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Center for Computational Systems Medicine
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lncRNA summary

leaf

lncRNA structure and expression level

leaf

lncRNA-Protein interaction

leaf

lncRNA-DNA interaction

leaf

lncRNA-RNA interaction

leaf

Variants in lncRNA

leaf

lncRNAs regulate the target genes through functioning as enhancers

leaf

lncRNAs regulate the target genes through recruiting transcript factors

leaf

lncRNAs regulate the alternative splicing events through interacting with splicing factor

leaf

lncRNAs regulate mRNA through targeting the 3'-UTR region

leaf

lncRNAs regulate mRNA by competing with miRNA

leaf

lncRNA coding potential

lncRNA: ENSG00000270055

Summary for CTD-3092A11.2

check button Gene summary

Gene informationEnsembl ID

ENSG00000270055

Gene symbol

CTD-3092A11.2

Gene name
HGNC
Entrez ID
Gene typesense_intronic
Synonyms
UniProtAcc

Top

Structure and expression level for CTD-3092A11.2

check buttonAS events and RNA A-to-I editing events of lncRNA in TCGA based on Genvode V22 structure.
UCSC result

check buttonDifferentially expressed gene analysis between cancer and normal samples.
DEG result
Ensembl IDBase meanlog2FC(AD/control)lfcSEStatP-valueAdjc.p-valueDEG direction Cancer type
ENSG000002700552.684181e+021.817533e+001.254094e-011.449280e+011.350000e-472.940000e-46UPKIRC

check buttonCorrelation between lncRNAs and cancer stages.
LncRNA Ensembl IDCorrelationP-valueCancer TypeAdjc.p-value
ENSG000002700555.274900e-011.965919e-04CHOL5.040664e-04
ENSG000002700553.243106e-012.344163e-16KIRC1.178629e-15

Top

lncRNA-Protein interaction for CTD-3092A11.2

lncrna_protein
check buttonlncRNA-epigenetic factor interaction (#cancer types with positive correlation >= 5).
Epi result
LncRNA Ensembl IDLncRNA ENST IDLncRNA NameProtein Ensembl IDProtein NameCatRAPID ScoreLncpro ScoreUniPortIDGene SubtypePublic source
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000100425BRD167.5295.7993O95696EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000118058KMT2A66.2998.3182Q03164TF,EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000156983BRPF165.5296.4751P55201EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000168137SETD564.6497.2262Q9C0A6EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000132780NASP63.4296.335P49321EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000141867BRD460.5797.7772O60885EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000197724PHF260.4196.6252O75151EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000164080RAD54L257.6796.7581Q9Y4B4EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000116731PRDM256.9396.7467Q13029TF,EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000119778ATAD2B56.795.4856Q9ULI0EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000107077KDM4C53.1196.6523Q9H3R0EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000185658BRWD152.5198.0517Q9NSI6EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000147133TAF150.6794.8375P21675EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000153922CHD150.6693.7252O14646EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000173575CHD248.5395.5421O14647EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000087206UIMC147.7596.2464Q96RL1EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000127663KDM4B46.9296.5438O94953EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000104885DOT1L45.5895.5931Q8TEK3TF,EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000131149GSE143.4697.6453Q14687EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000166987MBD641.7394.2429Q96DN6TF,EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000167548KMT2D41.4697.2384O14686EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000120616EPC139.9395.6871Q9H2F5EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000094631HDAC639.2895.692Q9UBN7EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000272333KMT2B35.0398.0122Q9UMN6TF,EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000117625RCOR326.496.2198Q9P2K3EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000172273HINFP19.0494.0843Q9BQA5TF,EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000015153YAF218.6394.5172Q8IY57EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000141644MBD113.8292.9766Q9UIS9TF,EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000143033MTF29.5393.7506Q9Y483TF,EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000112983BRD880.6391.6771Q9H0E9EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000198604BAZ1A72.1996.5409Q9NRL2EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000054267ARID4B64.7497.4447Q4LE39EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000275023MLLT662.3593.6626P55198EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000147162OGT61.1990.3752O15294EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000114933INO80D54.8295.0744Q53TQ3EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000169375SIN3A54.593.6205Q96ST3EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000170322NFRKB53.9491.7443Q6P4R8EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000204256BRD247.9695.0936P25440EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000078403MLLT1045.7696.5873P55197EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000137337MDC143.2897.103Q14676EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000197114ZGPAT43.0993.8791Q8N5A5TF,EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000183495EP40040.798.0784Q96L91EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000116560SFPQ34.7395.7879P23246RBP,EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000119638NEK933.3695.8324Q8TD19EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000120071KANSL129.896.7201Q7Z3B3EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000171456ASXL125.5497.2043Q8IXJ9EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000111676ATN125.4395.9553P54259EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000120837NFYB23.690.678P25208TF,EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000184402SS18L118.0691.6999O75177EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000135341MAP3K717.6192.9693O43318EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000119760SUPT7L6.8393.2863O94864EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000169592INO80E6.1493.1019Q8NBZ0EpiNA

check buttonlncRNA-transcript factor interaction (#cancer types with positive correlation >= 5).
TF result
LncRNA Ensembl IDLncRNA ENST IDLncRNA NameProtein Ensembl IDProtein NameCatRAPID ScoreLncpro ScoreUniPortIDGene SubtypePublic source
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000118058KMT2A66.2998.3744Q03164TF,EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000130254SAFB261.5596.2099Q14151TF,RBPNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000167967E4F159.3595.0322Q66K89TFNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000135164DMTF157.794.8701Q9Y222TFNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000116731PRDM256.9396.9339Q13029TF,EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000105127AKAP855.1496.7952O43823TFNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000124782RREB154.496.5336Q92766TFNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000196867ZFP2853.0596.7648Q8NHY6TFNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000099326MZF152.2195.9997P28698TFNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000113916BCL646.6695.0714P41182TFNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000070476ZXDC46.1895.593Q2QGD7TFNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000005889ZFX46.0195.682P17010TFNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000104885DOT1L45.5895.5648Q8TEK3TF,EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000197114ZGPAT43.0993.8729Q8N5A5TF,EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000166987MBD641.7394.3105Q96DN6TF,EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000126804ZBTB139.7795.4139Q9Y2K1TFNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000198521ZNF4339.2394.3538P17038TFNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000146587RBAK37.1593.4656Q9NYW8TFNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000272333KMT2B35.0398.1076Q9UMN6TF,EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000198040ZNF8432.196.3616P51523TFNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000142065ZFP1426.3994.9263Q9HCL3TFNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000166432ZMAT126.1590.8737Q5H9K5TFNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000186272ZNF1725.3695.5359P17021TFNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000180787ZFP324.9293.5759Q96NJ6TFNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000120837NFYB23.690.96P25208TF,EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000184939ZFP9021.8895.6949Q8TF47TFNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000123411IKZF419.1195.7635Q9H2S9TFNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000172273HINFP19.0494.4354Q9BQA5TF,EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000204304PBX218.7995.7339P40425TFNA
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ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000256223ZNF1011.4793.4793P21506TFNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000143178TBX1911.3294.5299O60806TFNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000187815ZFP6910.9695.4826Q49AA0TFNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000143033MTF29.5393.5068Q9Y483TF,EpiNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000278129ZNF88.3695.1958P17098TFNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000095574IKZF58.3695.0552Q9H5V7TFNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000250571GLI46.8193.7056P10075TFNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000275111ZNF25.5695.8152Q9BSG1TFNA
ENSG00000270055ENST00000602663CTD-3092A11.2ENSG00000085274MYNN2.7990.7739Q9NPC7TFNA

check buttonlncRNA-RNA binding protein interaction (#cancer types with positive correlation >= 5).
RBP result
LncRNA Ensembl IDLncRNA ENST IDLncRNA NameProtein Ensembl IDProtein NameCatRAPID ScoreLncpro ScoreUniPortIDGene SubtypePublic source
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lncRNA-DNA interaction for CTD-3092A11.2

lncrna_DNA
check buttonlncRNA targets the enhancer region and positively regulates the gene expression.
Only predicted by TDF
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C93,TTC13,MBD6,CWC25,STK36,STAC3,TTC32,MICAL1,ZMAT1,SPATA20,GOLGA8B,MCM3AP,HP1BP3,ALPK1,STRADA,ZFX,NLRC3,ZNF18,DIDO1,GOLGA8A,ITGAE,CYP2R1,PAM16,PPHLN1,TCIRG1,SETD4,RBM48,PSMC3IP,PIKFYVE,AARSD1,DUSP28,PUM2,RBM5,NKTR,CEP162,YPEL3,ZFP28,C19orf71,ZNF17,TTLL3,DOT1L,CRBN,TUBE1,SLC25A45,ZNF84,CCP110,PARP6,TUBD1,WDR33,NUDT17,C17orf80,TRA2B,FRYL,C2CD2,PIAS2,LRP5L,ASXL1,TSC1,DENND4B,SPG11,TEP1,MAN2C1,DXO,PDCD7,USPL1,LZTR1,MRPL38,WHAMM,LIG1,ANKRD13D,NELFA,PRPF4B,CCDC57,RABL2B,TRAPPC2,KBTBD2,SIRT7
Exist in public source
NA

check buttonlncRNA targets the promoter region and positively regulates the gene expression.
Only predicted by TDF
DPH7,HEXIM1,DNASE1,GLI4,SLC9A8,NBEAL2,POC5,PGS1,PYROXD2,DGCR8,RNF166,DDX6,FAN1,PNN,TRA2A,ABCA5,STX16,HEMK1,ZFP14,UBA7,EED,FAM73B,ZFX,STAT2,PPP2R3B,IKZF5,FUBP1,INTS3,ZNF2,ARID4B,DCUN1D2,MAPK8IP3,CCDC66,MZF1,C3orf62,FAM160B2,LRRC57,C2CD5,LRRC37B,FBXO46,STRADA,LIG1,AHI1,ANAPC4,METTL22,CHFR,NINL,CDK13,FAM111A,GPATCH11,UBE3A,SCML1,CFLAR,PHF2,CARD8,GANC,PLCB2,ERCC3,ARGLU1,AP4B1,TAZ,DCAF8,GK5,TNS2,TNFRSF25,ZNF18,GGA3,NFRKB,CBFA2T2,SIN3A,BRWD1,DMPK,PUM2,TUBGCP4,LMBR1L,CTC1,MPHOSPH8,C2orf44,CRTC2,HERC2,ZMIZ2,EP400NL,HAUS2,UPF3B,LIMD2,SLC25A16,E4F1,OTUD3,KLHDC4,CYB561A3,MBNL1,DYRK4,MLLT6,OSBPL7,ARHGAP9,GPSM3,LBHD1,AGO4,RIMKLB,CLASRP,ZC3H11A,SDR39U1,DPEP2,RAD9A,ZNF22,FAM122B,CXXC1,IQCB1,IFT74,PAXBP1,SEPSECS,INO80E,CCDC92,MLLT10,CTDSPL2,MAP4K1,ACCS,RASSF3,ENGASE,C2orf68,BDP1,CSAD,WSB1,SBF1,MTFMT,ANGEL2,HEATR5B,SRSF4,GSTM2,DOCK11,THAP6,MLXIP,ING5,ZFP28,MAN2C1,CEPT1,ZC3H4,CEP135,KNTC1,AARSD1,PAN3,PCBD2,KRCC1,TRIM11,TUBG2,MCM3AP,MDM4,GAPT,CASP10,PRPF38B,POU6F1,CCDC174,MKNK1,THBS3,ECHDC2,ZMAT1,WDR60,HAUS5,KANSL2,NAA40,KAT2A,TAF1C,FGR,RAD52,ALPK1,GORAB,CIITA,SMG1,ANKRA2,TJAP1,RPAP1,EPC1,NFKBID,TRMU,TBP,PDE7A,DDX17,PPP1R35,MRPS31,MSL2,NUMB,RNFT1,ZNF83,EVL,RASAL3,STAC3,PRPF3,C17orf80,C7orf43,ZC3H6,INO80D,VPS33B,LUC7L,DOT1L,C2orf42,SIN3B,NFYB,PKD1,ZCCHC4,NEK3,POGZ,SCARF1,ABHD18,ANKRD26,GGA1,CCDC130,ABCD4,NRF1,MFSD8,MAP3K8,STK36,NR2C2AP,GNL2,CCNL1,SPIN3,S100PBP,TUBD1,NLRC5,CPSF7,PCID2,SENP5,SLX4,PPP1R12C,RBM6,HECTD4,ZFP3,DCAF15,ZCCHC11,CDAN1,ABHD16A,CDK5RAP1,GTF2H4,MAST3,OSGEPL1,HAUS1,PLXNA3,ORC2,SLC12A6,BNIP2,PBX2,SRRM2,RSBN1L,C1orf52,UHRF2,EPOR,HSPBAP1,RALGDS,ITSN2,CBL,TIA1,RBM5,CEP290,NCBP3,NICN1,KPNA5,GPCPD1,ACAP1,PIDD1,MYNN,LPCAT4,CWC25,ZUFSP,CELF1,ENOSF1,NADSYN1,FRA10AC1,TMCO6,BCL6,MPHOSPH10,CENPJ,DPP8,FRS3,CCDC82,VAMP1,USP28,KIAA0907,SRSF5,PPARD,PRR14,TRAF5,MAU2,SETD4,ATHL1,BBIP1,CEP162,EZH1,NUMA1,TEP1,FNBP4,R3HDM2,GIT2,DPH1,TBRG1,MTRF1,BRICD5,NUPL2,TIRAP,ZZEF1,KMT2D,IDUA,SUN1,TMX3,RSRC2,YJEFN3,ERMARD,WDR91
Exist in public source
NA

check buttonlncRNA targets the promoter region and negatively regulates the gene expression.

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lncRNA-RNA interaction for CTD-3092A11.2

lncrna_RNA
check buttonlncRNA targets the 3'UTR region and negatively regulates the mRNA.
Only predicted by lncTar
MRPL37,XRCC6,TMEM53,SMIM12,DCTPP1,UQCRC1,PSMD2,SAMM50,PSMA7,FKBP4,ATP6V0D1,MPST,DDT,HSPA8,ZNF622
Exist in public source
NA

check buttonlncRNA targets the skipped exon region.
-lncRNA and exonskipping events are positively correlated.
LncRNA Ensembl IDLncRNA ENST IDExon IDSkipped ExondGndGGene name with skipped exonTransID with skipped exonORF mutation

-lncRNA and exonskipping events are negatively correlated.
lncRNA and exonskipping events negative correlated
LncRNA Ensembl IDLncRNA ENST IDExon IDSkipped ExondGndGGene name with skipped exonTransID with skipped exonLOF
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check buttonlncRNA targets by miRNA.
LncRNA Ensembl IDmiRNA IDLncRNA ENST IDBinding site in lncRNAScoreEnergyAlign LenPublic source

Top

Variants for CTD-3092A11.2

check buttonRNA A-to-I editing events in lncRNA.
LncRNAediting IDLncRNA Ensembl IDChromosomeEditing PositionStrandGene TypeGene NameTranscript IDTranscript TypeTranscript Name
LncEditing_289031ENSG00000270055.1chr1530488264+sense_intronicCTD-3092A11.2ENST00000602663.1sense_intronicCTD-3092A11.2-001

check buttonEdited-associated DElncRNAs in cancer.
Differentially expressed gene
LncRNA Ensembl IDLncRNA IndexCancer TypeChr_Postion_StrandAVE1AVE2log2FCW-valueP-valueAdjc.p-valueChange
ENSG00000270055LncEditing_289031LAMLchr15_30488264_+1.348423e+016.646316e+009.797709e-015.674613e+001.390029e-084.863132e-08UP

check buttonCorrelation between RNA A-to-I editing events's frequecy and lncRNA expression.
LncRNA Ensembl IDLncRNA IndexCorrelationP-valueAdjc.p-value

check buttonCis-expression quantitative trait loci(cis-eQTL) of lncRNA.
LncRNA Ensembl IDLncRNA NameSNP infoNumber of Positive corelated CancerPositive corelated CancerNumber of Negative corelated CancerNegative corelated Cancer

Top

lncRNAs regulate the target genes through functioning as enhancers

lncrna_enhancer
check buttonlncRNA regulates differentially expressed genes by function as enhancer.
LncRNA Ensembl IDPC Gene IDPC Gene NamePositive correlated cancersCancer with PC gene up-regulationCancer with PC gene down-regulation
ENSG00000270055ENSG00000109046WSB1ACC,BRCA,DLBC,KIRC,KIRP,LIHC,LUSC,PAAD,PCPG,SARC,THCA,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000117616RSRP1ACC,BLCA,BRCA,CESC,CHOL,DLBC,GBM,KICH,KIRC,KIRP,LAML,LIHC,LUAD,LUSC,PAAD,SARC,TGCT,THCA,THYM,UCECKIRC
ENSG00000270055ENSG00000172890NADSYN1ACC,CHOL,GBM,KIRC,KIRP,PAAD,THCAKIRC
ENSG00000270055ENSG00000175265GOLGA8AACC,BLCA,BRCA,CESC,CHOL,KIRC,KIRP,LAML,LUAD,LUSC,MESO,PAAD,PCPG,SARC,TGCT,THCA,UCECKIRC
ENSG00000270055ENSG00000177595PIDD1ACC,CHOL,GBM,KICH,KIRC,KIRP,LIHC,PAAD,SARC,THCAKIRC
ENSG00000270055ENSG00000186166CENATACACC,BLCA,BRCA,CESC,CHOL,DLBC,GBM,KICH,KIRC,KIRP,LIHC,LUAD,LUSC,PAAD,PCPG,SARC,THCA,THYM,UCECKIRC
ENSG00000270055ENSG00000205268PDE7AACC,CHOL,KIRC,LIHC,PAAD,TGCT,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000215252GOLGA8BACC,BLCA,BRCA,CESC,CHOL,GBM,KICH,KIRC,KIRP,LAML,LIHC,LUAD,LUSC,MESO,PAAD,PCPG,SARC,TGCT,THCA,THYM,UCECKIRC
ENSG00000270055ENSG00000215440NPEPL1ACC,GBM,KICH,KIRC,KIRP,LIHC,LUAD,LUSC,PAAD,PCPG,SARC,THCAKIRC
ENSG00000270055ENSG00000256525POLG2ACC,CESC,CHOL,DLBC,KIRC,KIRP,LIHC,LUAD,LUSC,MESO,PAAD,PCPG,SARC,TGCT,THCA,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000013441CLK1BLCA,BRCA,CESC,CHOL,KIRC,KIRP,LIHC,LUAD,LUSC,MESO,PAAD,SARC,TGCT,THCA,THYM,UCECKIRC
ENSG00000270055ENSG00000100288CHKBBLCA,BRCA,CHOL,GBM,KICH,KIRC,KIRP,LUAD,LUSC,PAAD,PCPGKIRC
ENSG00000270055ENSG00000108773KAT2ABLCA,CHOL,DLBC,KICH,KIRC,KIRP,LIHC,LUSC,PAAD,PCPG,TGCT,THCAKIRC
ENSG00000270055ENSG00000113108APBB3BLCA,BRCA,CESC,CHOL,DLBC,GBM,KICH,KIRC,KIRP,PAAD,SARC,THCA,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000113240CLK4BLCA,BRCA,CESC,CHOL,DLBC,KIRC,KIRP,LIHC,PAAD,SARC,TGCT,THCA,THYM,UCECKIRC
ENSG00000270055ENSG00000139625MAP3K12BLCA,GBM,KIRC,KIRP,LUAD,LUSC,MESO,PAAD,PCPG,TGCT,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000139631CSADBLCA,CESC,DLBC,GBM,KICH,KIRC,KIRP,LUAD,LUSC,MESO,PAAD,PCPG,SARC,TGCT,THCA,THYM,UCECKIRC
ENSG00000270055ENSG00000161010MRNIPBLCA,BRCA,CESC,CHOL,DLBC,GBM,KICH,KIRC,KIRP,LIHC,PAAD,SARC,TGCT,THCA,UCECKIRC
ENSG00000270055ENSG00000175309PHYKPLBLCA,BRCA,CESC,CHOL,DLBC,GBM,KIRC,KIRP,PAAD,SARC,THCA,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000196123KIAA0895LBLCA,DLBC,KIRC,KIRP,LIHC,LUAD,LUSC,PAAD,PCPG,SARC,THCA,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000197774EME2BLCA,CESC,CHOL,GBM,KICH,KIRC,KIRP,LIHC,LUAD,LUSC,PAAD,PCPG,THCA,UCECKIRC
ENSG00000270055ENSG00000197948FCHSD1BLCA,CHOL,GBM,KICH,KIRC,KIRP,PAAD,TGCT,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000204149AGAP6BLCA,BRCA,CESC,CHOL,DLBC,GBM,KIRC,KIRP,LIHC,PAAD,SARC,TGCT,THCA,THYM,UCECKIRC
ENSG00000270055ENSG00000204681GABBR1BLCA,BRCA,DLBC,KIRC,KIRP,PAAD,SARC,THCA,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000214021TTLL3BLCA,BRCA,CHOL,GBM,KIRC,KIRP,LUAD,LUSC,MESO,PAAD,PCPG,SARC,TGCT,THCA,THYM,UCECKIRC
ENSG00000270055ENSG00000010295IFFO1BRCA,CHOL,GBM,KICH,KIRC,KIRP,LUAD,LUSC,PAAD,PCPG,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000044446PHKA2BRCA,GBM,KIRC,KIRP,LUAD,LUSC,PAAD,PCPG,THCA,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000091592NLRP1BRCA,CHOL,KIRC,LUAD,MESO,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000130653PNPLA7BRCA,GBM,KIRC,KIRP,THCAKIRC
ENSG00000270055ENSG00000132522GPS2BRCA,CESC,CHOL,DLBC,GBM,KIRC,KIRP,LUAD,LUSC,PAAD,PCPG,SARC,TGCT,THCA,THYM,UCECKIRC
ENSG00000270055ENSG00000139597N4BP2L1BRCA,CESC,KIRC,KIRP,MESO,PAAD,PCPG,SARC,TGCT,THCA,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000139636LMBR1LBRCA,CHOL,KICH,KIRC,KIRP,LIHC,LUAD,LUSC,PAAD,PCPG,TGCT,THCA,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000167604NFKBIDBRCA,CHOL,GBM,KIRC,KIRP,LUAD,LUSC,PAADKIRC
ENSG00000270055ENSG00000167615LENG8BRCA,CHOL,DLBC,GBM,KICH,KIRC,KIRP,LIHC,LUAD,LUSC,MESO,PAAD,PCPG,SARC,THCA,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000184465WDR27BRCA,CHOL,DLBC,KIRC,KIRP,PAAD,SARC,TGCT,THCA,THYM,UCECKIRC
ENSG00000270055ENSG00000204305AGERBRCA,CHOL,GBM,KIRC,KIRP,PAAD,SARC,UCECKIRC
ENSG00000270055ENSG00000213398LCATBRCA,KICH,KIRC,KIRP,LUAD,LUSC,PAAD,SARC,THCAKIRC
ENSG00000270055ENSG00000221978CCNL2BRCA,CESC,CHOL,DLBC,GBM,KICH,KIRC,KIRP,LIHC,LUAD,LUSC,PAAD,SARC,TGCT,THCA,THYM,UCECKIRC
ENSG00000270055ENSG00000222009BTBD19BRCA,GBM,KIRC,KIRP,LUAD,PAAD,THCAKIRC
ENSG00000270055ENSG00000102287GABRECESC,KIRC,LIHC,LUAD,LUSC,MESO,SARC,TGCTKIRC
ENSG00000270055ENSG00000147437GNRH1CESC,CHOL,KIRC,KIRP,PAAD,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000175455CCDC14CESC,DLBC,KIRC,KIRP,LIHC,LUAD,LUSC,PAAD,PCPG,SARC,TGCT,THCA,THYM,UCECKIRC
ENSG00000270055ENSG00000183856IQGAP3CESC,DLBC,KIRC,LIHC,LUSCKIRC
ENSG00000270055ENSG00000184445KNTC1CESC,DLBC,KIRC,KIRP,LIHC,LUSC,SARC,TGCT,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000000938FGRCHOL,GBM,KICH,KIRC,PAADKIRC
ENSG00000270055ENSG00000060491OGFRCHOL,KICH,KIRC,KIRP,LUSCKIRC
ENSG00000270055ENSG00000061938TNK2CHOL,KIRC,LUAD,LUSC,PAAD,TGCTKIRC
ENSG00000270055ENSG00000065357DGKACHOL,DLBC,GBM,KIRC,KIRP,LUAD,MESO,PAAD,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000069493CLEC2DCHOL,KIRC,KIRP,LUAD,PAAD,TGCT,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000072609CHFRCHOL,KIRC,KIRP,LUAD,PAAD,PCPG,THCA,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000076928ARHGEF1CHOL,DLBC,GBM,KICH,KIRC,KIRP,LUAD,PAAD,PCPG,TGCT,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000077044DGKDCHOL,KIRC,KIRP,LIHC,PAAD,TGCT,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000089820ARHGAP4CHOL,GBM,KIRC,LUAD,PAADKIRC
ENSG00000270055ENSG00000099331MYO9BCHOL,KICH,KIRC,LUAD,PAADKIRC
ENSG00000270055ENSG00000100365NCF4CHOL,GBM,KICH,KIRC,PAADKIRC
ENSG00000270055ENSG00000102125TAZCHOL,GBM,KICH,KIRC,KIRP,LUAD,LUSC,PAAD,PCPG,THCAKIRC
ENSG00000270055ENSG00000103326CAPN15CHOL,DLBC,KICH,KIRC,KIRP,LUSC,PCPG,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000104814MAP4K1CHOL,GBM,KIRC,LUAD,PAAD,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000104859CLASRPCHOL,KICH,KIRC,KIRP,LUAD,LUSC,PAAD,PCPG,SARC,TGCT,THCA,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000105122RASAL3CHOL,GBM,KIRC,LUAD,PAADKIRC
ENSG00000270055ENSG00000110934BIN2CHOL,GBM,KIRC,PAAD,TGCT,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000123329ARHGAP9CHOL,GBM,KIRC,LUAD,PAADKIRC
ENSG00000270055ENSG00000127586CHTF18CHOL,KICH,KIRC,KIRP,LIHC,LUSC,PCPG,THCAKIRC
ENSG00000270055ENSG00000129667RHBDF2CHOL,DLBC,GBM,KIRC,LIHCKIRC
ENSG00000270055ENSG00000135596MICAL1CHOL,KIRC,KIRP,PAAD,TGCT,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000135723FHOD1CHOL,GBM,KICH,KIRC,PAAD,TGCT,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000137841PLCB2CHOL,GBM,KICH,KIRC,KIRP,LUAD,MESO,PAADKIRC
ENSG00000270055ENSG00000138834MAPK8IP3CHOL,KICH,KIRC,KIRP,LIHC,LUAD,LUSC,MESO,PAAD,THCA,THYM,UCECKIRC
ENSG00000270055ENSG00000142102PGGHGCHOL,GBM,KICH,KIRC,KIRP,PAAD,UCECKIRC
ENSG00000270055ENSG00000142347MYO1FCHOL,GBM,KICH,KIRC,PAADKIRC
ENSG00000270055ENSG00000146094DOK3CHOL,GBM,KIRC,PAAD,TGCTKIRC
ENSG00000270055ENSG00000158062UBXN11CHOL,GBM,KICH,KIRC,KIRP,LIHC,LUAD,LUSC,PAAD,THCAKIRC
ENSG00000270055ENSG00000158717RNF166CHOL,GBM,KICH,KIRC,KIRP,LUAD,LUSC,PAADKIRC
ENSG00000270055ENSG00000160072ATAD3BCHOL,KICH,KIRC,KIRP,LUSC,PAAD,THCAKIRC
ENSG00000270055ENSG00000160271RALGDSCHOL,DLBC,KIRC,KIRP,PAADKIRC
ENSG00000270055ENSG00000162572SCNN1DCHOL,KIRC,KIRP,PAAD,PCPG,TGCTKIRC
ENSG00000270055ENSG00000167261DPEP2CHOL,GBM,KIRC,PAAD,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000167895TMC8CHOL,GBM,KIRC,LUAD,PAAD,TGCTKIRC
ENSG00000270055ENSG00000168404MLKLCHOL,GBM,KIRC,KIRP,LUAD,PAADKIRC
ENSG00000270055ENSG00000169592INO80ECHOL,KICH,KIRC,KIRP,LUAD,LUSC,PAAD,PCPG,SARC,THCA,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000174943KCTD13CHOL,DLBC,KICH,KIRC,KIRP,PAAD,TGCT,THCAKIRC
ENSG00000270055ENSG00000180096SEPTIN1CHOL,KICH,KIRC,LUAD,PAADKIRC
ENSG00000270055ENSG00000184922FMNL1CHOL,DLBC,GBM,KICH,KIRC,PAAD,TGCT,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000185482STAC3CHOL,GBM,KIRC,KIRP,LUSC,PAAD,TGCTKIRC
ENSG00000270055ENSG00000186088GSAPCHOL,DLBC,GBM,KIRC,KIRP,PAAD,THCA,UCECKIRC
ENSG00000270055ENSG00000187961KLHL17CHOL,DLBC,KICH,KIRC,KIRP,LIHC,LUAD,LUSC,PAAD,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000198604BAZ1ACHOL,DLBC,KIRC,KIRP,LIHC,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000213445SIPA1CHOL,GBM,KICH,KIRC,KIRP,PAADKIRC
ENSG00000270055ENSG00000213654GPSM3CHOL,GBM,KICH,KIRC,PAADKIRC
ENSG00000270055ENSG00000213903LTB4RCHOL,DLBC,GBM,KIRC,KIRP,LIHC,LUAD,PAAD,PCPG,SARC,TGCT,THCAKIRC
ENSG00000270055ENSG00000217930PAM16CHOL,KICH,KIRC,KIRP,LUAD,PAAD,THCAKIRC
ENSG00000270055ENSG00000266338NBPF15CHOL,DLBC,KIRC,KIRP,LIHC,LUSC,MESO,PAAD,PCPG,SARC,TGCTKIRC
ENSG00000270055ENSG00000267796LIN37CHOL,KIRC,KIRP,PCPG,TGCT,THCA,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000273899NOL12CHOL,KICH,KIRC,KIRP,LUAD,LUSC,PAAD,TGCT,THCAKIRC
ENSG00000270055ENSG00000073605GSDMBDLBC,KIRC,LIHC,LUSC,MESO,SARC,THCA,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000160219GAB3DLBC,GBM,KIRC,KIRP,LUAD,PAAD,TGCT,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000161960EIF4A1DLBC,GBM,KIRC,KIRP,LUAD,LUSC,PAAD,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000163013FBXO41DLBC,KIRC,LUSC,MESO,TGCT,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000167702KIFC2DLBC,KICH,KIRC,KIRP,SARC,THCA,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000185189NRBP2DLBC,GBM,KICH,KIRC,KIRP,SARC,THCAKIRC
ENSG00000270055ENSG00000062716VMP1GBM,KIRC,KIRP,LIHC,LUAD,LUSC,PAAD,SARCKIRC
ENSG00000270055ENSG00000127415IDUAGBM,KICH,KIRC,KIRP,LUSC,PAAD,THCAKIRC
ENSG00000270055ENSG00000164877MICALL2GBM,KICH,KIRC,KIRP,PAADKIRC
ENSG00000270055ENSG00000240038AMY2BGBM,KIRC,KIRP,THCA,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000135722FBXL8KICH,KIRC,KIRP,LUAD,LUSCKIRC
ENSG00000270055ENSG00000004777ARHGAP33KIRC,KIRP,LIHC,LUSC,PAAD,PCPG,SARC,THCA,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000009694TENM1KIRC,KIRP,TGCT,THCA,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000105486LIG1KIRC,KIRP,LIHC,PCPG,SARC,TGCTKIRC
ENSG00000270055ENSG00000142303ADAMTS10KIRC,KIRP,LIHC,LUAD,PAAD,SARC,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000166012TAF1DKIRC,KIRP,LUAD,PAAD,PCPG,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000167984NLRC3KIRC,LUAD,PAAD,TGCT,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000185158LRRC37BKIRC,KIRP,LUSC,PAAD,PCPG,SARC,TGCT,THCA,THYMKIRC
ENSG00000270055ENSG00000213066CEP43KIRC,KIRP,TGCT,THCA,THYM,UCECKIRC
ENSG00000270055ENSG00000250067YJEFN3KIRC,KIRP,LUSC,PAAD,PCPG,SARC,TGCTKIRC

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lncRNAs regulate the target genes through recruiting transcript factors

lncrna_TF
check buttonLncRNA-TF complex positively regulates the gene expression by target promoter region (#cancer types with positive correlation >= 5).
lncRNA IDTF IDTF NamePCgene IDPCgene NameNumber of CancerCanaer Types
ENSG00000270055ENSG00000065029ZNF76ENSG00000148399DPH76CHOL,KIRC,KIRP,PAAD,TGCT,THCA
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ENSG00000270055ENSG00000135164DMTF1ENSG00000250067YJEFN37KIRC,KIRP,LUSC,PAAD,PCPG,SARC,TGCT
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ENSG00000270055ENSG00000166432ZMAT1ENSG00000130023ERMARD7CHOL,KIRC,KIRP,PAAD,SARC,TGCT,THCA
ENSG00000270055ENSG00000167766ZNF83ENSG00000130023ERMARD7CHOL,KIRC,KIRP,SARC,TGCT,THCA,THYM
ENSG00000270055ENSG00000198040ZNF84ENSG00000130023ERMARD5KIRC,KIRP,PAAD,TGCT,THCA

check buttonLncRNA-TF complex negatively regulates the gene expression by target promoter region (#cancer types with negative correlation >= 5).
lncRNA IDTF IDTF NamePCgene IDPCgene NameNumber of CancerCanaer Types

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lncRNAs regulate the alternative splicing event through interacting with splicing factor

lncrna_AS
check buttonLncRNA-RBP complex positively regulates the exon skippping events by target skipped eoxon region.
LncRNA Ensembl IDRBP IDRBP Gene NameExon Skipping IDSkipped ExonEX Gene NameEX Affected TransIDORF_annoCancer Type

check buttonLncRNA-RBP complex negatively regulates the exon skippping events by target skipped eoxon region.
LncRNA-RBP complex negative regulation
LncRNA Ensembl IDRBP IDRBP Gene NameExon Skipping IDSkipped ExonEX Gene NameEX Affected TransIDORF_annoCancer Type
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ENSG00000270055ENSG00000079134THOC1exon_skip_382458ENSG00000060971:chr3:38131595-38131638ACAA1ENST00000333167Frame-shiftSARC,THYM,PCPG,PAAD,THCA
ENSG00000270055ENSG00000164548TRA2Aexon_skip_382458ENSG00000060971:chr3:38131595-38131638ACAA1ENST00000333167Frame-shiftSARC,THYM,PCPG,PAAD,THCA

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lncRNAs regulate mRNA through targeting the 3'-UTR region

lncrna_mRNA
check buttonlncRNA regulates differential expressed mRNA by directly targeting 3' UTR region.
LncRNA Ensembl IDLncRNA ENST IDPC Gene NamePC Gene IDPC ENST IDdGnDGCancer with PC gene up-regulationCancer with PC gene Down-regulation
ENSG00000270055ENST00000602663UQCRC1ENSG00000010256ENST00000203407-0.20391489-KIRC

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lncRNAs regulate mRNA by competing with miRNA

lncrna_miRNA
check buttonlncRNA regulates mRNA by competing the miRNA binding site with mRNA.
LncRNA Ensembl IDlncRNA-miRNA-mRNACancer Types

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lncRNA coding potential

check buttonORFfinder result for the gencode.v22.lncRNA.transcript.fa.
lncRNA Ensembl IDlncRNA ENST IDlength(AA)start at transcriptend at transcript
ENSG00000270055.1ENST00000602663.130830063929