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Fusion gene ID: 25728

FusionGeneSummary for PACRG_QKI

check button Fusion gene summary
Fusion gene informationFusion gene name: PACRG_QKI
Fusion gene ID: 25728
HgeneTgene
Gene symbol

PACRG

QKI

Gene ID

135138

9444

Gene nameparkin coregulatedQKI, KH domain containing RNA binding
SynonymsGLUP|HAK005771|PARK2CRGHqk|QK|QK1|QK3|hqkI
Cytomap

6q26

6q26

Type of geneprotein-codingprotein-coding
Descriptionparkin coregulated gene proteinPARK2 co-regulatedPARK2 coregulatedmolecular chaperone/chaperonin-binding proteinparkin co-regulated gene proteinprotein quakingQKI/LOC100132735 fusionRNA binding protein HQKhomolog of mouse quaking QKI (KH domain RNA binding protein)quaking homolog, KH domain RNA binding
Modification date2018052320180522
UniProtAcc

Q96M98

Q96PU8

Ensembl transtripts involved in fusion geneENST00000337019, ENST00000366889, 
ENST00000366888, ENST00000542669, 
ENST00000275262, ENST00000392127, 
ENST00000453779, ENST00000361752, 
ENST00000361195, ENST00000424802, 
Fusion gene scores* DoF score1 X 1 X 1=113 X 14 X 6=1092
# samples 218
** MAII scorelog2(2/1*10)=4.32192809488736log2(18/1092*10)=-2.60090404459018
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0
Context

PubMed: PACRG [Title/Abstract] AND QKI [Title/Abstract] AND fusion [Title/Abstract]

Functional or gene categories assigned by FusionGDB annotationOncogene involved fusion gene, in-frame and retained their domain.
Tumor suppressor gene involved fusion gene, in-frame but not retained their domain.
Tumor suppressor gene involved fusion gene, retained protein feature but frameshift.
DDR (DNA damage repair) gene involved fusion gene, in-frame but not retained their domain.
* DoF score (Degree of Frequency) = # partners X # break points X # cancer types
** MAII score (Major Active Isofusion Index) = log2(# samples/DoF score*10)

check button Gene ontology of each fusion partner gene with evidence of Inferred from Direct Assay (IDA) from Entrez
PartnerGeneGO IDGO termPubMed ID

check button Fusion gene information from three resources
(ChiTars (NAR, 2018), tumorfusions (NAR, 2018), Gao et al. (Cell, 2018))
* All genome coordinats were lifted-over on hg19.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
Data typeSourceCancer typeSampleHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
TCGALDLGGTCGA-DU-6404-01APACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163983014

+
TCGALDLGGTCGA-HT-8114-01APACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163899812

+
* LD: Li Ding group's fusion gene list
  RV: Roel Verhaak group's fusion gene list
  ChiTaRs fusion database

check button Open reading frame (ORF) analsis of fusion genes based on Ensembl gene isoform structure.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
ORFHenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
In-frameENST00000337019ENST00000275262PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163983014

+
In-frameENST00000337019ENST00000392127PACRGchr6

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+QKIchr6

163983014

+
In-frameENST00000337019ENST00000453779PACRGchr6

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+QKIchr6

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+
In-frameENST00000337019ENST00000361752PACRGchr6

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+QKIchr6

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+
In-frameENST00000337019ENST00000361195PACRGchr6

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+QKIchr6

163983014

+
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163235313

+QKIchr6

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+
In-frameENST00000366889ENST00000275262PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

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+
In-frameENST00000366889ENST00000392127PACRGchr6

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+QKIchr6

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+
In-frameENST00000366889ENST00000453779PACRGchr6

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+QKIchr6

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+
In-frameENST00000366889ENST00000361752PACRGchr6

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+
In-frameENST00000366889ENST00000361195PACRGchr6

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+
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+QKIchr6

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+
In-frameENST00000366888ENST00000275262PACRGchr6

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+QKIchr6

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+
In-frameENST00000366888ENST00000392127PACRGchr6

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+QKIchr6

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+
In-frameENST00000366888ENST00000453779PACRGchr6

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+
In-frameENST00000366888ENST00000361752PACRGchr6

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+QKIchr6

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+
In-frameENST00000366888ENST00000361195PACRGchr6

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+QKIchr6

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+
In-frameENST00000366888ENST00000424802PACRGchr6

163235313

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163983014

+
3UTR-3CDSENST00000542669ENST00000275262PACRGchr6

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+
3UTR-3CDSENST00000542669ENST00000392127PACRGchr6

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+
3UTR-3CDSENST00000542669ENST00000453779PACRGchr6

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+QKIchr6

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+
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+
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+
3UTR-3CDSENST00000542669ENST00000424802PACRGchr6

163235313

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163983014

+
In-frameENST00000337019ENST00000275262PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163899812

+
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+
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+QKIchr6

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+
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+QKIchr6

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+
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163235313

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+
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+QKIchr6

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+
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+QKIchr6

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+
In-frameENST00000366889ENST00000392127PACRGchr6

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+QKIchr6

163899812

+
In-frameENST00000366889ENST00000453779PACRGchr6

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+QKIchr6

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+
In-frameENST00000366889ENST00000361752PACRGchr6

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+QKIchr6

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+
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163235313

+QKIchr6

163899812

+
In-frameENST00000366889ENST00000424802PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

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+
In-frameENST00000366888ENST00000275262PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163899812

+
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+
In-frameENST00000366888ENST00000453779PACRGchr6

163235313

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+
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163899812

+
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163235313

+QKIchr6

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+
In-frameENST00000366888ENST00000424802PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163899812

+
3UTR-3CDSENST00000542669ENST00000275262PACRGchr6

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+QKIchr6

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+
3UTR-3CDSENST00000542669ENST00000392127PACRGchr6

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+QKIchr6

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+
3UTR-3CDSENST00000542669ENST00000453779PACRGchr6

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+QKIchr6

163899812

+
3UTR-3CDSENST00000542669ENST00000361752PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163899812

+
3UTR-3CDSENST00000542669ENST00000361195PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163899812

+
3UTR-3CDSENST00000542669ENST00000424802PACRGchr6

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+QKIchr6

163899812

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Top

FusionProtFeatures for PACRG_QKI


check buttonMain function of each fusion partner protein. (from UniProt)
HgeneTgene
PACRG

Q96M98

QKI

Q96PU8

Suppresses cell death induced by accumulation ofunfolded Pael receptor (Pael-R, a substrate of Parkin).Facilitates the formation of inclusions consisting of Pael-R,molecular chaperones, protein degradation molecules and itselfwhen proteasome is inhibited. May play an important role in theformation of Lewy bodies and protection of dopaminergic neuronsagainst Parkinson disease. {ECO:0000269|PubMed:14532270}.

check buttonRetention analysis result of each fusion partner protein across 39 protein features of UniProt such as six molecule processing features, 13 region features, four site features, six amino acid modification features, two natural variation features, five experimental info features, and 3 secondary structure features. Here, because of limited space for viewing, we only show the protein feature retention information belong to the 13 regional features. All retention annotation result can be downloaded at

download page

.

* Minus value of BPloci means that the break pointn is located before the CDS.
- In-frame and retained protein feature among the 13 regional features.
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST00000275262+17276_27995326MotifNote=SH3-binding
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST00000275262+17324_33095326MotifNuclear localization signal
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST00000361195+18276_27995334MotifNote=SH3-binding
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST00000361195+18324_33095334MotifNuclear localization signal
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST00000361752+18276_27995342MotifNote=SH3-binding
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST00000361752+18324_33095342MotifNuclear localization signal
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST00000392127+16276_27995320MotifNote=SH3-binding
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST00000392127+16324_33095320MotifNuclear localization signal
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST00000424802+17276_27995318MotifNote=SH3-binding
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TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST00000453779+17276_27995320MotifNote=SH3-binding
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST00000453779+17324_33095320MotifNuclear localization signal
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163983014ENST00000275262+37276_279182326MotifNote=SH3-binding
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TgeneQKIchr6:163235313chr6:163983014ENST00000361195+38276_279182334MotifNote=SH3-binding
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163983014ENST00000361195+38324_330182334MotifNuclear localization signal
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163983014ENST00000361752+38276_279182342MotifNote=SH3-binding
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TgeneQKIchr6:163235313chr6:163983014ENST00000392127+36276_279182320MotifNote=SH3-binding
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163983014ENST00000392127+36324_330182320MotifNuclear localization signal
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163983014ENST00000424802+37276_279182318MotifNote=SH3-binding
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163983014ENST00000424802+37324_330182318MotifNuclear localization signal
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163983014ENST00000453779+37276_279182320MotifNote=SH3-binding
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163983014ENST00000453779+37324_330182320MotifNuclear localization signal
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST00000275262+17182_21395326RegionQua2 domain%3B involved in RNA binding
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST00000361195+18182_21395334RegionQua2 domain%3B involved in RNA binding
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST00000361752+18182_21395342RegionQua2 domain%3B involved in RNA binding
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST00000392127+16182_21395320RegionQua2 domain%3B involved in RNA binding
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST00000424802+17182_21395318RegionQua2 domain%3B involved in RNA binding
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST00000453779+17182_21395320RegionQua2 domain%3B involved in RNA binding
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163983014ENST00000275262+37182_213182326RegionQua2 domain%3B involved in RNA binding
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163983014ENST00000361195+38182_213182334RegionQua2 domain%3B involved in RNA binding
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163983014ENST00000361752+38182_213182342RegionQua2 domain%3B involved in RNA binding
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163983014ENST00000392127+36182_213182320RegionQua2 domain%3B involved in RNA binding
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163983014ENST00000424802+37182_213182318RegionQua2 domain%3B involved in RNA binding
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163983014ENST00000453779+37182_213182320RegionQua2 domain%3B involved in RNA binding

- In-frame and not-retained protein feature among the 13 regional features.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST00000275262+1787_15395326DomainNote=KH
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST00000361195+1887_15395334DomainNote=KH
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST00000361752+1887_15395342DomainNote=KH
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST00000392127+1687_15395320DomainNote=KH
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST00000424802+1787_15395318DomainNote=KH
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST00000453779+1787_15395320DomainNote=KH
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163983014ENST00000275262+3787_153182326DomainNote=KH
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163983014ENST00000361195+3887_153182334DomainNote=KH
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163983014ENST00000361752+3887_153182342DomainNote=KH
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163983014ENST00000392127+3687_153182320DomainNote=KH
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163983014ENST00000424802+3787_153182318DomainNote=KH
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163983014ENST00000453779+3787_153182320DomainNote=KH
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST00000275262+1711_8295326RegionQua1 domain%3B involved in homodimerization
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST00000361195+1811_8295334RegionQua1 domain%3B involved in homodimerization
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST00000361752+1811_8295342RegionQua1 domain%3B involved in homodimerization
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST00000392127+1611_8295320RegionQua1 domain%3B involved in homodimerization
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TgeneQKIchr6:163235313chr6:163983014ENST00000424802+3711_82182318RegionQua1 domain%3B involved in homodimerization
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163983014ENST00000453779+3711_82182320RegionQua1 domain%3B involved in homodimerization


Top

FusionGeneSequence for PACRG_QKI


check button For in-frame fusion transcripts, we provide the fusion transcript sequences and fusion amino acid sequences.
(nt: nucleotides, aa: amino acids)

* Fusion amino acid sequences.
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>In-frame_PACRG_ENST00000366888_chr6_163235313_+_QKI_ENST00000424802_chr6_163899812_+_320aa
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* Fusion transcript sequences (only coding sequence (CDS) region).
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GGAAACAAAATCGCCTGGAAGGCAGAAGGAGAAGACAGCCTGAAGAAGATGCAGCTGATGGAGCTTGCGATTCTGAATGGCACCTACAGA
GATGCCAACATTAAATCACCAGCCCTTGCCTTTTCTCTTGCAGCAACAGCCCAGGCTGCTCCAAGGATCATTACTGGGCCTGCGCCGGTT
CTCCCACCAGCTGCCCTGCGTACTCCTACGCCAGCTGGCCCTACCATAATGCCTTTGATCAGACAAATACAGACCGCTGTCATGCCAAAC
GGAACTCCTCACCCAACTGCTGCAATAGTTCCTCCAGGGCCCGAAGCTGGTTTAATCTATACACCCTATGAGTACCCCTACACATTGGCA
CCAGCTACATCAATCCTTGAGTATCCTATTGAACCTAGTGGTGTATTAGAGTGGATTGAAATGCCAGTCATGCCTGATATTTCAGCCCAT

>In-frame_PACRG_ENST00000337019_chr6_163235313_+_QKI_ENST00000392127_chr6_163983014_+_705nt
ATGGTGGCAGAAAAAGAGACCCTGAGCTTAAACAAATGCCCAGACAAGATGCCGAAGAGGACCAAGCTGCTGGCACAACAGCCGCTCCCG
GTGCACCAGCCTCACTCTCTGGTTTCTGAGGGTTTCACAGTCAAAGCCATGATGAAAAACTCAGTCGTGAGAGGCCCTCCAGCTGCAGGG
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* Fusion transcript sequences (Full-length transcript).
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CCATGATGAAAAACTCAGTCGTGAGAGGCCCTCCAGCTGCAGGGGCATTTAAAGAAAGACCAACCAAGCCCACAGCATTTCGAAAATTCT
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CTTGGTGCTGCATGCATGCTGTTGACTTTTAGGACTTTGATCTTTTAAGGTTTTTTTTCCCCAGCATTAATATTGATTTATAAAGATTTG
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GTGTGTGTGCATGCACTCAGGTGCCCTTTGTTTCATGAACAAATACATTTCATTGTACATGTTTTCTGTTTAAATCATTGTATAAAGTAA
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CCGGATGTAAAATCATGGTCCGAGGCAAAGGCTCAATGAGGGATAAAAAAAAGGAGGAGCAAAATAGAGGCAAGCCCAATTGGGAGCATC
TAAATGAAGATTTACATGTACTAATCACTGTGGAAGATGCTCAGAACAGAGCAGAAATCAAATTGAAGAGAGCAGTTGAAGAAGTGAAGA
AATTATTGGTACCTGCAGCAGAAGGAGAAGACAGCCTGAAGAAGATGCAGCTGATGGAGCTTGCGATTCTGAATGGCACCTACAGAGATG
CCAACATTAAATCACCAACAGCCCAGGCTGCTCCAAGGATCATTACTGGGCCTGCGCCGGTTCTCCCACCAGCTGCCCTGCGTACTCCTA
CGCCAGCTGGCCCTACCATAATGCCTTTGATCAGACAAATACAGACCGCTGTCATGCCAAACGGAACTCCTCACCCAACTGCTGCAATAG
TTCCTCCAGGGCCCGAAGCTGGTTTAATCTATACACCCTATGAGTACCCCTACACATTGGCACCAGCTACATCAATCCTTGAGTATCCTA


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FusionGenePPI for PACRG_QKI


check button Go to ChiPPI (Chimeric Protein-Protein interactions) to see the chimeric PPI interaction in

ChiPPI page

.

check button Protein-protein interactors with each fusion partner protein in wild-type (BIOGRID-3.4.160)
HgeneHgene's interactorsTgeneTgene's interactors
PACRGHSP90AA1, CCT3, CCT4, CCT5, TCP1, CCT6A, CCT7, CCT2, TUBA1A, TUBB, HSPA4, PARK2, STUB1, DNAJA1, VCP, GPR37, APP, KLHL36, TP53, STIP1, CCDC40QKIHNRNPK, USP30, MED12, MED13, MED25, MED16, MED17, MED1, MED24, MED23, MED4, MED29, MED31, MED15, MED14, MED26, MED10, POLR2A, MED27, ELAVL1, PSMF1, C10orf10, FUBP3, HCLS1, PCBP2, PTBP1, PTBP2, RBM14, RBFOX2, RBPMS, RNF138, SERF2, THAP1, USH1C, RBFOX1, PCBP1, PCBP4, APP, NDUFA7, CDV3, ATXN1, FN1, U2AF2, RBM23, RALY, WDR77, HNRNPH2, QKI, DAZ1, IL7R, CARM1, SNRPA, RBM11, NABP1, HNRNPLL, OIP5, RBMX, ZACN, CYP1A1, NTRK1, EWSR1, HYPK, DUSP22, DUSP4, ATE1, RBM42, FBXW11, SLC39A12, VAC14, TRIM11, SYNCRIP, SNRNP27


check button - Retained PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenStill interaction with


check button - Lost PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


check button - Retained PPIs, but lost function due to frame-shift fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


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RelatedDrugs for PACRG_QKI


check button Drugs targeting genes involved in this fusion gene.
(DrugBank Version 5.1.0 2018-04-02)
PartnerGeneUniProtAccDrugBank IDDrug nameDrug activityDrug typeDrug status

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RelatedDiseases for PACRG_QKI


check button Diseases associated with fusion partners.
(DisGeNet 4.0)
PartnerGeneDisease IDDisease name# pubmedsSource
TgeneQKIC0036341Schizophrenia5PSYGENET
TgeneQKIC0017638Glioma1CTD_human
TgeneQKIC0041696Unipolar Depression1PSYGENET
TgeneQKIC1269683Major Depressive Disorder1PSYGENET