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FusionGeneSummary

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Fusion gene ID: 35216

FusionGeneSummary for SNRPN_SNRPN

check button Fusion gene summary
Fusion gene informationFusion gene name: SNRPN_SNRPN
Fusion gene ID: 35216
HgeneTgene
Gene symbol

SNRPN

SNRPN

Gene ID

6638

6638

Gene namesmall nuclear ribonucleoprotein polypeptide Nsmall nuclear ribonucleoprotein polypeptide N
SynonymsHCERN3|PWCR|RT-LI|SM-D|SMN|SNRNP-N|SNURF-SNRPN|sm-NHCERN3|PWCR|RT-LI|SM-D|SMN|SNRNP-N|SNURF-SNRPN|sm-N
Cytomap

15q11.2

15q11.2

Type of geneprotein-codingprotein-coding
Descriptionsmall nuclear ribonucleoprotein-associated protein NSM protein Nsm protein Dtissue-specific splicing proteinsmall nuclear ribonucleoprotein-associated protein NSM protein Nsm protein Dtissue-specific splicing protein
Modification date2018052320180523
UniProtAcc

P63162

P63162

Ensembl transtripts involved in fusion geneENST00000400098, ENST00000400100, 
ENST00000400097, ENST00000553597, 
ENST00000390687, ENST00000346403, 
ENST00000554227, ENST00000577565, 
ENST00000444203, 
ENST00000400098, 
ENST00000400100, ENST00000400097, 
ENST00000553597, ENST00000390687, 
ENST00000346403, ENST00000554227, 
ENST00000577565, ENST00000444203, 
Fusion gene scores* DoF score10 X 13 X 2=2607 X 10 X 2=140
# samples 1411
** MAII scorelog2(14/260*10)=-0.893084796083488
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0
log2(11/140*10)=-0.347923303420307
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0
Context

PubMed: SNRPN [Title/Abstract] AND SNRPN [Title/Abstract] AND fusion [Title/Abstract]

Functional or gene categories assigned by FusionGDB annotation
* DoF score (Degree of Frequency) = # partners X # break points X # cancer types
** MAII score (Major Active Isofusion Index) = log2(# samples/DoF score*10)

check button Gene ontology of each fusion partner gene with evidence of Inferred from Direct Assay (IDA) from Entrez
PartnerGeneGO IDGO termPubMed ID

check button Fusion gene information from three resources
(ChiTars (NAR, 2018), tumorfusions (NAR, 2018), Gao et al. (Cell, 2018))
* All genome coordinats were lifted-over on hg19.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
Data typeSourceCancer typeSampleHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
ChiTaRS3.1BI759879SNRPNchr15

25223391

+SNRPNchr15

25223383

-
ChiTaRS3.1BU686050SNRPNchr15

25584344

+SNRPNchr15

25583678

+
ChiTaRS3.1BE273851SNRPNchr15

25213172

-SNRPNchr15

25219468

+
ChiTaRS3.1BC000611SNRPNchr15

25213172

-SNRPNchr15

25219468

+
ChiTaRS3.1DA881059SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
* LD: Li Ding group's fusion gene list
  RV: Roel Verhaak group's fusion gene list
  ChiTaRs fusion database

check button Open reading frame (ORF) analsis of fusion genes based on Ensembl gene isoform structure.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
ORFHenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
In-frameENST00000400098ENST00000400098SNRPNchr15

25223391

+SNRPNchr15

25223383

-
In-frameENST00000400098ENST00000400100SNRPNchr15

25223391

+SNRPNchr15

25223383

-
In-frameENST00000400098ENST00000400097SNRPNchr15

25223391

+SNRPNchr15

25223383

-
5CDS-intronENST00000400098ENST00000553597SNRPNchr15

25223391

+SNRPNchr15

25223383

-
5CDS-intronENST00000400098ENST00000390687SNRPNchr15

25223391

+SNRPNchr15

25223383

-
5CDS-intronENST00000400098ENST00000346403SNRPNchr15

25223391

+SNRPNchr15

25223383

-
5CDS-intronENST00000400098ENST00000554227SNRPNchr15

25223391

+SNRPNchr15

25223383

-
5CDS-intronENST00000400098ENST00000577565SNRPNchr15

25223391

+SNRPNchr15

25223383

-
5CDS-intronENST00000400098ENST00000444203SNRPNchr15

25223391

+SNRPNchr15

25223383

-
In-frameENST00000400100ENST00000400098SNRPNchr15

25223391

+SNRPNchr15

25223383

-
In-frameENST00000400100ENST00000400100SNRPNchr15

25223391

+SNRPNchr15

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-
In-frameENST00000400100ENST00000400097SNRPNchr15

25223391

+SNRPNchr15

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-
5CDS-intronENST00000400100ENST00000553597SNRPNchr15

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+SNRPNchr15

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-
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+SNRPNchr15

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-
5CDS-intronENST00000400100ENST00000346403SNRPNchr15

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-
5CDS-intronENST00000400100ENST00000554227SNRPNchr15

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+SNRPNchr15

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-
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-
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+SNRPNchr15

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-
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-
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+SNRPNchr15

25223383

-
In-frameENST00000400097ENST00000400097SNRPNchr15

25223391

+SNRPNchr15

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-
5CDS-intronENST00000400097ENST00000553597SNRPNchr15

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+SNRPNchr15

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-
5CDS-intronENST00000400097ENST00000390687SNRPNchr15

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+SNRPNchr15

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-
5CDS-intronENST00000400097ENST00000346403SNRPNchr15

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-
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+SNRPNchr15

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-
5CDS-intronENST00000400097ENST00000577565SNRPNchr15

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+SNRPNchr15

25223383

-
5CDS-intronENST00000400097ENST00000444203SNRPNchr15

25223391

+SNRPNchr15

25223383

-
intron-3CDSENST00000553597ENST00000400098SNRPNchr15

25223391

+SNRPNchr15

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-
intron-3CDSENST00000553597ENST00000400100SNRPNchr15

25223391

+SNRPNchr15

25223383

-
intron-3CDSENST00000553597ENST00000400097SNRPNchr15

25223391

+SNRPNchr15

25223383

-
intron-intronENST00000553597ENST00000553597SNRPNchr15

25223391

+SNRPNchr15

25223383

-
intron-intronENST00000553597ENST00000390687SNRPNchr15

25223391

+SNRPNchr15

25223383

-
intron-intronENST00000553597ENST00000346403SNRPNchr15

25223391

+SNRPNchr15

25223383

-
intron-intronENST00000553597ENST00000554227SNRPNchr15

25223391

+SNRPNchr15

25223383

-
intron-intronENST00000553597ENST00000577565SNRPNchr15

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25223383

-
intron-intronENST00000553597ENST00000444203SNRPNchr15

25223391

+SNRPNchr15

25223383

-
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25223391

+SNRPNchr15

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-
In-frameENST00000390687ENST00000400100SNRPNchr15

25223391

+SNRPNchr15

25223383

-
In-frameENST00000390687ENST00000400097SNRPNchr15

25223391

+SNRPNchr15

25223383

-
5CDS-intronENST00000390687ENST00000553597SNRPNchr15

25223391

+SNRPNchr15

25223383

-
5CDS-intronENST00000390687ENST00000390687SNRPNchr15

25223391

+SNRPNchr15

25223383

-
5CDS-intronENST00000390687ENST00000346403SNRPNchr15

25223391

+SNRPNchr15

25223383

-
5CDS-intronENST00000390687ENST00000554227SNRPNchr15

25223391

+SNRPNchr15

25223383

-
5CDS-intronENST00000390687ENST00000577565SNRPNchr15

25223391

+SNRPNchr15

25223383

-
5CDS-intronENST00000390687ENST00000444203SNRPNchr15

25223391

+SNRPNchr15

25223383

-
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-
In-frameENST00000346403ENST00000400100SNRPNchr15

25223391

+SNRPNchr15

25223383

-
In-frameENST00000346403ENST00000400097SNRPNchr15

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-
5CDS-intronENST00000346403ENST00000553597SNRPNchr15

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+SNRPNchr15

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-
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+SNRPNchr15

25223383

-
5CDS-intronENST00000346403ENST00000346403SNRPNchr15

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+SNRPNchr15

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-
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-
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-
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-
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-
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-
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-
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-
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-
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-
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-
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-
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-
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-
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-
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25583678

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25584344

+SNRPNchr15

25583678

+
intron-intronENST00000400098ENST00000400097SNRPNchr15

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+
intron-intronENST00000400098ENST00000553597SNRPNchr15

25584344

+SNRPNchr15

25583678

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+SNRPNchr15

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+
intron-intronENST00000400098ENST00000346403SNRPNchr15

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+SNRPNchr15

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+
intron-intronENST00000400098ENST00000554227SNRPNchr15

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intron-intronENST00000400098ENST00000577565SNRPNchr15

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+
intron-intronENST00000400100ENST00000400098SNRPNchr15

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25583678

+
intron-intronENST00000400100ENST00000400097SNRPNchr15

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intron-intronENST00000400100ENST00000553597SNRPNchr15

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+SNRPNchr15

25583678

+
intron-intronENST00000400100ENST00000390687SNRPNchr15

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-SNRPNchr15

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+
5UTR-5UTRENST00000346403ENST00000444203SNRPNchr15

25213172

-SNRPNchr15

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+
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-SNRPNchr15

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+
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-SNRPNchr15

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+
5UTR-5UTRENST00000554227ENST00000400097SNRPNchr15

25213172

-SNRPNchr15

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-SNRPNchr15

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-SNRPNchr15

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-SNRPNchr15

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+
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-SNRPNchr15

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+
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-SNRPNchr15

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+
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-SNRPNchr15

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+
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-SNRPNchr15

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+
5UTR-5UTRENST00000577565ENST00000400100SNRPNchr15

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-SNRPNchr15

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+
5UTR-5UTRENST00000577565ENST00000400097SNRPNchr15

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-SNRPNchr15

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+
5UTR-3UTRENST00000577565ENST00000553597SNRPNchr15

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-SNRPNchr15

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+
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-SNRPNchr15

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+
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-SNRPNchr15

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+
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-SNRPNchr15

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+
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-SNRPNchr15

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+
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-SNRPNchr15

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+
intron-5UTRENST00000444203ENST00000400100SNRPNchr15

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-SNRPNchr15

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+
intron-5UTRENST00000444203ENST00000400097SNRPNchr15

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-SNRPNchr15

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+
intron-3UTRENST00000444203ENST00000553597SNRPNchr15

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-SNRPNchr15

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+
intron-5UTRENST00000444203ENST00000390687SNRPNchr15

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-SNRPNchr15

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+
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-SNRPNchr15

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+
intron-5UTRENST00000444203ENST00000554227SNRPNchr15

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-SNRPNchr15

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+
intron-5UTRENST00000444203ENST00000577565SNRPNchr15

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-SNRPNchr15

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+
intron-5UTRENST00000444203ENST00000444203SNRPNchr15

25213172

-SNRPNchr15

25219468

+
intron-intronENST00000400098ENST00000400098SNRPNchr15

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-SNRPNchr15

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-
intron-intronENST00000400098ENST00000400100SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

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-
intron-intronENST00000400098ENST00000400097SNRPNchr15

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-SNRPNchr15

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-
intron-intronENST00000400098ENST00000553597SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000400098ENST00000390687SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

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-
intron-intronENST00000400098ENST00000346403SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

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-
intron-intronENST00000400098ENST00000554227SNRPNchr15

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-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000400098ENST00000577565SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000400098ENST00000444203SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000400100ENST00000400098SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000400100ENST00000400100SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000400100ENST00000400097SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000400100ENST00000553597SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000400100ENST00000390687SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000400100ENST00000346403SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000400100ENST00000554227SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000400100ENST00000577565SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000400100ENST00000444203SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000400097ENST00000400098SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000400097ENST00000400100SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000400097ENST00000400097SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000400097ENST00000553597SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000400097ENST00000390687SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

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-
intron-intronENST00000400097ENST00000346403SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000400097ENST00000554227SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

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-
intron-intronENST00000400097ENST00000577565SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000400097ENST00000444203SNRPNchr15

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-SNRPNchr15

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-
intron-intronENST00000553597ENST00000400098SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

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-
intron-intronENST00000553597ENST00000400100SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

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-
intron-intronENST00000553597ENST00000400097SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000553597ENST00000553597SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000553597ENST00000390687SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

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-
intron-intronENST00000553597ENST00000346403SNRPNchr15

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-SNRPNchr15

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-
intron-intronENST00000553597ENST00000554227SNRPNchr15

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-SNRPNchr15

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-
intron-intronENST00000553597ENST00000577565SNRPNchr15

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-SNRPNchr15

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intron-intronENST00000553597ENST00000444203SNRPNchr15

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-SNRPNchr15

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-
intron-intronENST00000390687ENST00000400098SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

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-
intron-intronENST00000390687ENST00000400100SNRPNchr15

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-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000390687ENST00000400097SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000390687ENST00000553597SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000390687ENST00000390687SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

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-
intron-intronENST00000390687ENST00000346403SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000390687ENST00000554227SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000390687ENST00000577565SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000390687ENST00000444203SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000346403ENST00000400098SNRPNchr15

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-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000346403ENST00000400100SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

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-
intron-intronENST00000346403ENST00000400097SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

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-
intron-intronENST00000346403ENST00000553597SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

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-
intron-intronENST00000346403ENST00000390687SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000346403ENST00000346403SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000346403ENST00000554227SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000346403ENST00000577565SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000346403ENST00000444203SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000554227ENST00000400098SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000554227ENST00000400100SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

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intron-intronENST00000554227ENST00000400097SNRPNchr15

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-SNRPNchr15

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intron-intronENST00000554227ENST00000553597SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000554227ENST00000390687SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000554227ENST00000346403SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

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-
intron-intronENST00000554227ENST00000554227SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000554227ENST00000577565SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000554227ENST00000444203SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000577565ENST00000400098SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000577565ENST00000400100SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

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-
intron-intronENST00000577565ENST00000400097SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

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intron-intronENST00000577565ENST00000553597SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

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intron-intronENST00000577565ENST00000390687SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000577565ENST00000346403SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

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-
intron-intronENST00000577565ENST00000554227SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000577565ENST00000577565SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

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intron-intronENST00000577565ENST00000444203SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

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intron-intronENST00000444203ENST00000400098SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

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intron-intronENST00000444203ENST00000400100SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

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intron-intronENST00000444203ENST00000400097SNRPNchr15

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-SNRPNchr15

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-
intron-intronENST00000444203ENST00000553597SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

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intron-intronENST00000444203ENST00000390687SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000444203ENST00000346403SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000444203ENST00000554227SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000444203ENST00000577565SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-
intron-intronENST00000444203ENST00000444203SNRPNchr15

25583652

-SNRPNchr15

25616807

-

Top

FusionProtFeatures for SNRPN_SNRPN


check buttonMain function of each fusion partner protein. (from UniProt)
HgeneTgene
SNRPN

P63162

SNRPN

P63162

May be involved in tissue-specific alternative RNAprocessing events. May be involved in tissue-specific alternative RNAprocessing events.

check buttonRetention analysis result of each fusion partner protein across 39 protein features of UniProt such as six molecule processing features, 13 region features, four site features, six amino acid modification features, two natural variation features, five experimental info features, and 3 secondary structure features. Here, because of limited space for viewing, we only show the protein feature retention information belong to the 13 regional features. All retention annotation result can be downloaded at

download page

.

* Minus value of BPloci means that the break pointn is located before the CDS.
- In-frame and retained protein feature among the 13 regional features.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note

- In-frame and not-retained protein feature among the 13 regional features.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note


Top

FusionGeneSequence for SNRPN_SNRPN


check button For in-frame fusion transcripts, we provide the fusion transcript sequences and fusion amino acid sequences.
(nt: nucleotides, aa: amino acids)

* Fusion amino acid sequences.

* Fusion transcript sequences (only coding sequence (CDS) region).

* Fusion transcript sequences (Full-length transcript).

Top

FusionGenePPI for SNRPN_SNRPN


check button Go to ChiPPI (Chimeric Protein-Protein interactions) to see the chimeric PPI interaction in

ChiPPI page

.

check button Protein-protein interactors with each fusion partner protein in wild-type (BIOGRID-3.4.160)
HgeneHgene's interactorsTgeneTgene's interactors


check button - Retained PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenStill interaction with


check button - Lost PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


check button - Retained PPIs, but lost function due to frame-shift fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


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RelatedDrugs for SNRPN_SNRPN


check button Drugs targeting genes involved in this fusion gene.
(DrugBank Version 5.1.0 2018-04-02)
PartnerGeneUniProtAccDrugBank IDDrug nameDrug activityDrug typeDrug status

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RelatedDiseases for SNRPN_SNRPN


check button Diseases associated with fusion partners.
(DisGeNet 4.0)
PartnerGeneDisease IDDisease name# pubmedsSource