGATTTGAATAATCACTTTAAGTCTTTGGGAAGC
AGTGATTTGAAATTTTGAGGTGACAGGCTTTTAAGGTATATTTTGTAGCATGGGTTGGCAATCTACAGCATGTGGGCCAAATCCAGCCTG


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FusionGenePPI for PMS1_HIBCH


check button Go to ChiPPI (Chimeric Protein-Protein interactions) to see the chimeric PPI interaction in

ChiPPI page

.

check button Protein-protein interactors with each fusion partner protein in wild-type (BIOGRID-3.4.160)
HgeneHgene's interactorsTgeneTgene's interactors
PMS1MLH1, BRCA2, PSD2, UBC, EXO1, RFC2, PMS1, RFC4, RFC1, POLR1C, ATR, NONO, PGK1, TOP1, MCM6, SMC3, REV3L, IPO5, IPO9, RANBP9, RANGAP1, MMS19, USP5, USP13, UBAP2L, HERC2, CUL3, CUL1, USP9Y, RNF20, HELB, MOV10, BRIP1, KPNA2, SBF2, SBF1, CCNT1, CDK9, PIK3C2A, CDC5L, AKAP9, PPP2R1A, UBR5, CYLD, PSMC1, RNF123, FAN1, MSH6, MSH2, PSMC3, NTRK1, DYNLT1, PTTG1, CEP170P1, HIST1H1D, SNX21, BBS7, PAG1, AHNAK, VAMP3, HRAS, GNG5, PYGB, MCM9HIBCHH2AFX, ACOT1, IRF2BPL, ACADVL, KIAA0391, MKRN2, OXLD1, ACOT9, ALDH6A1, CAB39, CLIC1, CLIC4, CLIC5, ACADM, ALDH7A1, C12orf10, DSTN, ECI1, FH, NEDD8, PPA2, PSME3, SOD1, HNRNPH1, HNRNPH2, LSM12, NME2, NME1-NME2, PRCP, UFM1, UMPS, TMEM184A, GATC, GTF2E2, SOX2


check button - Retained PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenStill interaction with


check button - Lost PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


check button - Retained PPIs, but lost function due to frame-shift fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


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RelatedDrugs for PMS1_HIBCH


check button Drugs targeting genes involved in this fusion gene.
(DrugBank Version 5.1.0 2018-04-02)
PartnerGeneUniProtAccDrugBank IDDrug nameDrug activityDrug typeDrug status

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RelatedDiseases for PMS1_HIBCH


check button Diseases associated with fusion partners.
(DisGeNet 4.0)
PartnerGeneDisease IDDisease name# pubmedsSource
TgeneHIBCHC0029408Degenerative polyarthritis1CTD_human
TgeneHIBCHC0342738Beta-Hydroxyisobutyryl CoA Deacylase Deficiency1CTD_human;ORPHANET;UNIPROT