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lncRNA summary

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lncRNA structure and expression level

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lncRNA-Protein interaction

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lncRNA-DNA interaction

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lncRNA-RNA interaction

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Variants in lncRNA

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lncRNAs regulate the target genes through functioning as enhancers

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lncRNAs regulate the target genes through recruiting transcript factors

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lncRNAs regulate the alternative splicing events through interacting with splicing factor

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lncRNAs regulate mRNA through targeting the 3'-UTR region

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lncRNAs regulate mRNA by competing with miRNA

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lncRNA coding potential

lncRNA: ENSG00000224660

Summary for SH3BP5-AS1

check button Gene summary

Gene informationEnsembl ID

ENSG00000224660

Gene symbol

SH3BP5-AS1

Gene nameSH3BP5 antisense RNA 1
HGNC

44501

Entrez ID

100505696

Gene typeantisense
Synonyms03p25.1|SH3BP5-AS1
UniProtAcc

Top

Structure and expression level for SH3BP5-AS1

check buttonDifferentially expressed gene analysis between cancer and normal samples.
DEG result
Ensembl IDBase meanlog2FC(AD/control)lfcSEStatP-valueAdjc.p-valueDEG direction Cancer type
ENSG000002246604.938202e+021.305971e+001.282687e-011.018153e+012.400000e-241.830000e-23UPKIRC
ENSG000002246605.966133e+02-1.121341e+002.745191e-01-4.084748e+004.410000e-056.544070e-04DOWNESCA
ENSG000002246603.319493e+02-1.218543e+001.445313e-01-8.431001e+003.430000e-171.900000e-16DOWNLUSC

check buttonCorrelation between lncRNAs and cancer stages.
LncRNA Ensembl IDCorrelationP-valueCancer TypeAdjc.p-value
ENSG000002246604.006105e-016.391253e-03CHOL7.916117e-03

Top

lncRNA-Protein interaction for SH3BP5-AS1

lncrna_protein
check buttonlncRNA-epigenetic factor interaction (#cancer types with positive correlation >= 5).
Epi result
LncRNA Ensembl IDLncRNA ENST IDLncRNA NameProtein Ensembl IDProtein NameCatRAPID ScoreLncpro ScoreUniPortIDGene SubtypePublic source
ENSG00000224660ENST00000413977SH3BP5-AS1ENSG00000128908INO8078.7592.7661Q9ULG1EpiNA
ENSG00000224660ENST00000413977SH3BP5-AS1ENSG00000149311ATM78.3993.3683Q13315EpiNA
ENSG00000224660ENST00000436602SH3BP5-AS1ENSG00000128908INO8075.891.6433Q9ULG1EpiNA
ENSG00000224660ENST00000436602SH3BP5-AS1ENSG00000149311ATM75.3693.629Q13315EpiNA
ENSG00000224660ENST00000413977SH3BP5-AS1ENSG00000175054ATR65.8392.6679Q13535EpiNA
ENSG00000224660ENST00000413977SH3BP5-AS1ENSG00000163935SFMBT141.7390.2542Q9UHJ3EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000077097TOP2B70.8496.9581Q02880EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000132780NASP70.6697.7554P49321EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000168137SETD570.0598.1751Q9C0A6EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000067369TP53BP169.097.7198Q12888EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000171316CHD768.4496.9602Q9P2D1EpiChIP-seq
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000104885DOT1L67.2297.4488Q8TEK3TF,EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000146247PHIP66.1998.4352Q8WWQ0EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000067066SP10066.0697.9926P23497TF,EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000147050KDM6A64.4696.5465O15550EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000143442POGZ63.7496.582Q7Z3K3EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000120616EPC163.6697.0356Q9H2F5EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000147133TAF163.3498.1042P21675EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000171634BPTF63.0398.6442Q12830TF,EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000116731PRDM262.1896.6623Q13029TF,EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000139613SMARCC262.0798.0328Q8TAQ2EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000185658BRWD161.798.7773Q9NSI6EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000124177CHD659.7397.3812Q8TD26EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000196199MPHOSPH858.1797.0476Q99549EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000197724PHF257.0995.8895O75151EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000181090EHMT156.9698.0849Q9H9B1EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000141867BRD455.8198.6242O60885EpiChIP-seq
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000079263SP14053.7597.9641Q13342TF,EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000085224ATRX53.2998.7963P46100EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000167548KMT2D53.2998.7407O14686EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000077684JADE153.1695.1236Q6IE81EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000127663KDM4B53.0696.5104O94953EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000272333KMT2B52.4897.8687Q9UMN6TF,EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000118058KMT2A51.8498.9935Q03164TF,EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000182568SATB151.4396.508Q01826TF,EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000187605TET349.7498.0558O43151TF,EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000197323TRIM3349.3397.6113Q9UPN9EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000117625RCOR349.2497.4284Q9P2K3EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000141027NCOR148.9698.014O75376EpiChIP-seq
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000156650KAT6B47.3198.2815Q8WYB5EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000041880PARP344.294.3319Q9Y6F1EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000094916CBX543.0595.6369P45973EpiChIP-seq
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000163635ATXN742.3996.7358O15265EpiNA
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ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000078487ZCWPW138.1497.3944Q9H0M4EpiNA
ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000169057MECP234.9396.6736P51608TF,EpiNA
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ENSG00000224660ENST00000420195SH3BP5-AS1ENSG00000066117SMARCD127.9395.1362Q96GM5EpiNA
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Top

lncRNA-DNA interaction for SH3BP5-AS1

lncrna_DNA
check buttonlncRNA targets the enhancer region and positively regulates the gene expression.
Only predicted by TDF
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NA

check buttonlncRNA targets the promoter region and positively regulates the gene expression.
Only predicted by TDF
TRIM33,C14orf93,DNASE1,MOGS,MECP2,CD19,TAF1,BAZ2A,VPRBP,BRPF1,PGS1,C21orf58,DGCR8,CCDC50,RBMX,CASC4,E2F4,PIK3R3,ABCA5,STX16,TBC1D10C,KIAA0355,CASP8AP2,HEMK1,UBA7,EED,AGO2,FAM73B,RGL3,PRPF40B,SETD6,UBXN7,URGCP,NELL2,PTPRM,ANKRD13C,PIK3IP1,TET2,KLRB1,BTG1,HIP1R,VPREB3,CCNG2,DDX59,PIK3CD,TCTE3,MAPK8IP3,CCDC66,MZF1,EVI5,VAMP2,C3orf62,FAM160B2,C2CD5,IL10RA,FBXO46,TMCO4,CNTNAP1,STRADA,CEBPZOS,TBKBP1,LYST,PRKD3,SPICE1,GRIPAP1,FAM168A,LEMD2,OTUD7B,IFT81,PRMT9,MOB1B,FAM111A,TRIT1,CFLAR,ITGAL,CARD8,GANC,ERCC3,PLCB2,RBMS3,SEMA4D,ARGLU1,BTN2A2,AP4B1,SGSH,FLI1,CCDC88A,TNKS2,PCNT,MCEE,ZNF18,GGA3,ATAT1,KIZ,XAF1,XPO4,PGPEP1,DMPK,METTL6,C3orf18,ABCB10,HSH2D,KMT2E,VARS2,RING1,ZMIZ2,EP400NL,KLF8,REC8,SLC25A16,E4F1,ZNF14,ARHGAP9,MEX3A,FBXL20,BDH2,AGO4,FAM133B,BRD2,SLC4A7,CLASRP,RRP7BP,AGO1,ZC3H11A,SDR39U1,DPEP2,MFN1,ZMYM3,RAD9A,MTHFR,PAPLN,ZFP2,TLK1,CRTC1,ZFHX3,ACCS,ENGASE,C2orf68,WSB1,XPNPEP3,USP33,SLC26A11,ANGEL2,GSTM2,VPS8,LIMD1,COMMD3,MLXIP,CEPT1,ZC3H4,AARSD1,FOXK1,LDB2,PCBD2,KRCC1,CABIN1,NFIA,USP34,PI4KA,MDM4,NPDC1,CCDC174,RFX7,ZMAT1,WDR60,HAUS5,SLC23A2,NAA40,SLAMF6,ALPK1,GORAB,PCSK7,SMG1,TJAP1,BPTF,TRMU,TBP,DDX17,SPTBN1,KANSL1L,MSL2,PTAR1,IFT140,C19orf44,LCOR,MTMR3,RABEP1,CEP85L,EVL,SULT1C2,C1orf159,USP4,RASAL3,PRPF3,MAGI1,PIK3C3,C7orf43,ZC3H6,VPS33B,SLC26A1,CDC42SE1,PHACTR4,SNRNP48,SIN3B,ZBTB4,C15orf57,S1PR1,USP6NL,TRAF3,LEF1,TSEN54,IKZF3,DCAF5,GIMAP6,NEK3,EYA3,SCARF1,ILF3,ABHD18,ANKRD26,NFX1,MAVS,PBX4,RALGAPA1,GGA1,CCDC130,NEU3,PIK3R5,MFSD8,RECQL5,S100PBP,RBMS2,FOXJ3,CPSF7,SENP5,SLX4,RBM6,DRAM2,C20orf96,KIAA0556,ABHD16A,MEIS1,STAP1,FOXP1,VASH1,ATXN1L,GTF2H4,EFCAB7,SMARCC2,OSGEPL1,SETD2,ADAM33,PLXNA3,ORC2,ZNF3,KLHL22,BNIP2,PBX2,ZNF70,ZNF30,SEC22C,RORA,FBXO11,EPOR,RALGDS,PGBD1,METTL17,CBL,TIA1,RBM5,CEP290,H6PD,NCBP3,PREX1,NICN1,C9orf114,GPCPD1,SLC6A16,BCL9,MYNN,ARID1A,HECTD2,CWC25,CELF1,ENOSF1,NCOR1,DNAJC4,SLFN13,RASSF5,CASKIN2,C14orf79,TMCO6,BCL6,CLCN6,MPHOSPH10,DPP8,ITGA4,FRS3,VAMP1,TGFBR3,KIAA0907,ZNF69,SETD4,MAU2,C19orf18,TEP1,IL18R1,PIK3C2B,RERE,TNFRSF13C,PHTF1,TAF5,MAML2,TRIM62,NUPL2,IDUA,LCP2,TMX3,HECA,SH3BGRL,DXO,EME2,C18orf25,ERMARD,RANBP2,MED28,FOXJ2,FGD2,CIRBP,SLC25A27
Exist in public source
NA

check buttonlncRNA targets the promoter region and negatively regulates the gene expression.

Top

lncRNA-RNA interaction for SH3BP5-AS1

lncrna_RNA
check buttonlncRNA targets the 3'UTR region and negatively regulates the mRNA.
Only predicted by lncTar
SMIM12,PRDX4,PSMD2,ATP6V1D,GET3,SNX12,MRPL58,MRPL51,NDUFB2,ALDOA,ATP5PO,PHB2,SLC25A11,CCT7,MPDU1,ANAPC11,BCKDK,MRPS18A,TALDO1,MFSD5,NME1,TUBA1C,ZNF622,AVEN,CLPP,RUVBL2,GPN1,PSMC1,RANBP1,PYGL,ENO1,GARS1,DCTPP1,EIF2B3,YIF1A,ATP6V0D1,SNRPD2,HSPA8,MRPS34,PDZD11,ELOC,CDK4,COX6B1,MYDGF,COPS4,PSMC3,TUFM,SURF4,ISOC2,CHCHD5,COPE,PRELID1,MRPS12,ADSL,NDUFB10,PCCB,POLD2,YWHAE,APRT,RAN,PSMA7,PPP4C,CYC1,STRAP,CCDC124,LDHB,ATG101,GAPDH,PARK7,MDH2,BOLA3,NDUFA12,ATP5PB,XRCC6,CCT3,MRPL13,DYNLL1,SLC25A3,MCTS1,RNH1,CNIH1,TIMM13,MTFP1,MRPL37,EMC6,RAB5C,ELOB,LDHA,HSD17B10,EIF6,ATP5F1A,CDK5,BIRC5,DAD1,SNRPB,TACO1,RPN1,CINP,PPP2R1A,MAIP1,MRPS28,TXNDC17,PKM,SKP1,AP2S1,NME2,ATP5F1B,STOML2,PDCL3,POP7,PUF60,PCMT1,MRPL4,FARSA,RPA3,NDUFS4,ATP5MC3,TMED1,DOHH,NAXE,LMAN2,CIAO2B,G6PC3,NHP2,RPN2,NANS,DBI,TBL3,ORMDL2,PGLS,ATP5PF,CFL1,HINT1,DCTN3,RHOC,PSMD8,UTP18,SDHB,PSMC4,UBE2S,PSMB7,FIS1,PSMB1,POLR2E,PLIN3,C19orf53,NUP37,NTMT1,NDUFAB1,NDUFB3,COX5A,COX7A2,MDH1,PWP1,KARS1,YIF1B,MRPL15,TOMM22,HCCS,PRDX1,ATP5MF,NDUFB7,PSMB6,PPIA,BUD31,MRPS24,UBB,CCNB1,AIMP2,ARPC2,COPS3,PSMD1,PLK1,TBCA,MRPS23
Exist in public source
NA

check buttonlncRNA targets the skipped exon region.
-lncRNA and exonskipping events are positively correlated.
lncRNA and exonskipping events positive correlated
LncRNA Ensembl IDLncRNA ENST IDExon IDSkipped ExondGndGGene name with skipped exonTransID with skipped exonORF mutation
ENSG00000224660ENST00000436602exon_skip_1234chr1:11658532-11658628-12.72-0.1719FBXO44ENST00000251547,ENST00000376770In-frame
ENSG00000224660ENST00000436602exon_skip_110809chr14:105449358-105449409-11.91-0.2707MTA1ENST00000331320In-frame

-lncRNA and exonskipping events are negatively correlated.
lncRNA and exonskipping events negative correlated
LncRNA Ensembl IDLncRNA ENST IDExon IDSkipped ExondGndGGene name with skipped exonTransID with skipped exonLOF
ENSG00000224660ENST00000436602exon_skip_52671chr10:97461495-97461622-16.12-0.1390MMS19ENST00000370782,ENST00000438925Frame-shift
ENSG00000224660ENST00000436602exon_skip_111863chr14:23565815-23565892-12.92-0.2019AP1G2ENST00000308724,ENST00000397120Frame-shift
ENSG00000224660ENST00000436602exon_skip_114365chr14:74290026-74290118-16.20-0.3000ABCD4ENST00000356924Frame-shift
ENSG00000224660ENST00000436602exon_skip_327433chr2:86125794-86125880-7.49-0.2416PTCD3ENST00000254630Frame-shift
ENSG00000224660ENST00000436602exon_skip_370518chr22:50247691-50247776-12.86-0.2009HDAC10ENST00000216271Frame-shift
ENSG00000224660ENST00000436602exon_skip_382458chr3:38131595-38131638-8.89-0.2694ACAA1ENST00000333167Frame-shift
ENSG00000224660ENST00000436602exon_skip_41813chr10:68337857-68337996-21.55-0.2052HNRNPH3ENST00000265866Frame-shift
ENSG00000224660ENST00000436602exon_skip_41841chr10:68756272-68756483-21.91-0.1129CCAR1ENST00000265872Frame-shift
ENSG00000224660ENST00000436602exon_skip_53559chr10:101793912-101793998-9.90-0.2475OGAENST00000361464Frame-shift
ENSG00000224660ENST00000436602exon_skip_74009chr11:64773429-64773505-12.73-0.1845SF1ENST00000377390Frame-shift
ENSG00000224660ENST00000436602exon_skip_110959chr14:20372732-20372857-16.17-0.1497TEP1ENST00000262715Frame-shift
ENSG00000224660ENST00000420195exon_skip_127618chr15:58890280-58890461-17.00-0.1545SLTMENST00000380516Frame-shift
ENSG00000224660ENST00000420195exon_skip_442657chr5:74730259-74730398-15.96-0.1200GFM2ENST00000296805,ENST00000509430Frame-shift
ENSG00000224660ENST00000436602exon_skip_509943chrX:47175018-47175092-10.72-0.1649RBM10ENST00000377604Frame-shift
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ENSG00000224660ENST00000436602exon_skip_95407chr12:95040475-95040597-10.08-0.1133NR2C1ENST00000333003Frame-shift
ENSG00000224660ENST00000436602exon_skip_103007chr13:37025319-37025437-11.52-0.1239SUPT20HENST00000350612Frame-shift
ENSG00000224660ENST00000436602exon_skip_133217chr16:8635038-8635079-8.44-0.2723METTL22ENST00000381920Frame-shift
ENSG00000224660ENST00000436602exon_skip_139422chr16:89114338-89114487-17.25-0.1426ACSF3ENST00000317447,ENST00000406948Frame-shift
ENSG00000224660ENST00000436602exon_skip_139933chr16:90035632-90035687-10.49-0.2384GAS8ENST00000268699Frame-shift
ENSG00000224660ENST00000436602exon_skip_290158chr17:42953723-42953778-9.19-0.2188AARSD1ENST00000427569Frame-shift
ENSG00000224660ENST00000436602exon_skip_302168chr19:10680345-10680443-14.00-0.1591ILF3ENST00000590261Frame-shift
ENSG00000224660ENST00000436602exon_skip_326885chr2:74490024-74490127-15.94-0.1920TTC31ENST00000233623Frame-shift
ENSG00000224660ENST00000436602exon_skip_327748chr2:95410863-95411026-19.88-0.1250FAHD2AENST00000233379,ENST00000447036Frame-shift
ENSG00000224660ENST00000436602exon_skip_431827chr4:109696409-109696486-6.51-0.1588CASP6ENST00000265164Frame-shift
ENSG00000224660ENST00000436602exon_skip_470226chr7:103307595-103307708-14.67-0.1648PMPCBENST00000249269Frame-shift
ENSG00000224660ENST00000436602exon_skip_511212chrX:71555189-71555385-17.38-0.1028OGTENST00000373719Frame-shift
ENSG00000224660ENST00000436602exon_skip_340759chr2:85552415-85552567-15.62-0.1132GGCXENST00000233838Frame-shift

check buttonlncRNA targets by miRNA.
LncRNA Ensembl IDmiRNA IDLncRNA ENST IDBinding site in lncRNAScoreEnergyAlign LenPublic source

Top

Variants for SH3BP5-AS1

check buttonRNA A-to-I editing events in lncRNA.
LncRNAediting IDLncRNA Ensembl IDChromosomeEditing PositionStrandGene TypeGene NameTranscript IDTranscript TypeTranscript Name

check buttonEdited-associated DElncRNAs in cancer.
LncRNA Ensembl IDLncRNA IndexCancer TypeChr_Postion_StrandAVE1AVE2log2FCW-valueP-valueAdjc.p-valueChange

check buttonCorrelation between RNA A-to-I editing events's frequecy and lncRNA expression.
LncRNA Ensembl IDLncRNA IndexCorrelationP-valueAdjc.p-value

check buttonCis-expression quantitative trait loci(cis-eQTL) of lncRNA.
LncRNA Ensembl IDLncRNA NameSNP infoNumber of Positive corelated CancerPositive corelated CancerNumber of Negative corelated CancerNegative corelated Cancer

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lncRNAs regulate the target genes through functioning as enhancers

lncrna_enhancer
check buttonlncRNA regulates differentially expressed genes by function as enhancer.
LncRNA Ensembl IDPC Gene IDPC Gene NamePositive correlated cancersCancer with PC gene up-regulationCancer with PC gene down-regulation
ENSG00000224660ENSG00000012822CALCOCO1ACC,BRCA,CESC,CHOL,DLBC,ESCA,KIRC,LAML,LUAD,LUSC,OV,PAAD,PRAD,SARC,STAD,TGCT,UCSESCA,LUSC
ENSG00000224660ENSG00000013441CLK1ACC,BLCA,BRCA,CESC,CHOL,DLBC,ESCA,GBM,KIRC,KIRP,LGG,LUAD,LUSC,MESO,OV,PAAD,PCPG,PRAD,SARC,SKCM,STAD,TGCT,THCA,THYM,UCEC,UCSKIRC
ENSG00000224660ENSG00000014914MTMR11ACC,GBM,KIRC,KIRP,SARC,TGCTKIRC
ENSG00000224660ENSG00000032219ARID4AACC,BLCA,BRCA,DLBC,ESCA,LUAD,LUSC,SARC,SKCM,STAD,TGCT,THYM,UCSLUSC
ENSG00000224660ENSG00000044446PHKA2ACC,BLCA,BRCA,CESC,ESCA,GBM,KIRC,KIRP,LUAD,MESO,PAAD,PRAD,SKCM,TGCT,THCA,UCECKIRC
ENSG00000224660ENSG00000066933MYO9AACC,BRCA,DLBC,GBM,LUAD,LUSC,MESO,OV,PAAD,SARC,STAD,THYMLUSC
ENSG00000224660ENSG00000102125TAZACC,CHOL,GBM,KIRC,KIRP,LGG,LUSC,PAAD,PRAD,SKCM,TGCT,THCA,UCEC,UCSKIRC
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ENSG00000224660ENSG00000107560RAB11FIP2ACC,BRCA,DLBC,ESCA,UCSESCA
ENSG00000224660ENSG00000108773KAT2AACC,BLCA,CHOL,DLBC,GBM,KIRC,KIRP,LGG,OV,PAAD,PCPG,PRAD,SKCM,THCA,UCECKIRC
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ENSG00000224660ENSG00000113240CLK4ACC,BLCA,BRCA,CESC,CHOL,DLBC,ESCA,GBM,KIRC,KIRP,LGG,OV,PAAD,SARC,SKCM,STAD,TGCT,THCA,THYM,UCEC,UCSKIRC
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ENSG00000224660ENSG00000117616RSRP1ACC,BLCA,BRCA,CESC,CHOL,DLBC,ESCA,GBM,KIRC,KIRP,LGG,LUAD,LUSC,MESO,OV,PAAD,PCPG,PRAD,SARC,SKCM,STAD,TGCT,THCA,THYM,UCEC,UCSKIRC
ENSG00000224660ENSG00000130653PNPLA7ACC,BRCA,GBM,KIRC,KIRP,LAML,PAAD,THCAKIRC
ENSG00000224660ENSG00000131370SH3BP5ACC,CESC,CHOL,DLBC,ESCA,LAML,LUSC,MESO,OV,PAAD,PCPG,SARC,TGCTESCA,LUSC
ENSG00000224660ENSG00000132522GPS2ACC,BLCA,BRCA,CESC,CHOL,DLBC,GBM,KIRC,KIRP,LGG,LUAD,LUSC,MESO,PAAD,PCPG,PRAD,SARC,SKCM,TGCT,THCA,THYM,UCECKIRC
ENSG00000224660ENSG00000135722FBXL8ACC,BLCA,KIRC,KIRP,LUAD,OV,THCAKIRC
ENSG00000224660ENSG00000151276MAGI1ACC,BLCA,BRCA,CESC,ESCA,LUAD,LUSC,MESO,OV,SARC,THCA,THYM,UCECESCA,LUSC
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ENSG00000224660ENSG00000153179RASSF3ACC,CHOL,DLBC,GBM,LUSCLUSC
ENSG00000224660ENSG00000154309DISP1ACC,CESC,ESCA,LGG,TGCTESCA
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ENSG00000224660ENSG00000161010MRNIPACC,BLCA,BRCA,CESC,CHOL,DLBC,ESCA,GBM,KIRC,KIRP,LGG,OV,PAAD,SARC,SKCM,STAD,TGCT,THCA,THYM,UCEC,UCSKIRC
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ENSG00000224660ENSG00000167615LENG8ACC,BLCA,BRCA,CESC,CHOL,DLBC,ESCA,GBM,KIRC,KIRP,LGG,LUAD,LUSC,MESO,OV,PAAD,PCPG,PRAD,SARC,SKCM,STAD,TGCT,THCA,THYM,UCEC,UCSKIRC
ENSG00000224660ENSG00000172890NADSYN1ACC,BLCA,CHOL,GBM,KIRC,KIRP,LGG,OV,PAAD,TGCT,THCA,UCEC,UCSKIRC
ENSG00000224660ENSG00000175455CCDC14ACC,BLCA,BRCA,CESC,DLBC,ESCA,GBM,KIRC,KIRP,LGG,LUAD,MESO,OV,PAAD,PCPG,PRAD,SARC,SKCM,STAD,TGCT,THCA,UCEC,UCSKIRC
ENSG00000224660ENSG00000177595PIDD1ACC,CHOL,GBM,KIRC,KIRP,LGG,OV,PAAD,SARC,THCAKIRC
ENSG00000224660ENSG00000178607ERN1ACC,DLBC,ESCA,GBM,LAML,LUAD,LUSC,PCPG,THYMESCA
ENSG00000224660ENSG00000184465WDR27ACC,BLCA,BRCA,CESC,CHOL,DLBC,ESCA,GBM,KIRC,KIRP,LGG,OV,PAAD,SARC,STAD,TGCT,THCA,THYM,UCEC,UCSKIRC
ENSG00000224660ENSG00000186166CENATACACC,BLCA,BRCA,CESC,CHOL,DLBC,GBM,KIRC,KIRP,LAML,LGG,LUAD,LUSC,OV,PAAD,PCPG,PRAD,SARC,SKCM,STAD,THCA,THYM,UCEC,UCSKIRC
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ENSG00000224660ENSG00000168306ACOX2LUSC,PAAD,SARC,TGCT,THCA,THYMLUSC

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lncRNAs regulate the target genes through recruiting transcript factors

lncrna_TF
check buttonLncRNA-TF complex positively regulates the gene expression by target promoter region (#cancer types with positive correlation >= 5).
lncRNA IDTF IDTF NamePCgene IDPCgene NameNumber of CancerCanaer Types
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ENSG00000224660ENSG00000005889ZFXENSG00000197323TRIM336DLBC,GBM,LUAD,PAAD,SARC,STAD
ENSG00000224660ENSG00000109381ELF2ENSG00000197323TRIM335DLBC,LUAD,PAAD,SARC,STAD
ENSG00000224660ENSG00000118058KMT2AENSG00000197323TRIM338DLBC,GBM,LUAD,MESO,PAAD,SARC,STAD,THYM
ENSG00000224660ENSG00000123636BAZ2BENSG00000197323TRIM336BLCA,GBM,LGG,LUAD,STAD,THYM
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ENSG00000224660ENSG00000123636BAZ2BENSG00000153201RANBP25ACC,GBM,LUAD,STAD,THYM
ENSG00000224660ENSG00000162601MYSM1ENSG00000153201RANBP25DLBC,GBM,LUAD,STAD,THYM
ENSG00000224660ENSG00000105708ZNF14ENSG00000118579MED285CHOL,DLBC,MESO,PAAD,STAD
ENSG00000224660ENSG00000109381ELF2ENSG00000118579MED285BRCA,CHOL,DLBC,PAAD,STAD
ENSG00000224660ENSG00000116731PRDM2ENSG00000118579MED285BRCA,CHOL,DLBC,MESO,PAAD
ENSG00000224660ENSG00000126804ZBTB1ENSG00000118579MED285BRCA,CHOL,DLBC,PAAD,STAD
ENSG00000224660ENSG00000142065ZFP14ENSG00000118579MED285BRCA,CHOL,DLBC,PAAD,STAD
ENSG00000224660ENSG00000065029ZNF76ENSG00000099622CIRBP6BLCA,CHOL,KIRC,LUSC,PAAD,THCA
ENSG00000224660ENSG00000099326MZF1ENSG00000099622CIRBP7BLCA,CHOL,KIRC,LUAD,PAAD,TGCT,THCA
ENSG00000224660ENSG00000102901CENPTENSG00000099622CIRBP5BLCA,CHOL,KIRC,LUAD,THCA
ENSG00000224660ENSG00000105127AKAP8ENSG00000099622CIRBP5BLCA,CHOL,KIRC,LUAD,THCA
ENSG00000224660ENSG00000112511PHF1ENSG00000099622CIRBP6CHOL,KIRC,LUSC,PAAD,TGCT,THCA
ENSG00000224660ENSG00000130254SAFB2ENSG00000099622CIRBP6BLCA,CHOL,KIRC,LUAD,LUSC,PAAD
ENSG00000224660ENSG00000166432ZMAT1ENSG00000099622CIRBP7CHOL,KIRC,LUAD,PAAD,TGCT,THCA,UCEC
ENSG00000224660ENSG00000256223ZNF10ENSG00000099622CIRBP7BLCA,CHOL,LUSC,PAAD,STAD,THCA,UCEC
ENSG00000224660ENSG00000167232ZNF91ENSG00000153291SLC25A276BLCA,KIRP,OV,SARC,SKCM,THYM
ENSG00000224660ENSG00000065029ZNF76ENSG00000153291SLC25A276CESC,KIRC,KIRP,OV,SARC,THCA
ENSG00000224660ENSG00000099326MZF1ENSG00000153291SLC25A276KIRC,KIRP,OV,SKCM,TGCT,THCA
ENSG00000224660ENSG00000102901CENPTENSG00000153291SLC25A276KIRC,KIRP,SARC,SKCM,THCA,UCEC
ENSG00000224660ENSG00000112511PHF1ENSG00000153291SLC25A276KIRC,KIRP,SARC,TGCT,THCA,THYM
ENSG00000224660ENSG00000123636BAZ2BENSG00000153291SLC25A2710BLCA,BRCA,ESCA,KIRC,KIRP,OV,STAD,TGCT,THCA,THYM
ENSG00000224660ENSG00000142065ZFP14ENSG00000153291SLC25A276BLCA,ESCA,KIRC,SKCM,TGCT,THCA
ENSG00000224660ENSG00000144161ZC3H8ENSG00000153291SLC25A275BRCA,KIRC,KIRP,OV,THCA
ENSG00000224660ENSG00000162601MYSM1ENSG00000153291SLC25A279BLCA,ESCA,KIRC,KIRP,OV,SKCM,STAD,THCA,THYM
ENSG00000224660ENSG00000166432ZMAT1ENSG00000153291SLC25A279BRCA,CESC,KIRC,KIRP,SARC,TGCT,THCA,THYM,UCEC
ENSG00000224660ENSG00000167766ZNF83ENSG00000153291SLC25A2712BLCA,BRCA,CESC,KIRC,KIRP,OV,SARC,SKCM,STAD,TGCT,THCA,THYM
ENSG00000224660ENSG00000196867ZFP28ENSG00000153291SLC25A275BRCA,KIRP,SARC,THCA,THYM
ENSG00000224660ENSG00000197857ZNF44ENSG00000153291SLC25A277BLCA,CESC,ESCA,SKCM,STAD,THCA,THYM
ENSG00000224660ENSG00000198040ZNF84ENSG00000153291SLC25A2711BLCA,CESC,ESCA,KIRC,KIRP,OV,SKCM,STAD,THCA,THYM,UCEC
ENSG00000224660ENSG00000256223ZNF10ENSG00000153291SLC25A2713BLCA,BRCA,CESC,ESCA,KIRC,KIRP,OV,SARC,SKCM,STAD,THCA,THYM,UCEC

check buttonLncRNA-TF complex negatively regulates the gene expression by target promoter region (#cancer types with negative correlation >= 5).
lncRNA IDTF IDTF NamePCgene IDPCgene NameNumber of CancerCanaer Types

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lncRNAs regulate the alternative splicing event through interacting with splicing factor

lncrna_AS
check buttonLncRNA-RBP complex positively regulates the exon skippping events by target skipped eoxon region.
LncRNA Ensembl IDRBP IDRBP Gene NameExon Skipping IDSkipped ExonEX Gene NameEX Affected TransIDORF_annoCancer Type

check buttonLncRNA-RBP complex negatively regulates the exon skippping events by target skipped eoxon region.
LncRNA-RBP complex negative regulation
LncRNA Ensembl IDRBP IDRBP Gene NameExon Skipping IDSkipped ExonEX Gene NameEX Affected TransIDORF_annoCancer Type
ENSG00000224660ENSG00000004534RBM6exon_skip_114365ENSG00000119688:chr14:74290026-74290118ABCD4ENST00000356924Frame-shiftSTAD,SKCM,OV,PAAD,THCA
ENSG00000224660ENSG00000100650SRSF5exon_skip_114365ENSG00000119688:chr14:74290026-74290118ABCD4ENST00000356924Frame-shiftSARC,STAD,SKCM,PAAD,THCA
ENSG00000224660ENSG00000004534RBM6exon_skip_370518ENSG00000100429:chr22:50247691-50247776HDAC10ENST00000216271Frame-shiftSARC,STAD,SKCM,PRAD,PAAD
ENSG00000224660ENSG00000100650SRSF5exon_skip_370518ENSG00000100429:chr22:50247691-50247776HDAC10ENST00000216271Frame-shiftSARC,STAD,SKCM,PRAD,PAAD
ENSG00000224660ENSG00000004534RBM6exon_skip_382458ENSG00000060971:chr3:38131595-38131638ACAA1ENST00000333167Frame-shiftSARC,STAD,SKCM,OV,MESO,PRAD,PCPG,PAAD,UCEC,TGCT,THCA
ENSG00000224660ENSG00000130254SAFB2exon_skip_382458ENSG00000060971:chr3:38131595-38131638ACAA1ENST00000333167Frame-shiftSARC,OV,PCPG,PAAD,THCA
ENSG00000224660ENSG00000116560SFPQexon_skip_382458ENSG00000060971:chr3:38131595-38131638ACAA1ENST00000333167Frame-shiftSKCM,OV,PRAD,PAAD,THCA
ENSG00000224660ENSG00000163728TTC14exon_skip_382458ENSG00000060971:chr3:38131595-38131638ACAA1ENST00000333167Frame-shiftSARC,STAD,SKCM,OV,MESO,PAAD,TGCT,THCA
ENSG00000224660ENSG00000004534RBM6exon_skip_53559ENSG00000198408:chr10:101793912-101793998OGAENST00000361464Frame-shiftSKCM,PCPG,PAAD,TGCT,THCA
ENSG00000224660ENSG00000004534RBM6exon_skip_470226ENSG00000105819:chr7:103307595-103307708PMPCBENST00000249269Frame-shiftSKCM,MESO,UCS,PCPG,PAAD,TGCT,THCA

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lncRNAs regulate mRNA through targeting the 3'-UTR region

lncrna_mRNA
check buttonlncRNA regulates differential expressed mRNA by directly targeting 3' UTR region.
LncRNA Ensembl IDLncRNA ENST IDPC Gene NamePC Gene IDPC ENST IDdGnDGCancer with PC gene up-regulationCancer with PC gene Down-regulation
ENSG00000224660ENST00000420195ALDOAENSG00000149925ENST00000338110-0.15212601LUSC-
ENSG00000224660ENST00000420195ALDOAENSG00000149925ENST00000627059-0.14032595LUSC-
ENSG00000224660ENST00000420195ALDOAENSG00000149925ENST00000395248-0.14032595LUSC-
ENSG00000224660ENST00000420195ALDOAENSG00000149925ENST00000566897-0.15212602LUSC-
ENSG00000224660ENST00000420195ALDOAENSG00000149925ENST00000569545-0.37102758LUSC-
ENSG00000224660ENST00000420195ALDOAENSG00000149925ENST00000563060-0.15212601LUSC-
ENSG00000224660ENST00000420195ALDOAENSG00000149925ENST00000412304-0.15212604LUSC-
ENSG00000224660ENST00000420195ALDOAENSG00000149925ENST00000564546-0.14032595LUSC-
ENSG00000224660ENST00000420195ALDOAENSG00000149925ENST00000564595-0.15212604LUSC-
ENSG00000224660ENST00000420195ALDOAENSG00000149925ENST00000569798-0.14522663LUSC-
ENSG00000224660ENST00000420195ALDOAENSG00000149925ENST00000395240-0.17472635LUSC-
ENSG00000224660ENST00000420195ALDOAENSG00000149925ENST00000565355-0.15303593LUSC-
ENSG00000224660ENST00000420195STRAPENSG00000023734ENST00000025399-0.77564540LUSC-
ENSG00000224660ENST00000420195RANENSG00000132341ENST00000392367-0.53392980LUSC-
ENSG00000224660ENST00000420195TUBA1CENSG00000167553ENST00000541364-0.14803588LUSC-
ENSG00000224660ENST00000420195TUBA1CENSG00000167553ENST00000552125-0.10872621LUSC-
ENSG00000224660ENST00000413977ALDOAENSG00000149925ENST00000338110-0.1097355LUSC-
ENSG00000224660ENST00000413977ALDOAENSG00000149925ENST00000627059-0.1135355LUSC-
ENSG00000224660ENST00000413977ALDOAENSG00000149925ENST00000395248-0.1135355LUSC-
ENSG00000224660ENST00000413977ALDOAENSG00000149925ENST00000566897-0.1040355LUSC-
ENSG00000224660ENST00000413977ALDOAENSG00000149925ENST00000569545-0.3657274LUSC-
ENSG00000224660ENST00000413977ALDOAENSG00000149925ENST00000563060-0.1097355LUSC-
ENSG00000224660ENST00000413977ALDOAENSG00000149925ENST00000412304-0.1334355LUSC-
ENSG00000224660ENST00000413977ALDOAENSG00000149925ENST00000564546-0.1135355LUSC-
ENSG00000224660ENST00000413977ALDOAENSG00000149925ENST00000564595-0.1334355LUSC-
ENSG00000224660ENST00000413977ALDOAENSG00000149925ENST00000569798-0.1301356LUSC-
ENSG00000224660ENST00000413977ALDOAENSG00000149925ENST00000395240-0.1355320LUSC-
ENSG00000224660ENST00000413977ALDOAENSG00000149925ENST00000565355-0.1530414LUSC-
ENSG00000224660ENST00000413977STRAPENSG00000023734ENST00000025399-0.81001LUSC-
ENSG00000224660ENST00000413977RANENSG00000132341ENST00000392367-0.363243LUSC-
ENSG00000224660ENST00000413977TUBA1CENSG00000167553ENST00000541364-0.1480409LUSC-
ENSG00000224660ENST00000436602ALDOAENSG00000149925ENST00000338110-0.1097426LUSC-
ENSG00000224660ENST00000436602ALDOAENSG00000149925ENST00000627059-0.1135426LUSC-
ENSG00000224660ENST00000436602ALDOAENSG00000149925ENST00000395248-0.1135426LUSC-
ENSG00000224660ENST00000436602ALDOAENSG00000149925ENST00000566897-0.1343496LUSC-
ENSG00000224660ENST00000436602ALDOAENSG00000149925ENST00000569545-0.3657345LUSC-
ENSG00000224660ENST00000436602ALDOAENSG00000149925ENST00000563060-0.1097426LUSC-
ENSG00000224660ENST00000436602ALDOAENSG00000149925ENST00000412304-0.1343498LUSC-
ENSG00000224660ENST00000436602ALDOAENSG00000149925ENST00000564546-0.1135426LUSC-
ENSG00000224660ENST00000436602ALDOAENSG00000149925ENST00000564595-0.1343498LUSC-
ENSG00000224660ENST00000436602ALDOAENSG00000149925ENST00000569798-0.1137427LUSC-
ENSG00000224660ENST00000436602ALDOAENSG00000149925ENST00000395240-0.1355391LUSC-
ENSG00000224660ENST00000436602ALDOAENSG00000149925ENST00000565355-0.1530485LUSC-
ENSG00000224660ENST00000436602STRAPENSG00000023734ENST00000025399-0.81001LUSC-
ENSG00000224660ENST00000436602RANENSG00000132341ENST00000392367-0.363239LUSC-
ENSG00000224660ENST00000436602TUBA1CENSG00000167553ENST00000541364-0.1480480LUSC-
ENSG00000224660ENST00000413977ATP5F1AENSG00000152234ENST00000593152-0.1002154-KIRC
ENSG00000224660ENST00000413977ATP5F1AENSG00000152234ENST00000282050-0.1002154-KIRC
ENSG00000224660ENST00000413977ATP5F1AENSG00000152234ENST00000590665-0.1002154-KIRC
ENSG00000224660ENST00000436602ATP5F1AENSG00000152234ENST00000593152-0.1002225-KIRC
ENSG00000224660ENST00000436602ATP5F1AENSG00000152234ENST00000282050-0.1002225-KIRC
ENSG00000224660ENST00000436602ATP5F1AENSG00000152234ENST00000590665-0.1002225-KIRC
ENSG00000224660ENST00000420195PSMD2ENSG00000175166ENST00000310118-0.17784821LUSC-
ENSG00000224660ENST00000420195PSMD2ENSG00000175166ENST00000435761-0.2245375LUSC-
ENSG00000224660ENST00000420195PSMD2ENSG00000175166ENST00000439383-0.17784827LUSC-
ENSG00000224660ENST00000420195CCT7ENSG00000135624ENST00000539919-0.15042872LUSC-
ENSG00000224660ENST00000420195CCT7ENSG00000135624ENST00000540468-0.15042872LUSC-
ENSG00000224660ENST00000420195CCT7ENSG00000135624ENST00000258091-0.15042889LUSC-
ENSG00000224660ENST00000420195CCT7ENSG00000135624ENST00000398422-0.15042889LUSC-
ENSG00000224660ENST00000420195CCT7ENSG00000135624ENST00000409924-0.11203109LUSC-
ENSG00000224660ENST00000420195CCT3ENSG00000163468ENST00000295688-0.12022463LUSC-
ENSG00000224660ENST00000420195CCT3ENSG00000163468ENST00000368259-0.12022464LUSC-
ENSG00000224660ENST00000420195CCT3ENSG00000163468ENST00000472765-0.31924884LUSC-
ENSG00000224660ENST00000420195DCTPP1ENSG00000179958ENST00000568973-0.12122636LUSC-
ENSG00000224660ENST00000420195DCTPP1ENSG00000179958ENST00000565758-0.13462691LUSC-
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lncrna_miRNA
check buttonlncRNA regulates mRNA by competing the miRNA binding site with mRNA.
LncRNA Ensembl IDlncRNA-miRNA-mRNACancer Types

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lncRNA coding potential

check buttonORFfinder result for the gencode.v22.lncRNA.transcript.fa.
lncRNA Ensembl IDlncRNA ENST IDlength(AA)start at transcriptend at transcript
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