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RelatedDiseases

Fusion gene ID: 3953

FusionGeneSummary for BCAS3_GRIK2

check button Fusion gene summary
Fusion gene informationFusion gene name: BCAS3_GRIK2
Fusion gene ID: 3953
HgeneTgene
Gene symbol

BCAS3

GRIK2

Gene ID

54828

2901

Gene nameBCAS3, microtubule associated cell migration factorglutamate ionotropic receptor kainate type subunit 5
SynonymsGAOB1|MAABEAA2|GRIK2|GluK5|KA2
Cytomap

17q23.2

19q13.2

Type of geneprotein-codingprotein-coding
Descriptionbreast carcinoma-amplified sequence 3BCAS4/BCAS3 fusionRudhirabreast carcinoma amplified sequence 4/3 fusion proteinmetastasis associated antigen of breast cancerprotein Maab1glutamate receptor ionotropic, kainate 5excitatory amino acid receptor 2glutamate receptor KA2
Modification date2018052320180523
UniProtAcc

Q9H6U6

Q13002

Ensembl transtripts involved in fusion geneENST00000589222, ENST00000407086, 
ENST00000390652, ENST00000408905, 
ENST00000588462, ENST00000585744, 
ENST00000588874, ENST00000585812, 
ENST00000413795, ENST00000369138, 
ENST00000421544, ENST00000358361, 
ENST00000318991, ENST00000369137, 
ENST00000369134, 
Fusion gene scores* DoF score40 X 23 X 15=138005 X 5 X 3=75
# samples 474
** MAII scorelog2(47/13800*10)=-4.87586369998789
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0
log2(4/75*10)=-0.906890595608519
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0
Context

PubMed: BCAS3 [Title/Abstract] AND GRIK2 [Title/Abstract] AND fusion [Title/Abstract]

Functional or gene categories assigned by FusionGDB annotationOncogene involved fusion gene, in-frame and retained their domain.
* DoF score (Degree of Frequency) = # partners X # break points X # cancer types
** MAII score (Major Active Isofusion Index) = log2(# samples/DoF score*10)

check button Gene ontology of each fusion partner gene with evidence of Inferred from Direct Assay (IDA) from Entrez
PartnerGeneGO IDGO termPubMed ID
HgeneBCAS3

GO:0043085

positive regulation of catalytic activity

17505058

HgeneBCAS3

GO:0045944

positive regulation of transcription by RNA polymerase II

17505058

HgeneBCAS3

GO:0071391

cellular response to estrogen stimulus

17505058


check button Fusion gene information from three resources
(ChiTars (NAR, 2018), tumorfusions (NAR, 2018), Gao et al. (Cell, 2018))
* All genome coordinats were lifted-over on hg19.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
Data typeSourceCancer typeSampleHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
TCGARVBRCATCGA-AN-A0XW-01ABCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

102069824

+
* LD: Li Ding group's fusion gene list
  RV: Roel Verhaak group's fusion gene list
  ChiTaRs fusion database

check button Open reading frame (ORF) analsis of fusion genes based on Ensembl gene isoform structure.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
ORFHenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
In-frameENST00000589222ENST00000413795BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

102069824

+
In-frameENST00000589222ENST00000369138BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000589222ENST00000421544BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000589222ENST00000358361BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000589222ENST00000318991BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000589222ENST00000369137BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
5CDS-5UTRENST00000589222ENST00000369134BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000407086ENST00000413795BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000407086ENST00000369138BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000407086ENST00000421544BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000407086ENST00000358361BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000407086ENST00000318991BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000407086ENST00000369137BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
5CDS-5UTRENST00000407086ENST00000369134BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000390652ENST00000413795BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000390652ENST00000369138BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
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+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000390652ENST00000358361BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000390652ENST00000318991BCAS3chr17

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+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000390652ENST00000369137BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
5CDS-5UTRENST00000390652ENST00000369134BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000408905ENST00000413795BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000408905ENST00000369138BCAS3chr17

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+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000408905ENST00000421544BCAS3chr17

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+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000408905ENST00000358361BCAS3chr17

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+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000408905ENST00000318991BCAS3chr17

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+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000408905ENST00000369137BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
5CDS-5UTRENST00000408905ENST00000369134BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000588462ENST00000413795BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000588462ENST00000369138BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000588462ENST00000421544BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000588462ENST00000358361BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000588462ENST00000318991BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000588462ENST00000369137BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
5CDS-5UTRENST00000588462ENST00000369134BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000585744ENST00000413795BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000585744ENST00000369138BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000585744ENST00000421544BCAS3chr17

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+GRIK2chr6

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In-frameENST00000585744ENST00000358361BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000585744ENST00000318991BCAS3chr17

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+GRIK2chr6

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In-frameENST00000585744ENST00000369137BCAS3chr17

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+GRIK2chr6

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+
5CDS-5UTRENST00000585744ENST00000369134BCAS3chr17

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+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000588874ENST00000413795BCAS3chr17

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+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000588874ENST00000369138BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000588874ENST00000421544BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000588874ENST00000358361BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000588874ENST00000318991BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
In-frameENST00000588874ENST00000369137BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

102069824

+
5CDS-5UTRENST00000588874ENST00000369134BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

102069824

+
intron-3CDSENST00000585812ENST00000413795BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
intron-3CDSENST00000585812ENST00000369138BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
intron-3CDSENST00000585812ENST00000421544BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

102069824

+
intron-3CDSENST00000585812ENST00000358361BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
intron-3CDSENST00000585812ENST00000318991BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

102069824

+
intron-3CDSENST00000585812ENST00000369137BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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+
intron-5UTRENST00000585812ENST00000369134BCAS3chr17

59001861

+GRIK2chr6

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Top

FusionProtFeatures for BCAS3_GRIK2


check buttonMain function of each fusion partner protein. (from UniProt)
HgeneTgene
BCAS3

Q9H6U6

GRIK2

Q13002


check buttonRetention analysis result of each fusion partner protein across 39 protein features of UniProt such as six molecule processing features, 13 region features, four site features, six amino acid modification features, two natural variation features, five experimental info features, and 3 secondary structure features. Here, because of limited space for viewing, we only show the protein feature retention information belong to the 13 regional features. All retention annotation result can be downloaded at

download page

.

* Minus value of BPloci means that the break pointn is located before the CDS.
- In-frame and retained protein feature among the 13 regional features.
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000318991+016516_51838870RegionGlutamate binding
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000318991+016689_69038870RegionGlutamate binding
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000369137+015516_51838833RegionGlutamate binding
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000369137+015689_69038833RegionGlutamate binding
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000369138+017516_518381270RegionGlutamate binding
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000369138+017689_690381270RegionGlutamate binding
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000413795+017516_518381247RegionGlutamate binding
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000413795+017689_690381247RegionGlutamate binding
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000421544+016516_51838909RegionGlutamate binding
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000421544+016689_69038909RegionGlutamate binding
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000318991+016583_63538870Topological domainCytoplasmic
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000318991+016657_81938870Topological domainExtracellular
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000318991+016841_90838870Topological domainCytoplasmic
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000369137+015583_63538833Topological domainCytoplasmic
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000369137+015657_81938833Topological domainExtracellular
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000369137+015841_90838833Topological domainCytoplasmic
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000369138+017583_635381270Topological domainCytoplasmic
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000369138+017657_819381270Topological domainExtracellular
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000369138+017841_908381270Topological domainCytoplasmic
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000413795+017583_635381247Topological domainCytoplasmic
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000413795+017657_819381247Topological domainExtracellular
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000413795+017841_908381247Topological domainCytoplasmic
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000421544+016583_63538909Topological domainCytoplasmic
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000421544+016657_81938909Topological domainExtracellular
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000421544+016841_90838909Topological domainCytoplasmic
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000318991+016562_58238870TransmembraneHelical
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000318991+016636_65638870TransmembraneHelical
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000318991+016820_84038870TransmembraneHelical
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000369137+015562_58238833TransmembraneHelical
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000369137+015636_65638833TransmembraneHelical
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000369137+015820_84038833TransmembraneHelical
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000369138+017562_582381270TransmembraneHelical
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000369138+017636_656381270TransmembraneHelical
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000369138+017820_840381270TransmembraneHelical
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000413795+017562_582381247TransmembraneHelical
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000413795+017636_656381247TransmembraneHelical
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000413795+017820_840381247TransmembraneHelical
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000421544+016562_58238909TransmembraneHelical
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000421544+016636_65638909TransmembraneHelical
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000421544+016820_84038909TransmembraneHelical

- In-frame and not-retained protein feature among the 13 regional features.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note
TgeneGRIK2chr17:59001861chr6:102069824ENST00000318991+01632_56138870Topological domainExtracellular
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FusionGeneSequence for BCAS3_GRIK2


check button For in-frame fusion transcripts, we provide the fusion transcript sequences and fusion amino acid sequences.
(nt: nucleotides, aa: amino acids)

* Fusion amino acid sequences.
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GTTCCCCACATACAGACCCGCTGGAAGCACCAGGTGTCAGACAACAAAGATTCCTTCTATGTCAGTCTCTACCCAGACTTCTCTTCACTC
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CAGGTGCTTGTGAGTGAGGATTCTGACAGTGATGGCATTGTGGCCCACTTCCCTGCCCATGAGAAGCCAGTGTGCTGCATGGCTTTTAAT
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ATGATGACAGAATACTATCATTATATCTTTACCACTCTGGACCTCTTTGCTCTTGATGTTGAGCCCTACCGATACAGTGGTGTTAACATG
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TCCTTATCCAATCGTTCTTTGATTGTTACCACCATTTTGGAAGAGCCTTATGTCCTTTTTAAGAAGTCTGACAAACCTCTCTATGGTAAT
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ATGAATGAAGCTATGGCTACAGATTCCCCAAGAAGACCCAGTCGTTGTACTGGTGGAGTTGTGGTTCGCCCCCAGGCTGTCACAGAGCAG
TCCTACATGGAAAGTGTTGTGACTTTTCTGCAGGATGTTGTGCCACAGGCTTACAGTGGAACACCTCTAACAGAAGAAAAGGAGAAAATA
GTCTGGGTCAGATTTGAAAATGCAGATTTAAATGATACATCAAGAAATCTGGAATTTCATGAAATACATAGTACTGGGAATGAACCGCCT
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GGCCCAATTCGAGCGGCTAGAATCTTGCCTGCTCCACAGTTTGGTGCTCAAAAATGTGATAACTTTGCTGAAAAAAGACCCCTCCTTGGT
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ATGAATGAAGCTATGGCTACAGATTCCCCAAGAAGACCCAGTCGTTGTACTGGTGGAGTTGTGGTTCGCCCCCAGGCTGTCACAGAGCAG
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GTTCCCCACATACAGACCCGCTGGAAGCACCAGGTGTCAGACAACAAAGATTCCTTCTATGTCAGTCTCTACCCAGACTTCTCTTCACTC
AGCCGTGCCATTTTAGACCTGGTGCAGTTTTTCAAGTGGAAAACCGTCACGGTTGTGTATGATGACAGCACTGGTCTCATTCGTTTGCAA
GAGCTCATCAAAGCTCCATCAAGGTATAATCTTCGACTCAAAATTCGTCAGTTACCTGCTGATACAAAGGATGCAAAACCCTTACTAAAA
GAAATGAAAAGAGGCAAGGAGTTTCATGTAATCTTTGATTGTAGCCATGAAATGGCAGCAGGCATTTTAAAACAGGCATTAGCTATGGGA
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ATGAATGAAGCTATGGCTACAGATTCCCCAAGAAGACCCAGTCGTTGTACTGGTGGAGTTGTGGTTCGCCCCCAGGCTGTCACAGAGCAG
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GTCTGGGTCAGATTTGAAAATGCAGATTTAAATGATACATCAAGAAATCTGGAATTTCATGAAATACATAGTACTGGGAATGAACCGCCT
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CATTGGGAAGGCCTCACAGGCAGAATAACTTTCAACAAAACCAATGGCTTGAGAACAGATTTTGATTTGGATGTGATCAGTCTGAAGGAA
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AAATATGGAGCCCAGGATGATGCCAATGGACAATGGAATGGAATGGTTCGTGAACTAATTGATCATAAAGCTGACCTTGCAGTTGCTCCA
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ATGAATGAAGCTATGGCTACAGATTCCCCAAGAAGACCCAGTCGTTGTACTGGTGGAGTTGTGGTTCGCCCCCAGGCTGTCACAGAGCAG
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AACCCTGACTCAGACGTGGTGGAAAACAATTTTACCTTGCTAAATAGTTTCTGGTTTGGAGTTGGAGCTCTCATGCAGCAAGGTTCTGAG
CTCATGCCCAAAGCACTGTCCACCAGGATAGTGGGAGGCATTTGGTGGTTTTTCACACTTATCATCATTTCTTCGTATACTGCTAACTTA
GCCGCCTTTCTGACAGTGGAACGCATGGAATCCCCTATTGACTCTGCTGATGATTTAGCTAAACAAACCAAGATAGAATATGGAGCAGTA
GAGGATGGTGCAACCATGACTTTTTTCAAGAAATCAAAAATCTCCACGTATGACAAAATGTGGGCCTTTATGAGTAGCAGAAGGCAGTCA
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AACCCTGACTCAGACGTGGTGGAAAACAATTTTACCTTGCTAAATAGTTTCTGGTTTGGAGTTGGAGCTCTCATGCAGCAAGGTTCTGAG
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GAGGATGGTGCAACCATGACTTTTTTCAAGAAATCAAAAATCTCCACGTATGACAAAATGTGGGCCTTTATGAGTAGCAGAAGGCAGTCA
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GACAACATTCAGTCTTATACTGCCACAGTCATTAGTGCTGCTAAAACATTGAAAAGTGGCCTGACAATGGTAGGGAAAGTGGTGACTCAG
CTGACAGGCACACTGCCTTCAGGTGTGACAGAAGATGATGTTGCCATCCACAGTAATTCACGGCGGAGTCCTTTGGTCCCAGGCATCATC
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TTTGTGGCAGTGGGAGAATTTTTATACAAATCCAAAAAAAACGCTCAATTGGAAAAGAGAGCCAAGACTAAGTTACCTCAAGACTATGTA

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GCTGTGCATGTGGTGTCTGTGGCCGTTCAACAGTTTCCCCAGATGACAGTCAGTTCCTTGCAGTGTAATCGACATAAACCCTGGCGCTTC
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TATATTCTGCTGGCTTACTTGGGTGTCAGTTGTGTGCTCTTTGTCATAGCCAGGTTTAGTCCTTATGAGTGGTATAATCCACACCCTTGC
AACCCTGACTCAGACGTGGTGGAAAACAATTTTACCTTGCTAAATAGTTTCTGGTTTGGAGTTGGAGCTCTCATGCAGCAAGGTTCTGAG
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GTGCTGGTCAAAAGTAATGAAGAAGGAATCCAGCGAGTCCTCACCTCTGATTATGCTTTCCTAATGGAGTCAACAACCATCGAGTTTGTT
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CATGAGAAGCCAGTGTGCTGCATGGCTTTTAATACAAGTGGTGGTATTTTTGAATATGTGGAATCTGGCCCAATGGGAGCTGAGGAACTT
GCATTCAGATTTGCTGTGAACACAATTAACAGAAACAGAACATTGCTACCCAATACTACCCTTACCTATGATACCCAGAAGATAAACCTT
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AACGCAGTGCAGTCCATCTGCAATGCTCTGGGAGTTCCCCACATACAGACCCGCTGGAAGCACCAGGTGTCAGACAACAAAGATTCCTTC
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TATGATGACAGCACTGGTCTCATTCGTTTGCAAGAGCTCATCAAAGCTCCATCAAGGTATAATCTTCGACTCAAAATTCGTCAGTTACCT
GCTGATACAAAGGATGCAAAACCCTTACTAAAAGAAATGAAAAGAGGCAAGGAGTTTCATGTAATCTTTGATTGTAGCCATGAAATGGCA
GCAGGCATTTTAAAACAGGCATTAGCTATGGGAATGATGACAGAATACTATCATTATATCTTTACCACTCTGGACCTCTTTGCTCTTGAT
GTTGAGCCCTACCGATACAGTGGTGTTAACATGACAGGGTTCAGAATATTAAATACAGAAAATACCCAAGTCTCCTCCATCATTGAAAAG
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GCTGTGCATGTGGTGTCTGTGGCCGTTCAACAGTTTCCCCAGATGACAGTCAGTTCCTTGCAGTGTAATCGACATAAACCCTGGCGCTTC
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CTTGGAATAAGTATTTTGTACCGCAAGCCCAATGGTACAAACCCAGGCGTCTTCTCCTTCCTGAATCCTCTCTCCCCTGATATCTGGATG
TATATTCTGCTGGCTTACTTGGGTGTCAGTTGTGTGCTCTTTGTCATAGCCAGGTTTAGTCCTTATGAGTGGTATAATCCACACCCTTGC
AACCCTGACTCAGACGTGGTGGAAAACAATTTTACCTTGCTAAATAGTTTCTGGTTTGGAGTTGGAGCTCTCATGCAGCAAGGTTCTGAG
CTCATGCCCAAAGCACTGTCCACCAGGATAGTGGGAGGCATTTGGTGGTTTTTCACACTTATCATCATTTCTTCGTATACTGCTAACTTA
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GAGGATGGTGCAACCATGACTTTTTTCAAGAAATCAAAAATCTCCACGTATGACAAAATGTGGGCCTTTATGAGTAGCAGAAGGCAGTCA
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AACGCAGTGCAGTCCATCTGCAATGCTCTGGGAGTTCCCCACATACAGACCCGCTGGAAGCACCAGGTGTCAGACAACAAAGATTCCTTC
TATGTCAGTCTCTACCCAGACTTCTCTTCACTCAGCCGTGCCATTTTAGACCTGGTGCAGTTTTTCAAGTGGAAAACCGTCACGGTTGTG
TATGATGACAGCACTGGTCTCATTCGTTTGCAAGAGCTCATCAAAGCTCCATCAAGGTATAATCTTCGACTCAAAATTCGTCAGTTACCT
GCTGATACAAAGGATGCAAAACCCTTACTAAAAGAAATGAAAAGAGGCAAGGAGTTTCATGTAATCTTTGATTGTAGCCATGAAATGGCA
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TTTACATATGAAATTAGACTTGTGGAAGATGGGAAATATGGAGCCCAGGATGATGCCAATGGACAATGGAATGGAATGGTTCGTGAACTA
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TTTTTCACACTTATCATCATTTCTTCGTATACTGCTAACTTAGCCGCCTTTCTGACAGTGGAACGCATGGAATCCCCTATTGACTCTGCT
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CTGACAGTGATGGCATTGTGGCCCACTTCCCTGCCCATGAGAAGCCAGTGTGCTGCATGGCTTTTAATACAAGTGGTGGTATTTTTGAAT
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GGTATAATCTTCGACTCAAAATTCGTCAGTTACCTGCTGATACAAAGGATGCAAAACCCTTACTAAAAGAAATGAAAAGAGGCAAGGAGT
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GATTTATGACGACTGATGCTGCTCTAATGTATGATGCTGTGCATGTGGTGTCTGTGGCCGTTCAACAGTTTCCCCAGATGACAGTCAGTT
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TGGAAATTTTTGTAATACTTTTTATCAACAAAACAAGAACATGTGTTCCTGTCAGGGGTGTGATGTCAAGCATGAATGGTAGTGCGTGTG
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TGAGCCTAGAGCTGGAGACTAGCGTTAACCGGCGGGGCGGCCGGTTTTATGAATGAAGCTATGGCTACAGATTCCCCAAGAAGACCCAGT
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CAGCAAGGTTCTGAGCTCATGCCCAAAGCACTGTCCACCAGGATAGTGGGAGGCATTTGGTGGTTTTTCACACTTATCATCATTTCTTCG
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TGAGCCTAGAGCTGGAGACTAGCGTTAACCGGCGGGGCGGCCGGTTTTATGAATGAAGCTATGGCTACAGATTCCCCAAGAAGACCCAGT
CGTTGTACTGGTGGAGTTGTGGTTCGCCCCCAGGCTGTCACAGAGCAGTCCTACATGGAAAGTGTTGTGACTTTTCTGCAGGATGTTGTG
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GGTGCTCAAAAATGTGATAACTTTGCTGAAAAAAGACCCCTCCTTGGTGTTTGTAAGAGCATTGGATCTTCTGGCACAAGCCCACCGTAC
TGTTGTGTGGATCTGTATTCACTTCGTACTGGGGAGATGGTCAAGTCCATTCAATTTAAGACACCTATTTATGATCTCCATTGCAATAAA
CGGATCCTTGTCGTAGTCTTGCAGGAGAAAATTGCTGCCTTTGATAGCTGTACTTTCACGAAGAAATTCTTTGTTACAAGCTGCTATCCA
TGTCCAGGGCCAAACATGAATCCTATTGCTCTTGGGAGCCGCTGGCTTGCTTATGCAGAAAACAAGTTGATTCGATGTCATCAGTCCCGT
GGTGGAGCCTGTGGAGACAACATTCAGTCTTATACTGCCACAGTCATTAGTGCTGCTAAAACATTGAAAAGTGGCCTGACAATGGTAGGG
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GTCCCAGGCATCATCACAGTTATTGACACCGAAACCGTTGGAGAGGGCCAGGTGCTTGTGAGTGAGGATTCTGACAGTGATGGCATTGTG
GCCCACTTCCCTGCCCATGAGAAGCCAGTGTGCTGCATGGCTTTTAATACAAGTGGTGGTATTTTTGAATATGTGGAATCTGGCCCAATG
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CACAGCTCATCAGCAAACGCAGTGCAGTCCATCTGCAATGCTCTGGGAGTTCCCCACATACAGACCCGCTGGAAGCACCAGGTGTCAGAC
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CTGAATATGACAGAAAGTCAAAAGGGAAAGCCAGCGAACATCACAGATTCCTTATCCAATCGTTCTTTGATTGTTACCACCATTTTGGAA
GAGCCTTATGTCCTTTTTAAGAAGTCTGACAAACCTCTCTATGGTAATGATCGATTTGAAGGCTATTGCATTGATCTCCTCAGAGAGTTA
TCTACAATCCTTGGCTTTACATATGAAATTAGACTTGTGGAAGATGGGAAATATGGAGCCCAGGATGATGCCAATGGACAATGGAATGGA
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AAGCCCTTTATGACACTTGGAATAAGTATTTTGTACCGCAAGCCCAATGGTTCTGAGCTCATGCCCAAAGCACTGTCCACCAGGATAGTG
GGAGGCATTTGGTGGTTTTTCACACTTATCATCATTTCTTCGTATACTGCTAACTTAGCCGCCTTTCTGACAGTGGAACGCATGGAATCC
CCTATTGACTCTGCTGATGATTTAGCTAAACAAACCAAGATAGAATATGGAGCAGTAGAGGATGGTGCAACCATGACTTTTTTCAAGAAA
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GGCCTTATAGACTCTAAAGGTTATGGCGTTGGCACTCCCATGGGTTCTCCATATCGAGACAAAATTACCATAGCAATTCTTCAGCTGCAA
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GTTCAGAATATTGGTGGCATCTTCATTGTTCTGGCAGCCGGCTTGGTGCTTTCAGTTTTTGTGGCAGTGGGAGAATTTTTATACAAATCC
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TGAGCCCTACCGATACAGTGGTGTTAACATGACAGGGTTCAGAATATTAAATACAGAAAATACCCAAGTCTCCTCCATCATTGAAAAGTG
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GACCCGCTTTATGAGTCTAATTAAAGAGGCACATTGGGAAGGCCTCACAGGCAGAATAACTTTCAACAAAACCAATGGCTTGAGAACAGA
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TAAGAAGTCTGACAAACCTCTCTATGGTAATGATCGATTTGAAGGCTATTGCATTGATCTCCTCAGAGAGTTATCTACAATCCTTGGCTT
TACATATGAAATTAGACTTGTGGAAGATGGGAAATATGGAGCCCAGGATGATGCCAATGGACAATGGAATGGAATGGTTCGTGAACTAAT
TGATCATAAAGCTGACCTTGCAGTTGCTCCACTGGCTATTACCTATGTTCGAGAGAAGGTCATCGACTTTTCCAAGCCCTTTATGACACT
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TATTCTGCTGGCTTACTTGGGTGTCAGTTGTGTGCTCTTTGTCATAGCCAGGTTTAGTCCTTATGAGTGGTATAATCCACACCCTTGCAA
CCCTGACTCAGACGTGGTGGAAAACAATTTTACCTTGCTAAATAGTTTCTGGTTTGGAGTTGGAGCTCTCATGCAGCAAGGTTCTGAGCT
CATGCCCAAAGCACTGTCCACCAGGATAGTGGGAGGCATTTGGTGGTTTTTCACACTTATCATCATTTCTTCGTATACTGCTAACTTAGC
CGCCTTTCTGACAGTGGAACGCATGGAATCCCCTATTGACTCTGCTGATGATTTAGCTAAACAAACCAAGATAGAATATGGAGCAGTAGA
GGATGGTGCAACCATGACTTTTTTCAAGAAATCAAAAATCTCCACGTATGACAAAATGTGGGCCTTTATGAGTAGCAGAAGGCAGTCAGT
GCTGGTCAAAAGTAATGAAGAAGGAATCCAGCGAGTCCTCACCTCTGATTATGCTTTCCTAATGGAGTCAACAACCATCGAGTTTGTTAC
CCAGCGGAACTGTAACCTGACACAGATTGGCGGCCTTATAGACTCTAAAGGTTATGGCGTTGGCACTCCCATGGGTTCTCCATATCGAGA
CAAAATTACCATAGCAATTCTTCAGCTGCAAGAGGAAGGCAAACTGCATATGATGAAGGAGAAATGGTGGAGGGGCAATGGTTGCCCAGA
AGAGGAGAGCAAAGAGGCCAGTGCCCTGGGGGTTCAGAATATTGGTGGCATCTTCATTGTTCTGGCAGCCGGCTTGGTGCTTTCAGTTTT
TGTGGCAGTGGGAGAATTTTTATACAAATCCAAAAAAAACGCTCAATTGGAAAAGGAATCTTCTATTTGGTTAGTGCCACCATACCATCC
AGACACTGTTTAGTAATCTTTTGAAACTTACTAAAAGAGGTTTTTAATAATGAGGTCCTTCTGTAGTGCCATGGTAGAAGAATTGAGGAT
GTCCCTGAAGTGCCAGCGTCGGTTAAAACATAAGCCACAGGCCCCAGTTATTGTGAAAACAGAAGAAGTTATCAACATGCACACATTTAA
CGACAGAAGGTTGCCAGGTAAAGAAACCATGGCATAAAGCTGGGAGGCCAAACACCCAAGCACAAACTGTCGTCTTTTTCCAAACAATTT
AGCCAGAATGTTTCCTGTGGAAATATGCAACCTGTGCAAAATAAAATGAGTTACCTCATGCCGCTGTGTCTATGAACTAGAGACTCTGTG
ATCTAAGCAGTTGCAATGATCAGACTTGATTTACAAGCATCATGGATCAACCAAGTTACACGGGGTTACACTGTTAATCATGGGTTCCTC
CCTTCTTCTGAGTGAATGTTAACATGCGCATTTTGTGGCTGATTTCAAATGCAGTCCAGTGAGAAATTACAGGTTCCTTTTGAAGCTCAA
CTGTTGCCAGGAGATGGAATATCAATGCCCAACAGGGCAACCAATAAAAGTGTCACTAAGAATATAAATATTTGGAATCAGCAAAAACTG
TAGTGTTACAGGAAACAGTACAGTCTTCTGAACACCCAGATCATAGAGGTGATGATGTTACTAGCCCCCAACTACTCAGTATAATTATTG
TCTGAATGCAAAGTATGTGTTTATAGGATGTGAAAAAATGTAATGCAAAACAAATTTGAATCCCATGGCAGTTGGAATATAAAGCAGATG
TTCATCACTTATTTTCCTTTTTTCTTTTCTTATTTTTTTTTTTGACAGTCTGTGTCACTGATTGAGATAGAAATGCCAATTATCAAGGAA
ATAATGTTTTCTTAAGTTCCCTAAGGCAGAAGATTTAACATGCAATTCTACCAGATCCCTTCCTATTCCCCCAACACCTTTTCTCTAACC
CCCATATCCCAAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAAAGCAGTTGGTTCAGTGATTCTGAATTAAAAGGAT
AATGTTTTGCAATGTTCAAGTTGTAAAAACTGGCCGAGTATTGGCTGTGTGGAAGACTAAAGCTTTCATTCTAACATTCAGACATAGCAA
TCCAAACCCTTGTTCCTGCTGTAAATGAACTTGATGGAGCATGGGCAGATTTCAGTGATACGAGAAAGGGGACTGGTCATCTATAGAAAA
ATCTGTGAGAGAACTTGGAAGTGGACTGCGTTTATCAATACAGTCACAATGTTAAATGAACAAAATTCTTGAACAGTTTTTTTTCAAAAA
ATGTTCAGGTTTATTTGTGGAAATGCAAGATTTCTATGAAAATAGTTTTTGTATGGAAATTTTTGTAATACTTTTTATCAACAAAACAAG
AACATGTGTTCCTGTCAGGGGTGTGATGTCAAGCATGAATGGTAGTGCGTGTGCACCACCAACGTTTGGTGAAAACTATTTTTATCAAGA
AAAAAGGAATCATAGAAGAGAAATATTTTCAAGTTAGATAATATAAAAGCTAGGTGCACTACCACCACTGCTTACCATGCCACACCCCTG
GTTTCCACGAGGCTGACAACATACTGTAATGAACAATTGTGTGTAAAATGGTAAAAGACACAGACCTCTTGACAACATTGTGATAACAGT

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ACTAGCGTTAACCGGCGGGGCGGCCGGTTTTATGAATGAAGCTATGGCTACAGATTCCCCAAGAAGACCCAGTCGTTGTACTGGTGGAGT
TGTGGTTCGCCCCCAGGCTGTCACAGAGCAGTCCTACATGGAAAGTGTTGTGACTTTTCTGCAGGATGTTGTGCCACAGGCTTACAGTGG
AACACCTCTAACAGAAGAAAAGGAGAAAATAGTCTGGGTCAGATTTGAAAATGCAGATTTAAATGATACATCAAGAAATCTGGAATTTCA
TGAAATACATAGTACTGGGAATGAACCGCCTTTGTTGATTATGATTGGCTACAGTGATGGAATGCAGGTCTGGAGCATCCCTATCAGTGG
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TAACTTTGCTGAAAAAAGACCCCTCCTTGGTGTTTGTAAGAGCATTGGATCTTCTGGCACAAGCCCACCGTACTGTTGTGTGGATCTGTA
TTCACTTCGTACTGGGGAGATGGTCAAGTCCATTCAATTTAAGACACCTATTTATGATCTCCATTGCAATAAACGGATCCTTGTCGTAGT
CTTGCAGGAGAAAATTGCTGCCTTTGATAGCTGTACTTTCACGAAGAAATTCTTTGTTACAAGCTGCTATCCATGTCCAGGGCCAAACAT
GAATCCTATTGCTCTTGGGAGCCGCTGGCTTGCTTATGCAGAAAACAAGTTGATTCGATGTCATCAGTCCCGTGGTGGAGCCTGTGGAGA
CAACATTCAGTCTTATACTGCCACAGTCATTAGTGCTGCTAAAACATTGAAAAGTGGCCTGACAATGGTAGGGAAAGTGGTGACTCAGCT
GACAGGCACACTGCCTTCAGGTGTGACAGAAGATGATGTTGCCATCCACAGTAATTCACGGCGGAGTCCTTTGGTCCCAGGCATCATCAC
AGTTATTGACACCGAAACCGTTGGAGAGGGCCAGGTGCTTGTGAGTGAGGATTCTGACAGTGATGGCATTGTGGCCCACTTCCCTGCCCA
TGAGAAGCCAGTGTGCTGCATGGCTTTTAATACAAGTGGTGGTATTTTTGAATATGTGGAATCTGGCCCAATGGGAGCTGAGGAACTTGC
ATTCAGATTTGCTGTGAACACAATTAACAGAAACAGAACATTGCTACCCAATACTACCCTTACCTATGATACCCAGAAGATAAACCTTTA
TGATAGTTTTGAAGCATCCAAGAAAGCCTGTGATCAGCTGTCTCTTGGGGTGGCTGCCATCTTCGGGCCTTCACACAGCTCATCAGCAAA
CGCAGTGCAGTCCATCTGCAATGCTCTGGGAGTTCCCCACATACAGACCCGCTGGAAGCACCAGGTGTCAGACAACAAAGATTCCTTCTA
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GTTCTGAGCTCATGCCCAAAGCACTGTCCACCAGGATAGTGGGAGGCATTTGGTGGTTTTTCACACTTATCATCATTTCTTCGTATACTG
CTAACTTAGCCGCCTTTCTGACAGTGGAACGCATGGAATCCCCTATTGACTCTGCTGATGATTTAGCTAAACAAACCAAGATAGAATATG
GAGCAGTAGAGGATGGTGCAACCATGACTTTTTTCAAGAAATCAAAAATCTCCACGTATGACAAAATGTGGGCCTTTATGAGTAGCAGAA
GGCAGTCAGTGCTGGTCAAAAGTAATGAAGAAGGAATCCAGCGAGTCCTCACCTCTGATTATGCTTTCCTAATGGAGTCAACAACCATCG
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AAATGGCAGCAGGCATTTTAAAACAGGCATTAGCTATGGGAATGATGACAGAATACTATCATTATATCTTTACCACTCTGGACCTCTTTG
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GTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCACGATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCG
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GTTTCTTAATCCATTTGTTGATTGATGGGCATATGGGCTGGTTCCATATGTTTGCAACTGCAAATTGTGAGCACTGTTTAATTCTAAGCT
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TCTCGTGGTGCGCCGTTTTTTAAGCCGGTCTGAAAAGCGCAATATTCGGGTGGGAGTGACCCGATTTTCCAGGCTGCTATCCATGTCCAG
GGCCAAACATGAATCCTATTGCTCTTGGGAGCCGCTGGCTTGCTTATGCAGAAAACAAGTTGATTCGATGTCATCAGTCCCGTGGTGGAG
CCTGTGGAGACAACATTCAGTCTTATACTGCCACAGTCATTAGTGCTGCTAAAACATTGAAAAGTGGCCTGACAATGGTAGGGAAAGTGG
TGACTCAGCTGACAGGCACACTGCCTTCAGGTGTGACAGAAGATGATGTTGCCATCCACAGTAATTCACGGCGGAGTCCTTTGGTCCCAG
GCATCATCACAGTTATTGACACCGAAACCGTTGGAGAGGGCCAGGTGCTTGTGAGTGAGGATTCTGACAGTGATGGCATTGTGGCCCACT
TCCCTGCCCATGAGAAGCCAGTGTGCTGCATGGCTTTTAATACAAGTGGTGGTATTTTTGAATATGTGGAATCTGGCCCAATGGGAGCTG
AGGAACTTGCATTCAGATTTGCTGTGAACACAATTAACAGAAACAGAACATTGCTACCCAATACTACCCTTACCTATGATACCCAGAAGA
TAAACCTTTATGATAGTTTTGAAGCATCCAAGAAAGCCTGTGATCAGCTGTCTCTTGGGGTGGCTGCCATCTTCGGGCCTTCACACAGCT
CATCAGCAAACGCAGTGCAGTCCATCTGCAATGCTCTGGGAGTTCCCCACATACAGACCCGCTGGAAGCACCAGGTGTCAGACAACAAAG
ATTCCTTCTATGTCAGTCTCTACCCAGACTTCTCTTCACTCAGCCGTGCCATTTTAGACCTGGTGCAGTTTTTCAAGTGGAAAACCGTCA
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GGCGCTTCGGGACCCGCTTTATGAGTCTAATTAAAGAGGCACATTGGGAAGGCCTCACAGGCAGAATAACTTTCAACAAAACCAATGGCT
TGAGAACAGATTTTGATTTGGATGTGATCAGTCTGAAGGAAGAAGGTCTAGAAAAGATTGGAACGTGGGATCCAGCCAGTGGCCTGAATA
TGACAGAAAGTCAAAAGGGAAAGCCAGCGAACATCACAGATTCCTTATCCAATCGTTCTTTGATTGTTACCACCATTTTGGAAGAGCCTT
ATGTCCTTTTTAAGAAGTCTGACAAACCTCTCTATGGTAATGATCGATTTGAAGGCTATTGCATTGATCTCCTCAGAGAGTTATCTACAA
TCCTTGGCTTTACATATGAAATTAGACTTGTGGAAGATGGGAAATATGGAGCCCAGGATGATGCCAATGGACAATGGAATGGAATGGTTC
GTGAACTAATTGATCATAAAGCTGACCTTGCAGTTGCTCCACTGGCTATTACCTATGTTCGAGAGAAGGTCATCGACTTTTCCAAGCCCT
TTATGACACTTGGAATAAGTATTTTGTACCGCAAGCCCAATGGTACAAACCCAGGCGTCTTCTCCTTCCTGAATCCTCTCTCCCCTGATA
TCTGGATGTATATTCTGCTGGCTTACTTGGGTGTCAGTTGTGTGCTCTTTGTCATAGCCAGGTTTAGTCCTTATGAGTGGTATAATCCAC
ACCCTTGCAACCCTGACTCAGACGTGGTGGAAAACAATTTTACCTTGCTAAATAGTTTCTGGTTTGGAGTTGGAGCTCTCATGCAGCAAG
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CTAACTTAGCCGCCTTTCTGACAGTGGAACGCATGGAATCCCCTATTGACTCTGCTGATGATTTAGCTAAACAAACCAAGATAGAATATG
GAGCAGTAGAGGATGGTGCAACCATGACTTTTTTCAAGAAATCAAAAATCTCCACGTATGACAAAATGTGGGCCTTTATGAGTAGCAGAA
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>In-frame_BCAS3_ENST00000588874_chr17_59001861_+_GRIK2_ENST00000369137_chr6_102069824_+_2972nt
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TAGACTCTAAAGGTTATGGCGTTGGCACTCCCATGGGTTCTCCATATCGAGACAAAATTACCATAGCAATTCTTCAGCTGCAAGAGGAAG
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CACAGGCCCCAGTTATTGTGAAAACAGAAGAAGTTATCAACATGCACACATTTAACGACAGAAGGTTGCCAGGTAAAGAAACCATGGCAT


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FusionGenePPI for BCAS3_GRIK2


check button Go to ChiPPI (Chimeric Protein-Protein interactions) to see the chimeric PPI interaction in

ChiPPI page

.

check button Protein-protein interactors with each fusion partner protein in wild-type (BIOGRID-3.4.160)
HgeneHgene's interactorsTgeneTgene's interactors
BCAS3CTBP1, CTBP2, CDC23, C16orf70, ZDHHC17, ESR1, PELP1, HIST1H3A, KAT2B, WIPI2, ATM, BAG4, CCND1, FBXW7, KRAS, PALB2, PHB, PTPN1, SMAD4, STK11, TGFB1, TSG101, XRCC3, OFD1, CEP128, FBF1, NPHP1, SCLT1, XPO1, CD14, HDAC1, IRF3, MAGEE1, IL17RA, DOCK5, VWA5A, RAB2BGRIK2SDCBP, PICK1, DLG4, GRIP1, GRID2, DLG1, DLG3, GRIK5, GRIA1, GRIA2, CALCOCO1, TRIM25, PARK2


check button - Retained PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenStill interaction with


check button - Lost PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


check button - Retained PPIs, but lost function due to frame-shift fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


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RelatedDrugs for BCAS3_GRIK2


check button Drugs targeting genes involved in this fusion gene.
(DrugBank Version 5.1.0 2018-04-02)
PartnerGeneUniProtAccDrugBank IDDrug nameDrug activityDrug typeDrug status
TgeneGRIK2Q13002DB00849MethylphenobarbitalGlutamate receptor ionotropic, kainate 2small moleculeapproved
TgeneGRIK2Q13002DB01354HeptabarbitalGlutamate receptor ionotropic, kainate 2small moleculeapproved
TgeneGRIK2Q13002DB01355HexobarbitalGlutamate receptor ionotropic, kainate 2small moleculeapproved
TgeneGRIK2Q13002DB00306TalbutalGlutamate receptor ionotropic, kainate 2small moleculeapproved|illicit
TgeneGRIK2Q13002DB01351AmobarbitalGlutamate receptor ionotropic, kainate 2small moleculeapproved|illicit
TgeneGRIK2Q13002DB01352AprobarbitalGlutamate receptor ionotropic, kainate 2small moleculeapproved|illicit
TgeneGRIK2Q13002DB01353ButethalGlutamate receptor ionotropic, kainate 2small moleculeapproved|illicit
TgeneGRIK2Q13002DB01174PhenobarbitalGlutamate receptor ionotropic, kainate 2small moleculeapproved|investigational
TgeneGRIK2Q13002DB00312PentobarbitalGlutamate receptor ionotropic, kainate 2small moleculeapproved|investigational|vet_approved
TgeneGRIK2Q13002DB00142Glutamic AcidGlutamate receptor ionotropic, kainate 2small moleculeapproved|nutraceutical
TgeneGRIK2Q13002DB00418SecobarbitalGlutamate receptor ionotropic, kainate 2small moleculeapproved|vet_approved
TgeneGRIK2Q13002DB00599ThiopentalGlutamate receptor ionotropic, kainate 2small moleculeapproved|vet_approved
TgeneGRIK2Q13002DB00794PrimidoneGlutamate receptor ionotropic, kainate 2small moleculeapproved|vet_approved

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RelatedDiseases for BCAS3_GRIK2


check button Diseases associated with fusion partners.
(DisGeNet 4.0)
PartnerGeneDisease IDDisease name# pubmedsSource
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TgeneGRIK2C0004352Autistic Disorder2CTD_human
TgeneGRIK2C0033953Psychosexual Disorders1CTD_human
TgeneGRIK2C0036341Schizophrenia1CTD_human
TgeneGRIK2C0236969Substance-Related Disorders1CTD_human
TgeneGRIK2C0525045Mood Disorders1PSYGENET