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Fusion gene ID: 16113 |
FusionGeneSummary for HERC4_CTNNA3 |
 Fusion gene summary |
| Fusion gene information | Fusion gene name: HERC4_CTNNA3 | Fusion gene ID: 16113 | Hgene | Tgene | Gene symbol | HERC4 | CTNNA3 | Gene ID | 26091 | 29119 |
| Gene name | HECT and RLD domain containing E3 ubiquitin protein ligase 4 | catenin alpha 3 | |
| Synonyms | - | ARVD13|VR22 | |
| Cytomap | 10q21.3 | 10q21.3 | |
| Type of gene | protein-coding | protein-coding | |
| Description | probable E3 ubiquitin-protein ligase HERC4HECT domain and RCC1-like domain-containing protein 4HECT-type E3 ubiquitin transferase HERC4hect domain and RLD 4 | catenin alpha-3alpha-T-cateninalpha-catenin-like proteincatenin (cadherin-associated protein), alpha 3 | |
| Modification date | 20180522 | 20180519 | |
| UniProtAcc | Q5GLZ8 | Q9UI47 | |
| Ensembl transtripts involved in fusion gene | ENST00000277817, ENST00000412272, ENST00000395198, ENST00000373700, ENST00000395187, ENST00000480158, ENST00000492996, | ENST00000433211, ENST00000373744, ENST00000545309, ENST00000373735, | |
| Fusion gene scores | * DoF score | 5 X 6 X 4=120 | 10 X 8 X 6=480 |
| # samples | 6 | 10 | |
| ** MAII score | log2(6/120*10)=-1 possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs). DoF>8 and MAII<0 | log2(10/480*10)=-2.26303440583379 possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs). DoF>8 and MAII<0 | |
| Context | PubMed: HERC4 [Title/Abstract] AND CTNNA3 [Title/Abstract] AND fusion [Title/Abstract] | ||
| Functional or gene categories assigned by FusionGDB annotation | Tumor suppressor gene involved fusion gene, in-frame but not retained their domain. Tumor suppressor gene involved fusion gene, retained protein feature but frameshift. DDR (DNA damage repair) gene involved fusion gene, in-frame but not retained their domain. | ||
| * DoF score (Degree of Frequency) = # partners X # break points X # cancer types ** MAII score (Major Active Isofusion Index) = log2(# samples/DoF score*10) |
| Gene ontology of each fusion partner gene with evidence of Inferred from Direct Assay (IDA) from Entrez |
| Partner | Gene | GO ID | GO term | PubMed ID |
| Fusion gene information from three resources (ChiTars (NAR, 2018), tumorfusions (NAR, 2018), Gao et al. (Cell, 2018)) * All genome coordinats were lifted-over on hg19. * Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser. |
| Data type | Source | Cancer type | Sample | Hgene | Hchr | Hbp | Hstrand | Tgene | Tchr | Tbp | Tstrand |
| TCGA | RV | HNSC | TCGA-BB-7861-01A | HERC4 | chr10 | 69748420 | - | CTNNA3 | chr10 | 67748555 | - |
| TCGA | LD | HNSC | TCGA-BB-7861-01A | HERC4 | chr10 | 69749968 | - | CTNNA3 | chr10 | 67680375 | - |
| * LD: Li Ding group's fusion gene list RV: Roel Verhaak group's fusion gene list ChiTaRs fusion database |
| Open reading frame (ORF) analsis of fusion genes based on Ensembl gene isoform structure. * Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser. |
| ORF | Henst | Tenst | Hgene | Hchr | Hbp | Hstrand | Tgene | Tchr | Tbp | Tstrand |
| Frame-shift | ENST00000277817 | ENST00000433211 | HERC4 | chr10 | 69748420 | - | CTNNA3 | chr10 | 67748555 | - |
| Frame-shift | ENST00000277817 | ENST00000373744 | HERC4 | chr10 | 69748420 | - | CTNNA3 | chr10 | 67748555 | - |
| 5CDS-intron | ENST00000277817 | ENST00000545309 | HERC4 | chr10 | 69748420 | - | CTNNA3 | chr10 | 67748555 | - |
| 5CDS-5UTR | ENST00000277817 | ENST00000373735 | HERC4 | chr10 | 69748420 | - | CTNNA3 | chr10 | 67748555 | - |
| In-frame | ENST00000412272 | ENST00000433211 | HERC4 | chr10 | 69748420 | - | CTNNA3 | chr10 | 67748555 | - |
| In-frame | ENST00000412272 | ENST00000373744 | HERC4 | chr10 | 69748420 | - | CTNNA3 | chr10 | 67748555 | - |
| 5CDS-intron | ENST00000412272 | ENST00000545309 | HERC4 | chr10 | 69748420 | - | CTNNA3 | chr10 | 67748555 | - |
| 5CDS-5UTR | ENST00000412272 | ENST00000373735 | HERC4 | chr10 | 69748420 | - | CTNNA3 | chr10 | 67748555 | - |
| In-frame | ENST00000395198 | ENST00000433211 | HERC4 | chr10 | 69748420 | - | CTNNA3 | chr10 | 67748555 | - |
| In-frame | ENST00000395198 | ENST00000373744 | HERC4 | chr10 | 69748420 | - | CTNNA3 | chr10 | 67748555 | - |
| 5CDS-intron | ENST00000395198 | ENST00000545309 | HERC4 | chr10 | 69748420 | - | CTNNA3 | chr10 | 67748555 | - |
| 5CDS-5UTR | ENST00000395198 | ENST00000373735 | HERC4 | chr10 | 69748420 | - | CTNNA3 | chr10 | 67748555 | - |
| In-frame | ENST00000373700 | ENST00000433211 | HERC4 | chr10 | 69748420 | - | CTNNA3 | chr10 | 67748555 | - |
| In-frame | ENST00000373700 | ENST00000373744 | HERC4 | chr10 | 69748420 | - | CTNNA3 | chr10 | 67748555 | - |
| 5CDS-intron | ENST00000373700 | ENST00000545309 | HERC4 | chr10 | 69748420 | - | CTNNA3 | chr10 | 67748555 | - |
| 5CDS-5UTR | ENST00000373700 | ENST00000373735 | HERC4 | chr10 | 69748420 | - | CTNNA3 | chr10 | 67748555 | - |
| 3UTR-3CDS | ENST00000395187 | ENST00000433211 | HERC4 | chr10 | 69748420 | - | CTNNA3 | chr10 | 67748555 | - |
| 3UTR-3CDS | ENST00000395187 | ENST00000373744 | HERC4 | chr10 | 69748420 | - | CTNNA3 | chr10 | 67748555 | - |
| 3UTR-intron | ENST00000395187 | ENST00000545309 | HERC4 | chr10 | 69748420 | - | CTNNA3 | chr10 | 67748555 | - |
| 3UTR-5UTR | ENST00000395187 | ENST00000373735 | HERC4 | chr10 | 69748420 | - | CTNNA3 | chr10 | 67748555 | - |
| intron-3CDS | ENST00000480158 | ENST00000433211 | HERC4 | chr10 | 69748420 | - | CTNNA3 | chr10 | 67748555 | - |
| intron-3CDS | ENST00000480158 | ENST00000373744 | HERC4 | chr10 | 69748420 | - | CTNNA3 | chr10 | 67748555 | - |
| intron-intron | ENST00000480158 | ENST00000545309 | HERC4 | chr10 | 69748420 | - | CTNNA3 | chr10 | 67748555 | - |
| intron-5UTR | ENST00000480158 | ENST00000373735 | HERC4 | chr10 | 69748420 | - | CTNNA3 | chr10 | 67748555 | - |
| intron-3CDS | ENST00000492996 | ENST00000433211 | HERC4 | chr10 | 69748420 | - | CTNNA3 | chr10 | 67748555 | - |
| intron-3CDS | ENST00000492996 | ENST00000373744 | HERC4 | chr10 | 69748420 | - | CTNNA3 | chr10 | 67748555 | - |
| intron-intron | ENST00000492996 | ENST00000545309 | HERC4 | chr10 | 69748420 | - | CTNNA3 | chr10 | 67748555 | - |
| intron-5UTR | ENST00000492996 | ENST00000373735 | HERC4 | chr10 | 69748420 | - | CTNNA3 | chr10 | 67748555 | - |
| In-frame | ENST00000277817 | ENST00000433211 | HERC4 | chr10 | 69749968 | - | CTNNA3 | chr10 | 67680375 | - |
| Frame-shift | ENST00000277817 | ENST00000373744 | HERC4 | chr10 | 69749968 | - | CTNNA3 | chr10 | 67680375 | - |
| 5CDS-intron | ENST00000277817 | ENST00000545309 | HERC4 | chr10 | 69749968 | - | CTNNA3 | chr10 | 67680375 | - |
| 5CDS-5UTR | ENST00000277817 | ENST00000373735 | HERC4 | chr10 | 69749968 | - | CTNNA3 | chr10 | 67680375 | - |
| Frame-shift | ENST00000412272 | ENST00000433211 | HERC4 | chr10 | 69749968 | - | CTNNA3 | chr10 | 67680375 | - |
| In-frame | ENST00000412272 | ENST00000373744 | HERC4 | chr10 | 69749968 | - | CTNNA3 | chr10 | 67680375 | - |
| 5CDS-intron | ENST00000412272 | ENST00000545309 | HERC4 | chr10 | 69749968 | - | CTNNA3 | chr10 | 67680375 | - |
| 5CDS-5UTR | ENST00000412272 | ENST00000373735 | HERC4 | chr10 | 69749968 | - | CTNNA3 | chr10 | 67680375 | - |
| Frame-shift | ENST00000395198 | ENST00000433211 | HERC4 | chr10 | 69749968 | - | CTNNA3 | chr10 | 67680375 | - |
| In-frame | ENST00000395198 | ENST00000373744 | HERC4 | chr10 | 69749968 | - | CTNNA3 | chr10 | 67680375 | - |
| 5CDS-intron | ENST00000395198 | ENST00000545309 | HERC4 | chr10 | 69749968 | - | CTNNA3 | chr10 | 67680375 | - |
| 5CDS-5UTR | ENST00000395198 | ENST00000373735 | HERC4 | chr10 | 69749968 | - | CTNNA3 | chr10 | 67680375 | - |
| Frame-shift | ENST00000373700 | ENST00000433211 | HERC4 | chr10 | 69749968 | - | CTNNA3 | chr10 | 67680375 | - |
| In-frame | ENST00000373700 | ENST00000373744 | HERC4 | chr10 | 69749968 | - | CTNNA3 | chr10 | 67680375 | - |
| 5CDS-intron | ENST00000373700 | ENST00000545309 | HERC4 | chr10 | 69749968 | - | CTNNA3 | chr10 | 67680375 | - |
| 5CDS-5UTR | ENST00000373700 | ENST00000373735 | HERC4 | chr10 | 69749968 | - | CTNNA3 | chr10 | 67680375 | - |
| 3UTR-3CDS | ENST00000395187 | ENST00000433211 | HERC4 | chr10 | 69749968 | - | CTNNA3 | chr10 | 67680375 | - |
| 3UTR-3CDS | ENST00000395187 | ENST00000373744 | HERC4 | chr10 | 69749968 | - | CTNNA3 | chr10 | 67680375 | - |
| 3UTR-intron | ENST00000395187 | ENST00000545309 | HERC4 | chr10 | 69749968 | - | CTNNA3 | chr10 | 67680375 | - |
| 3UTR-5UTR | ENST00000395187 | ENST00000373735 | HERC4 | chr10 | 69749968 | - | CTNNA3 | chr10 | 67680375 | - |
| intron-3CDS | ENST00000480158 | ENST00000433211 | HERC4 | chr10 | 69749968 | - | CTNNA3 | chr10 | 67680375 | - |
| intron-3CDS | ENST00000480158 | ENST00000373744 | HERC4 | chr10 | 69749968 | - | CTNNA3 | chr10 | 67680375 | - |
| intron-intron | ENST00000480158 | ENST00000545309 | HERC4 | chr10 | 69749968 | - | CTNNA3 | chr10 | 67680375 | - |
| intron-5UTR | ENST00000480158 | ENST00000373735 | HERC4 | chr10 | 69749968 | - | CTNNA3 | chr10 | 67680375 | - |
| intron-3CDS | ENST00000492996 | ENST00000433211 | HERC4 | chr10 | 69749968 | - | CTNNA3 | chr10 | 67680375 | - |
| intron-3CDS | ENST00000492996 | ENST00000373744 | HERC4 | chr10 | 69749968 | - | CTNNA3 | chr10 | 67680375 | - |
| intron-intron | ENST00000492996 | ENST00000545309 | HERC4 | chr10 | 69749968 | - | CTNNA3 | chr10 | 67680375 | - |
| intron-5UTR | ENST00000492996 | ENST00000373735 | HERC4 | chr10 | 69749968 | - | CTNNA3 | chr10 | 67680375 | - |
Top |
FusionProtFeatures for HERC4_CTNNA3 |
| Main function of each fusion partner protein. (from UniProt) |
| Hgene | Tgene |
| HERC4 | CTNNA3 |
| Probable E3 ubiquitin-protein ligase involved in eitherprotein trafficking or in the distribution of cellular structures.Required for spermatozoon maturation and fertility, and for theremoval of the cytoplasmic droplet of the spermatozoon. E3ubiquitin-protein ligases accept ubiquitin from an E2 ubiquitin-conjugating enzyme in the form of a thioester and then directlytransfer it to targeted substrates.{ECO:0000250|UniProtKB:Q6PAV2}. | May be involved in formation of stretch-resistant cell-cell adhesion complexes. {ECO:0000303|PubMed:11590244}. |
| Retention analysis result of each fusion partner protein across 39 protein features of UniProt such as six molecule processing features, 13 region features, four site features, six amino acid modification features, two natural variation features, five experimental info features, and 3 secondary structure features. Here, because of limited space for viewing, we only show the protein feature retention information belong to the 13 regional features. All retention annotation result can be downloaded at . * Minus value of BPloci means that the break pointn is located before the CDS. |
| - In-frame and retained protein feature among the 13 regional features. |
| Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Protein feature | Protein feature note |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000395187 | - | 13 | 24 | 730_1057 | 491 | 123 | Domain | HECT |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000277817 | - | 11 | 23 | 102_154 | 434 | 948 | Repeat | Note=RCC1 3 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000277817 | - | 11 | 23 | 156_207 | 434 | 948 | Repeat | Note=RCC1 4 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000277817 | - | 11 | 23 | 1_51 | 434 | 948 | Repeat | Note=RCC1 1 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000277817 | - | 11 | 23 | 208_259 | 434 | 948 | Repeat | Note=RCC1 5 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000277817 | - | 11 | 23 | 261_311 | 434 | 948 | Repeat | Note=RCC1 6 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000277817 | - | 11 | 23 | 313_368 | 434 | 948 | Repeat | Note=RCC1 7 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000277817 | - | 11 | 23 | 52_101 | 434 | 948 | Repeat | Note=RCC1 2 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000373700 | - | 14 | 25 | 102_154 | 544 | 1050 | Repeat | Note=RCC1 3 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000373700 | - | 14 | 25 | 156_207 | 544 | 1050 | Repeat | Note=RCC1 4 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000373700 | - | 14 | 25 | 1_51 | 544 | 1050 | Repeat | Note=RCC1 1 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000373700 | - | 14 | 25 | 208_259 | 544 | 1050 | Repeat | Note=RCC1 5 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000373700 | - | 14 | 25 | 261_311 | 544 | 1050 | Repeat | Note=RCC1 6 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000373700 | - | 14 | 25 | 313_368 | 544 | 1050 | Repeat | Note=RCC1 7 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000373700 | - | 14 | 25 | 52_101 | 544 | 1050 | Repeat | Note=RCC1 2 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000395187 | - | 13 | 24 | 102_154 | 491 | 123 | Repeat | Note=RCC1 3 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000395187 | - | 13 | 24 | 156_207 | 491 | 123 | Repeat | Note=RCC1 4 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000395187 | - | 13 | 24 | 1_51 | 491 | 123 | Repeat | Note=RCC1 1 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000395187 | - | 13 | 24 | 208_259 | 491 | 123 | Repeat | Note=RCC1 5 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000395187 | - | 13 | 24 | 261_311 | 491 | 123 | Repeat | Note=RCC1 6 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000395187 | - | 13 | 24 | 313_368 | 491 | 123 | Repeat | Note=RCC1 7 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000395187 | - | 13 | 24 | 52_101 | 491 | 123 | Repeat | Note=RCC1 2 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000395198 | - | 14 | 26 | 102_154 | 544 | 1058 | Repeat | Note=RCC1 3 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000395198 | - | 14 | 26 | 156_207 | 544 | 1058 | Repeat | Note=RCC1 4 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000395198 | - | 14 | 26 | 1_51 | 544 | 1058 | Repeat | Note=RCC1 1 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000395198 | - | 14 | 26 | 208_259 | 544 | 1058 | Repeat | Note=RCC1 5 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000395198 | - | 14 | 26 | 261_311 | 544 | 1058 | Repeat | Note=RCC1 6 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000395198 | - | 14 | 26 | 313_368 | 544 | 1058 | Repeat | Note=RCC1 7 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000395198 | - | 14 | 26 | 52_101 | 544 | 1058 | Repeat | Note=RCC1 2 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000412272 | - | 14 | 24 | 102_154 | 544 | 980 | Repeat | Note=RCC1 3 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000412272 | - | 14 | 24 | 156_207 | 544 | 980 | Repeat | Note=RCC1 4 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000412272 | - | 14 | 24 | 1_51 | 544 | 980 | Repeat | Note=RCC1 1 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000412272 | - | 14 | 24 | 208_259 | 544 | 980 | Repeat | Note=RCC1 5 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000412272 | - | 14 | 24 | 261_311 | 544 | 980 | Repeat | Note=RCC1 6 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000412272 | - | 14 | 24 | 313_368 | 544 | 980 | Repeat | Note=RCC1 7 |
| Hgene | HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000412272 | - | 14 | 24 | 52_101 | 544 | 980 | Repeat | Note=RCC1 2 |
| - In-frame and not-retained protein feature among the 13 regional features. |
| Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Protein feature | Protein feature note |
| Hgene | >HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000277817 | - | 11 | 23 | 730_1057 | 434 | 948 | Domain | HECT |
| Hgene | >HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000373700 | - | 14 | 25 | 730_1057 | 544 | 1050 | Domain | HECT |
| Hgene | >HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000395198 | - | 14 | 26 | 730_1057 | 544 | 1058 | Domain | HECT |
| Hgene | >HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000412272 | - | 14 | 24 | 730_1057 | 544 | 980 | Domain | HECT |
| Hgene | >HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000492996 | - | 1 | 4 | 730_1057 | -83 | 111 | Domain | HECT |
| Hgene | >HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000492996 | - | 1 | 4 | 102_154 | -83 | 111 | Repeat | Note=RCC1 3 |
| Hgene | >HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000492996 | - | 1 | 4 | 156_207 | -83 | 111 | Repeat | Note=RCC1 4 |
| Hgene | >HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000492996 | - | 1 | 4 | 1_51 | -83 | 111 | Repeat | Note=RCC1 1 |
| Hgene | >HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000492996 | - | 1 | 4 | 208_259 | -83 | 111 | Repeat | Note=RCC1 5 |
| Hgene | >HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000492996 | - | 1 | 4 | 261_311 | -83 | 111 | Repeat | Note=RCC1 6 |
| Hgene | >HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000492996 | - | 1 | 4 | 313_368 | -83 | 111 | Repeat | Note=RCC1 7 |
| Hgene | >HERC4 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000492996 | - | 1 | 4 | 52_101 | -83 | 111 | Repeat | Note=RCC1 2 |
| Tgene | CTNNA3 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000373744 | - | 15 | 17 | 325_379 | 800 | 896 | Coiled coil | Ontology_term=ECO:0000255 |
| Tgene | CTNNA3 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000373744 | - | 15 | 17 | 74_111 | 800 | 896 | Coiled coil | Ontology_term=ECO:0000255 |
| Tgene | CTNNA3 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000433211 | - | 16 | 18 | 325_379 | 800 | 896 | Coiled coil | Ontology_term=ECO:0000255 |
| Tgene | CTNNA3 | chr10:69749968 | chr10:67680375 | ENST00000433211 | - | 16 | 18 | 74_111 | 800 | 896 | Coiled coil | Ontology_term=ECO:0000255 |
Top |
FusionGeneSequence for HERC4_CTNNA3 |
| For in-frame fusion transcripts, we provide the fusion transcript sequences and fusion amino acid sequences. (nt: nucleotides, aa: amino acids) |
| * Fusion amino acid sequences. |
| >In-frame_HERC4_ENST00000412272_chr10_69748420_-_CTNNA3_ENST00000433211_chr10_67748555_-_778aa MLCWGNASFGQLGLGGIDEEIVLEPRKSDFFINKRVRDVGCGLRHTVFVLDDGTVYTCGCNDLGQLGHEKSRKKPEQVVALDAQNIVAVS CGEAHTLALNDKGQVYAWGLDSDGQLGLVGSEECIRVPRNIKSLSDIQIVQVACGYYHSLALSKASEVFCWGQNKYGQLGLGTDCKKQTS PQLLKSLLGIPFMQVAAGGAHSFVLTLSGAIFGWGRNKFGQLGLNDENDRYVPNLLKSLRSQKIVYICCGEDHTAALTKEGGVFTFGAGG YGQLGHNSTSHEINPRKVFELMGSIVTEIACGRQHTSAFVPSSGRIYSFGLGGNGQLGTGSTSNRKSPFTVKGNWYPYNGQCLPDIDSEE YFCVKRIFSGGDQSFSHYSSPQNCGPPDDFRCPNPTKQIWTVNEALIQKWLSYPSGRFPVEIANEIDGTFSSSGCLNGSFLAVSNDDHYR TGTRFSGVDMNAARLLFHKLIQPDHPQISQQVAASLEKNLIPKLTSSLPDVEALRFYLTLPECPLMSDSNNFTTIAIPFGTALVNLEKAP LKVLENWWSVLEPPLFLKIVELFKEVVVHLLKLYKIGIPPSERRIFNSFLHTALKVLEILHRGQRTTKAYNXCDLCSENDIRIRIKDGCP CSADCXSVPRSILXTGLVGLPGTDXVLLPPTENLQSSXSXDPEPGRRAHHVSFGQCHIPDPSSQKFNECCSANSENVLHCLNQDHPNPES >In-frame_HERC4_ENST00000412272_chr10_69748420_-_CTNNA3_ENST00000373744_chr10_67748555_-_778aa 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>In-frame_HERC4_ENST00000412272_chr10_69749968_-_CTNNA3_ENST00000373744_chr10_67680375_-_640aa MLCWGNASFGQLGLGGIDEEIVLEPRKSDFFINKRVRDVGCGLRHTVFVLDDGTVYTCGCNDLGQLGHEKSRKKPEQVVALDAQNIVAVS CGEAHTLALNDKGQVYAWGLDSDGQLGLVGSEECIRVPRNIKSLSDIQIVQVACGYYHSLALSKASEVFCWGQNKYGQLGLGTDCKKQTS PQLLKSLLGIPFMQVAAGGAHSFVLTLSGAIFGWGRNKFGQLGLNDENDRYVPNLLKSLRSQKIVYICCGEDHTAALTKEGGVFTFGAGG YGQLGHNSTSHEINPRKVFELMGSIVTEIACGRQHTSAFVPSSGRIYSFGLGGNGQLGTGSTSNRKSPFTVKGNWYPYNGQCLPDIDSEE YFCVKRIFSGGDQSFSHYSSPQNCGPPDDFRCPNPTKQIWTVNEALIQKWLSYPSGRFPVEIANEIDGTFSSSGCLNGSFLAVSNDDHYR TGTRFSGVDMNAARLLFHKLIQPDHPQISQQVAASLEKNLIPKLTSSLPDVEALRFYLTLPECPLMSDSNNFTTIAIPFGTALVNLEKAP LKVLVGQCHIPDPSSQKFNECCSANSENVLHCLNQDHPNPESCWAPAPSCDVENEGSCKKTLDXKREARGNVCSCQTRLSKEKNPSIASH >In-frame_HERC4_ENST00000395198_chr10_69749968_-_CTNNA3_ENST00000373744_chr10_67680375_-_640aa MLCWGNASFGQLGLGGIDEEIVLEPRKSDFFINKRVRDVGCGLRHTVFVLDDGTVYTCGCNDLGQLGHEKSRKKPEQVVALDAQNIVAVS 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YGQLGHNSTSHEINPRKVFELMGSIVTEIACGRQHTSAFVPSSGRIYSFGLGGNGQLGTGSTSNRKSPFTVKGNWYPYNGQCLPDIDSEE YFCVKRIFSGGDQSFSHYSSPQNCGPPDDFRCPNPTKQIWTVNEALIQKWLSYPSGRFPVEIANEIDGTFSSSGCLNGSFLAVSNDDHYR TGTRFSGVDMNAARLLFHKLIQPDHPQISQQVAASLEKNLIPKLTSSLPDVEALRFYLTLPECPLMSDSNNFTTIAIPFGTALVNLEKAP LKVLVGQCHIPDPSSQKFNECCSANSENVLHCLNQDHPNPESCWAPAPSCDVENEGSCKKTLDXKREARGNVCSCQTRLSKEKNPSIASH |
| * Fusion transcript sequences (only coding sequence (CDS) region). |
| >In-frame_HERC4_ENST00000412272_chr10_69748420_-_CTNNA3_ENST00000433211_chr10_67748555_-_2335nt ATGTTGTGCTGGGGAAATGCATCCTTTGGGCAGCTAGGTTTGGGTGGAATTGATGAAGAAATTGTACTAGAGCCCAGAAAAAGTGACTTC TTTATAAATAAAAGGGTCCGAGATGTAGGATGTGGACTCAGACATACTGTGTTTGTTCTGGATGATGGAACAGTGTACACATGTGGATGT AATGATCTAGGACAGCTAGGTCATGAAAAATCCAGAAAGAAACCAGAGCAGGTTGTTGCCCTGGATGCCCAAAATATTGTAGCTGTTTCA TGTGGAGAAGCTCATACGTTAGCGCTAAATGACAAAGGCCAGGTGTATGCTTGGGGTCTCGATTCTGATGGACAGCTTGGCCTGGTAGGA TCAGAGGAATGCATCAGAGTACCCAGAAATATTAAAAGTTTGTCAGATATCCAGATTGTACAGGTTGCTTGTGGTTACTATCATTCACTT GCACTTTCTAAAGCAAGTGAAGTCTTCTGTTGGGGACAGAATAAATATGGCCAATTGGGTTTAGGTACTGACTGTAAAAAGCAAACTTCA CCGCAGCTGCTTAAGTCTTTGCTTGGAATCCCTTTCATGCAAGTTGCAGCAGGAGGAGCCCATAGTTTTGTACTCACCCTTTCTGGAGCT ATCTTTGGATGGGGACGCAACAAGTTTGGTCAGCTAGGTCTTAATGATGAAAATGATAGGTATGTTCCTAATTTACTAAAGTCACTAAGA TCTCAGAAAATAGTTTATATTTGTTGTGGAGAAGATCATACTGCTGCTCTAACCAAGGAAGGTGGAGTGTTTACTTTTGGAGCTGGAGGG 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TTCAAAAGCCTGTAGATATCTTGCTTTTCTATTCTGACAGCCCAGCTTCTGCAGACTCAGGCCAACCTTAGGTATGTCACATCAGTTCCC CATCTGTGTAAATTACCTGAACCTCTCTGTGGTATTCACTGAGAGTTGAGCTTCTACTAAGGGATTTCCTTGACCTGGGCTTTTAACACC AGATTTGTAGTGGAGTGTTTATTAGTAAAGCAAAGGAGTAAGTCAGAGATGCTAGCCCCTGCTCTCAGTTAAACAGAACTATCCTCCTTC CTGAATATTTAAACATAAAATTAATTTTAAACTACTATAAAAATCATGTTCCATTGCTTGCCAAATCTTATACCATTATAATGCTGTATT TTTACATGTTAGTATACATTGTGTCCATAGGGATATAAATATGAGAATTTCAGCAACTGTCTTGCAGGGTTAAGATGTGCTATTTGTTGA TTTTGCAAATTTTTCTCATGTGGTACAGTCCCTCCAAAGAAAATTTCCTTAGACCTAAATGGTAGCATAATAATTTCTCCTCCATATCCG TGACTAACAAGTTCCTGAAAACAGAAGTAGACATATTTTATGCCCAATTTAGTACCTAATAATTGAGGCTTAAAACAAAATTTTCTTGGG CAAGTTGGGTGATTAAATATGAATTAAAACTTCTAGAGAAAGATTTCCAGATGCCCCTGTTTTCCATTTTGATTATGGTTTTAGTTTCAT AGCAACTTGGGGGAAAAAAATCATTTACTTTATGTCGTATTACAACAACAACTTTGACAGCTTAAATGTAGTGACCTCTCTGAAGGTAAT ATGCACATTATAATTTAGGATGAAAGCAGATTTAAACTAAGACTTTCTGAGATGAAATAAAAGTAACCAATTCATAATAGTCATGTTTAT TGCAGCAATATCTTGGGAACTTAAGTTTAGTGGCGTTTGAGGTGTTTCTGACTATCTTGCTTGTTCATTTCACCCTGCTCTGCAGAGACA GAATATGATTGAATGAACTGCCCATTATATTAATGACCAGTTCAAAGCAGTTTTGTGCTTTGGCTATAGATAAAATTTGGCAAAAATACT GTAGGCCTTTCTGGTCCATATTTATCCTTAAAGTATTTTTGCCAATCAATAAAAATGAAATATTTATCCAGAAATAGAAAAAGCTCTTTC CTATGACATTGACATAGAAGCCCAAATACTCCTTGTTTGAGACCCTGCATGTCTTTTGTGTTTAACTGAATCAATGATTTTTTTTAGTTG TGCTCTTAATTGCATTATTTCACATATGTAACACTGGGTTTGTTTTGGTTATATAGTATTATTTTACTTTATTCTAATTTCAACTCATGT >In-frame_HERC4_ENST00000412272_chr10_69749968_-_CTNNA3_ENST00000373744_chr10_67680375_-_2480nt AGTCTCTTCCCCAACTCTCCCCACCCCTGGTGCTCTCCGCCCCGCTTGCCTCCCGTTCTTCCCCGCCCGCTCCATCCGGGTCGCTGACGG CTGTCTCTGGACTGGACAGCAGTGGCGTCCGCTTTTCTCTAAGGAACCCGATAAGAACTCCATTTTCTGTTGATGTGGAGACATAGGGTA CCTCCAACTTTCCGGGGTTTCAGAAGAGAATTTTTTATTGAAACTGGAAGACCAAAATAATTACAAGCATGTTGTGCTGGGGAAATGCAT CCTTTGGGCAGCTAGGTTTGGGTGGAATTGATGAAGAAATTGTACTAGAGCCCAGAAAAAGTGACTTCTTTATAAATAAAAGGGTCCGAG ATGTAGGATGTGGACTCAGACATACTGTGTTTGTTCTGGATGATGGAACAGTGTACACATGTGGATGTAATGATCTAGGACAGCTAGGTC ATGAAAAATCCAGAAAGAAACCAGAGCAGGTTGTTGCCCTGGATGCCCAAAATATTGTAGCTGTTTCATGTGGAGAAGCTCATACGTTAG CGCTAAATGACAAAGGCCAGGTGTATGCTTGGGGTCTCGATTCTGATGGACAGCTTGGCCTGGTAGGATCAGAGGAATGCATCAGAGTAC CCAGAAATATTAAAAGTTTGTCAGATATCCAGATTGTACAGGTTGCTTGTGGTTACTATCATTCACTTGCACTTTCTAAAGCAAGTGAAG TCTTCTGTTGGGGACAGAATAAATATGGCCAATTGGGTTTAGGTACTGACTGTAAAAAGCAAACTTCACCGCAGCTGCTTAAGTCTTTGC TTGGAATCCCTTTCATGCAAGTTGCAGCAGGAGGAGCCCATAGTTTTGTACTCACCCTTTCTGGAGCTATCTTTGGATGGGGACGCAACA AGTTTGGTCAGCTAGGTCTTAATGATGAAAATGATAGGTATGTTCCTAATTTACTAAAGTCACTAAGATCTCAGAAAATAGTTTATATTT GTTGTGGAGAAGATCATACTGCTGCTCTAACCAAGGAAGGTGGAGTGTTTACTTTTGGAGCTGGAGGGTATGGTCAGTTGGGCCATAATT CTACCAGTCATGAAATAAACCCAAGGAAAGTTTTTGAACTTATGGGAAGCATTGTCACTGAGATTGCTTGTGGACGGCAGCACACTTCTG CTTTTGTTCCTTCATCAGGACGAATTTACTCTTTTGGGCTTGGTGGTAATGGGCAGCTGGGAACCGGTTCAACAAGCAACAGGAAAAGCC CCTTTACTGTAAAAGGAAATTGGTACCCCTATAATGGGCAGTGTCTACCAGATATTGATTCTGAAGAATATTTCTGTGTAAAAAGAATTT TCTCAGGGGGAGATCAAAGCTTTTCACATTACTCTAGTCCCCAGAACTGTGGGCCACCAGATGACTTCAGATGTCCCAATCCGACAAAGC AGATCTGGACAGTGAATGAAGCTCTAATTCAGAAATGGCTGAGCTATCCTTCTGGAAGGTTTCCTGTGGAGATAGCCAATGAGATAGATG GAACGTTTTCTTCCTCTGGTTGCCTAAATGGAAGTTTTTTAGCTGTTAGCAATGATGATCACTATAGAACAGGTACCAGATTTTCAGGGG TTGATATGAATGCTGCTAGGCTTTTATTCCACAAACTTATACAACCTGATCATCCGCAGATATCTCAGCAGGTGGCAGCTAGTTTGGAAA AGAATCTTATTCCTAAACTGACTAGCTCCTTACCTGATGTTGAAGCATTGAGGTTTTATCTTACTCTACCAGAATGTCCCCTGATGAGTG ATTCCAACAATTTCACAACAATAGCAATTCCCTTTGGTACAGCTCTTGTGAACCTAGAAAAGGCACCACTGAAAGTACTTGTTGGACAGT GTCACATCCCTGATCCAAGCAGCCAAAAATTTAATGAATGCTGTAGTGCAAACAGTGAAAATGTCTTACATTGCCTCAACCAAGATCATC CGAATCCAGAGTCCTGCTGGGCCCCGGCACCCAGTTGTGATGTGGAGAATGAAGGCTCCTGCAAAAAAACCCTTGATTAAAAGAGAGAAG CCAGAGGAAACGTGTGCAGCTGTCAGACGAGGCTCAGCAAAGAAAAAAATCCATCCATTGCAAGTCATGAGTGAATTTAGAGGAAGACAA ATCTACTGAAACCACTATTCTACATATAGTGCCTATATGACAAAATCCTGCCTAACCACACTGCTTTATTTTACACTTAAGAAGTTCTGT AATTTCACTAAGTTTTGGTGTTTAACTCACAAATAACATAAAATATTGGGCGCTAAATCAACAAAAGCAATATATATTTGGGATCATATC ACTGTCATTTCTGTATGGTCAGCACCTAATAGTTAAGGAATATTTGCTTGTTGAATGAATGAAATTATCACGTGTCATTCAGCGTTTCCC >In-frame_HERC4_ENST00000395198_chr10_69749968_-_CTNNA3_ENST00000373744_chr10_67680375_-_2480nt AGTCTCTTCCCCAACTCTCCCCACCCCTGGTGCTCTCCGCCCCGCTTGCCTCCCGTTCTTCCCCGCCCGCTCCATCCGGGTCGCTGACGG CTGTCTCTGGACTGGACAGCAGTGGCGTCCGCTTTTCTCTAAGGAACCCGATAAGAACTCCATTTTCTGTTGATGTGGAGACATAGGGTA CCTCCAACTTTCCGGGGTTTCAGAAGAGAATTTTTTATTGAAACTGGAAGACCAAAATAATTACAAGCATGTTGTGCTGGGGAAATGCAT CCTTTGGGCAGCTAGGTTTGGGTGGAATTGATGAAGAAATTGTACTAGAGCCCAGAAAAAGTGACTTCTTTATAAATAAAAGGGTCCGAG ATGTAGGATGTGGACTCAGACATACTGTGTTTGTTCTGGATGATGGAACAGTGTACACATGTGGATGTAATGATCTAGGACAGCTAGGTC ATGAAAAATCCAGAAAGAAACCAGAGCAGGTTGTTGCCCTGGATGCCCAAAATATTGTAGCTGTTTCATGTGGAGAAGCTCATACGTTAG CGCTAAATGACAAAGGCCAGGTGTATGCTTGGGGTCTCGATTCTGATGGACAGCTTGGCCTGGTAGGATCAGAGGAATGCATCAGAGTAC CCAGAAATATTAAAAGTTTGTCAGATATCCAGATTGTACAGGTTGCTTGTGGTTACTATCATTCACTTGCACTTTCTAAAGCAAGTGAAG TCTTCTGTTGGGGACAGAATAAATATGGCCAATTGGGTTTAGGTACTGACTGTAAAAAGCAAACTTCACCGCAGCTGCTTAAGTCTTTGC TTGGAATCCCTTTCATGCAAGTTGCAGCAGGAGGAGCCCATAGTTTTGTACTCACCCTTTCTGGAGCTATCTTTGGATGGGGACGCAACA AGTTTGGTCAGCTAGGTCTTAATGATGAAAATGATAGGTATGTTCCTAATTTACTAAAGTCACTAAGATCTCAGAAAATAGTTTATATTT GTTGTGGAGAAGATCATACTGCTGCTCTAACCAAGGAAGGTGGAGTGTTTACTTTTGGAGCTGGAGGGTATGGTCAGTTGGGCCATAATT CTACCAGTCATGAAATAAACCCAAGGAAAGTTTTTGAACTTATGGGAAGCATTGTCACTGAGATTGCTTGTGGACGGCAGCACACTTCTG CTTTTGTTCCTTCATCAGGACGAATTTACTCTTTTGGGCTTGGTGGTAATGGGCAGCTGGGAACCGGTTCAACAAGCAACAGGAAAAGCC CCTTTACTGTAAAAGGAAATTGGTACCCCTATAATGGGCAGTGTCTACCAGATATTGATTCTGAAGAATATTTCTGTGTAAAAAGAATTT TCTCAGGGGGAGATCAAAGCTTTTCACATTACTCTAGTCCCCAGAACTGTGGGCCACCAGATGACTTCAGATGTCCCAATCCGACAAAGC AGATCTGGACAGTGAATGAAGCTCTAATTCAGAAATGGCTGAGCTATCCTTCTGGAAGGTTTCCTGTGGAGATAGCCAATGAGATAGATG GAACGTTTTCTTCCTCTGGTTGCCTAAATGGAAGTTTTTTAGCTGTTAGCAATGATGATCACTATAGAACAGGTACCAGATTTTCAGGGG TTGATATGAATGCTGCTAGGCTTTTATTCCACAAACTTATACAACCTGATCATCCGCAGATATCTCAGCAGGTGGCAGCTAGTTTGGAAA AGAATCTTATTCCTAAACTGACTAGCTCCTTACCTGATGTTGAAGCATTGAGGTTTTATCTTACTCTACCAGAATGTCCCCTGATGAGTG ATTCCAACAATTTCACAACAATAGCAATTCCCTTTGGTACAGCTCTTGTGAACCTAGAAAAGGCACCACTGAAAGTACTTGTTGGACAGT GTCACATCCCTGATCCAAGCAGCCAAAAATTTAATGAATGCTGTAGTGCAAACAGTGAAAATGTCTTACATTGCCTCAACCAAGATCATC CGAATCCAGAGTCCTGCTGGGCCCCGGCACCCAGTTGTGATGTGGAGAATGAAGGCTCCTGCAAAAAAACCCTTGATTAAAAGAGAGAAG CCAGAGGAAACGTGTGCAGCTGTCAGACGAGGCTCAGCAAAGAAAAAAATCCATCCATTGCAAGTCATGAGTGAATTTAGAGGAAGACAA ATCTACTGAAACCACTATTCTACATATAGTGCCTATATGACAAAATCCTGCCTAACCACACTGCTTTATTTTACACTTAAGAAGTTCTGT AATTTCACTAAGTTTTGGTGTTTAACTCACAAATAACATAAAATATTGGGCGCTAAATCAACAAAAGCAATATATATTTGGGATCATATC ACTGTCATTTCTGTATGGTCAGCACCTAATAGTTAAGGAATATTTGCTTGTTGAATGAATGAAATTATCACGTGTCATTCAGCGTTTCCC >In-frame_HERC4_ENST00000373700_chr10_69749968_-_CTNNA3_ENST00000373744_chr10_67680375_-_2545nt ACTTCCGGCCAGCCCCTCCCCCGCCTCCCTCGCGTGGCCACCTCCCCCTCTGCCTTCTCCTACCCAGTCTCTTCCCCAACTCTCCCCACC CCTGGTGCTCTCCGCCCCGCTTGCCTCCCGTTCTTCCCCGCCCGCTCCATCCGGGTCGCTGACGGCTGTCTCTGGACTGGACAGCAGTGG CGTCCGCTTTTCTCTAAGGAACCCGATAAGAACTCCATTTTCTGTTGATGTGGAGACATAGGGTACCTCCAACTTTCCGGGGTTTCAGAA GAGAATTTTTTATTGAAACTGGAAGACCAAAATAATTACAAGCATGTTGTGCTGGGGAAATGCATCCTTTGGGCAGCTAGGTTTGGGTGG AATTGATGAAGAAATTGTACTAGAGCCCAGAAAAAGTGACTTCTTTATAAATAAAAGGGTCCGAGATGTAGGATGTGGACTCAGACATAC TGTGTTTGTTCTGGATGATGGAACAGTGTACACATGTGGATGTAATGATCTAGGACAGCTAGGTCATGAAAAATCCAGAAAGAAACCAGA GCAGGTTGTTGCCCTGGATGCCCAAAATATTGTAGCTGTTTCATGTGGAGAAGCTCATACGTTAGCGCTAAATGACAAAGGCCAGGTGTA TGCTTGGGGTCTCGATTCTGATGGACAGCTTGGCCTGGTAGGATCAGAGGAATGCATCAGAGTACCCAGAAATATTAAAAGTTTGTCAGA TATCCAGATTGTACAGGTTGCTTGTGGTTACTATCATTCACTTGCACTTTCTAAAGCAAGTGAAGTCTTCTGTTGGGGACAGAATAAATA TGGCCAATTGGGTTTAGGTACTGACTGTAAAAAGCAAACTTCACCGCAGCTGCTTAAGTCTTTGCTTGGAATCCCTTTCATGCAAGTTGC AGCAGGAGGAGCCCATAGTTTTGTACTCACCCTTTCTGGAGCTATCTTTGGATGGGGACGCAACAAGTTTGGTCAGCTAGGTCTTAATGA TGAAAATGATAGGTATGTTCCTAATTTACTAAAGTCACTAAGATCTCAGAAAATAGTTTATATTTGTTGTGGAGAAGATCATACTGCTGC TCTAACCAAGGAAGGTGGAGTGTTTACTTTTGGAGCTGGAGGGTATGGTCAGTTGGGCCATAATTCTACCAGTCATGAAATAAACCCAAG GAAAGTTTTTGAACTTATGGGAAGCATTGTCACTGAGATTGCTTGTGGACGGCAGCACACTTCTGCTTTTGTTCCTTCATCAGGACGAAT TTACTCTTTTGGGCTTGGTGGTAATGGGCAGCTGGGAACCGGTTCAACAAGCAACAGGAAAAGCCCCTTTACTGTAAAAGGAAATTGGTA CCCCTATAATGGGCAGTGTCTACCAGATATTGATTCTGAAGAATATTTCTGTGTAAAAAGAATTTTCTCAGGGGGAGATCAAAGCTTTTC ACATTACTCTAGTCCCCAGAACTGTGGGCCACCAGATGACTTCAGATGTCCCAATCCGACAAAGCAGATCTGGACAGTGAATGAAGCTCT AATTCAGAAATGGCTGAGCTATCCTTCTGGAAGGTTTCCTGTGGAGATAGCCAATGAGATAGATGGAACGTTTTCTTCCTCTGGTTGCCT AAATGGAAGTTTTTTAGCTGTTAGCAATGATGATCACTATAGAACAGGTACCAGATTTTCAGGGGTTGATATGAATGCTGCTAGGCTTTT ATTCCACAAACTTATACAACCTGATCATCCGCAGATATCTCAGCAGGTGGCAGCTAGTTTGGAAAAGAATCTTATTCCTAAACTGACTAG CTCCTTACCTGATGTTGAAGCATTGAGGTTTTATCTTACTCTACCAGAATGTCCCCTGATGAGTGATTCCAACAATTTCACAACAATAGC AATTCCCTTTGGTACAGCTCTTGTGAACCTAGAAAAGGCACCACTGAAAGTACTTGTTGGACAGTGTCACATCCCTGATCCAAGCAGCCA AAAATTTAATGAATGCTGTAGTGCAAACAGTGAAAATGTCTTACATTGCCTCAACCAAGATCATCCGAATCCAGAGTCCTGCTGGGCCCC GGCACCCAGTTGTGATGTGGAGAATGAAGGCTCCTGCAAAAAAACCCTTGATTAAAAGAGAGAAGCCAGAGGAAACGTGTGCAGCTGTCA GACGAGGCTCAGCAAAGAAAAAAATCCATCCATTGCAAGTCATGAGTGAATTTAGAGGAAGACAAATCTACTGAAACCACTATTCTACAT ATAGTGCCTATATGACAAAATCCTGCCTAACCACACTGCTTTATTTTACACTTAAGAAGTTCTGTAATTTCACTAAGTTTTGGTGTTTAA CTCACAAATAACATAAAATATTGGGCGCTAAATCAACAAAAGCAATATATATTTGGGATCATATCACTGTCATTTCTGTATGGTCAGCAC CTAATAGTTAAGGAATATTTGCTTGTTGAATGAATGAAATTATCACGTGTCATTCAGCGTTTCCCATCATAGAGATTATCTACTATTCGT |
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FusionGenePPI for HERC4_CTNNA3 |
| Go to ChiPPI (Chimeric Protein-Protein interactions) to see the chimeric PPI interaction in . |
| Protein-protein interactors with each fusion partner protein in wild-type (BIOGRID-3.4.160) |
| Hgene | Hgene's interactors | Tgene | Tgene's interactors |
| HERC4 | HERC6, HERC4, UBC, UBE2D2, UBE2E3, UBE2J2, HSP90AA1, C9orf78, DCTPP1, FKBP9, H2AFV, HEXA, NT5C2, PCNA, USP5, WARS, NUBP2, RAD23A, SHMT2, MOV10, NXF1, LSM6, NTRK1, RB1, DNAJC7, BAG3, GMNN, NUF2, UBE2L3, C1orf94, FAM189B, FDXACB1, MOCS3, APOBEC3D, WRAP73, KLHL10, NLRX1, ALOXE3, TRIM25 | CTNNA3 | CTNNB1, CTNNA1, JUP, EHMT2, SPRY2, EPS8, CDH3, CDH12, CDH1, APC, CDH24, BLZF1, CDH10, ARVCF, PKP4, CDH4, CTNNBIP1, OSBPL1A, VMA21, RELL1, CDH2, GIMAP8, CTNND1, AMER1, FAM162A, PRKAA2, MYCBP2, ATP5B, TPD52, TRIM25 |
| - Retained PPIs in in-frame fusion. |
| Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Still interaction with |
| - Lost PPIs in in-frame fusion. |
| Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Interaction lost with |
| - Retained PPIs, but lost function due to frame-shift fusion. |
| Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Interaction lost with |
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RelatedDrugs for HERC4_CTNNA3 |
| Drugs targeting genes involved in this fusion gene. (DrugBank Version 5.1.0 2018-04-02) |
| Partner | Gene | UniProtAcc | DrugBank ID | Drug name | Drug activity | Drug type | Drug status |
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RelatedDiseases for HERC4_CTNNA3 |
| Diseases associated with fusion partners. (DisGeNet 4.0) |
| Partner | Gene | Disease ID | Disease name | # pubmeds | Source |
| Tgene | CTNNA3 | C0004096 | Asthma | 1 | CTD_human |
| Tgene | CTNNA3 | C0236969 | Substance-Related Disorders | 1 | CTD_human |
| Tgene | CTNNA3 | C3810138 | ARRHYTHMOGENIC RIGHT VENTRICULAR DYSPLASIA, FAMILIAL, 13 | 1 | UNIPROT |
Copyright 2018-Present -The University of Texas Health Science Center at Houston (UTHealth)
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