|
Fusion gene ID: 25728 |
FusionGeneSummary for PACRG_QKI |
Fusion gene summary |
Fusion gene information | Fusion gene name: PACRG_QKI | Fusion gene ID: 25728 | Hgene | Tgene | Gene symbol | PACRG | QKI | Gene ID | 135138 | 9444 |
Gene name | parkin coregulated | QKI, KH domain containing RNA binding | |
Synonyms | GLUP|HAK005771|PARK2CRG | Hqk|QK|QK1|QK3|hqkI | |
Cytomap | 6q26 | 6q26 | |
Type of gene | protein-coding | protein-coding | |
Description | parkin coregulated gene proteinPARK2 co-regulatedPARK2 coregulatedmolecular chaperone/chaperonin-binding proteinparkin co-regulated gene protein | protein quakingQKI/LOC100132735 fusionRNA binding protein HQKhomolog of mouse quaking QKI (KH domain RNA binding protein)quaking homolog, KH domain RNA binding | |
Modification date | 20180523 | 20180522 | |
UniProtAcc | Q96M98 | Q96PU8 | |
Ensembl transtripts involved in fusion gene | ENST00000337019, ENST00000366889, ENST00000366888, ENST00000542669, | ENST00000275262, ENST00000392127, ENST00000453779, ENST00000361752, ENST00000361195, ENST00000424802, | |
Fusion gene scores | * DoF score | 1 X 1 X 1=1 | 13 X 14 X 6=1092 |
# samples | 2 | 18 | |
** MAII score | log2(2/1*10)=4.32192809488736 | log2(18/1092*10)=-2.60090404459018 possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs). DoF>8 and MAII<0 | |
Context | PubMed: PACRG [Title/Abstract] AND QKI [Title/Abstract] AND fusion [Title/Abstract] | ||
Functional or gene categories assigned by FusionGDB annotation | Oncogene involved fusion gene, in-frame and retained their domain. Tumor suppressor gene involved fusion gene, in-frame but not retained their domain. Tumor suppressor gene involved fusion gene, retained protein feature but frameshift. DDR (DNA damage repair) gene involved fusion gene, in-frame but not retained their domain. |
* DoF score (Degree of Frequency) = # partners X # break points X # cancer types ** MAII score (Major Active Isofusion Index) = log2(# samples/DoF score*10) |
Gene ontology of each fusion partner gene with evidence of Inferred from Direct Assay (IDA) from Entrez |
Partner | Gene | GO ID | GO term | PubMed ID |
Fusion gene information from three resources (ChiTars (NAR, 2018), tumorfusions (NAR, 2018), Gao et al. (Cell, 2018)) * All genome coordinats were lifted-over on hg19. * Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser. |
Data type | Source | Cancer type | Sample | Hgene | Hchr | Hbp | Hstrand | Tgene | Tchr | Tbp | Tstrand |
TCGA | LD | LGG | TCGA-DU-6404-01A | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163983014 | + |
TCGA | LD | LGG | TCGA-HT-8114-01A | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163899812 | + |
* LD: Li Ding group's fusion gene list RV: Roel Verhaak group's fusion gene list ChiTaRs fusion database |
Open reading frame (ORF) analsis of fusion genes based on Ensembl gene isoform structure. * Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser. |
ORF | Henst | Tenst | Hgene | Hchr | Hbp | Hstrand | Tgene | Tchr | Tbp | Tstrand |
In-frame | ENST00000337019 | ENST00000275262 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163983014 | + |
In-frame | ENST00000337019 | ENST00000392127 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163983014 | + |
In-frame | ENST00000337019 | ENST00000453779 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163983014 | + |
In-frame | ENST00000337019 | ENST00000361752 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163983014 | + |
In-frame | ENST00000337019 | ENST00000361195 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163983014 | + |
In-frame | ENST00000337019 | ENST00000424802 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163983014 | + |
In-frame | ENST00000366889 | ENST00000275262 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163983014 | + |
In-frame | ENST00000366889 | ENST00000392127 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163983014 | + |
In-frame | ENST00000366889 | ENST00000453779 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163983014 | + |
In-frame | ENST00000366889 | ENST00000361752 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163983014 | + |
In-frame | ENST00000366889 | ENST00000361195 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163983014 | + |
In-frame | ENST00000366889 | ENST00000424802 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163983014 | + |
In-frame | ENST00000366888 | ENST00000275262 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163983014 | + |
In-frame | ENST00000366888 | ENST00000392127 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163983014 | + |
In-frame | ENST00000366888 | ENST00000453779 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163983014 | + |
In-frame | ENST00000366888 | ENST00000361752 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163983014 | + |
In-frame | ENST00000366888 | ENST00000361195 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163983014 | + |
In-frame | ENST00000366888 | ENST00000424802 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163983014 | + |
3UTR-3CDS | ENST00000542669 | ENST00000275262 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163983014 | + |
3UTR-3CDS | ENST00000542669 | ENST00000392127 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163983014 | + |
3UTR-3CDS | ENST00000542669 | ENST00000453779 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163983014 | + |
3UTR-3CDS | ENST00000542669 | ENST00000361752 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163983014 | + |
3UTR-3CDS | ENST00000542669 | ENST00000361195 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163983014 | + |
3UTR-3CDS | ENST00000542669 | ENST00000424802 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163983014 | + |
In-frame | ENST00000337019 | ENST00000275262 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163899812 | + |
In-frame | ENST00000337019 | ENST00000392127 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163899812 | + |
In-frame | ENST00000337019 | ENST00000453779 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163899812 | + |
In-frame | ENST00000337019 | ENST00000361752 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163899812 | + |
In-frame | ENST00000337019 | ENST00000361195 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163899812 | + |
In-frame | ENST00000337019 | ENST00000424802 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163899812 | + |
In-frame | ENST00000366889 | ENST00000275262 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163899812 | + |
In-frame | ENST00000366889 | ENST00000392127 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163899812 | + |
In-frame | ENST00000366889 | ENST00000453779 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163899812 | + |
In-frame | ENST00000366889 | ENST00000361752 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163899812 | + |
In-frame | ENST00000366889 | ENST00000361195 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163899812 | + |
In-frame | ENST00000366889 | ENST00000424802 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163899812 | + |
In-frame | ENST00000366888 | ENST00000275262 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163899812 | + |
In-frame | ENST00000366888 | ENST00000392127 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163899812 | + |
In-frame | ENST00000366888 | ENST00000453779 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163899812 | + |
In-frame | ENST00000366888 | ENST00000361752 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163899812 | + |
In-frame | ENST00000366888 | ENST00000361195 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163899812 | + |
In-frame | ENST00000366888 | ENST00000424802 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163899812 | + |
3UTR-3CDS | ENST00000542669 | ENST00000275262 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163899812 | + |
3UTR-3CDS | ENST00000542669 | ENST00000392127 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163899812 | + |
3UTR-3CDS | ENST00000542669 | ENST00000453779 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163899812 | + |
3UTR-3CDS | ENST00000542669 | ENST00000361752 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163899812 | + |
3UTR-3CDS | ENST00000542669 | ENST00000361195 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163899812 | + |
3UTR-3CDS | ENST00000542669 | ENST00000424802 | PACRG | chr6 | 163235313 | + | QKI | chr6 | 163899812 | + |
Top |
FusionProtFeatures for PACRG_QKI |
Main function of each fusion partner protein. (from UniProt) |
Hgene | Tgene |
PACRG | QKI |
Suppresses cell death induced by accumulation ofunfolded Pael receptor (Pael-R, a substrate of Parkin).Facilitates the formation of inclusions consisting of Pael-R,molecular chaperones, protein degradation molecules and itselfwhen proteasome is inhibited. May play an important role in theformation of Lewy bodies and protection of dopaminergic neuronsagainst Parkinson disease. {ECO:0000269|PubMed:14532270}. |
Retention analysis result of each fusion partner protein across 39 protein features of UniProt such as six molecule processing features, 13 region features, four site features, six amino acid modification features, two natural variation features, five experimental info features, and 3 secondary structure features. Here, because of limited space for viewing, we only show the protein feature retention information belong to the 13 regional features. All retention annotation result can be downloaded at . * Minus value of BPloci means that the break pointn is located before the CDS. |
- In-frame and retained protein feature among the 13 regional features. |
Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Protein feature | Protein feature note |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163899812 | ENST00000275262 | + | 1 | 7 | 276_279 | 95 | 326 | Motif | Note=SH3-binding |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163899812 | ENST00000275262 | + | 1 | 7 | 324_330 | 95 | 326 | Motif | Nuclear localization signal |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163899812 | ENST00000361195 | + | 1 | 8 | 276_279 | 95 | 334 | Motif | Note=SH3-binding |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163899812 | ENST00000361195 | + | 1 | 8 | 324_330 | 95 | 334 | Motif | Nuclear localization signal |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163899812 | ENST00000361752 | + | 1 | 8 | 276_279 | 95 | 342 | Motif | Note=SH3-binding |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163899812 | ENST00000361752 | + | 1 | 8 | 324_330 | 95 | 342 | Motif | Nuclear localization signal |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163899812 | ENST00000392127 | + | 1 | 6 | 276_279 | 95 | 320 | Motif | Note=SH3-binding |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163899812 | ENST00000392127 | + | 1 | 6 | 324_330 | 95 | 320 | Motif | Nuclear localization signal |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163899812 | ENST00000424802 | + | 1 | 7 | 276_279 | 95 | 318 | Motif | Note=SH3-binding |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163899812 | ENST00000424802 | + | 1 | 7 | 324_330 | 95 | 318 | Motif | Nuclear localization signal |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163899812 | ENST00000453779 | + | 1 | 7 | 276_279 | 95 | 320 | Motif | Note=SH3-binding |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163899812 | ENST00000453779 | + | 1 | 7 | 324_330 | 95 | 320 | Motif | Nuclear localization signal |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163983014 | ENST00000275262 | + | 3 | 7 | 276_279 | 182 | 326 | Motif | Note=SH3-binding |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163983014 | ENST00000275262 | + | 3 | 7 | 324_330 | 182 | 326 | Motif | Nuclear localization signal |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163983014 | ENST00000361195 | + | 3 | 8 | 276_279 | 182 | 334 | Motif | Note=SH3-binding |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163983014 | ENST00000361195 | + | 3 | 8 | 324_330 | 182 | 334 | Motif | Nuclear localization signal |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163983014 | ENST00000361752 | + | 3 | 8 | 276_279 | 182 | 342 | Motif | Note=SH3-binding |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163983014 | ENST00000361752 | + | 3 | 8 | 324_330 | 182 | 342 | Motif | Nuclear localization signal |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163983014 | ENST00000392127 | + | 3 | 6 | 276_279 | 182 | 320 | Motif | Note=SH3-binding |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163983014 | ENST00000392127 | + | 3 | 6 | 324_330 | 182 | 320 | Motif | Nuclear localization signal |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163983014 | ENST00000424802 | + | 3 | 7 | 276_279 | 182 | 318 | Motif | Note=SH3-binding |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163983014 | ENST00000424802 | + | 3 | 7 | 324_330 | 182 | 318 | Motif | Nuclear localization signal |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163983014 | ENST00000453779 | + | 3 | 7 | 276_279 | 182 | 320 | Motif | Note=SH3-binding |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163983014 | ENST00000453779 | + | 3 | 7 | 324_330 | 182 | 320 | Motif | Nuclear localization signal |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163899812 | ENST00000275262 | + | 1 | 7 | 182_213 | 95 | 326 | Region | Qua2 domain%3B involved in RNA binding |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163899812 | ENST00000361195 | + | 1 | 8 | 182_213 | 95 | 334 | Region | Qua2 domain%3B involved in RNA binding |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163899812 | ENST00000361752 | + | 1 | 8 | 182_213 | 95 | 342 | Region | Qua2 domain%3B involved in RNA binding |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163899812 | ENST00000392127 | + | 1 | 6 | 182_213 | 95 | 320 | Region | Qua2 domain%3B involved in RNA binding |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163899812 | ENST00000424802 | + | 1 | 7 | 182_213 | 95 | 318 | Region | Qua2 domain%3B involved in RNA binding |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163899812 | ENST00000453779 | + | 1 | 7 | 182_213 | 95 | 320 | Region | Qua2 domain%3B involved in RNA binding |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163983014 | ENST00000275262 | + | 3 | 7 | 182_213 | 182 | 326 | Region | Qua2 domain%3B involved in RNA binding |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163983014 | ENST00000361195 | + | 3 | 8 | 182_213 | 182 | 334 | Region | Qua2 domain%3B involved in RNA binding |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163983014 | ENST00000361752 | + | 3 | 8 | 182_213 | 182 | 342 | Region | Qua2 domain%3B involved in RNA binding |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163983014 | ENST00000392127 | + | 3 | 6 | 182_213 | 182 | 320 | Region | Qua2 domain%3B involved in RNA binding |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163983014 | ENST00000424802 | + | 3 | 7 | 182_213 | 182 | 318 | Region | Qua2 domain%3B involved in RNA binding |
Tgene | >QKI | chr6:163235313 | chr6:163983014 | ENST00000453779 | + | 3 | 7 | 182_213 | 182 | 320 | Region | Qua2 domain%3B involved in RNA binding |
- In-frame and not-retained protein feature among the 13 regional features. |
Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Protein feature | Protein feature note |
Tgene | QKI | chr6:163235313 | chr6:163899812 | ENST00000275262 | + | 1 | 7 | 87_153 | 95 | 326 | Domain | Note=KH |
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Top |
FusionGeneSequence for PACRG_QKI |
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GATTGCCCATATTAGATTTTTTTTTTAATTCTTCACAAAATCTGCTCTTCCTGAAAGATCAAAGTGTCTAGAAAGCCCAAACATGTATTC TTAACATAGTAGGCACCAGCTGAAACTGAGTAATTAAACGGTCCCCTGAAGCCAAGTATTCCCTGGTTAGTCGCCACCCCACCACTCCTT CCTGTCTCTAGTGTCACACTTGGGCTGTTGATTTTCTTACTCTTCTCTTGCTTTAATCCTTCCCCCCGGCTCTCTGGCTCCTGTGGATAT CTGTGCTTGTTTCCTGGTCCAGGATGGTGATCTGACTTTCAAACCAGCTTCTCAAAAGGGGTGACATAAAATCAGTTTTGATGTTTTTCC TCCTGAAAAATCAGATGAATATTTTAGTCACTGTTACTCATGCACATTGTGTTCTTATGTTTACAGAAGTGCTTAAGTGAATGGAAGCAC TAGACATTTGGATTTCCTTCCTAACGTAATTTTTAATGATTACCCCTTTTATACAGTAATTTGTGGTCTTTAGAAAGCAGTTAAACTAAT TGACCATCTAATAGTTGTACTATACATATGTCTAAAATAATAGTCATGGTAAGTTTGGCATCATATCTTCCCCAAAAAATGTTTATTAAA ATTAGATTATTCCAGTTTAATGCTATTTTGTGAACTGTATACCCTCTGAAAGCGCTTATTTTTACATGCTACACAACAGTTCCAATTTTA AGGAGTGTCTCCTAAAATTGGGATGAAAATCTACTGTAGTCTGTTTTAAAGTATGCTATACTATGTTCATTGGTTACTTAACTGGATATT AATATAAAGGTTATTACAAGAAAAATGATGAAGAGCAAAAGGAGAAGAAAATATTTGCAAGTGAATCCACAATTCTTGCAGAACTATTTG AGTTGATACTAAAGATTTTATGTTCACTCCTTTACCTTAGAACTGTCAAGCTTGGGAATGAGGAAAGTGCCTTGGCTGTGCTTGAAACCT GAATTTTAGTGCTTCCCTTATTACATTCATTGTTTTCAATGATTGATTTATAAAATTAAGACATACTGGTAGTACAAGTTGAAAGTTGGT TTGAATACATTTTAATTAAATGATAATATGTTAATATGCTTTTGTTCATTGCTTTCTCACTGAGGTAAAACAGCATTAAAAAGTTGTCCA >In-frame_PACRG_ENST00000366888_chr6_163235313_+_QKI_ENST00000361195_chr6_163899812_+_1320nt GTGTTGACCAGTCGCTTAGCAACCGGGAGGCTTACCTTTGGAAGCTTGTTGCAGCTCTAGCCAAGGTCCTGCCCTCTTCCCGCCCCGCCC CTAGGGTCCAGCTCCCTTCACCTAGGAGCTGCCAAACATCTGGATCAACCTGGGCACTACGAGGGGTTGAATTTCTACCATTATCGCGCC TTTTGATATTTTTTTCCAGACCTCCTGCTCACATCCGTAAAGCCCACTGATTCTTTTACTACACTTTTTATGAGAACAAGACATTTTCTA GGAAGATGGTGGCAGAAAAAGAGACCCTGAGCTTAAACAAATGCCCAGACAAGATGCCGAAGAGGACCAAGCTGCTGGCACAACAGCCGC TCCCGGTGCACCAGCCTCACTCTCTGGTTTCTGAGGGTTTCACAGTCAAAGCCATGATGAAAAACTCAGTCGTGAGAGGCCCTCCAGCTG CAGGGGCATTTAAAGAAAGACCAACCAAGCCCACAGCATTTCGAAAATTCTATGAGCGAGGTGACTTCCCAATTGCCCTTGAGCATGATT CGAAAGGAAACAAAATCGCCTGGAAGTTTAATTTTGTTGGGAGAATCCTTGGACCTAGAGGACTTACAGCCAAACAACTTGAAGCAGAAA CCGGATGTAAAATCATGGTCCGAGGCAAAGGCTCAATGAGGGATAAAAAAAAGGAGGAGCAAAATAGAGGCAAGCCCAATTGGGAGCATC TAAATGAAGATTTACATGTACTAATCACTGTGGAAGATGCTCAGAACAGAGCAGAAATCAAATTGAAGAGAGCAGTTGAAGAAGTGAAGA AATTATTGGTACCTGCAGCAGAAGGAGAAGACAGCCTGAAGAAGATGCAGCTGATGGAGCTTGCGATTCTGAATGGCACCTACAGAGATG CCAACATTAAATCACCAACAGCCCAGGCTGCTCCAAGGATCATTACTGGGCCTGCGCCGGTTCTCCCACCAGCTGCCCTGCGTACTCCTA CGCCAGCTGGCCCTACCATAATGCCTTTGATCAGACAAATACAGACCGCTGTCATGCCAAACGGAACTCCTCACCCAACTGCTGCAATAG TTCCTCCAGGGCCCGAAGCTGGTTTAATCTATACACCCTATGAGTACCCCTACACATTGGCACCAGCTACATCAATCCTTGAGTATCCTA TTGAACCTAGTGGTGTATTAGGTGCGGTGGCTACTAAAGTTCGAAGGCACGATATGCGTGTCCATCCTTACCAAAGGATTGTGACCGCAG >In-frame_PACRG_ENST00000366888_chr6_163235313_+_QKI_ENST00000424802_chr6_163899812_+_1235nt GTGTTGACCAGTCGCTTAGCAACCGGGAGGCTTACCTTTGGAAGCTTGTTGCAGCTCTAGCCAAGGTCCTGCCCTCTTCCCGCCCCGCCC CTAGGGTCCAGCTCCCTTCACCTAGGAGCTGCCAAACATCTGGATCAACCTGGGCACTACGAGGGGTTGAATTTCTACCATTATCGCGCC TTTTGATATTTTTTTCCAGACCTCCTGCTCACATCCGTAAAGCCCACTGATTCTTTTACTACACTTTTTATGAGAACAAGACATTTTCTA GGAAGATGGTGGCAGAAAAAGAGACCCTGAGCTTAAACAAATGCCCAGACAAGATGCCGAAGAGGACCAAGCTGCTGGCACAACAGCCGC TCCCGGTGCACCAGCCTCACTCTCTGGTTTCTGAGGGTTTCACAGTCAAAGCCATGATGAAAAACTCAGTCGTGAGAGGCCCTCCAGCTG CAGGGGCATTTAAAGAAAGACCAACCAAGCCCACAGCATTTCGAAAATTCTATGAGCGAGGTGACTTCCCAATTGCCCTTGAGCATGATT CGAAAGGAAACAAAATCGCCTGGAAGTTTAATTTTGTTGGGAGAATCCTTGGACCTAGAGGACTTACAGCCAAACAACTTGAAGCAGAAA CCGGATGTAAAATCATGGTCCGAGGCAAAGGCTCAATGAGGGATAAAAAAAAGGAGGAGCAAAATAGAGGCAAGCCCAATTGGGAGCATC TAAATGAAGATTTACATGTACTAATCACTGTGGAAGATGCTCAGAACAGAGCAGAAATCAAATTGAAGAGAGCAGTTGAAGAAGTGAAGA AATTATTGGTACCTGCAGCAGAAGGAGAAGACAGCCTGAAGAAGATGCAGCTGATGGAGCTTGCGATTCTGAATGGCACCTACAGAGATG CCAACATTAAATCACCAACAGCCCAGGCTGCTCCAAGGATCATTACTGGGCCTGCGCCGGTTCTCCCACCAGCTGCCCTGCGTACTCCTA CGCCAGCTGGCCCTACCATAATGCCTTTGATCAGACAAATACAGACCGCTGTCATGCCAAACGGAACTCCTCACCCAACTGCTGCAATAG TTCCTCCAGGGCCCGAAGCTGGTTTAATCTATACACCCTATGAGTACCCCTACACATTGGCACCAGCTACATCAATCCTTGAGTATCCTA |
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FusionGenePPI for PACRG_QKI |
Go to ChiPPI (Chimeric Protein-Protein interactions) to see the chimeric PPI interaction in . |
Protein-protein interactors with each fusion partner protein in wild-type (BIOGRID-3.4.160) |
Hgene | Hgene's interactors | Tgene | Tgene's interactors |
PACRG | HSP90AA1, CCT3, CCT4, CCT5, TCP1, CCT6A, CCT7, CCT2, TUBA1A, TUBB, HSPA4, PARK2, STUB1, DNAJA1, VCP, GPR37, APP, KLHL36, TP53, STIP1, CCDC40 | QKI | HNRNPK, USP30, MED12, MED13, MED25, MED16, MED17, MED1, MED24, MED23, MED4, MED29, MED31, MED15, MED14, MED26, MED10, POLR2A, MED27, ELAVL1, PSMF1, C10orf10, FUBP3, HCLS1, PCBP2, PTBP1, PTBP2, RBM14, RBFOX2, RBPMS, RNF138, SERF2, THAP1, USH1C, RBFOX1, PCBP1, PCBP4, APP, NDUFA7, CDV3, ATXN1, FN1, U2AF2, RBM23, RALY, WDR77, HNRNPH2, QKI, DAZ1, IL7R, CARM1, SNRPA, RBM11, NABP1, HNRNPLL, OIP5, RBMX, ZACN, CYP1A1, NTRK1, EWSR1, HYPK, DUSP22, DUSP4, ATE1, RBM42, FBXW11, SLC39A12, VAC14, TRIM11, SYNCRIP, SNRNP27 |
- Retained PPIs in in-frame fusion. |
Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Still interaction with |
- Lost PPIs in in-frame fusion. |
Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Interaction lost with |
- Retained PPIs, but lost function due to frame-shift fusion. |
Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Interaction lost with |
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RelatedDrugs for PACRG_QKI |
Drugs targeting genes involved in this fusion gene. (DrugBank Version 5.1.0 2018-04-02) |
Partner | Gene | UniProtAcc | DrugBank ID | Drug name | Drug activity | Drug type | Drug status |
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RelatedDiseases for PACRG_QKI |
Diseases associated with fusion partners. (DisGeNet 4.0) |
Partner | Gene | Disease ID | Disease name | # pubmeds | Source |
Tgene | QKI | C0036341 | Schizophrenia | 5 | PSYGENET |
Tgene | QKI | C0017638 | Glioma | 1 | CTD_human |
Tgene | QKI | C0041696 | Unipolar Depression | 1 | PSYGENET |
Tgene | QKI | C1269683 | Major Depressive Disorder | 1 | PSYGENET |